BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G05660.1
Length=2908
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487366 jgi|Araly1|487366|fgenesh2_kg.6__500__AT5G05660.1 4567 0.0
Ahg892430 jgi|Araly1|892430|Al_scaffold_0006_426 152 1e-35
> Ahg487366 jgi|Araly1|487366|fgenesh2_kg.6__500__AT5G05660.1
Length=2846
Score = 4567 bits (2473), Expect = 0.0
Identities = 2728/2852 (96%), Gaps = 14/2852 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ATGGCCGGAACCGCCACCACCGAGTTCCGGTGGAAATCACCACCACAGCCTCCGTCACAA 63
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |
Sbjct 1 ATGGCCGGAACCGCCACCACCGAGTTCCGGTGGAAATCACCGCCACAGCCTCCACCACCA 60
Query 64 GAGCAACCCATTTCAGATTCAGATTCAGACTCCGGATCTGATTCAGAGAATCATCAGCAC 123
|||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CAGCAACTCATTTCCGAATCAGATTCAGACTCCGGATCCGATTCAGATAATCATCAGCAC 120
Query 124 CGTCACAATGATCTATCAAACTCCATCTTCGAAGCTTACCTCGATTGCCACTCATCTTCG 183
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTCACAATGATCTATCAAACTCTATCTTCAAAGCTTACCTCGATTGCCACTCATCTTCG 180
Query 184 TCCCCTTCCTCAATCGATCTCGCTAAGATCCAATCTTTTCTCGCCTCGTCTTCTTCCGGT 243
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 TCTCCTTCCTCTATCGATCTCGCTAAGATCCAATCTTTTCTCGCCTCGTCTTCCTCCGGT 240
Query 244 GCTGTCTCGTGCCTTATCTGTCTCGAACGCATTAAACGAACCGATCCTACATGGTCCTGC 303
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTGTCTCGTGCCTCATTTGTCTCGAACGCATTAAACGAACCGATCCTACATGGTCCTGC 300
Query 304 ACTTCCTCATGCTTCGCCGTCTTTCACCTTTTCTGCATTCAATCATGGGCTCGTCAGTGC 363
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACTTCCTTATGCTTCGCCGTCTTTCACCTTTTCTGCATTCAATCATGGGCTCGTCAGTGC 360
Query 364 TTAGATCTACAAGCCGCGCGTGCAGTCACGCGACCTTCTTCGAATCCGACAGAACCGGAA 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTAGATCTACAAGCCGCGCGTGCAGTCACGCGACCTTCTTCAAATCCGACAGAACCGGAA 420
Query 424 GCTGTCTGGAACTGTCCGAAATGTAGATCGTCGTATCAGAAATCGAAGATTCCAAGGCGG 483
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 421 GCGGTCTGGAACTGTCCGAAATGTAGATCGTCGTATCAGAAAACGAAGATTCCAAGGCGG 480
Query 484 TACCTTTGTTACTGCGGCAAGGAAGAGGATCCTCCGGCGGATAATCCATGGATCTTGCCT 543
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TATCTTTGTTATTGCGGCAAGGAAGAGGATCCTCCGGCGGATAATCCATGGATCTTGCCT 540
Query 544 CATTCTTGCGGCGAGGTCTGCGAGAGGCCGTTGAGCAACAATTGTGGTCACTGTTGCTTA 603
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CATTCTTGCGGCGAGGTCTGCGAGAGGCCGTTGAGCAACAATTGTGGTCACTGTTGCTTG 600
Query 604 CTCTTGTGTCACCCTGGACCTTGTGCTTCTTGTCCCAAGCTCGTGAAAGCTAAATGCTTC 663
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 601 CTCTTGTGTCATCCTGGACCTTGTGCTTCTTGCCCCAAGCTAGTGAAGGCTAAATGCTTT 660
Query 664 TGCGGCGGTGTTGAAGATGTTCGTCGATGTGGACACAAGCAATTCTCTTGCGGAGATGTC 723
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 TGTGGAGGTGTTGAAGATGTTCGTCGATGTGGACACAAGCAATTCTCTTGCGGAGACGTC 720
Query 724 TGTGAGAGAGTCCTGGATTGTAATATCCATAACTGTAGGGAGATTTGTCATGATGGCGAG 783
|| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGCGAGAGAGTCCTAGATTGTGATATCCATAACTGTAGAGAGATTTGTCATGATGGCGAG 780
Query 784 TGTCCACCTTGCAGGGAGCGCGCGGTTTACAAGTGCTCTTGTGGTAAAGTGAAGGAGGAG 843
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 781 TGTCCACCGTGCAGGGAGCGCGCGGTTTACAAGTGCTGTTGTGGTAAAGTGAAAGAGGAG 840
Query 844 AAGGATTGCTGCGAGAGAGTCTTTAGGTGTGAGGCTTCTTGCGAGAATATGCTTAATTGC 903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 841 AAGGATTGCTGCGAGAGAGTCTTTAGGTGTGAGGCTTCTTGTGAGAATATGCTTAATTGT 900
Query 904 GGGAAACATGTATGCGAGAGAGGATGCCACGCGGGAGAATGTGGATTGTGTCCATATCAG 963
|| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GGCAAACATGTATGCGAGAGAGGATGTCACTCGGGAGAATGTGGATTGTGTCCATATCAG 960
Query 964 GGGAAGAGGAGTTGTCCCTGTGGCAAGAGATTCTACCAAGGCTTGTCTTGTGATGTTGTG 1023
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGGAAAAGGAGTTGTCCCTGTGGCAAGAGATTCTACCAAGGCTTGTCTTGTGATGTTGTG 1020
Query 1024 GCGCCTTTATGTGGTGGCACTTGTGATAAAGTTCTTGGTTGTGGCTACCATAGGTGTCCA 1083
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1021 GCGCCTTTATGTGGTGGCACCTGTGATAAAGTTCTTGGTTGTGGCTACCATAGATGTCCA 1080
Query 1084 GAGAGGTGCCACCGCGGTCCGTGCCTTGAGACTTGCAGGATTGTAGTTACCAAGTCTTGC 1143
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1081 GAGAGGTGTCACCGCGGTCCATGCCTTGAGACTTGCAGGATTGTGGTTACTAAGTCTTGC 1140
Query 1144 AGGTGCGGAGTAACGAAAAAACAGGTTCCTTGCCATCAAGAGTTGGCGTGTGAGAGGAAA 1203
|| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGATGCGGAGGAACAAAAAAACAGGTTCCTTGCCATCAAGAGTTGGCGTGTGAGAGGAAA 1200
Query 1204 TGCCAGAGAGTGAGAGATTGTGCACGTCATGCTTGTAGACGCCGATGTTGTGATGGTGAA 1263
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1201 TGCCAGAGAGTGAGAGATTGTGCACGTCATGCTTGTAGACGCCGGTGTTGTGATGGTGAA 1260
Query 1264 TGTCCACCATGCTCAGAGATTTGTGGAAAAAAGCTCCGTTGCAGGAATCATAAATGCCAG 1323
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1261 TGTCCACCATGCTCAGAGATTTGTGGAAAAAAGCTCCGTTGCAGAAACCATAAATGCCAA 1320
Query 1324 TCTCCTTGTCACCAAGGTCCATGTGCTCCTTGTCCAATAATGGTAACAATATCTTGTGCT 1383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1321 TCTCCTTGTCACCAAGGTCCATGTGCTCCTTGTCCAATAATGGTAACAATATCATGTGCT 1380
Query 1384 TGTGGTGAGACACATTTTGAGGTACCCTGTGGCACTGAAACAAATCAGAAACCTCCTAGA 1443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1381 TGTGGTGAGACACATTTTGAGGTACCCTGTGGCACTGAAACAAATCAGAAACCTCCTCGA 1440
Query 1444 TGCCGTAAATTATGCCACATAACCCCATTGTGCAGACATGGGCAAAACCAAAAGCCTCAT 1503
|||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TGCCGTAAGTTATGTCATGTAACCCCATTGTGCAGGCATGGGCAAAACCAAAAGCCTCAT 1500
Query 1504 AAATGCCACTATGGAGCTTGTCCTCCATGTCGACTCCTTTGTGATGAAGAATACCCATGT 1563
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AAATGCCACTATGGTGCTTGTCCTCCATGTCGACTCCTTTGTGATGAAGAATACCCATGT 1560
Query 1564 GGGCACAAGTGCAAACTAAGGTGTCATGGACCTAGACCTCCTCCTAACCGTGAATTTATA 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GGGCACAAGTGCAAACTAAGGTGTCATGGACCTAGACCTCCTCCTAACCGTGAATTTATA 1620
Query 1624 CTGAAACCAACGAAAAAGATGTTGCATATTCAGGCTGAATCTACACCGGGTTCTCCCTGC 1683
|| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CTTAAACCAACTAAAAAGATGTTGAATATTCAGGCTGAATCTACACCGGGTTCTCCCTGC 1680
Query 1684 CCTCGTTGTCCAGAGCCTGTCTGGAGGCCCTGTGTAGGCCACCACCTGGCAGCAGAGAAA 1743
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1681 CCTCGTTGTCGAGAGCCTGTCTGGAGGCCCTGTGTAGGCCACCACCTGGCAGCAGAGAGA 1740
Query 1744 AGGATGATTTGCTCTGACAGAACTCAATTTGCATGCGATAATTTATGTGGAAACCCTCTT 1803
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATGATGGTTTGCTCTGACAGAACTCAATTTGCATGCAATAATTTATGTGGAAACCCTCTT 1800
Query 1804 CCATGTGGGAACCATTACTGTTCGTATT-TCTGTCATGCCCTGGATATAAGAAGTTCATC 1862
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CCATGTGGGAACCATTACTGTTCGT-TTATCTGTCATGCCCTGGATATAAGAAGTTCATC 1859
Query 1863 ATTGGATAAAAGAAGTGAGTCCTGTGAAAAGTGTGATCTCCGCTGTCAAAAGGAGAGAAC 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 ATTGGATAAAAGAAGTGAGTCCTGTGAAAAGTGTGATCTCCGCTGTCAAAAGGAGAGAAC 1919
Query 1923 ACCACGATGCCAACATCCATGTCCTCGGCGATGCCATCCTGAAGATTGTCCACCTTGCAA 1982
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1920 ACCACGATGCCAACATCCATGTCCTCGAAGATGCCATCCCGGAGATTGTCCACCTTGCAA 1979
Query 1983 AACTCTAGTAAAGAGATCATGTCACTGTGGCGCGATGGTGCATGCATTCGAGTGCATATA 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AACTCTAGTAAAGAGATCATGTCACTGTGGCGCGATGGTGCATGCATTCGAGTGCATATA 2039
Query 2043 CTACAATACAATGTCGGAGAAGGACCAAATGAAGGCGCGCTCATGCCGTGGACCTTGTCA 2102
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 CTACAATACAATGTCGGAGAAGGACCAAATGAAGGTGCGCTCATGCCGTGGACCTTGTCA 2099
Query 2103 CAGAAAATTGCCAAACTGTACCCATTTGTGTCCGGAGATATGTCATCCTGGGCAGTGTCC 2162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CAGAAAATTGCCAAACTGTACCCATTTGTGTCCGGAGATATGTCATCCTGGGCAGTGTCC 2159
Query 2163 ATTGCCAGAGAAGTGTGGTAAAAAGGTGGTTGTTCGTTGCAAGTGCCTAACCTTGAAGAA 2222
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ATTGCCAGAGAAGTGTGGGAAAAAGGTGGTTGTTCGTTGCAAGTGCCTAACCTTGAAGAA 2219
Query 2223 AGAATGGGTATGCCAGGATGTTCAAGCAGCCCATAGGGCCACAGGTTCTGATCCTAAAGA 2282
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2220 GGAATGGGTATGCCAAGATGTTCAAGCAGCTCATAGGGCCACAGGTTCTGACCCTAAAGA 2279
Query 2283 AGTACCAAAGAACCAGTTCGGGGTTGGCCTCCTCCCTTGTGATTCCAACTGTAAGAGCAA 2342
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 AGTACCAAAGAACCAGTTCGGTGTTGGCCTCCTCCCTTGTGATTCCAACTGTAAGAGCAA 2339
Query 2343 ACTACAGGTGGCTGAATCGGTGTTAACACAGCGCAATGTCAAAGAGATTGAGGAGAAGGA 2402
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 ACTACAGATGGCTGAATCGGTGTTAAAACAGCGCAATGTCAAAGAGATTGAGGAGAAGGA 2399
Query 2403 GGAGCCTAGCGGGAAAAATGCATCAAAGCGAAGGAAAAGGCGTGGACGGGGTCAGGACAT 2462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2400 GGAGCCTAGCGGGAAAAATGCATCAAAGCGAAGGAAAAGGCGTGAACGGGGTCAGGACAT 2459
Query 2463 TCAGGAGACCACAAGGCTGCAGAAACTTGCTGTCACCACAAAGAGGATACTGATGGTCGT 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TCAGGAGACCACAAGGCTGCAGAAACTTGCTGTCATCACAAAGAGGATACTGATGGTCGT 2519
Query 2523 GATGTTAGTGGCGATGCTAGCTGCTGTTTCATACTATGGCTATAAGGGACTCTTGTGGCT 2582
||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 GATGTTAATGACAATGCTAGCTGCTGTTTCATACTATGGTTATAAGGGACTCTTGTGGCT 2579
Query 2583 TTCAGATTGGATGAATGAAGTCGAAGAACAAAGACAAAAGTCTAGAAGATACCCTCGAAT 2642
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2580 TTCTGATTGGATGAATGAAGTCGAAGAACAAAGACAAAAGTCTAGAAGATACCCGCGAAT 2639
Query 2643 CTAACTG-TTTTGAGAGTTTCTTCCTTCTCAAGCTTCT--AGCCTGATACTGCGCAGTGA 2699
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||
Sbjct 2640 ATAACTGGTTTTGAGAGTTT-TTCCTTCTCAAGCTTTTTTAGCCTGATACTGGGCAGTGA 2698
Query 2700 CAACACAATTAGCTTTGAGACGTTTGGTCTTTCTTTTTGGTTTAGTC-ACCGGAAATATT 2758
||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | | |||
Sbjct 2699 CAACACAGTTAGCTTCGAGACATTTGGTCTTTCTTTTTGGTTTAGTCGAT-G-ATA-ATT 2755
Query 2759 TCAAAGG--AGATTAGAAAGATTATCAgtttgttttgtttttttgatttgttctctttct 2816
||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||
Sbjct 2756 TCATAGGGGAGATTAGAAAGATTATCAGTTTGTTT-GTTTAATTGATTTGTGCTCTTGCT 2814
Query 2817 tttagcttt-ttgatatttCGAAACAGCAAAA 2847
|||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2815 TTTAGCTTCCTTGATATTTCGAGACAGCAAAA 2846
> Ahg892430 jgi|Araly1|892430|Al_scaffold_0006_426
Length=195
Score = 152 bits (82), Expect = 1e-35
Identities = 105/116 (91%), Gaps = 1/116 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2453 GTCAGGACATTCAGGAGACCACAAGGCTGCAGAAACTTGCTGTCAC-CACAAAGAGGATA 2511
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 80 GTCAGGACATTCAGGAGACCACAAGGCTGCAGAAACTTGCTGTCGTTCACGAAGAGGATA 139
Query 2512 CTGATGGTCGTGATGTTAGTGGCGATGCTAGCTGCTGTTTCATACTATGGCTATAA 2567
||||||| |||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 140 CTGATGGCCGTGATGTTAATGGCAATGGGAGCCGCTGTTTCATACTATGGTTATAA 195
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109776086090
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5