BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G06120.1
Length=3368
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487414 jgi|Araly1|487414|fgenesh2_kg.6__548__AT5G06120.1 5733 0.0
> Ahg487414 jgi|Araly1|487414|fgenesh2_kg.6__548__AT5G06120.1
Length=3346
Score = 5733 bits (3104), Expect = 0.0
Identities = 3285/3369 (98%), Gaps = 26/3369 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTTCTGCTTCGTTGTAACCATCGACGCTTCGCTTGATCGAGATTT-AGTTCGCCGG 59
||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 TCTTCTTCTTCCTCGTTGTAACCATCGGCGCTTCGCTTGATCGAGATTTAAGTTCGCCGG 60
Query 60 AA-AACTTCACCGAACAACAAATCTGATTAACTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAACCCG 118
|| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 AATAAC-TCACCGAACAACAAATCTGATTAGCTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAA-CCG 118
Query 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAATACATTTTCCATCATGCAGAATTC 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAAT-CATTTTCCATCATGCAGAATTC 177
Query 179 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 237
Query 239 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCTGTGAA 298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 238 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCCGTGAA 297
Query 299 TACGGATTATATATCACAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 358
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TACGGATTATATATCGCAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 357
Query 359 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTAACTGATCATACTCTTCCGCTGAATCT 418
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 358 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTGACTGATCATACCCTTCCGCTGAATCT 417
Query 419 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 477
Query 479 ATCATTTGTTATCGCTTCTCTCATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 538
|||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATCATTTGTTATTGCTTCGCTTATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 537
Query 539 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGTTC 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 538 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGCTC 597
Query 599 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 657
Query 659 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCATCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 718
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCACCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 717
Query 719 ATCCTTATTTCAAGTTTTCAGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 778
||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 ATCCTTATTTCAAATATTCCGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 777
Query 779 CGCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 838
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 CTCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 837
Query 839 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 897
Query 899 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 957
Query 959 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAGTGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAATGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1017
Query 1019 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACACGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1078
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACGCGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1077
Query 1079 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1137
Query 1139 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1198
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGTTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1197
Query 1199 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1257
Query 1259 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTGTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1318
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTCTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1317
Query 1319 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1377
Query 1379 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCAGATGATCCGAC 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1378 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCCGATGACCCGAC 1437
Query 1439 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1497
Query 1499 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1557
Query 1559 GCAATCATATACGGAAAGAGGGCAACTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTCAT 1618
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1558 GCAATCATATACGGAAAGGGGGCAGCTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTTAT 1617
Query 1619 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1677
Query 1679 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1737
Query 1739 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGAGATATGGTGAAATAAGTAA 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1738 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGCGATATGGTGAAATTAGTAG 1797
Query 1799 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAAAATTTCCGGAAGTCTTACGTTGG 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1798 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAGAATTTCCGAAAGTCTTACGTTGG 1857
Query 1859 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1917
Query 1919 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1977
Query 1979 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTAATCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2038
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTGGTCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2037
Query 2039 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACGGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACCGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2097
Query 2099 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2157
Query 2159 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2217
Query 2219 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAACACCAGATTCGATGTTTCG 2278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2218 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAGCACCAGATTCAATGTTTCG 2277
Query 2279 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATTGCAAT 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2278 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATAGCAAT 2337
Query 2339 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2397
Query 2399 GCCACTCCTTTTGAGAGGGGTCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2458
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GCCACTCCTTTTGAGAGGGATCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2457
Query 2459 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2517
Query 2519 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2577
Query 2579 AAGGATTTTAGCCCTGCCAAATGTTGCGGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2638
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 AAGGATTTTATCCCTGCCAAATGTTGCAGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2637
Query 2639 GGTTTCACTCACAATACTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTCGGTGTCTT 2698
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2638 GGTTTCACTGACAATTCTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTTGGTGTCTT 2697
Query 2699 TGAACTTTATGGTGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2758
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 TGAACTTTATGGCGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2757
Query 2759 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGGTT 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2758 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGATT 2817
Query 2819 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGACACTGCAACCTT 2878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2818 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGATACTGCCACCTT 2877
Query 2879 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGACTCAAGGGGTTGGACACAAGTATTTCATC 2938
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2878 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGCCTCAAGGGGTTAGACACAAGTATTTCATC 2937
Query 2939 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2997
Query 2999 TGAGGCACCTACTACTCCAGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGTCCGAG 3058
||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2998 TGAGGCACCTAGTTCTCCCGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGCCCGAG 3057
Query 3059 TTTGTTCCCCGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3118
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 TTTGTTCCCGGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3117
Query 3119 TCAGTGGAGTCTCAGCAGACCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3178
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 TCAGTGGAGTCTCAGCAGGCCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3177
Query 3179 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAGAGCATTATTCTAATGGTGCAGCCTGCGGA 3238
||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || | |
Sbjct 3178 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAG--C------C--------C-G--TG-G-A 3216
Query 3239 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3217 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3276
Query 3299 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGACACGAGTTCCG 3358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3277 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGGCACGAGTTCCG 3336
Query 3359 CGTTAAATA 3367
|| |||||
Sbjct 3337 GGTAAAATA 3345
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127150351393
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5