BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G06120.1 Length=3368 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg487414 jgi|Araly1|487414|fgenesh2_kg.6__548__AT5G06120.1 5733 0.0 > Ahg487414 jgi|Araly1|487414|fgenesh2_kg.6__548__AT5G06120.1 Length=3346 Score = 5733 bits (3104), Expect = 0.0 Identities = 3285/3369 (98%), Gaps = 26/3369 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 TCTTCTTCTGCTTCGTTGTAACCATCGACGCTTCGCTTGATCGAGATTT-AGTTCGCCGG 59 ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1 TCTTCTTCTTCCTCGTTGTAACCATCGGCGCTTCGCTTGATCGAGATTTAAGTTCGCCGG 60 Query 60 AA-AACTTCACCGAACAACAAATCTGATTAACTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAACCCG 118 || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 61 AATAAC-TCACCGAACAACAAATCTGATTAGCTACCAGCTCAATCTCTGAAATCAA-CCG 118 Query 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAATACATTTTCCATCATGCAGAATTC 178 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 119 AGTACTGAGCTGGAGTAAGGTGATAGACAGCTTGAAT-CATTTTCCATCATGCAGAATTC 177 Query 179 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 238 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 TGCTTTGTTACCAATGGAGAGCTTGGCGCAACTTGAGGCAATGTGCGAGAGATTATACAA 237 Query 239 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCTGTGAA 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 238 CTCACAGGATTCAGCTGAGAGGGCTCATGCTGAAAATAGTCTGAGATGCTTTTCCGTGAA 297 Query 299 TACGGATTATATATCACAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 358 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 298 TACGGATTATATATCGCAATGTCAATACATTCTCGACAATTCATCAAAACCTTATTCCTT 357 Query 359 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTAACTGATCATACTCTTCCGCTGAATCT 418 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 358 AATGCTCGCTAGCTCGAGTTTGTTAAAGCAAGTGACTGATCATACCCTTCCGCTGAATCT 417 Query 419 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 418 TCGCCTTGACATCAGGGCTTATATTGTGAACTATCTGGCTACAAGAGGACCGAAGATGCA 477 Query 479 ATCATTTGTTATCGCTTCTCTCATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 538 |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 ATCATTTGTTATTGCTTCGCTTATTCAACTGCTTTGCCGGCTCACAAAGTTTGGATGGTT 537 Query 539 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGTTC 598 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 538 AGATGATGATAGATTCAGGGATGTGGTTAAGGAATCTACAAACTTCTTGGAACAGGGCTC 597 Query 599 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 658 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 CTCGGATCACTATGCTATTGGTTTAAGAATTTTGGATCAACTTGTGCAGGAGATGAATCA 657 Query 659 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCATCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 718 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 GCCTAATCCAGGACTGCCATCTACACATCACCGGCGGGTTGCATGCAACTTTAGGGATCA 717 Query 719 ATCCTTATTTCAAGTTTTCAGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 778 ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 ATCCTTATTTCAAATATTCCGAATAGCTTTGACGTCATTAAGCTATCTGAAAAATGATGC 777 Query 779 CGCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 838 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 CTCTGGTCGTTTACAAGAATTGGCGCTTTCTCTTGCACTGAGGTGTGTATCATTTGACTT 837 Query 839 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 TGTCGGAACTTCAATTGATGAAAGCACAGAGGAGTTTGGTACAGTTCAGATTCCAACTTC 897 Query 899 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 CTGGAGGTCAGTATTGGAGGATTCTTCCACGCTGCAGATATTTTTCGATTATTATGGTAG 957 Query 959 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAGTGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1018 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 TACAGAGTCCCCTCTTTCGAAAGAGGCACTTGAATGCTTGGTGCGATTGGCTTCTGTAAG 1017 Query 1019 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACACGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1078 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 GCGCTCTCTGTTCACAAATGATGCTACGCGCTCTAATTTTCTAGCTCATTTGATGACGGG 1077 Query 1079 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 AACCAAAGAAATTCTTCAAACTGGAAAAGGTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTT 1137 Query 1139 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1198 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 CTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGTTGAATTATCAGCTTTCAGAGCTTGTGAAGATGGA 1197 Query 1199 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 AGGTTATGGTGAGTGGATACAGTTGGTGGCAGAGTTCACACTTAAATCTCTCCAGTCATG 1257 Query 1259 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTGTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1318 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 GCAGTGGGCCAGCAGCAGCGTCTATTACCTTCTTGGGATGTGGTCCAGATTAGTAGCATC 1317 Query 1319 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 TGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTAC 1377 Query 1379 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCAGATGATCCGAC 1438 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1378 AGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGGCTAGCGTCCCCGATGACCCGAC 1437 Query 1439 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 TGATCATCCTTTGGATAAAGTTGAAGTCCTGCAGGATGAGCTGGATTGCTTTCCTTACCT 1497 Query 1499 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 ATGCAGATTTCAGTATGAAAGAACTGGTATGTATATAATAAACACAATGGAGCCTCTTCT 1557 Query 1559 GCAATCATATACGGAAAGAGGGCAACTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTCAT 1618 |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1558 GCAATCATATACGGAAAGGGGGCAGCTACAGTTTGCTGATAATTCTGAACTAGCACTTAT 1617 Query 1619 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 TGAAGCAAAATTGTCATGGATTGTTCACATTGTTGCCGCTATTGTTAAAATAAAGCAGTG 1677 Query 1679 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1738 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 CAGTGGTTGTAGTGTGGAGACGCAAGAGGTGCTTGATGCTGAACTCTCCGCTCGTGTTTT 1737 Query 1739 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGAGATATGGTGAAATAAGTAA 1798 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 1738 GCGGCTAGTAAATGTTATGGACAGTGGACTGCATAGACAGCGATATGGTGAAATTAGTAG 1797 Query 1799 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAAAATTTCCGGAAGTCTTACGTTGG 1858 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 1798 ACAAAGGCTTGATCGTGCCATTCTTACCTTCTTCCAGAATTTCCGAAAGTCTTACGTTGG 1857 Query 1859 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1918 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 TGATCAGGCCATGCATTCATCAAAATTGTATGCCAGATTGAAAGAACTCCTTGGACTGCA 1917 Query 1919 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1978 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1918 TGATCATCTTGTTCTGTTGAACGTTATTGTTGGCAAGATTGCTACAAACTTAAAATGTTA 1977 Query 1979 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTAATCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2038 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 TACAGAGAGTGAAGAAGTCATTGGTCACACGCTAAGTTTGTTTCTGGAGTTGGCATCTGG 2037 Query 2039 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACGGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2098 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 ATACATGACCGGGAAGCTGCTTTTGAAGTTGGACACCGTGACCTTTATTATATCTAATCA 2097 Query 2099 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2158 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 CACTAGGGAGCAATTTCCATTCTTAGAAGAGTATAGATGCTCTCGCAGCAGAACAACGTT 2157 Query 2159 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2218 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2158 TTACTACACTATTGGCTGGTTGATTTTCATGGAGGATAGCTTAATAAAGTTCAAGACTTC 2217 Query 2219 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAACACCAGATTCGATGTTTCG 2278 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| Sbjct 2218 TATGGAACCCCTTCTGCAGGTTTTCCGCACCCTGGAATCAGCACCAGATTCAATGTTTCG 2277 Query 2279 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATTGCAAT 2338 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2278 CACTGATGCTGTGAAGTTTGCTCTGATCGGATTGATGAGGGATTTAAGAGGAATAGCAAT 2337 Query 2339 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2398 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2338 GGCTACTAGCAGCCGGAGAAGCTATGGTTTTCTATTTGACTGGCTCTATCCTGCACACAT 2397 Query 2399 GCCACTCCTTTTGAGAGGGGTCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2458 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2398 GCCACTCCTTTTGAGAGGGATCTCACATTGGTTCGACACACCAGAGGTTACGACCCCGTT 2457 Query 2459 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2518 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2458 GTTGAAGTTCATGGCTGAGTTTGTGCATAACAAAACGCAGCGCCTTACTTTTGATTCTTC 2517 Query 2519 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2578 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2518 TTCTCCAAATGGCATCCTGCTTTTCCGGGAAGTCAGTAAATTGATTGTGGCTTATGGTTC 2577 Query 2579 AAGGATTTTAGCCCTGCCAAATGTTGCGGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2638 |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2578 AAGGATTTTATCCCTGCCAAATGTTGCAGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTG 2637 Query 2639 GGTTTCACTCACAATACTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTCGGTGTCTT 2698 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2638 GGTTTCACTGACAATTCTGTCAAGAGCGCTCTCGGGAAATTATTGCAACTTTGGTGTCTT 2697 Query 2699 TGAACTTTATGGTGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2758 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2698 TGAACTTTATGGCGACCGGGCTCTTGCGGATGCACTTGATATTGCGTTGAAGATGACCCT 2757 Query 2759 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGGTT 2818 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2758 TGCAATACCCTTGGCAGATATATTAGCATATCGCAAGCTTACAAAGGCATACTTTGGATT 2817 Query 2819 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGACACTGCAACCTT 2878 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 2818 CGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGATACTGCCACCTT 2877 Query 2879 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGACTCAAGGGGTTGGACACAAGTATTTCATC 2938 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2878 TATGCATCTCGTAGGTTCCCTTGAATCTGGCCTCAAGGGGTTAGACACAAGTATTTCATC 2937 Query 2939 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2998 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2938 ACAGTGTGCAATAGCTGTCGACAATCTTGCTTCATATTATTTCAATAACATCACAATGGG 2997 Query 2999 TGAGGCACCTACTACTCCAGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGTCCGAG 3058 ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2998 TGAGGCACCTAGTTCTCCCGCTGCTATTCGTTTTGCACAGCACATTGCAGACTGCCCGAG 3057 Query 3059 TTTGTTCCCCGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3118 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3058 TTTGTTCCCGGAGATATTGAAGACACTGTTTGAAATAGTTTTATTCGAGGATTGTGGCAA 3117 Query 3119 TCAGTGGAGTCTCAGCAGACCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3178 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3118 TCAGTGGAGTCTCAGCAGGCCAATGTTAAGCTTGATTCTTATAAGTGAGCAGATTTTCTC 3177 Query 3179 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAGAGCATTATTCTAATGGTGCAGCCTGCGGA 3238 ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || | | Sbjct 3178 TGATCTGAAAGCTAAGATCCTCTCATCACAG--C------C--------C-G--TG-G-A 3216 Query 3239 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3217 TCAACACCAGCGACTCTCTGCCTGCTTTGACAGTCTTATGACAGACATATCGCGGGGATT 3276 Query 3299 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGACACGAGTTCCG 3358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 3277 AGATTCAAAGAACAGAGACAAGTTCACTCAGAACTTGACCCTTTTCAGGCACGAGTTCCG 3336 Query 3359 CGTTAAATA 3367 || ||||| Sbjct 3337 GGTAAAATA 3345 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 127150351393 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5