BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G06400.1
Length=3093
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940081 jgi|Araly1|940081|scaffold_600625.1 4831 0.0
> Ahg940081 jgi|Araly1|940081|scaffold_600625.1
Length=3134
Score = 4831 bits (2616), Expect = 0.0
Identities = 2937/3094 (95%), Gaps = 14/3094 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAAGCCTTGTTTCGATTCAAGTCTTGCTTGTTTGATCCAACACGAAGGAGGAACCAA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 25 ATGAAAGCCTTGTTTCGATTCAAGTCTTGCTTGTTTGATCCAACACGAAGAAGGAACCCA 84
Query 61 CTCGTTTCTTTCTCAGGTTTCTCAAAGTCATCTAAATCTAATAAAACCCGTGAGACTACT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 85 CTCGTTTCTTTCTCAGGTTTCTCAAAGTCATCTAAATCTAATAAAACCCGTGAGAC--C- 141
Query 121 ACCACATCGAAGATCCAAG-CAGAAGCTACTGCAATCACTTCACTATTCAACGAGATTAC 179
||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 142 ACCCCATCGAAGATCC-AGTCAGAAGCTACTGCAATCACCTCACTTTTCAACGAGATTAC 200
Query 180 TGAGATTTTAGGAACGGATGTTGT-CAAACTAGATGAGACCACGCGGCTCAGATCCCATG 238
||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 201 TGATATTTTAGGATCGGATGTTGTCCAAAC-AGATGAGACTACGCGGCTCAGAGCCCATG 259
Query 239 TGTCAGGAGCTGTCTCTGATAATGGAGTATCGGTTTCTTGCACGGAAGGTGTTCGTCAAA 298
|||||| | |||| | ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 260 TGTCAGCACCTGTGTGTGATAATGGAGCATTGGTTTCTTGCACGCAAGGTGTTCGTGAAA 319
Query 299 ATGCTGCAATGGGATTTTCAGGTGAGGATGAAAAGGCTCAGAAAGTTCTTCATGAAGAAG 358
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 320 ATGCTGCAATGGGATTTTCAGGTGAGAATGAAGAGGCTCAGAAAGGTCTTCTTGAAGAAG 379
Query 359 TTGACTTCAGCCCCGTGGTTCATGAGATTACGAGTGTCGTCAGGGGAGATGATGTATTAG 418
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| | |||
Sbjct 380 TTGACTTCAGCCCCGTGGTTCATCAGATTACGAGTGTCGTTAGGGCAGATGATGAAATAG 439
Query 419 TTTCGATGGAGGACAGGTTAGAGAAACTGAGTTTTCGGTTTGAACCAGAAATAGTGGAGA 478
|||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 440 TTTCCATGGAGGACAGGTTAGAGATATTGAGTTTTCGGTTTGAACCCGAAATAGTGGAGA 499
Query 479 ATGTACTCAAGAGGTGCTTCAAGGTTCCTCATTTGGCTATGAGGTTCTTTAATTGGGTTA 538
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 500 ATGTACTGAAGAGGTGCTTCAAGGTTCCTCATTTGGCTATGAGGTTCTTTAATTGGGTGA 559
Query 539 AACAAAAGGATGGGTTTTCGCATAGAGTTGGAATTTACAATACCATGCTTAGCATAGCTG 598
|||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||
Sbjct 560 AACACAAGGATGGTTTTTCGCATAGAGTCGGAATTTACAACACCGTGCTTAGCATGGCTG 619
Query 599 GAGAAGCGAGAAATCTCGATATGGTAGATGAATTGGTGAGTGAAATGGAGAAGAATGGTT 658
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | | ||
Sbjct 620 GGGAAGCGAGAAATCTCGATATGGTAGACGAATTGGTGAAAGAAATGGAGAAGCACGCTT 679
Query 659 GTGATAAGGATATCAGGACATGGACCATTCTTATCTCAGTGTACGGGAAGGCAAAAAAGA 718
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 680 GTGATAAGGATATCAGGACGTGGACTATTCTTATCCCAGTGTACGGGAAAGCAAAAAAGA 739
Query 719 TTGGAAAAGGTCTGCTAGTTTTTGAGAAGATGAGGAAAAGTGGATTCGAACTCGATGCTA 778
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 740 TTGGAAAAGGTCTGCTCGTTTTTGAGAAGATGAGGAAAAGTGGCTTCGAACTTGATGCTG 799
Query 779 CGGCTTACAATATCATGATTAGGTCTCTATGTATTGCTGGTAGAGGTGATCTTGCGCTTG 838
||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 CGGCTTACAATATCATGATTAGGTCCCTATGCATCGCTGGTAGAGGTGATCTTGCGCTTG 859
Query 839 AATTCTATAAGGAAATGATGGAAAAAGGTATCACTTTTGGATTAAGAACGTACAAGATGT 898
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 860 AATTCTATAAAGAAATGATGGAAAAGGGTATCACTTTTGGATTGAGAACGTACAAGATGT 919
Query 899 TACTGGATTGCATAGCGAAATCAGAGAAAGTTGATGTAGTCCAGTCCATTGCAGATGACA 958
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 TACTAGATTGCATAGCGAAATCAGAGAAAGTTGATGTAGTCCAGTCCATTGCAGATGACA 979
Query 959 TGGTTAGGATATGTGAGATATCAGAACATGACGCTTTTGGTTATTTGCTCAAGAGTTTTT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TGGTTAGGATATGTGAGATATCAGAACATGATGCTTTTGGTTATTTGCTCAAGAGTTTTT 1039
Query 1019 GTGTTTCCGGTAAGATAAAAGAAGCTCTGGAACTGATCCGCGAGCTTAAGAACAAGGAAA 1078
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1040 GTGTTTCCGGTAAGATAAAAGAAGCTCTAGAACTGATCCGCGAGCTAAAAAACAAGGAAA 1099
Query 1079 TGTGCCTCGACGCTAAGTATTTTGAGATTTTGGTAAAAGGACTTTGTAGAGCCAATAGAA 1138
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1100 TGTGCCTCGACGCCAAGTATTTTGAGATTTTGGTTAAAGGACTTTGTAGAGCTAATAGAA 1159
Query 1139 TGGTAGATGCTCTAGAGATTGTTGATATAATGAAGAGAAGGAAACTGGATGACTCTAATG 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1160 TGGTAGATGCTCTAGAGATTGTTGATATAATGAAGAGAAGGAAACTGGATGACTCAAATG 1219
Query 1199 TCTATGGTATCATCATCAGTGGGTATCTCAGGCAAAACGATGTTTCAAAAGCACTTGAAC 1258
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TCTATGGGATCATCATCAATGGGTATCTCAGGCAAAACGATGTTTCAAAAGCACTTGAAC 1279
Query 1259 AGTTTGAGGTTATTAAAAAATCAGGGCGTCCACCTAGAGTTTCTACATACACTGAGATTA 1318
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 AGTTTGAAATTATTAAAAAATCAGGGCGTCCACCTAGAGTTTCTACATACACTGAGATTA 1339
Query 1319 TGCAACACCTCTTCAAGTTGAAACAGTTTGAAAAGGGTTGCAACTTATTCAATGAGATGA 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1340 TGCAACACCTCTTCAAGTTGAAACAGTTTGAAAATGGTTGCAACTTATTCAGTGAGATGA 1399
Query 1379 TAGAGAACGGGATTGAGCCTGACAGCGTTGCTATCACAGCCGTGGTTGCTGGTCATTTGG 1438
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TAGAGAGCGGGATTGAGCCTGACAGCGTTGCTATCACAGCCGTGGTTGCTGGTCATTTGG 1459
Query 1439 GCCAAAACCGAGTAGCAGAGGCATGGAAGGTGTTTAGCAGCATGGAGGAAAAAGGCATCA 1498
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1460 GCCAAAACCGAGTAGCAGAGGCATGGGAGGTGTTTGGCAGCATGGAGGAAAAGGGCATCA 1519
Query 1499 AACCTACATGGAAATCGTATTCGATATTTGTGAAAGAGCTCTGTAGATCATCAAGATATG 1558
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 AACCTACATGGAAATCGTATTCGATATTTATGAAAGAGCTCTGTAGATCATCAAGATATG 1579
Query 1559 ATGAGATCATTAAGATATTTAATCAAATGCACGCCTCCAAGATAGTTATTAGAGATGATA 1618
|||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1580 ATGAGATCATTACGCTATTCAATCAAATGCACGCCTCCAAGATAGCTATCAGAGATGATA 1639
Query 1619 TCTTTTCTTGGGTTATCTCTAGTATGGAGAAAAATGGTGAAAAGGAGAAGATTCATCTTA 1678
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1640 TTTTTTCTTGGGTTATCTCTAGTATGGAAAAAAATGGTGAAAAGGAGAAGATTGATCTTA 1699
Query 1679 TCAAAGAAATCCAGAAA-AGATCCAATTCCTATTGTGATGAACTAAACGGATCTGGCAAA 1737
||||||||||||||||| | || |||| ||||| | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 TCAAAGAAATCCAGAAACA-ATGCAATGCCTATAATCAAGAACTAAACGGATCTGGCAAA 1758
Query 1738 GCAGAATTTAGT-CAAGAAGAAGAGCTTGTTGATGACTATAATTGTCCACAACTAGTGCA 1796
|||||||||| | | | || ||||||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1759 GCAGAATTTA-TGC-A-AA-AAGAGCTCGTTAATAAGTATAATCGTCCACAGGTAGTGCA 1814
Query 1797 GCAGTCAGCTCTTCCACCAGCTTTATCTGCTGTTGATAAAATGGATGTGCAAGAAATTTG 1856
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 GCAGTCAGCTCTTCCACCAGCTTCATCTGCTGTTGATAAAATGGATGTGCAAGAAATTTG 1874
Query 1857 TCGGGTGTTATCATCCTCCCGAGATTGGGAGAGAACACAAGAAGCTCTAGAAAAATCGAC 1916
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1875 TCATGTGTTATCATCCTCCCGAGATTGGGAGAGAACACAAGAAGCTCTAGAAAAATTGAC 1934
Query 1917 AGTCCAGTTCACACCAGAACTGGTAGTTGAGGTTCTACGTCATGCCAAGATACAAGGCAA 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1935 AGTCCAGTTCACACCAGAACTGGTAGTTGAGGTTCTACGTAATGCCAAGATACAAGGCAA 1994
Query 1977 CGCTGTTTTACGTTTCTTTTCATGGGTGGGAAAGAGAAATGGCTATAAGCACAATTCAGA 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 CGCTGTTTTACGTTTCTTTTCATGGGTGGGAAAGAGAAATGGCTATAAGCACAATTCAGA 2054
Query 2037 GGCATACAACATGAGCATCAAAGTTGCAGGATGTGGGAAAGATTTTAAGCAGATGAGAAG 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 GGCATACAACATGAGCATCAAAGTTGCAGGATGTGGGAAAGATTTTAAGCAGATGAGAAG 2114
Query 2097 TCTGTTTTACGAGATGAGAAGGCAAGGCTGCTTGATAACACAAGATACTTGGGCAATCAT 2156
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 TCTGTTTTACGAGATGAGAAGACAAGGCTGCTTGATAACACAAGATACTTGGGCAATCAT 2174
Query 2157 GATAATGCAGTATGGTAGAACCGGTCTTACCAACATTGCTATTAGAACGTTCAAGGAAAT 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2175 GATAATGCAGTATGGTAGAACCGGTCTTACCAACATTGCTATTAGAACGTTCAAGCAAAT 2234
Query 2217 GAAAGATATGGGTCTGATCCCGAGCTCTTCGACTTTCAAGTGTTTAATCACAGTTCTTTG 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 GAAAGATATGGGTCTGATCCCGAGCTCTTCGACCTTCAAGTGTTTAATCACAGTTCTTTG 2294
Query 2277 TGAGAAGAAAGGCAGAAACGTTGAAGAAGCCACCAGAACATTCCGGGAGATGATTCGTTC 2336
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2295 TGAGAAGAAAGGCAGGAACGTTGAAGAAGCCACCAAAACATTCCGCGAGATGATTCGTTC 2354
Query 2337 AGGTTTTGTCCCAGATAGAGAACTAGTCCAAGACTACTTGGGATGCTTATGTGAAGTTGG 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2355 GGGTTTTGTCCCAGATAGAGAACTAGTCCAAGACTACTTGGGATGCTTATGTGAAGTTGG 2414
Query 2397 TAACACGAAGGATGCAAAAAGTTGTTTGGATTCTCTCGGCAAGATAGGTTTCCCTGTCAC 2456
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2415 TAACACAAAGGATGCAAAAAGTTGTTTGGATTCTCTCGGCAAGATAGGTTTCCCTGTCCC 2474
Query 2457 TGTGGCCTACTCAATTTACATAAGAGCTCTTTGTCGAATTGGAAAGCTAGAAGAAGCTCT 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2475 TGTGGCCTACTCAATTTACATAAGAGCTCTTTCTCGAATTGGAAAGCTAGAAGAAGCTCT 2534
Query 2517 ATCAGAATTAGCCAGTTTTGAAGGAGAGAGATCTTTACTAGACCAGTATACTTATGGAAG 2576
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2535 ATCAGAATTAGCCAGTTTTGAAGGAGATAGATCTTTACTCGATCAGTATACTTATGGAAG 2594
Query 2577 CATTGTTCATGGTTTATTACAGAGAGGAGACTTACAAAAAGCACTGGATAAAGTGAACTC 2636
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2595 CATTGTTCATGGTTTATTGCAGAGAGGAGACTTACACAAAGCACTGGATAAAGTGAATTC 2654
Query 2637 CATGAAGGAAATTGGAACAAAACCTGGTGTCCATGTCTACACATCTCTGATTGTTTATTT 2696
|||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2655 CATGAAGGAAATCGGAATAAAACCCGGTGTCCATGTCTACACATCTCTGATTGTTCATTT 2714
Query 2697 CTTCAAGGAGAAACAGCTCGAGAAGGTTCTAGAGACATGTCAGAAAATGGAAGGAGAAAG 2756
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||
Sbjct 2715 CTTCAAGGAGAAACAGTTCGAGAAGGTTCTAGAGACATGTCATAAAATGAAAGAAGAAAG 2774
Query 2757 CTGCGAACCTTCGGTTGTTACATATACGGCAATGATATGTGGATACATGAGCCTAGGAAA 2816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2775 CTGCGAACCTTCGGTTGTTACATATACGGCAATGATATGCGGATACATGAGCCTGGGAAA 2834
Query 2817 AGTGGAAGAGGCTTGGAATGCATTCCGCAATATGGAAGAGAGAGGAACTTCACCAGATTT 2876
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2835 AGTGGAAGAGGCTTGGAAAGCATTCCGCAATATGGAAGAGAAAGGAACTTCACCAGATTT 2894
Query 2877 TAAAACATATAGTAAGTTCATAAACTGCTTGTGCCAAGCATGCAAATCAGAAGATGCCCT 2936
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2895 TAAAACATATAGTAAGTTCATAAACTGTTTGTGCCAAGCAGGCAAATCTGAAGATGCCCT 2954
Query 2937 GAAGCTTCTGTCTGAGATGCTGGATAAGGGTATTGCTCCAAGCACTATCAATTTCCGAAC 2996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2955 GAAGCTTCTGTCTGAGATGCTGGATAAGGGTATTGCTCCAAGCACTATCAATTTCCGGAC 3014
Query 2997 AGTTTTCTACGGGTTAAACAGAGAAGGCAAGCATGATCTTGCCCGGATTGCTCTACAGAA 3056
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3015 AGTTTTCTACGGGTTAAACAGAGAAGGCAAGCAGGATCTTGCCCGGATTGTTCTACAGAA 3074
Query 3057 GAAATCGGCTTTAGTAGCACAGCGAACGGTATCT 3090
||| || ||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 3075 GAAGTCTGCTTTGGTAGCACAGCGAAAGGTATCT 3108
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116822781415
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5