BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G06540.1
Length=1869
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940097 jgi|Araly1|940097|scaffold_600641.1 2898 0.0
> Ahg940097 jgi|Araly1|940097|scaffold_600641.1
Length=1919
Score = 2898 bits (1569), Expect = 0.0
Identities = 1776/1877 (95%), Gaps = 10/1877 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTAACATTGTGCTCAACACACTTCGATTCAAACACCCGAAGCTTGCCTTGCTCCAA 60
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 24 ATGAGTAACATTGTGCTCAACACACTTCGTTTCAAACACCCGAAGCTTGCATTGCTCCAA 83
Query 61 TCCTGCTCTTCCTTTTCCGACCTCAAGATCATACATGGCTTTCTCTTACGAACCCATCTC 120
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 84 TCCTGCTCTTCCTTCTCCGACCTCAAGATCATCCATGGCTTTCTCTTACGAACCCATCTC 143
Query 121 ATCTCCGACGTCTTCGTTGCCAGTCG--T-CT--C-CTCGCTCTCTGCGTTGACGACTCC 174
|||||||||||||| ||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 144 ATCTCCGACGTCTTTGTTGCCAGTCGTCTCCTCGCTCTCGCTCTCTGCGTTGACGACTCC 203
Query 175 ACCTTCAACAAACCAACCAATCTCTTGGGATATGCATACGGAATCTTCTCTCAGATTCAA 234
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 204 ACCTTCCACAAACCCACCAATCTCTTGGGATATGCATACGGAATCTTCTCTCAGATTCAA 263
Query 235 AACCCTAATCTTTTCGTCTTCAATC-TACTCATTCGCTGCTTCTCCACTGGTGCAGAGCC 293
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 264 AACCCTAATCTTTTCGTCTTCAA-CGTACTCATTCGCTGCTTCTCCACTGGCGCAGAACC 322
Query 294 TAGTAAGGCTTTTGGGTTCTATACCCAGATGTTGAAATCTCGGATTTGGCCAGATAACAT 353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 323 TAGTAAGGCTTTTGGGTTCTATACCCAGATGTTGAAATCTCGAATTTGGCCAGATAACAT 382
Query 354 CACGTTTCCGTTTCTGATTAAGGCGTCTAGTGAGATGGAGTGTGTTCTAGTGGGAGAGCA 413
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 383 CACGTTTCCGTTTCTGATTAAGGCGTCTACTGAGATGGAGTGTGTGGTGGTGGGAGAGCA 442
Query 414 AACGCATTCACAGATTGTTAGATTCGGATTTCAGAATGATGTTTATGTAGAGAATTCGCT 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 443 AACGCATTCACAGATTGTTAGATTCGGATTTCAGAATGATGTTTATGTAGAGAATTCTCT 502
Query 474 TGTTCATATGTACGCTAATTGTGGGTTCATCGCTGCTGCTGGTAGAATCTTTGGGCAAAT 533
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 TGTTCATATGTACGCTAATTGTGGGTTGATCGCTGCTGCTGGTAGAATCTTTGGGCAAAT 562
Query 534 GGGGTTTCGAGATGTTGTTTCATGGACTTCTATGGTGGCTGGGTATTGTAAATGCGGGAT 593
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 563 GCCGTTTCGAGATGTGGTTTCATGGACTTCTATGGTGGCTGGGTATTGCAAATGCGGGAT 622
Query 594 GGTTGAGAATGCACGAGAGATGTTCGATGAAATGCCTCACAGAAATTTGTTTACTTGGAG 653
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 GGTTGAGGATGCACGAGAGATGTTCGATGAAATGCCCCACAGAAATTTGTTTACTTGGAG 682
Query 654 TATTATGATTAATGGGTATGCGAAGAACAACTGTTTTGAGAAAGCCATTGACTTGTTTGA 713
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 683 TATCATGATAAATGGGTATGCGAAGAACAACTGTTTTGAGAAAGCCATTGACTTGTTCGA 742
Query 714 ATTCATGAAAAGGGAAGGAGTTGTCGCGAATGAGACGGTTATGGTGAGTGTGATTTCGTC 773
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 743 ACTCATGAAAAGGGAAGGAGTTGTTGCGAATGAGACGGTTATGGTGAGTGTGATTTCTTC 802
Query 774 TTGTGCTCATTTGGGTGCACTTGAGTTTGGAGAAAGAGCATATGAGTATGTGGTTAAGAG 833
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 803 TTGTGCTCATTTGGGTGCGCTTGAGTTTGGAGAAAGAGCACATGAGTATGTGGTTAAGAG 862
Query 834 TCACATGACTGTGAATCTTATTCTTGGGACAGCTCTTGTGGATATGTTTTGGAGGTGTGG 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 863 TCACATGACTGTGAATCTTATTCTTGGGACAGCTCTTGTGGATATGTATTGGAGGTGTGG 922
Query 894 GGATATCGAGAAAGCAATTCATGTATTTGAGGGATTGCCTGAGACGGATAGCTTGAGCTG 953
||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 923 GGAAATCGAGAAAGCAATTCGCGTGTTTGAGGAATTGCCTGACAAGGATAGCTTGAGCTG 982
Query 954 GAGTTCAATAATCAAAGGTCTTGCAGTGCATGGGCATGCTCACAAGGCAATGCATTACTT 1013
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 983 GAGTTCGATAATCAAAGGTCTTGCGGTGCATGGGCATGCTCACAAGGCAATTCATTACTT 1042
Query 1014 CTCCCAAATGATTAGTTTAGGGTTTATTCCAAGGGATGTTACATTCACAGCGGTTCTTTC 1073
|||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1043 CTCCCAAATGGTTAGATTAGGGTTTATCCCAAGGGATATTACACTCACAGCGGTTCTTTC 1102
Query 1074 AGCTTGCAGCCACGGTGGATTAGTTGAAAAAGGGTTAGAGATATATGAGAACATGAAAAA 1133
|||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1103 AGCTTGCAGCCATGGTGGGTTAGTTGAGAAAGGTTTAGAAATATATGAGAACATGAAAAG 1162
Query 1134 GGATCATGGGATCGAGCCTAGACTCGAGCATTATGGTTGCATTGTTGATATGCTTGGTCG 1193
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1163 GGATTATGGGATCGAGCCTAGACTCGAGCATTATGGTTGCATTGTTGACATGCTTGGCCG 1222
Query 1194 TGCTGGGAAATTAGCCGAAGCGGAGAACTTTATCCTTAAAATGCATGTGAAGCCAAACGC 1253
|||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1223 TGCTGGGAAATTGGCCGAAGCTGAAAACTTTATCCTTAAAATGCCGGTGAAGCCAAATGC 1282
Query 1254 TCCTATATTGGGAGCATTGCTTGGAGCATGTAAGATTTATAAGAACACCGAGGTTGCAGA 1313
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1283 TCCTATATTGGGAGCATTGCTTGGAGCATGTAAGATTTATAAGAACACCGAGGTCGCAGA 1342
Query 1314 GAGAGTAGGAAACATGTTGATAAAGGTGAAACCAGAACATAGCGGTTACTATGTCTTACT 1373
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1343 GAGAGTAGGAAACATGTTGATAGAGGTGAAACCAGAACATAGCGGTTACTATGTCTTGCT 1402
Query 1374 GTCAAATATATACGCGTGTGCAGGACAATGGGATAAGA-TAGAGAGCTTGAGAGACATGA 1432
|| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||| |
Sbjct 1403 CTCTAATATATACGCCTGTGCAGGACAATGGGAGAA-ACTCGAGAGCTTGAGAGACATTA 1461
Query 1433 TGAAGGAGAAGCTTGTTAAGAAACCACCAGGGTGGAGCTTAATAGAGATTGATGGGAAAA 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 TGAAGGAGAAGCTTGTTAAGAAACCACCAGGGTGGAGCTTAATAGAGATTGATGGGAAAA 1521
Query 1493 TAAACAAGTTCACAATGGGAGATGATCAGAAGCATCCTGAAATGGGTAAGATCAGAAGGA 1552
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1522 TAAACAAGTTCTCCATGGGAGATGATCAGAAGCATCCTGAAATGGGTAAGATCAAAAGGT 1581
Query 1553 AGTGGGAAGAGATCTTGGGGAAGATAAGATTGATAGGGTATAAAGGGAACACAGGTGATG 1612
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1582 TGTGGGAAGAGATCTTGGGGAAAATAAGATTGATAGGGTATAAAGGAAACACAGGTGATG 1641
Query 1613 CGTTTTTCGATGTAGACGAGGAGGAGAAGGAGAGTTCGATTCATATGCATAGTGAGAAAC 1672
||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1642 CGTTTTTCGATGTAGACGAAGAAGAGAAGGAGACTGCGATTCATATGCATAGCGAGAAAC 1701
Query 1673 TTGCAATTGCATATGGTATGATGAAGACTAAGCCTGGTACAACCATTAGGATAGTGAAGA 1732
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 TTGCAATTGCATATGGTATGATGAAGACTAAGACTGGTACAACCATTAGGATAGTGAAGA 1761
Query 1733 ACTTGAGGGTATGTGAAGATTGTCATACAGTAACAAAGCTTATCTCTGAGGTTTATGGTA 1792
|||| ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 ACTTAAGGGTATGTGAGGATTGTCACACTGCAACAAAGCTTATCTCTGAGGTTTATGGTA 1821
Query 1793 GAGAGTTAATTGTAAGAGACCGCAACAGATTTCATCATTTTAGAAATGGAGTATGTTCCT 1852
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1822 GAGAGTTTATTGTAAGAGACCGCAACAGGTTTCATCATTTTAGAAATGGATTATGTTCCT 1881
Query 1853 GCAGAGATTATTGGTGA 1869
|||||||||||||||||
Sbjct 1882 GCAGAGATTATTGGTGA 1898
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70200321535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5