BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G06540.1 Length=1869 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg940097 jgi|Araly1|940097|scaffold_600641.1 2898 0.0 > Ahg940097 jgi|Araly1|940097|scaffold_600641.1 Length=1919 Score = 2898 bits (1569), Expect = 0.0 Identities = 1776/1877 (95%), Gaps = 10/1877 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGTAACATTGTGCTCAACACACTTCGATTCAAACACCCGAAGCTTGCCTTGCTCCAA 60 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 24 ATGAGTAACATTGTGCTCAACACACTTCGTTTCAAACACCCGAAGCTTGCATTGCTCCAA 83 Query 61 TCCTGCTCTTCCTTTTCCGACCTCAAGATCATACATGGCTTTCTCTTACGAACCCATCTC 120 |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 84 TCCTGCTCTTCCTTCTCCGACCTCAAGATCATCCATGGCTTTCTCTTACGAACCCATCTC 143 Query 121 ATCTCCGACGTCTTCGTTGCCAGTCG--T-CT--C-CTCGCTCTCTGCGTTGACGACTCC 174 |||||||||||||| ||||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 144 ATCTCCGACGTCTTTGTTGCCAGTCGTCTCCTCGCTCTCGCTCTCTGCGTTGACGACTCC 203 Query 175 ACCTTCAACAAACCAACCAATCTCTTGGGATATGCATACGGAATCTTCTCTCAGATTCAA 234 |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 204 ACCTTCCACAAACCCACCAATCTCTTGGGATATGCATACGGAATCTTCTCTCAGATTCAA 263 Query 235 AACCCTAATCTTTTCGTCTTCAATC-TACTCATTCGCTGCTTCTCCACTGGTGCAGAGCC 293 ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 264 AACCCTAATCTTTTCGTCTTCAA-CGTACTCATTCGCTGCTTCTCCACTGGCGCAGAACC 322 Query 294 TAGTAAGGCTTTTGGGTTCTATACCCAGATGTTGAAATCTCGGATTTGGCCAGATAACAT 353 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 323 TAGTAAGGCTTTTGGGTTCTATACCCAGATGTTGAAATCTCGAATTTGGCCAGATAACAT 382 Query 354 CACGTTTCCGTTTCTGATTAAGGCGTCTAGTGAGATGGAGTGTGTTCTAGTGGGAGAGCA 413 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 383 CACGTTTCCGTTTCTGATTAAGGCGTCTACTGAGATGGAGTGTGTGGTGGTGGGAGAGCA 442 Query 414 AACGCATTCACAGATTGTTAGATTCGGATTTCAGAATGATGTTTATGTAGAGAATTCGCT 473 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 443 AACGCATTCACAGATTGTTAGATTCGGATTTCAGAATGATGTTTATGTAGAGAATTCTCT 502 Query 474 TGTTCATATGTACGCTAATTGTGGGTTCATCGCTGCTGCTGGTAGAATCTTTGGGCAAAT 533 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 503 TGTTCATATGTACGCTAATTGTGGGTTGATCGCTGCTGCTGGTAGAATCTTTGGGCAAAT 562 Query 534 GGGGTTTCGAGATGTTGTTTCATGGACTTCTATGGTGGCTGGGTATTGTAAATGCGGGAT 593 | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 563 GCCGTTTCGAGATGTGGTTTCATGGACTTCTATGGTGGCTGGGTATTGCAAATGCGGGAT 622 Query 594 GGTTGAGAATGCACGAGAGATGTTCGATGAAATGCCTCACAGAAATTTGTTTACTTGGAG 653 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 623 GGTTGAGGATGCACGAGAGATGTTCGATGAAATGCCCCACAGAAATTTGTTTACTTGGAG 682 Query 654 TATTATGATTAATGGGTATGCGAAGAACAACTGTTTTGAGAAAGCCATTGACTTGTTTGA 713 ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 683 TATCATGATAAATGGGTATGCGAAGAACAACTGTTTTGAGAAAGCCATTGACTTGTTCGA 742 Query 714 ATTCATGAAAAGGGAAGGAGTTGTCGCGAATGAGACGGTTATGGTGAGTGTGATTTCGTC 773 | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 743 ACTCATGAAAAGGGAAGGAGTTGTTGCGAATGAGACGGTTATGGTGAGTGTGATTTCTTC 802 Query 774 TTGTGCTCATTTGGGTGCACTTGAGTTTGGAGAAAGAGCATATGAGTATGTGGTTAAGAG 833 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 803 TTGTGCTCATTTGGGTGCGCTTGAGTTTGGAGAAAGAGCACATGAGTATGTGGTTAAGAG 862 Query 834 TCACATGACTGTGAATCTTATTCTTGGGACAGCTCTTGTGGATATGTTTTGGAGGTGTGG 893 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 863 TCACATGACTGTGAATCTTATTCTTGGGACAGCTCTTGTGGATATGTATTGGAGGTGTGG 922 Query 894 GGATATCGAGAAAGCAATTCATGTATTTGAGGGATTGCCTGAGACGGATAGCTTGAGCTG 953 ||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 923 GGAAATCGAGAAAGCAATTCGCGTGTTTGAGGAATTGCCTGACAAGGATAGCTTGAGCTG 982 Query 954 GAGTTCAATAATCAAAGGTCTTGCAGTGCATGGGCATGCTCACAAGGCAATGCATTACTT 1013 |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 983 GAGTTCGATAATCAAAGGTCTTGCGGTGCATGGGCATGCTCACAAGGCAATTCATTACTT 1042 Query 1014 CTCCCAAATGATTAGTTTAGGGTTTATTCCAAGGGATGTTACATTCACAGCGGTTCTTTC 1073 |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 1043 CTCCCAAATGGTTAGATTAGGGTTTATCCCAAGGGATATTACACTCACAGCGGTTCTTTC 1102 Query 1074 AGCTTGCAGCCACGGTGGATTAGTTGAAAAAGGGTTAGAGATATATGAGAACATGAAAAA 1133 |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1103 AGCTTGCAGCCATGGTGGGTTAGTTGAGAAAGGTTTAGAAATATATGAGAACATGAAAAG 1162 Query 1134 GGATCATGGGATCGAGCCTAGACTCGAGCATTATGGTTGCATTGTTGATATGCTTGGTCG 1193 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 1163 GGATTATGGGATCGAGCCTAGACTCGAGCATTATGGTTGCATTGTTGACATGCTTGGCCG 1222 Query 1194 TGCTGGGAAATTAGCCGAAGCGGAGAACTTTATCCTTAAAATGCATGTGAAGCCAAACGC 1253 |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1223 TGCTGGGAAATTGGCCGAAGCTGAAAACTTTATCCTTAAAATGCCGGTGAAGCCAAATGC 1282 Query 1254 TCCTATATTGGGAGCATTGCTTGGAGCATGTAAGATTTATAAGAACACCGAGGTTGCAGA 1313 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1283 TCCTATATTGGGAGCATTGCTTGGAGCATGTAAGATTTATAAGAACACCGAGGTCGCAGA 1342 Query 1314 GAGAGTAGGAAACATGTTGATAAAGGTGAAACCAGAACATAGCGGTTACTATGTCTTACT 1373 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1343 GAGAGTAGGAAACATGTTGATAGAGGTGAAACCAGAACATAGCGGTTACTATGTCTTGCT 1402 Query 1374 GTCAAATATATACGCGTGTGCAGGACAATGGGATAAGA-TAGAGAGCTTGAGAGACATGA 1432 || ||||||||||| ||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||| | Sbjct 1403 CTCTAATATATACGCCTGTGCAGGACAATGGGAGAA-ACTCGAGAGCTTGAGAGACATTA 1461 Query 1433 TGAAGGAGAAGCTTGTTAAGAAACCACCAGGGTGGAGCTTAATAGAGATTGATGGGAAAA 1492 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1462 TGAAGGAGAAGCTTGTTAAGAAACCACCAGGGTGGAGCTTAATAGAGATTGATGGGAAAA 1521 Query 1493 TAAACAAGTTCACAATGGGAGATGATCAGAAGCATCCTGAAATGGGTAAGATCAGAAGGA 1552 ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1522 TAAACAAGTTCTCCATGGGAGATGATCAGAAGCATCCTGAAATGGGTAAGATCAAAAGGT 1581 Query 1553 AGTGGGAAGAGATCTTGGGGAAGATAAGATTGATAGGGTATAAAGGGAACACAGGTGATG 1612 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1582 TGTGGGAAGAGATCTTGGGGAAAATAAGATTGATAGGGTATAAAGGAAACACAGGTGATG 1641 Query 1613 CGTTTTTCGATGTAGACGAGGAGGAGAAGGAGAGTTCGATTCATATGCATAGTGAGAAAC 1672 ||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1642 CGTTTTTCGATGTAGACGAAGAAGAGAAGGAGACTGCGATTCATATGCATAGCGAGAAAC 1701 Query 1673 TTGCAATTGCATATGGTATGATGAAGACTAAGCCTGGTACAACCATTAGGATAGTGAAGA 1732 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1702 TTGCAATTGCATATGGTATGATGAAGACTAAGACTGGTACAACCATTAGGATAGTGAAGA 1761 Query 1733 ACTTGAGGGTATGTGAAGATTGTCATACAGTAACAAAGCTTATCTCTGAGGTTTATGGTA 1792 |||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1762 ACTTAAGGGTATGTGAGGATTGTCACACTGCAACAAAGCTTATCTCTGAGGTTTATGGTA 1821 Query 1793 GAGAGTTAATTGTAAGAGACCGCAACAGATTTCATCATTTTAGAAATGGAGTATGTTCCT 1852 ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1822 GAGAGTTTATTGTAAGAGACCGCAACAGGTTTCATCATTTTAGAAATGGATTATGTTCCT 1881 Query 1853 GCAGAGATTATTGGTGA 1869 ||||||||||||||||| Sbjct 1882 GCAGAGATTATTGGTGA 1898 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 70200321535 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5