BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G06600.1
Length=3898
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487470 jgi|Araly1|487470|fgenesh2_kg.6__604__AT5G06600.1 6312 0.0
Ahg317971 jgi|Araly1|317971|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000987 3731 0.0
> Ahg487470 jgi|Araly1|487470|fgenesh2_kg.6__604__AT5G06600.1
Length=3842
Score = 6312 bits (3418), Expect = 0.0
Identities = 3743/3892 (96%), Gaps = 53/3892 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATTGTATTTCTCCCTAAGAGTCACTTTGCCTTTGTCTTTGATTTTTCTCTGTATCGTCG 60
|||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1 GATTGTATTTCTCCCT-AGAGTCACTTTGCCTCT-TCTTTGATTTTTCTCTGCATCGTCG 58
Query 61 GTCTCTCTTTTGCGTTTCTCGATCCCACCGTCTAATCCTTCTCCGGCCAATGACTATGAT 120
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 GTCTCTCTTTTGCCTTTCTCGATCCCACCGTCAAATCCTTCTCCGGCCAATGACTATGAT 118
Query 121 GACTCCGCCTCCCGTTGATCAGCCAGAAGATGAGGAGATGCTTGTGCCGAATTCAGATTT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GACTCCGCCTCCCGTTGATCAGCCAGAAGATGAGGAGATGCTTGTGCCGAATTCAGATTT 178
Query 181 GGTCGACGGTCCTGCTCAGCCCATGGAAGTTACCCAACCCGAGACTGCTGCGAGTACTGT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 GGTCGACGGTCCTGCTCAGCCCATGGAAGTTACCCAACCCGAGACTGCTGCGAGTACTGT 238
Query 241 GGAGAACCAGCCAGCTGAGGATCCTCCTACTCTGAAATTCACGTGGACTATCCCTAATTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GGAGAACCAGCCAGCTGAGGATCCTCCTACTCTGAAATTCACGTGGACTATCCCTAATTT 298
Query 301 CTCTAGGCAAAACACCAGGAAGCATTACTCCGATGTATTTGTCGTTGGAGGTTACAAATG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 CTCTAGGCAAAACACCAGGAAGCATTACTCCGATGTATTTGTCGTTGGAGGTTACAAATG 358
Query 361 GCGCATATTAATTTTCCCGAAAGGGAACAATGTTGATCATTTGTCCATGTACTTGGATGT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GCGCATATTAATTTTCCCGAAAGGGAACAATGTTGATCATTTGTCCATGTACTTGGATGT 418
Query 421 TTCTGATGCTGCGAGTTTGCCGTACGGTTGGAGCAGATATGCTCAGTTCAGTCTGGCTGT 480
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTCTGATGCTGCGAGTTTGCCGTACGGATGGAGCAGATATGCTCAGTTCAGTCTGGCTGT 478
Query 481 AGTCAATCAAATCCACACCAGATATACCGTTAGAAAAGAGACGCAACATCAATTCAATGC 540
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AGTCAATCAAATCCACTCCAGATATACCATTAGAAAGGAGACGCAACATCAATTCAATGC 538
Query 541 TAGAGAAAGCGATTGGGGATTTACATCATTCATGCCACTTAGCGAACTTTATGATCCTAG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 539 TAGAGAAAGCGATTGGGGATTTACATCATTCATGCCTCTAAGTGAACTTTATGATCCTAG 598
Query 601 TAGAGGATATTTAGTGAATGATACTGTTTTGGTTGAAGCTGAAGTCGCTGTACGTAAGGT 660
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TAGAGGATATTTAGCGAATGATACTGTTTTGGTTGAAGCTGAAGTCGCTGTACGTAAGGT 658
Query 661 TCTTGATTACTGGTCATATGACTCTAAAAAAGAGACTGGTTTTGTTGGACTCAAGAACCA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TCTTGATTACTGGTCATATGACTCTAAAAAAGAGACTGGTTTTGTTGGACTCAAGAACCA 718
Query 721 AGGTGCAACATGCTACATGAATTCTCTCCTACAGACACTATACCACATACCTTACTTCAG 780
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AGGTGCAACTTGTTACATGAATTCTCTCCTACAGACACTATACCACATACCTTACTTCAG 778
Query 781 AAAGGCTGTATACCACATGCCAACAACTGAGAATGATGCACCCACAGCAAGTATACCGTT 840
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 779 AAAGGCTGTATACCACATGCCGACAACTGAGAACGATTTACCCACAGCAAGTATACCTTT 838
Query 841 GGCTCTCCAAAGTTTGTTTTACAAGCTCCAATACAATGACACTAGTGTTGCAACAAAAGA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 839 GGCTCTCCAAAGTTTGTTTTACAAGCTCCAATATAATGACACTAGTGTTGCAACAAAGGA 898
Query 901 GCTGACAAAGTCGTTTGGTTGGGATACATATGATTCCTTCATGCAGCATGATGTGCAAGA 960
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 899 GCTGACAAAGTCTTTTGGTTGGGATACATATGATTCCTTTATGCAACATGATGTGCAAGA 958
Query 961 ACTCAATCGGGTTCTCTGCGAAAAGCTTGAGGACAAAATGAAGGGAACTGTTGTGGAGGG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ACTCAATCGGGTTCTCTGCGAAAAGCTTGAGGACAAAATGAAGGGAACTGTTGTGGAGGG 1018
Query 1021 AACAATACAACAACTTTTTGAGGGCCACCATATGAATTACATTGAGTGCATAAATGTAGA 1080
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AACAATACAACAACTATTTGAGGGCCACCATATGAATTATATTGAGTGCATAAATGTAGA 1078
Query 1081 TTTTAAATCTACACGGAAAGAATCATTTTACGACCTTCAGCTGGATGTTAAAGGCTGCAA 1140
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1079 TTTCAAATCGACACGGAAAGAATCATTTTACGACCTTCAGCTGGATGTGAAAGGCTGCAA 1138
Query 1141 GGATGTTTATGCTTCTTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGAGACAACAA 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1139 GGATGTTTATGCTTCTTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGAGATAACAA 1198
Query 1201 ATATCATGCAGAAGGACATGGTTTACAGGATGCaaaaaaaGGTGTTCTTTTCATTGACTT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 ATATCATGCAGAAGGACATGGTTTACAGGATGCAAAAAAAGGTGTTCTTTTCATTGACTT 1258
Query 1261 TCCACCGGTTCTTCAACTCCAGCTCAAGAGGTTTGAATATGACTTTATGAGGGACACCAT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCCACCGGTTCTTCAACTCCAGCTCAAGAGGTTTGAATATGACTTTATGAGGGACACCAT 1318
Query 1321 GGTGAAGATAAATGATCGGTATGAGTTTCCGCTTGAACTGGATCTTGATAGAGAAGATGG 1380
||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1319 GGTAAAGATAAACGATCGGTATGAGTTTCCTCTTGAACTGGATCTTGATAGAGAAAATGG 1378
Query 1381 AAAGTATCTGTCGCCTGATGCTGACAGGAGTGTCCGCAACCTTTATACTCTTCACAGTGT 1440
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AAAGTATCTGTCTCCTGATGCTGACAGGAGTGTCCGCAACCTTTATACTCTTCACAGTGT 1438
Query 1441 TTTAGTTCATAGTGGAGGAGTACATGGTGGGCACTATTATGCTTTTATAAGGCCTACGCT 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1439 CTTAGTTCATAGTGGAGGAGTACATGGTGGGCACTATTACGCTTTTATAAGACCTACGCT 1498
Query 1501 CTCAGATCAGTGGTATAAATTTGATGATGAACGAGTAACCAAGGAAGATTTGAAAAGGGC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CTCAGATCAGTGGTATAAATTTGATGATGAACGCGTAACAAAGGAAGATTTGAAAAGGGC 1558
Query 1561 TTTGGAGGAGCAATATGGTGGTGAAGAAGAGCTACCACAGACTAATCCTGGTTTCAATAA 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 ATTGGAGGAGCAATATGGTGGTGAAGAAGAGCTACCACAGACTAATCCTGGTTTCAATAA 1618
Query 1621 TAACCCTCCTTTCAAATTCACAAAGTACTCGAATGCTTACATGCTTGTATATATCCGAGA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1619 ---CCCTCCTTTCAAATTCACAAAGTACTCGAATGCTTACATGCTTGTTTATATCCGGGA 1675
Query 1681 AAGTGACAAAGATAAAATAATCTGCAACGTTGATGAGAAAGACATAGCAGAACATTTAAG 1740
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AAGTGACAAGGATAAAATAATCTGCAACGTTGATGAGAAAGACATAGCAGAACATTTAAG 1735
Query 1741 GGTGAGGCTaaagaaagagcaagaagaaaaggaagataaaagaagaTACAAGGCACAAGC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GGTGAGGCTAAAGAAAGAGCAAGAAGAAAAGGAAGATAAAAGAAGATACAAGGCACAAGC 1795
Query 1801 TCACTTATATACCATAATTAAGGTTGCAAGAGATGAAGACCTTAAGGAACAAATTGGGAA 1860
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1796 TCACCTATATACAATAATTAAGGTTGCAAGAGATGAAGATCTTAAGGAACAAATCGGGAA 1855
Query 1861 GGATATATATTTTGATCTTGTGGATCATGACAAAGTTCGCAGTTTCCGTATCCAGAAACA 1920
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 GGATATATATTTTGATCTTGTGGACCATGACAAAGTTCGCAGTTTCCGTATCCAGAAACA 1915
Query 1921 GACACCATTTCAACAGTTTAAGGAGGAGGTAGCAAAAGAATTTGGTGTACCTGTTCAGTT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GACACCATTTCAACAGTTTAAGGAGGAGGTAGCCAAAGAATTTGGTGTACCTGTTCAGTT 1975
Query 1981 ACAGAGGTTCTGGATTTGGGCAAAGAGACAAAACCATACCTATCGTCCCAATCGCCCCCT 2040
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 ACAGAGGTTCTGGATTTGGGCTAAGCGACAAAACCATACCTATCGTCCCAATCGCCCCCT 2035
Query 2041 TACGCCTCAAGAGGAATTACAACCGGTTGGACAAATAAGGGAAGCATCTAATAAGGCAAA 2100
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2036 TACGCCTCAAGAGGAATTACAACAGGTTGGACAAATAAGAGAAGCATCTAACAAGGCAAA 2095
Query 2101 CACTGCAGAACTCAAGCtttttttGGAAGTAGAGCACCTGGATTTACGTCCTATTCCTCC 2160
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CACTGCAGAACTAAAGCTTTTCCTGGAAGTAGAGCACCTGGATTTACGTCCTATTCCTCC 2155
Query 2161 TCCTGAAAAATCAAAAGAAGATATTCTTCTTTTCTTCAAGCTTTATGACCCCGAGAAGGC 2220
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TCCTGAAAAATCAAAAGAAGATATTCTGCTTTTCTTTAAGCTTTATGACCCCGAGAAGGC 2215
Query 2221 AGTATTAAGCTATGCTGGCAGGCTGATGGTGAAAAGTTCCAGTAAGCCTATGGATATAAC 2280
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AGTATTAAGCTATGCAGGCAGGCTGATGGTGAAAAGTTCCAGTAAGCCTATGGATATAAC 2275
Query 2281 TGGAAAACTGAATGAAATGGTTGGCTTTGCTCCTGATGAAGAAATAGAACTTTTTGAGGA 2340
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TGGAAAACTTAATGAAATGGTTGGCTTTGCTCCTGATGAAGAAATAGAACTTTTTGAGGA 2335
Query 2341 AATCAAGTTTGAACCTTGTGTTATGTGCGAACACTTGGATAAGAAAACTTCATTCAGATT 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 AATCAAGTTTGAACCTTGTGTTATGTGCGAACACTTGGATAAGAAAACTTCATTCAGATT 2395
Query 2401 GTGTCAAATTGAAGATGGAGATATCATTTGCTTTCAGAAACCTCTTGTTAACAAGGAGAT 2460
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2396 GTGTCAAATTGAAGATGGAGACATCATTTGCTTTCAGAAACCTCTAGTTAACAAGGAGAT 2455
Query 2461 TGAATGCCTCTACCCAGCTGTGCCTTCGTTTCTTGAATATGTCCAGAATAGACAGCTGGT 2520
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2456 TGAGTGCCGCTACCCAGCTGTGCCTTCGTTTCTTGAATATGTCCAGAACAGACAGCTGGT 2515
Query 2521 CCGGTTTCGTGCTCTGGAAAAACCTAAAGAAGATGAGTTTGTTCTGGAGTTGTCGAAGCA 2580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 CCGGTTTCGTGCTCTGGAAAAACCTAAAGAAGATGAGTTTGTTCTGGAGTTGTCGAAGCT 2575
Query 2581 GCACACTTATGACGATGTTGTGGAGAAAGTGGCTGAGAAGCTTGGTCTTGACGATCCATC 2640
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 GCACACTTATGACGATGTTGTGGAAAAAGTGGCTGAGAAGCTTGGTCTTGACGATCCATC 2635
Query 2641 CAAACTTAGGCTTACATCTCACAATTGCTATTCCCAGCAACCCAAGCCTCAGCCTATCAA 2700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2636 CAAACTTAGGCTTACATCTCACAATTGCTATTCCCAGCAACCTAAGCCTCAGCCTATCAA 2695
Query 2701 GTACCGTGGAGTAGACCATTTGTCAGATATGTTAGTTCATTACAATCAGACGTCTGACAT 2760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 ATACCGTGGAGTAGACCATTTGTCAGATATGTTAGTTCACTACAATCAGACGTCTGACAT 2755
Query 2761 TTTGTATTATGAAGTTCTGGACATCCCTCTTCCAGAATTACAAGGTCTTAAAACCTTAAA 2820
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TTTGTATTATGAAGTTCTGGACATTCCTCTTCCAGAATTGCAAGGTCTTAAAACCTTAAA 2815
Query 2821 AGTTGCTTTCCATCATGCCACGAAGGAAGAAGTGGTAATCCACAATATCAGACTACCTAA 2880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 AGTTGCTTTCCATCATGCCACGAAGGAAGAAGTGGTAATCCACAATATCAGACTACCTAA 2875
Query 2881 ACAAAGCACGGTCGGAGATGTTATTAATGAACTTAAAACAAAGGTGGAGCTTTCGCATCC 2940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 ACAAAGCACGGTCGGAGATGTTATTAATGAACTTAAAACAAAGGTGGAGCTTTCGCATCC 2935
Query 2941 AGATGCAGAACTGAGATTGCTCGAGGTGTTTTACCACAAGATCTACAAGATTTTCCCATC 3000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 AGATGCAGAACTGAGATTGCTCGAGGTGTTTTACCACAAGATCTACAAGATTTTCCCATC 2995
Query 3001 AACTGAAAGAATTGAGAATATAAATGACCAGTACTGGACTTTACGAGCTGAGGAGATTCC 3060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 AACTGAAAGAATTGAGAATATAAATGACCAGTACTGGACTTTACGAGCTGAGGAGATTCC 3055
Query 3061 GGAAGAAGAGAAGAATATTGGTCCAAATGATCGCTTAATTCTTGTGTACCATTTTGCCAA 3120
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3056 GGAAGAAGAGAAGAATATCGGTCCAAATGATCGCTTAATTCTTGTGTACCATTTTGCTAA 3115
Query 3121 GGAGACTGGACAAAACCAGCAAGTGCAAAACTTTGGCGAGCCCTTCTTCTTGGTAATCCA 3180
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 GGAGACTGGACAAAATCAGCAAGTGCAAAACTTTGGCGAGCCCTTCTTCTTGGTAATCCA 3175
Query 3181 TGAAGGTGAAACTCTTGAAGAAATCAAGAACCGTATCCAAAAGAAGCTTCATGTATCTGA 3240
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3176 TGAAGGTGAAACTCTTGAAGAAATAAAGAACCGTATCCAAAAGAAGCTTCATGTATCCGA 3235
Query 3241 TGAAGATTTTGCCAAGTGGAAGTTTGCGTTCATGTCAATGGGGCGTCCAGAGTACTTGCA 3300
||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3236 TGAGGACTTTGCCAAGTGGAAGTTTGCGTTTATGTCAATGGGGCGTCCAGAGTACTTACA 3295
Query 3301 GGACACAGATGTTGTTTATAATCGCTTCCAGAGAAGAGATGTCTATGGTGCTTTTGAGCA 3360
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3296 GGACACAGATGTTGTTTATAATCGCTTTCAGAGAAGAGATGTCTATGGTGCTTTTGAGCA 3355
Query 3361 GTACCTCGGGTTGGAGCATGCTGACACTACTCCTAAGAGGGCTTATGCTGCAAACCAGAA 3420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3356 GTACCTCGGGTTGGAGCATGCTGACACTACTCCTAAGAGGGCTTATGCTGCAAACCAGAA 3415
Query 3421 CCGCCATGCTTACGAGAAGCCGGTAAAAATATACAATTAGCCCCAAAACATGAACACAAA 3480
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3416 CCGCCACGCTTACGAGAAGCCGGTGAAAATATACAATTAGCCCCA------GA------- 3462
Query 3481 TGTCAGGAGACATTGTGGCAGCAACGTTGGACCAAGGCATTGATTGGACCAATGCATCGA 3540
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3463 -G--A-----CATTGTGGCAGCAACGTTGGACCAAGGCATTGATTGGACCAATGCATCGA 3514
Query 3541 ATAAGAAGGGAAAGGGCGAGTGTGAGGGTGTGATGATGACCGTAGGATGTTGTAGAGAAT 3600
||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3515 ATAAGGAGGGAAAGAGAGAGTGTGAGGGTGTGATGATGACCGTAGGATGTTGTAGAGAAT 3574
Query 3601 CTGGTCTGATAGGGTTTTGGGTTGCGCATTGATAGTGGTGTGTTTTCTAtttttttCTTT 3660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3575 CTGGTCTGATAGGGTTTTGGGTTGCGCATTGATAGTGGTGTGTTTTCTATTTTT--CTTT 3632
Query 3661 TCAAT-CTATCCTTATTTTATTTCGTGCTTCAATACTTTGTGTTAATATCTGGAATGTGT 3719
| | || || || | | | || | |||||||||||||||||||||
Sbjct 3633 -CG-TGCT-TCA--AT---A---C-T--TT---T-----GTGTTAATATCTGGAATGTGT 3670
Query 3720 GAAGACCATTG-CACATGCAATTTTTATTTTCCaaaaaaaGA-ATATGGAAGCCCTTCGC 3777
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 3671 GAAGACCATTGGCACATGCAATTTTTATTTTCCAAAAAAAAATATATGGAAGCCCTTCGC 3730
Query 3778 TTGGATTCGGGAGCGCGGTTTGGCTTTCAGAGTTTATAGAATACCGAAACATTTGTAATT 3837
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3731 TTGGATTCGGGAGCGCGGTTTGGCTTTCAGAGTTAATAGAATACCGAAACATTTGTAATT 3790
Query 3838 TTAGAGATTGTGGTTTAAGAAGATTTTTGACTGAGGAGATTTGTATTCTTTT 3889
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3791 TTAGAGATTGGGGTTTAAGAAGATTTTTGACTGAGGAAATTTGCATTCTTTT 3842
> Ahg317971 jgi|Araly1|317971|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000987
Length=3348
Score = 3731 bits (2020), Expect = 0.0
Identities = 2940/3383 (87%), Gaps = 67/3383 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 110 ATGACTATGATGACTCCGCCTCCCG-TTGATCAGCCA-GAAGATGAGGAGATGCTTGTGC 167
|||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1 ATGACTATGATGACTCCGCC-GCCGCTTGATCAG-CAGGAAGACGAGGAGATGCTTGTTC 58
Query 168 CGAATTCAGATTTGGTCGACGGTCCTGCTCAGCCCATGGAAGTTACCCAACCCGAGACTG 227
||||| | ||||||||||| || | ||||||| ||||||||| ||||| | ||| |||
Sbjct 59 CGAATCCGGATTTGGTCGA-GGGAC--CTCAGCCTATGGAAGTTGCCCAAACTGAGCCTG 115
Query 228 CTGCGAGTACTGTGGAGAA-CCAGCCAGCTGAGGATCCTCCTACTCTGAAATTCACGTGG 286
|||| | | |||||||| || |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 116 CTGCTACCGCCGTGGAGAATCC-GCCACCCGAGGATCCTCCAACTCTGAAATTCACGTGG 174
Query 287 ACTATCCCTAA-TTTCTCTAGGCAAAACACCAGGAAGCATTACTCCGATGTATTTGTCGT 345
|| ||||| || |||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 175 ACCATCCC-AATTTTCACTAGGCTCAATACCAGGAAGCATTACTCTGATGTATTTGTTGT 233
Query 346 TGGAGGTTACAAATGGCGCATATT-AATTTTCCCGAAAGGGAACAATGTTGATCATTTGT 404
||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||| ||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 234 TGGCGGTTATAAATGGCGTATATTGATTTTTCCC-AAAGGAAACAATGTCGACCATTTGT 292
Query 405 CCATGTACTTGGATGTTTCTGATGCTGCGAGTTTGCCGTACGGTTGGAGCAGATATGCTC 464
| ||||||||||||||| |||| || |||| ||||||||| || |||||||||||| | |
Sbjct 293 CAATGTACTTGGATGTTGCTGACGCCGCGAATTTGCCGTATGGGTGGAGCAGATATTCAC 352
Query 465 AGTTCAGTCTGGCTGTAGTCAATCAAATCCAC-ACCAGATATACCGTTAGAAAAGAGACG 523
||||||||||||||||||| |||||| || || ||| ||||| || | ||||| ||||||
Sbjct 353 AGTTCAGTCTGGCTGTAGTGAATCAAGTCAACAACC-GATATTCCATCAGAAAGGAGACG 411
Query 524 CAACATCAATTCAATGCTAGAGAAAGCGATTGGGGATTTACATCATTCATGCCACTTAGC 583
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 412 CAACATCAATTCAATGCAAGAGAAAGCGATTGGGGGTTTACATCATTCATGCCTCTCAGC 471
Query 584 GAACTTTATGATCCTAGTAGAGGATATTTAGTGAATGATACTGTTTTGGTTGAAGCTGAA 643
|| || |||||||| | | ||||||||||||||||||| | |||| || |||||||||||
Sbjct 472 GAGCTCTATGATCCCACTCGAGGATATTTAGTGAATGACATTGTTCTGATTGAAGCTGAA 531
Query 644 GTCGCTGTACGTAAGGTTCTTGATTACTGGTCATATGACTCTAAAAAAGAGACTGGTTTT 703
|| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 532 GTTGCTGTGCGTAAAGTTCTTGATTACTGGTCATATGACTCAAAAAAAGAGACTGGTTTT 591
Query 704 GTTGGACTCAAGAACCAAGGTGCAACATGCTACATGAATTCTCTCCTACAGACACTATAC 763
|||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 592 GTTGGACTAAAAAACCAAGGTGCTACCTGTTACATGAATTCTCTCCTGCAGACTTTATAC 651
Query 764 CACATACCTTACTTCAGAAAGGCTGTATACCACATGCCAACAACTGAGAATGATGCACCC 823
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 652 CACATACCTTACTTCAGAAAGGCTGTGTACCACATGCCAACGACTGAAAATGATGCACCT 711
Query 824 ACAGCAAGTATACCGTTGGCTCTCCAAAGTTTGTTTTACAAGCTCCAATACAATGACACT 883
|| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||
Sbjct 712 ACTGCTAGTATCCCATTGGCGCTCCAGAGTTTGTTTTACAAGCTTCAGTATAATGATACC 771
Query 884 AGTGTTGCAACAAAAGAGCTGACAAAGTCGTTTGGTTGGGATACATATGATTCCTTCATG 943
||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 772 AGTGTAGCGACAAAGGAGCTGACAAAGTCGTTTGGTTGGGATACATATGATTCTTTCATG 831
Query 944 CAGCATGATGTGCAAGAACTCAATCGGGTTCTCTGCGAAAAGCTTGAGGACAAAATGAAG 1003
|| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 832 CAACATGATGTCCAAGAACTCAACCGAGTTCTCTGTGAAAAGCTTGAGGACAAGATGAAG 891
Query 1004 GGAACTGTTGTGGAGGGAACAATACAACAA-CTTTTTGAGGGCCACCATATGAATTACAT 1062
||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 892 GGAACTGTTGTGGAGGGAACAATACAA-AAGCTATTTGAGGGTCACCACATGAATTACAT 950
Query 1063 TGAGTGCATAAATGTAGATTTTAAATCTACACGGAAAGAATCATTTTACGACCTTCAGCT 1122
||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 951 TGAGTGCATTAATGTAGATTACAAATCTACACGAAAAGAATCATTCTATGACCTCCAGCT 1010
Query 1123 GGATGTTAAAGGCTGCAAGGATGTTTATGCTTCTTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACG 1182
||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 TGATGTCAAAGGCTGCAAAGATGTATATGCTTCTTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACG 1070
Query 1183 TCTTGAAGGAGACAACAAATATCATGCAGAAGGACATGGTTTACAGGATGCaaaaaaaGG 1242
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1071 CCTTGAAGGAGACAACAAATACCATGCAGAAGGACATGATTTGCAGGATGCAAAAAAAGG 1130
Query 1243 TGTTCTTTTCATTGACTTTCCACCGGTTCTTCAACTCCAGCTCAAGAGGTTTGAATATGA 1302
|||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1131 TGTTCTATTCATAGACTTTCCACCAGTTCTTCAACTTCAGCTCAAGAGGTTTGAATACGA 1190
Query 1303 CTTTATGAGGGACACCATGGTGAAGATAAATGATCGGTATGAGTTTCCGCTTGAACTGGA 1362
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1191 TTTTATGAGGGACACAATGGTGAAGATCAATGATCGGTATGAGTTTCCTCTTCAACTGGA 1250
Query 1363 TCTTGATAGAGAAG-ATGGAAAGTATCTGTCGCCTGATGCTGACAGGAGTGTCCGCAACC 1421
||| || |||| || ||||||| ||| | || |||||||| |||| |||||| ||||| |
Sbjct 1251 TCTCGACAGAG-AGAATGGAAAATATTTATCCCCTGATGCAGACAAGAGTGTTCGCAATC 1309
Query 1422 TTTATACTCTTCACAGTGTTTTAGTTCATAGTGGAGGAGTACATGGTGGGCACTATTATG 1481
| || || || |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1310 TCTACACCCTCCACAGTGTCTTGGTTCACAGTGGAGGAGTGCATGGAGGGCATTATTATG 1369
Query 1482 CTTTTATAAGGCCTACGCTCTCAGATCAGTGGTATAAATTTGATGATGAACGAGTAACCA 1541
||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1370 CTTTTATTAGGCCAACACTTTCAGATCAGTGGTATAAATTTGATGATGAACGGGTAACGA 1429
Query 1542 AGGAAGATTTGAAAAGGGCTTTGGAGGAGCAATATGGTGGTGAAGAAGAGCTACCACAGA 1601
|||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1430 AGGAAGATGTGAAAAGGGCACTGGAAGAGCAATATGGTGGTGAAGAAGAGTTACCGCAGA 1489
Query 1602 CTAATCCTGGTTTCAATAATAACCCTCCTTTCAAATTCACAAAGTACTCGAATGCTTACA 1661
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1490 ATAATCCTGGTTTCAATAAT---CCACCTTTCAAATTCACAAAATACTCGAATGCATACA 1546
Query 1662 TGCTTGTATATATCCGAGAAAGTGACAAAGATAAAATAATCTGCAACGTTGATGAGAAAG 1721
||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 TGCTTGTTTATATTCGGGAAAGTGACAAGGACAAGATAATCTGCAACGTTGATGAGAAAG 1606
Query 1722 ACATAGCAGAACATTTAAGGGTGAGGCT-aaagaaagagcaagaagaaaaggaagataaa 1780
|||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 ACATTGCGGAACATTTGCGGGTGAGGCTGAAA-AAAGAACAAGAAGAAAAGGAAGATAAA 1665
Query 1781 agaagaTACAAGGCACAAGCTCA-CTTATAT-ACCATAATTAAGGTTGCAAGAGATGAAG 1838
|||| ||||||||| |||||||| ||| | | || | ||| ||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1666 AGAAAATACAAGGCTCAAGCTCACCTT-T-TCACGACAATCAAGGTCGCAAGGGATGATG 1723
Query 1839 ACCTTAAGGAACAAATTGGGAAGGATATATATTTTGATCTTGTGGATCATGACAAAGTTC 1898
|| | | || |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1724 ACATCACTGAGCAAATTGGAAAGAATATATATTTTGATCTTGTTGATCATGAAAAAGTTC 1783
Query 1899 GCAGTTTCCGTATCCAGAAACAGACACCATTTCAACAGTTTAAGGAGGAGGTAGCAAAAG 1958
| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1784 GGAGTTTTCGAATCCAGAAACAGACCCCCTTTCAACAATTTAAGGAAGAGGTAGCCAAAG 1843
Query 1959 AATTTGGTGTACCTGTTCAGTTACAGAGGTTCTGGATTTGGGCAAAGAGACAAAACCATA 2018
| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1844 AGTTTGGTGTCCCGGTTCAACTACAGCGGTTCTGGATCTGGGCAAAGCGTCAAAACCATA 1903
Query 2019 CCTATCGTCCCAATCG-CCCC-CTTACGCCTCAA-GAGGAATTACA-ACCGGTTGGACAA 2074
| ||||| |||||||| |||| ||| ||| || || |||||||| | |||||||||||
Sbjct 1904 CTTATCGCCCCAATCGTCCCCTATTA--CCT-AATGAAGAATTACAGA-CGGTTGGACAA 1959
Query 2075 ATAAGGGAAGCATCTAATAAGGCAAACACTGCAGAACTCAAGCtttttttGGAAGTAGAG 2134
||||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1960 ATAAGAGAGGCATCTAACAAGGCAAACAATGCTGAACTAAAGCTGTTTTTGGAAATAGAG 2019
Query 2135 C----ACCTGGATTTA-CGTCCTATTCCTCCTCCTGAAAAATCAAAAGAAGATATTCTTC 2189
| ||| ||| | | | |||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2020 CGTGGACC-GGA-TGATCTTCCTATTCCTCCCCCAGAAAAATCTTCTGAAGATATCCTTC 2077
Query 2190 TTTTCTTCAAGCTTTATGACCCCGAGAAGGCAGTATTAAGCTATGCTGGCAGGCTGATGG 2249
||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||| |||| ||||||||| ||||
Sbjct 2078 TTTTCTTTAAACTCTATGACCCTGAGAATGCAGTACTAAGATATGTTGGCAGGCTAATGG 2137
Query 2250 TGAAAAGTTCCAGTAAGCCTATGGATATAACT-GGAAAACTGAATGAAATGGTTGGCTTT 2308
||||||||||||||||||| |||||||| | | || |||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 2138 TGAAAAGTTCCAGTAAGCCCATGGATAT-AGTAGGGCAACTGAATAAAATGGCTGGTTTT 2196
Query 2309 GCTCCTGATGAAGAAATAGAACTTTTTGAGGAAATCAAGTTTGAACCTTGTGTTATGTGC 2368
||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2197 GCTCCTGATGAGGAAATTGACCTTTTTGAGGAAATTAAGTTTGAACCTTGTGTAATGTGT 2256
Query 2369 GAAC-ACTTGGATAAGAAAACTTCATTCAGATTGTGTCAAATTGAAGATGGAGATATCAT 2427
|||| || |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 GAACAAC-TGGATAAGAAGACTTCTTTCAGGCTGTGTCAAATTGAAGATGGAGATATCAT 2315
Query 2428 TTGCTT-TCAGAAACCTCTTGT-TAACAAGGAGATTGAATGCCTCTACCCAGCTGTGCCT 2485
||| || ||||||||||| | | || | |||||| |||||| | |||||||| ||||||
Sbjct 2316 TTG-TTATCAGAAACCTC-TATCTATCCAGGAGAGTGAATGTCGCTACCCAGATGTGCCA 2373
Query 2486 TCGTTTCTT-GAATATGTCCAGAATAGACAGCTGGTCCGGTTTCGTGCTCTGGAAAAACC 2544
|| ||| || || ||||| |||||| || ||||||| || |||||| | |||||||||||
Sbjct 2374 TCATTT-TTGGAGTATGTACAGAATCGAGAGCTGGTGCGTTTTCGTACACTGGAAAAACC 2432
Query 2545 TAAAGAAGATGAGTTTGTTCTGGAGTTGTCGAAGCAGCACACTTATGACGATGTTGTGGA 2604
|||||||| || ||| | ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2433 AAAAGAAGACGAATTTACTATGGAGCTGTCAAAGCAGCACACTTATGATGATGTTGTGGA 2492
Query 2605 GAA-AGTGGCTGAGAAGCTTGGTCTTGACGATCCATCCAAACTTAGGCTTACATCTCACA 2663
|| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2493 -AAGAGTGGCTGAGAAGCTTGGCCTTGATGATCCATCGAAACTTAGACTTACATCTCACA 2551
Query 2664 ATTGCTATTCCCAGCAACCCAAGCCTCAGCCTATCAAGTACCGTGGAGTAGACCAT-TTG 2722
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2552 ATTGCTACTCCCAGCAACCCAAGCCTCAGCCAATCAAATACCGTGGAGTAGATCATCTT- 2610
Query 2723 TCAGATATGTTAGTTCATTACAATCAGACGTCTGACATTTTGTATTATGAAGTTCTGGAC 2782
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2611 TCAGATATGTTAGTTCACTACAATCAGACGTCTGACATTTTGTATTATGAAGTTCTGGAT 2670
Query 2783 ATCCCTCTTCCAGAATTACAAGGTCTTAAAAC-CTTAAAAGTTGCTTTCCATCA-TGCCA 2840
|| |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||| ||||||||| | |||||
Sbjct 2671 ATTCCTCTTCCAGAATTGCAAGGTCTTAAGACTCT-AAAAGTGGCTTTCCAT-AGTGCCA 2728
Query 2841 CGAAGGAAGAAGTGGTAATCCACAATATCAGACTACCTAAACAAAGCACGGTCGGAGATG 2900
| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || || || || |||||||
Sbjct 2729 CAAAGGATGAAGTGATAATCCACAATATCAGACTACCTAAGCAGAGTACTGTTGGAGATG 2788
Query 2901 TTATTAATGAACTTAAAACAAAGGTGGAGCTTTCGCATCCAGATGCAGAACTGAGATTGC 2960
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |
Sbjct 2789 TTATTAACGATCTGAAAACAAAGGTGGAGCTTTCGCATCAAGATGCAGAACTGAGGTTAC 2848
Query 2961 TCGAGGTGTTTTACCACAAGATCTACAAGAT-TTTCCCATCAACTGAAAGAATTGAGAAT 3019
| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2849 TTGAGGTCTTTTTCCACAAGATCTACAAGATCTTTCC-ATCTACTGAAAGAATTGAAAAC 2907
Query 3020 ATAAATGACCAGTACTGGACTTTACGAGCTGAGGAGATTCCGGAAGAAGAGAAGAATATT 3079
|| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 2908 ATCAATGACCAGTACTGGACTTTACGAGCAGAAGAGATACCTGACGAAGAGAAGAATATT 2967
Query 3080 GGTCCAAATGATCGCTTAATTCTTGTGTACCATTTTGCCAAGGAGACTGGACAAAACCAG 3139
||||| |||||||| ||||||| || || |||||| | || ||| | |||||||| |||
Sbjct 2968 GGTCCCAATGATCGGTTAATTCACGTATATCATTTTACTAAAGAGGCCGGACAAAATCAG 3027
Query 3140 CAAGTGCAAAACTTTGGCGAGCCCTTCTTCTTGGTAATCCATGAAGGTGAAACTCTT-GA 3198
||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||
Sbjct 3028 CAAGTACAAAATTTTGGGGAACCCTTCTTTTTGGTAATCCACGAAGGTGAAACT-TTAGA 3086
Query 3199 AGAAATCAAGAACCGTATCCAAAAGAAGCTTCATGTATCTGATGAAGATTTTGCCAAGTG 3258
||||||||||| |||||||||||| || || ||||| ||||||| || |||||||||||
Sbjct 3087 AGAAATCAAGATCCGTATCCAAAAAAAACTCCATGTCCCTGATGAGGACTTTGCCAAGTG 3146
Query 3259 GAAGTTTGCGTTCATGT-CAATGGGGCGTCCAGAGTACTTGCAGGACACAGATGTTGTTT 3317
||||||||| | | | | || |||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3147 GAAGTTTGCAT-CTTTTTCATTGGGACGTCCTGATTACTTGCAGGACACAGACGTTGTTT 3205
Query 3318 ATAATCGCTTCCAGAGAAGAGATGTCTATGGTGCTTTTGAGCAGTACCTCGGGTTGGAGC 3377
|||||||||| |||||||||||||| || || || | |||||||| || ||||||||||
Sbjct 3206 ATAATCGCTTTCAGAGAAGAGATGTATACGGCGCGTGGGAGCAGTATCTTGGGTTGGAGC 3265
Query 3378 ATGCTGACACTACTCCTAAGAGGGCTTATGCTGCAAACCAGAACCGCCATGCTTACGAGA 3437
| ||||| | ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 3266 ACATTGACAATGCTCCTAAAAGGGCTTATGCTGCGAATCAGAACCGACATGCATACGAGA 3325
Query 3438 AGCCGGTAAAAATATACAATTAG 3460
||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3326 AGCCGGTGAAAATATACAATTAG 3348
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147320865083
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5