BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G06850.1
Length=3081
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940129 jgi|Araly1|940129|scaffold_600673.1 3949 0.0
> Ahg940129 jgi|Araly1|940129|scaffold_600673.1
Length=2429
Score = 3949 bits (2138), Expect = 0.0
Identities = 2333/2430 (96%), Gaps = 2/2430 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 448 TTTTGGTTCAAGTAATCTAAAACCATGGCAGCCAAAGATGGAGCTAAGAGCCAAGAAGAC 507
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTGGTTCAAGTAATCTATAACCATGGCAGCCAAAGATGGAGCTAAGAGCCAAGAAGAC 60
Query 508 TATAAGCTTAAAGACATGAAACCAGAGCTTGGAGAGAGATGGCCACATGGAGGACAGCGT 567
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TATAAGCTTAAAGACATGAAACCGGAGCTTGGAGAGAGATGGCCACATGGAGGACAGCGT 120
Query 568 GGAGGAACCGGATGGATTGGCAGTGAACGAGCTGCAAGCACATATGACCTTGTTGAGCAA 627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GGAGGAACCGGATGGATTGGCAGTGAACGAGCTGCAAGCACATACGACCTTGTTGAGCAA 180
Query 628 ATGTTTTATCTCTATGTTCGGGTCGTCAAAGCCAAGGATCTTCCTCCAAACCCTGTCACC 687
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 ATGTTTTATCTCTACGTTCGGGTCGTCAAAGCCAAGGATCTTCCTCCAAACCCGGTCACA 240
Query 688 AGCAACTGTGATCCTTATGTGGAAGTGAAAATAGGAAACTACAAAGGAAAGACTAAACAC 747
||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGCAATTGCGATCCTTATGTGGAAGTGAAAATTGGAAACTACAAAGGAAAGACTAAACAT 300
Query 748 TTCGAGAAAAGAACCAACCCGGAGTGGAATCAAGTTTTCGCATTTTCAAAAGACAAGGTC 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTCGAGAAAAGAACCAACCCGGAGTGGAATCAAGTTTTCGCCTTTTCAAAAGACAAGGTC 360
Query 808 CAATCCTCTACTGTTGAAGTCTTTGTGCGCGATAAGGAGATGGTTACAAGAGATGAATAC 867
||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAATCCTCTACAGTCGAAGTATTTGTGCGCGATAAGGAGATGGTTACAAGAGATGAATAC 420
Query 868 ATCGGGAAGGTTGTGTTTGATATGCGTGAGGTTCCTACAAGAGTTCCTCCTGATAGTCCA 927
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATCGGGAAGGTTGTGTTTGATATGCGTGAGGTTCCCACAAGAGTTCCTCCTGATAGTCCA 480
Query 928 CTTGCACCTCAGTGGTACAGATTAGAAGATCGGCGAGGTGAGAGTAAGAAAAGAGGAGAG 987
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 CTTGCACCACAGTGGTACAGATTAGAAGATCGGCGAGGTGAGAGTAAGAAGAGAGGAGAG 540
Query 988 GTTATGGTAGCGGTTTGGCTTGGGACGCAAGCCGATGAAGCATTTCCTGATGCTTGGCAT 1047
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTTATGGTAGCGGTTTGGCTTGGGACGCAAGCTGATGAAGCGTTTCCTGATGCTTGGCAT 600
Query 1048 TCGGATGCTTCCTCTGTTCAAGGAGAAGGTGTCCAAAGCGTGAGGTCTAAAGTCTATGTA 1107
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCGGATGCTTCCTCTGTTCAAGGAGAAGGTGTCCAAAGTGTGAGGTCTAAAGTCTATGTA 660
Query 1108 TCTCCCAAATTGTGGTATCTGCGGGTTAATGTCATCGAGGCGCAAGATGTTGAGCCTAGT 1167
||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCTCCCAAACTGTGGTATTTACGGGTTAATGTCATCGAGGCGCAAGATGTTGAGCCTAGT 720
Query 1168 GACAGGAGCCAACCACCTCAAGCTTTCGTTAAAGTACAAGTTGGGAATCAGATTCTGAAA 1227
|||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GACAGGAGCCAACCGCCTCAAGCTTTCGTTAAGGTTCAGGTTGGGAATCAGATTCTGAAA 780
Query 1228 ACAAAGTTATGTCCTAACAAGACGACGAATCCGATGTGGAACGAAGATCTTGTTTTTGTA 1287
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ACAAAGTTATGTCCTAACAAGACAACAAATCCGATGTGGAACGAAGATCTTGTTTTTGTA 840
Query 1288 GCTGCAGAGCCATTTGAAGAACAGTTCTTCTTGACGGTCGAAAACAAGGTGACACCAGCT 1347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCTGCAGAGCCATTTGAAGAACAGTTCTTCTTGACGGTAGAAAACAAGGTGACACCAGCT 900
Query 1348 AAAGATGAAGTCATGGGGAGGCTGATCTCACCTTTGAGCGTATTTGAGAAAAGGTTAGAT 1407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||
Sbjct 901 AAAGATGAAGTCATGGGGAGGCTGATCTCACCTTTGAACGTCTTTGAGAAAAGATTAGAC 960
Query 1408 CACAGAGCTGTTCATTCCAAATGGTACAACCTCGAAAAGTTTGGGTTTGGGGCTCTGGAA 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 961 CACAGAGCTGTTCATTCCAAATGGTACAACCTCGAAAAGTTTGGGTTTGGGGCACTGGAA 1020
Query 1468 GGAGACAAGAGACACGAGCTCAAGTTCTCCAGCCGAATCCACCTACGAGTTTGCCTTGAA 1527
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GGAGATAAGAGGCACGAGCTCAAGTTCTCCAGCCGAATCCACCTACGAGTTTGCCTTGAA 1080
Query 1528 GGAGGTTACCATGTAATGGACGAGTCAACTCTGTACATCAGTGACGTGAAACCTACGGCA 1587
|| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGCGGTTATCATGTAATGGACGAATCAACTCTATACATCAGTGACGTGAAACCTACGGCA 1140
Query 1588 AGGCAACTATGGAAGTC-TCCTATTGGCATCCTTGAAGTAGGAATCTTGAGTGCTCAAGG 1646
|||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGGCAACTGTGGAAG-CAACCTATTGGCATCCTTGAAGTAGGAATCTTGAGTGCTCAAGG 1199
Query 1647 GCTATCGCCTATGAAAACAAAAGACGGTAAAGCGACAACAGATCCGTATTGTGTTGCCAA 1706
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1200 GCTTTCGCCGATGAAAACAAAAGACGGTAAAGCGACAACAGATCCATATTGTGTTGCCAA 1259
Query 1707 GTACGGTCAAAAATGGGTGAGAACAAGAACCATCATTGACAGCTCTAGCCCTAAATGGAA 1766
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 1260 GTATGGACAAAAATGGGTGAGAACAAGAACCATCATTGAGAGCTATAACCCTAAATGGAA 1319
Query 1767 TGAGCAATACACATGGGAAGTGTATGATCCTTGTACAGTTATCACACTGGGAGTTTTCGA 1826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGAGCAATACACATGGGAAGTGTATGATCCTTGTACAGTTATCACACTGGGAGTTTTCGA 1379
Query 1827 TAACTGTCACCTTGGCGGAAGTGAGAAATCGAACAGTGGAGCCAAAGTGGATTCGAGAAT 1886
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TAACTGTCACCTTGGCGGGAGTGAGAAATCGAACAGTGGAGCCAAAGTGGATTCGAGAAT 1439
Query 1887 CGGGAAGGTAAGGATCCGGTTGTCGACTCTAGAGGCTGATAGAATCTACACTCACTCCTA 1946
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CGGGAAGGTAAGGATCCGATTATCGACTCTAGAGGCTGATAGAATCTACACTCACTCCTA 1499
Query 1947 CCCTCTTCTTGTTCTGCAAACAAAAGGGTTAAAGAAAATGGGAGAAGTCCAATTAGCTGT 2006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CCCTCTTCTTGTTCTGCAAACAAAAGGGTTAAAGAAAATGGGAGAAGTCCAATTAGCTGT 1559
Query 2007 GAGATTCACTTGTCTATCCTTGGCTCACATGATCTATCTTTATGGCCATCCTCTGCTTCC 2066
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GAGATTCACTTGTCTATCTTTGGCTCACATGATCTATCTTTATGGCCATCCTCTGCTTCC 1619
Query 2067 AAAGATGCATTATCTCCATCCATTCACTGTGAACCAATTAGACAGTCTAAGATACCAAGC 2126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1620 AAAGATGCATTATCTCCATCCATTCACTGTGAACCAATTAGACAGTCTTAGATACCAAGC 1679
Query 2127 AATGAGCATTGTCGCAGCACGGTTATCTCGAGCAGAGCCTCCTTTAAGGAAAGAGAACGT 2186
|||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1680 AATGAGCATTGTTTCAGCGCGGTTAGCCCGAGCAGAGCCTCCTTTAAGGAAAGAGATCGT 1739
Query 2187 AGAGTACATGCTTGATGTTGATTCACACATGTGGAGCATGAGAAGGAGCAAAGCTAACTT 2246
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1740 AGAGTACATGCTCGATGTTGATTCACACATGTGGAGCATGAGGAGGAGCAAAGCTAACTT 1799
Query 2247 CTTCAGGATAGTGTCTGTGTTTGCAGGCTTGATTGCTATGAGTAAATGGCTCGGAGACGT 2306
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 1800 CTTCAGGATAGTCTCTGTGTTTTCAGGCTTGATTGCTATGAGCAAATGGCTTGGTGACGT 1859
Query 2307 CTGCTACTGGAAGAATCCGTTGACGACGATATTATTCCACGTTCTCTTCTTTATATTGAT 2366
|||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1860 CTGCTACTGGAAGAATCCATTGACGTCGATATTGTTCCACGTTCTCTTCTTTATACTGAT 1919
Query 2367 TTGTTATCCGGAGCTGATACTCCCAACCACATTCCTCTACATGTTCTTGATAGGGCTTTG 2426
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1920 CTGTTATCCGGAGCTGATACTGCCAACCACATTCCTCTACATGTTCTTGATAGGTCTCTG 1979
Query 2427 GAATTTCCGGTTCAGGCCGCGTCATCCTGCTCATATGGACACAAAGGTATCTTGGGCTGA 2486
||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||
Sbjct 1980 GAATTTCAGGTTCAGGACACGCCATCCTGCTCATATGGACATAAAGCTCTCATGGGCTGA 2039
Query 2487 AGCGGCTAGCCCTGATGAGCTAGATGAGGAATTTGATACTTTCCCAACTTCAAAGGGACA 2546
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGCGGCTAGCCCCGATGAGCTAGATGAGGAATTCGATACTTTCCCAACTTCAAAGGGACA 2099
Query 2547 AGATGTTGTGAAGATGAGGTATGATAGGTTAAGAAGCGTTGCGGGTCGGATCCAGATGGT 2606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AGATGTTGTGAAGATGAGGTATGATAGGTTAAGAAGCGTAGCGGGTCGGATCCAGATGGT 2159
Query 2607 TGTTGGAGACATTGCAACGCAAGGAGAGAGGTTTCAGGCTTTGTTGAGTTGGAGAGATCC 2666
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TGTTGGAGACATTGCAACGCAAGGAGAGAGGTTTCAAGCTCTGTTGAGTTGGAGAGATCC 2219
Query 2667 GCGTGCGACTTGCTTGTTTGTGATTTTTTGTCTTGTTGCTGCGATGATTTTGTACGTGAC 2726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2220 GCGTGCGACTTGCTTGTTTGTGATTTTTTGTCTTGTTGCTGCGATGATATTGTACGTGAC 2279
Query 2727 GCCTTTCAAGATCATAGCTCTTGCGGGTGGGATGTTCTGGATGAGGCATCCTAAGTTCAG 2786
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GCCTTTCAAGATCATAGCTCTTGCGGCTGGGATGTTCTGGATGAGGCATCCTAAGTTCAG 2339
Query 2787 AAGCAAGATGCCTTCTGCTCCAAGTAACTTCTTCAGGAAATTACCTTCAAAAGCAGATTG 2846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 AAGCAAGATGCCTTCTGCTCCAAGTAACTTCTTCAGGAAATTACCTTCAAAAGCAGATTG 2399
Query 2847 TATGCTTTGAATTGTAAAACTTCTTTGTGG 2876
|||||||||||| ||| || ||||||||||
Sbjct 2400 TATGCTTTGAATGGTACAAGTTCTTTGTGG 2429
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116365698475
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5