BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G06970.1
Length=3781
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487516 jgi|Araly1|487516|fgenesh2_kg.6__650__AT5G06970.1 5930 0.0
Ahg892385 jgi|Araly1|892385|Al_scaffold_0006_381 568 1e-160
> Ahg487516 jgi|Araly1|487516|fgenesh2_kg.6__650__AT5G06970.1
Length=3714
Score = 5930 bits (3211), Expect = 0.0
Identities = 3592/3768 (95%), Gaps = 58/3768 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 ATATACAGATAGATCTTTCGGCCCCGGCGCATTCTCTAGATTTGCTCATCACCACCTCGA 77
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1 ATACACAGATAGATCTTTCGGCCCCGGCGCGTTCTCTAGATTTGCTCA-CACGACCTCGA 59
Query 78 AATTTCTGCTCGAAGTTCTCCAAAACAGTTCATTCATCTACATTTACCAGATCATATTCG 137
|| || | || | |||| | ||||| || | | | | ||| || ||||
Sbjct 60 AA-TT-T-CT----G--CTCC---A-AGTTC--TC--C-A-A---AACAGTTC--ATTCC 95
Query 138 TATTCAGTCGTCTCTAAATTCTCACTAAATCAATCCTTCCTTTGGA-TAATTCCGGTGTT 196
| | | | | | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||
Sbjct 96 T-CT-A--CAT-T-TAAATTCTCACTAAATCAATCCTTCCGTTGGATTAATTGCTGTGTT 149
Query 197 TGCGAGGAATCTGATA-AAATGATTGGTCAATTGGAAATCTGAGAATCCGTGTGACTATT 255
||||||||||||| | ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 150 CGCGAGGAATCTGA-AGAAATGGTTGGTTAATTTGAAATCTGAGAATCCGTGTGACTATT 208
Query 256 ATTGCAGCTGGATCGAGATGGAAGAAGAAAATGCTGTCGAGATTCTTCAGAGATATCGCC 315
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 ATTGCAGCTGGATCGACATGGAAGAAGAAAATGCTGTTGAGATTCTTCAGAGATATCGCC 268
Query 316 GGGATAGGCGGAAGCTATTGGATTTTATGTTGGCTGGTAGCTTAATCAAGAAAGTTATAA 375
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 269 GGGATAGGCGGAAACTCTTGGATTTTATGTTGGCTGGTAGCTTGATCAAGAAAGTTATAA 328
Query 376 TGCCTCCTGGTGCTGTGACTCTTGACGATGTTGATTTAGATCAAGTTAGTGTTGATTATG 435
|||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 TGCCTCCTGGGGCTGTTACTCTGGATGATGTTGATTTGGATCAAGTTAGTGTTGATTATG 388
Query 436 TCATTAACTGTGCTAAGAAAGGTGGAATGCTCGAACTCGCTGAAGCGATTCGGGACTATC 495
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 TCATTAACTGTGCTAAGAAAGGTGGAATGCTTGAACTTGCTGAAGCGATTCGGGACTATC 448
Query 496 ATGATCACATTGGATTGCCTTATATGAACAGCGTGGGTACTGCTGATGAATTCTTTTTGG 555
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 449 ATGATCACATTGGATTGCCTTATATGAATAGCGTCGGTACTGCTGATGAATTCTTTTTGG 508
Query 556 CTACAATTCCTGAATCTTCTGGCTCACCTCCAAAAAGGGCCCCACCGCCTATTCCTGTAT 615
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 509 CTACAAATCCTGAATCTTCCGGCTCACCTCCAAAAAGGGCCCCACCACCTATTCCTGTAT 568
Query 616 TAATTTCCTCATCTTCTCCCATGGTTACAAATCCCGAGTGGTGTGAGTCACCATCTGCGC 675
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 569 TAATTTCCTCATCCTCTCCCATGGTTACAAATCCGGAGTGGTGTGAGTCACCAACTGTGC 628
Query 676 CACCATTGATGCGATCAGAATCTTTTGATTCACCAAAAGCTCAAGAGCTGACTGTTGATG 735
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 CATCATTGATGCGATCAGAATCTATTGATTCACCAAAAGCTCAAGAGCTGACTGTTGATG 688
Query 736 ACATTGATGATTTTGAAGACGATGATGATCTTGATGAAGTTGGTAATTTCAGGATCTCTA 795
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 689 ACATTGAAGATTTTGAAGACGATGATGATCTTGATGAAGTTGGTAATTTCAGAATCTCAA 748
Query 796 GGCGGACTGCAAATGATGCTGCTGATCTTGTGCCAAGACTGCCCTCCTTTGCGACTGGTA 855
|||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 749 GGCGAACTGCGAATGATGCGGCTGATTTTGTGCCAAAACTGCCCTCCTTTGCGACTGGTA 808
Query 856 TTACCGATGATGATCTCCGTGAAACTGCATTTGAAATACTTTTGGCTTGCGCTGGAGCTT 915
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TTACAGATGATGATCTCCGTGAAACTGCATTTGAAATCCTTTTGGCTTGCGCTGGAGCTT 868
Query 916 CAGGAGGTCTCATAGTACCATCAAAAGAGAAAAAGAAGGAGAAAAGCAGGTCTAGGCTGA 975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 869 CAGGAGGTCTCATAGTACCATCAAAAGAGAAAAAGAAGGAGAAAAGCAGGTCTAGGCTGA 928
Query 976 TTAAGAAGCTTGGTCGCAAAAGTGAGAGTGTTTCTCAATCTCAGAGCTCATCAGGATTGG 1035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 929 TTAAGAAGCTTGGTCGCAAAAGTGAGAGTGTTTCTCAGTCTCAGAGTTCATCAGGATTGG 988
Query 1036 TTTCTCTTTTAGAAATGATGCGGGGCCAAATGGAGATTTCTGAGGCCATGGACATCAGAA 1095
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 989 TTGCTCTTTTAGAAATGATGCGGGGTCAAATGGAGATTTCTGAGGCTATGGACATCAGAA 1048
Query 1096 CAAGACAAGGGTTGCTTAATGCCCTAGCGGGAAAAGTTGGCAAAAGAATGGACAGCCTCC 1155
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049 CAAGACAGGGGTTACTTAATGCCCTAGCGGGAAAAGTAGGCAAAAGAATGGACAGCCTCC 1108
Query 1156 TGGTGCCTTTAGAATTGCTATGTTGCGTGTCTCGTACCGAGTTCTCTGACAAGAAAGCAT 1215
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1109 TGGTCCCTTTAGAATTGCTATGTTGCGTGTCTCGTACCGAGTTCTCTGACAAGAAAGCGT 1168
Query 1216 ACTTACGCTGGCAGAAAAGGCAGTTAAACATGTTAGCAGAGGGGCTCATTAACAATCCAG 1275
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1169 ACTTACGTTGGCAGAAAAGGCAGTTAAACATGTTAGCAGAGGGGCTCATTAACAATCCAG 1228
Query 1276 TTGTTGGATTTGGAGAATCAGGTCGTAAGGCAACTGACCTGAAGAGTCTTCTGCTAAGGA 1335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 TTGTTGGATTTGGAGAATCAGGTCGTAAGGCAACTGACCTGAAGAGTCTTCTGCTAAGGA 1288
Query 1336 TTGAAGAATCAGAGTCTCTTCCATCCTCAGCTGGAGAAGTGCAAAGAGCAGAATGTTTAA 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1289 TTGAAGAATCAGAGTCTCTTCCATCCTCAGCTGGAGAAGTGCAAAGAGCAGAATGTTTAA 1348
Query 1396 AATCTCTTAGAGAAGTTGCTATCTCACTTGCTGAGAGACCGGCTCGTGGTGATTTGACGG 1455
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 AATCTCTTAGAGAAGTTGCTATCTCACTTGCCGAGAGACCGGCTCGTGGTGATTTGACGG 1408
Query 1456 GTGAAGTCTGCCATTGGGCTGATGGCTATCATTTGAATGTCAGACTATATGAAAAATTGC 1515
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1409 GTGAAGTCTGCCATTGGGCTGATGGCTATCATTTGAATGTCAGACTATATGAGAAATTGC 1468
Query 1516 TTCTCTGTGTCTTTGACATATTGAATGATGGGAAGCTCACAGAGGAAGTTGAAGAAATTC 1575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1469 TTCTCTGTGTCTTTGACATATTGAATGATGGGAAGCTCACAGAGGAAGTTGAAGAAATTC 1528
Query 1576 TTGAGCTTTTGAAGTCAACATGGCGTGTTCTCGGAATTACAGAGACCATCCATTACACAT 1635
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 TTGAGCTTTTGAAGTCAACGTGGCGTGTTCTTGGAATTACAGAGACCATCCATTACACAT 1588
Query 1636 GCTATGCTTGGGTTTTGTTTCGACAGTATGTCATTACTAGTGAACGAGGACTTCTGCGAC 1695
||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1589 GCTATGCCTGGGTATTGTTTCGACAGTATGTAATTACTAGTGAACGAGGACTTCTGCGAC 1648
Query 1696 ATGCTATTCAGCAGCTGAAGAAGATCCCACTAAAAGAACAACGAGGGCCTCAAGAGCGTT 1755
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1649 ATGCTATTCAGCAGCTGAAGAAAATCCCTCTAAAAGAACAACGTGGGCCTCAAGAGCGCA 1708
Query 1756 TACACTTGAAAACCTTGAAGTGTAGGGTTGATAATGAAGAGATATCCTTCCTGGAGTCCT 1815
||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1709 TACACTTGAAAACATTGCAGTGTAGGGTTGAAAATGAAGAGATATCCTTCCTAGAGTCCT 1768
Query 1816 TCTTGTCACCTATACGGAGTTGGGCCGATAAGCAGCTGGGCGACTACCATCTGCATTTTG 1875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1769 TCTTGTCACCTATACGGAGTTGGGCCGATAAGCAGCTGGGCGATTACCATTTGCATTTTG 1828
Query 1876 CCGAGGGTTCACTTGTCATGGAGGATACAGTCACAGTTGCAATGATAACTTGGAGGCTCT 1935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1829 CCGAGGGTTCACTTGTCATGGAGGATACAGTCACAGTTGCAATGATAACTTGGAGGCTTT 1888
Query 1936 TGTTGGAGGAATCTGATCGAGCGATGCATTCTAACTCTTCAGATCGAGAGCAAATTGAAT 1995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1889 TGTTGGAGGAATCTGATCGAGCGATGCATTCTAACTCTTCAGACCGAGAGCAAATTGAGT 1948
Query 1996 CCTACGTTTTATCTTCCATCAAGAATACGTTCACAAGGATGTCACTTGCCATTGATAGAT 2055
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 CATACATTTTATCTTCCATCAAGAATACGTTCACAAGGATGTCACTTGCCATTGATAGAT 2008
Query 2056 CAGACAGAAATAATGAGCACCATTTGGCATTGCTTGCTGAGGAGACTAAGAAACTTATGA 2115
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 CAGACAGAAATAATGAGCACCCTTTGGCATTGCTTGCTGAGGAGACTAAGAAACTTATGA 2068
Query 2116 AAAAGGACTCTACCATCTTTATGCCAATTTTATCTCAGAGGCACCCACAGGCAATTGCGT 2175
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 AAAAAGACTCTACCATCTTTATGCCAATTTTATCTCAGAGGCACCCACAGGCAATTGCGT 2128
Query 2176 TTTCTGCATCCCTTATTCACAAGCTTTATGGGAACAAGTTGAAACCTTTTCTTGATGGTG 2235
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 TTTCTGGATCCCTTGTTCACAAGCTTTATGGGAACAAGTTGAAACCTTTTCTTGATGGTG 2188
Query 2236 CTGAACACTTGACTGAGGACGCTGTCTCTGTTTTTCCTGCGGCTGATAGCCTTGAGCAAT 2295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 CTGAACACTTGACTGAGGACGCTGTCTCTGTTTTTCCTGCGGCTGATAGCCTTGAGCAAT 2248
Query 2296 ATTTACTGGAGTTAATGACTTCTGTCTGCGGAGAGGATACAAGTGGACCTTACTTCAAAA 2355
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2249 ATTTACTGGAGTTAATGACTTCTGTCTGCAGAGAGGATACAAGTGGACCTTACTTCAGAA 2308
Query 2356 AATTAATTCCATATGAGGTCGAATCCCTCTCTGGCACATTGGTTTTGAGATGGATCAATT 2415
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 AATTAATTCCATATGAGGTCGAATCACTCTCTGGCACATTGGTTTTGAGATGGATCAATT 2368
Query 2416 CACAACTGGGGAGAATTTTAAGCTGGGTGGAGCGAGCTTATAAACAAGAGCATTGGGACC 2475
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 2369 CACAGCTGGGGAGAATTTTAAGCTGGGTGGAGCGAGCTTTTAAACAAGAGCAATGGGACC 2428
Query 2476 CAATATCACCTCAACAGCGGTATGGGAGCTCAATTGTCGAAGTTTTCAGGATTGTAGAAG 2535
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 CAATATCACCTCAACAGCGGCATGGGAGCTCAATTGTCGAAGTTTTCAGGATTGTAGAAG 2488
Query 2536 AGACTGTTGATCAATTTTTTGCGCTGAAAGTTCCAATGAGATCCATTGAACTAAGTGCTT 2595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 AGACTGTTGATCAATTTTTTGCGCTGAAAGTTCCAATGAGATCCATTGAACTAAGTGCTT 2548
Query 2596 TATTTCGTGGCATTGACAATGCATTTCAAGTATATACTAACCATGTCATGGAGAAGCTAG 2655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 TATTTCGTGGCATTGACAATGCATTTCAAGTATATACTAACCATGTCATGGAGAAGCTAG 2608
Query 2656 CTAGCAAGGATGATTTGGTTCCACCTGTACCTGTTCTTACTCGTTACAAGAAGGAAACAG 2715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2609 CTAGCAAGGATGATTTGGTTCCACCTGTACCTGTTCTTACTCGTTACAAGAAGGAAACCG 2668
Query 2716 CAATCAAGGTTTTTGTTAAGAAGGAACTATTCGACTCAAAACA-CCTTGATGAGAGAAGG 2774
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 2669 CAATCAAGGTTTTTGTTAAGAAGGAACTATTCGAGTCAAAACATCCT-GATGAGAGAAGG 2727
Query 2775 TCGATTAACATTGATGTTCCTGCAACCGCTATGCTTTGCGTTCAGCTCAATACTTTACAT 2834
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2728 TCGATTAACATTAATGTTCCTGCAACCGCTATGCTTTGCGTTCAGCTCAATACTTTACAT 2787
Query 2835 TATGCTGTTAGTCAACTGAGCAAGTTAGAAGACAGCATGTGGCTA-CGCTGGATAGCaaa 2893
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||
Sbjct 2788 TATGCTGTTAGTCAACTGAGCAAGTTAGAAGACAGCATGTGGG-AGCGCTGGATAGCGAA 2846
Query 2894 aaaaCCTCGTGAAAAGATTGTCATCAGAAAATCTATGGTTGAGAAATCCAAGAGTTTTAA 2953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 AAAACCTCGTGAAAAGATTGTCATCAGAAAATCTATGGTTGAGAAATCCAAGAGTTTTAA 2906
Query 2954 CCAGAAGGAATCTTTTGAGGGGAGTAGAAAAGATATCAATGCAGCTCTGGATCGTATTTG 3013
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2907 CCAGAAGGAATCTTTTGAGGGGAGTCGAAAAGATATCAATGCAGCTCTGGATCGTATCTG 2966
Query 3014 CGAGTTTACTGGAACCAAGATTATCTTCTGCGATTTAAGGGAGCCATTTATTGAAAATTT 3073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2967 CGAGTTTACTGGAACCAAGATTATCTTCTGCGATTTAAGGGAGCCATTTATTGAAAATTT 3026
Query 3074 GTATAAGCCAAATGTTTCTCAATCAAGATTGGAAGGATTAATCGAAGCCCTAGACACGGA 3133
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3027 GTATAAGCCAAGTGTTTCTCAATCAAGATTGGAAGGATTAATCGAAGCCCTAGACACGGA 3086
Query 3134 ACTTGGACAGCTATGTAGTGTCATAATGGAGCCATTGAGGGATCGGATAGTCACCAGCCT 3193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3087 ACTTGGACAGCTATGTAGTGTCATAATGGAGCCATTGAGGGATCGGATAGTCACCAGCCT 3146
Query 3194 GCTCCAAGCATCACTTGATGGGTTGCTTCGTGTACTATTAGATGGAGGCGCGTCTCGTGT 3253
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3147 GCTTCAAGCATCACTTGATGGGTTGCTTCGTGTACTACTAGATGGAGGCCCGTCACGTGT 3206
Query 3254 ATTTCATCCAAGCGAGTCAAAGCTGTTAGAAGAAGATGTAGAGGTCTTAAAGGAATTCTT 3313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3207 ATTTCATCCAAGCGAGTCAAAGCTGTTAGAAGAAGATGTAGAGGTCTTAAAGGAATTTTT 3266
Query 3314 TATTTCTGGTGGGGATGGACTTCCGAGAGGAGTGGTTGAAAACCAAGTAGCCAGAGTTCG 3373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3267 TATTTCTGGTGGGGATGGACTTCCGAGAGGAGTGGTTGAAAACCAGGTAGCCAGAGTTCG 3326
Query 3374 TCTTGTTGTAAAGTTGCACGGATATGAGACACGGGAGCTTATTGATGACTTGAGGTCTAG 3433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3327 TCTTGTTGTAAAGTTGCACGGATATGAGACACGGGAGCTTATTGATGACTTGAGGTCTAG 3386
Query 3434 AAGCAGTCTAGAGATGCAGCAAGGAGGAAAAGGCAAACTTGGAGCGGACACCCAAACATT 3493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3387 AAGCAGTCTAGAGATGCAGCAAGGAGGAAAAGGCAAACTTGGAGCGGACACCCAAACATT 3446
Query 3494 GGTACGAGTGCTTTGCCACAGAAACGATTCAGAGGCATCTCAGTTTCTGAAAAAACAGTA 3553
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3447 GGTACGAGTGCTTTGCCACAGAAACGATTCAGAGGCGTCTCAGTTTCTGAAAAAACAGTA 3506
Query 3554 CAAAATCCCAAGATCCCACGGGTAATCTATGCGCCGATCTAATCAGATCAGATCATATTT 3613
||||||||||| |||||||||||||| || | | |||||||||||||||
Sbjct 3507 CAAAATCCCAAAATCCCACGGGTAAT--AT-C-----T-------GATCAGATCATATTT 3551
Query 3614 GCGtctctttctttctttctttctttcggtcttttctttAGTAACAAAATCATTTGTATA 3673
|||||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3552 GCGTCT-TTTGATT-T--CTTTCTTTCGGTCTTTTCTTTAGTAACAAAATCATTTGTATA 3607
Query 3674 ATTGATTCTCACAAGTACAGGTTGCAGAGAAATACTACCTGAGGGGTTTTAGGTGTCATT 3733
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3608 ATTGATTCTCACAAGTACAGGTTGTAGAGAGATATTACCTGAGTT-TTTTAGGTGTCATT 3666
Query 3734 CTTTTGACTTATCTTTGCTTTTTATACAAATGTTTGTAGTTTACGATC 3781
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3667 CTTTTGACTTATCTTTGCTTTTGATACAAATGTTTGTAGTTTGCGATC 3714
> Ahg892385 jgi|Araly1|892385|Al_scaffold_0006_381
Length=1293
Score = 568 bits (307), Expect = 1e-160
Identities = 383/419 (91%), Gaps = 7/419 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 743 TGATTTTGAAGACGATGATGATCTTGATGAAGTTGGTAATTTCAGGATCTCTAGGCGGAC 802
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 668 TGATTTTGAGGACGATGATGATCTTGAGGAAGTTGGTAATTTCAGGATCTCAAGGCGAAC 727
Query 803 TGCAAATGATGCTGCTGATCTTGTGCC-AAGACTG-CCCTCCTTTGCGACTGGTATTACC 860
||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 TGCCGATGATGCGGCTGATCTTGTGCCAAAG-CTGCCCCTCCTTTGCGACTGGTATTACA 786
Query 861 GATGATGATCTCCGTGAAACTGCATTTGAAATACTTTTGGCTTGCGCTGGAGCTTCAGGA 920
|||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||| |
Sbjct 787 GATGATGATCTCTGTGAAACTGCATTTGAAATCCTGTTGGGTGGCGCTGGAGCTTCA-G- 844
Query 921 GGTCTCATAGTACCATCAAAAGAG--AAAAAGAAGGAGAAAAGCAGGTCTAGGCTGATTA 978
|||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 845 GGTCTCATAGCACCATCAAAAGAGAAAAAAAAAAGGAGAAGAGCAGGTCTAGGCTGAAGA 904
Query 979 AGAAGCTTGGTCGCAAAAGTGAGAGTGTTTCTCAATCTCAGAGCTCATCAGGATTGGTTT 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 905 GGAAGCTTGGTCGCAAAAGTGAGAGTGTTTCTCAGTCTCGGAGTTCATCAGGATTGGTTG 964
Query 1039 CTCTTTTAGAAATGATGCGGGGCCAAATGGAGATTTCTGAGGCCATGGACATCAGAACAA 1098
| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 CCCTTTTAGAAATGATGAGGGGCCGAATGGAGATTTCTGAGGCCATGGACATCAGAACAA 1024
Query 1099 GACAAGGGTTGCTTAATGCCCTAGCGGGAAAAGTTGGCAAAAGAATGGACAGCCTCCTG 1157
|||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 GACAGGGGTTGCTTGATGCCCTAGCGGGGAAAGTTGGCAAAAGAATGGACAGCCTCCTG 1083
Score = 171 bits (92), Expect = 5e-41
Identities = 102/107 (95%), Gaps = 0/107 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1241 AAACATGTTAGCAGAGGGGCTCATTAACAATCCAGTTGTTGGATTTGGAGAATCAGGTCG 1300
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1086 AAACATGTTAGCAGAGAGGCTCATTAACAATCCAGTTGTTGGGTGTGGAGAATCAGGTCG 1145
Query 1301 TAAGGCAACTGACCTGAAGAGTCTTCTGCTAAGGATTGAAGAATCAG 1347
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1146 TAGGGCAACTGACCTGAAGAGTCTTCTGCTAAGGATTGAAGGATCAG 1192
Score = 119 bits (64), Expect = 2e-25
Identities = 74/79 (94%), Gaps = 0/79 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 520 TGAACAGCGTGGGTACTGCTGATGAATTCTTTTTGGCTACAATTCCTGAATCTTCTGGCT 579
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||
Sbjct 551 TGAATAGCGTGGGTACTGCTGATGAATTCTTTTTGGCTGCAAATCTTGAATCTTCTGGCT 610
Query 580 CACCTCCAAAAAGGGCCCC 598
|||||||||||||| ||||
Sbjct 611 CACCTCCAAAAAGGTCCCC 629
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142868129042
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5