BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G07590.1
Length=1654
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg350023 jgi|Araly1|350023|fgenesh1_pg.C_scaffold_6000616 2300 0.0
> Ahg350023 jgi|Araly1|350023|fgenesh1_pg.C_scaffold_6000616
Length=1377
Score = 2300 bits (1245), Expect = 0.0
Identities = 1333/1377 (97%), Gaps = 0/1377 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 147 ATGGAATTCACGGAGGCTTACAAGCAAACAGGTCCTTGTTGTTTCTCCCCAAACTCTCGT 206
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAATTTACGGAGGCTTACAAGCAAACAGGTCCTTGTTGTTTCTCTCCAAACTCTCGT 60
Query 207 TACGTCGCCGTCGCCAATGATTATCGTCTCGTGATCCGTGATACGTTTTCGTTTCAGGTT 266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TACGTCGCCGTCGCCAATGATTATCGTCTCGTGATCCGTGATACGTTTTCGTTTCAGGTT 120
Query 267 GTGCAATTGTTTTCTTGCTTAGATAAAATAAGCTACATAGAATGGGCTCTTGATTCAGAG 326
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GTGCAATTGTTTTCTTGCTTGGATAAAATAAGCTACATAGAATGGGCTCTTGATTCTGAG 180
Query 327 TACATTCTTTGTGGTCTTTATAAAAAACCGATGATTCAAGCTTGGTCTTTGACTCAACCA 386
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 181 TACATTCTTTGTGGTCTTTATAAAAAACCCATGATTCAAGCTTGGTCATTGACACAACCA 240
Query 387 GAATGGACTTGCAAGATTGATGAAGGTCCTGCTGGTATTTCATACGCTAGGTGGAGTCCA 446
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAATGGACTTGCAAGATTGATGAAGGTCCTGCTGGTATTTCATACGCTAGGTGGAGTCCT 300
Query 447 GATAGCCGTCATATACTCACTACGTCAGAGTTTCAGCTGCGGTTAACGGTTTGGTCTCTT 506
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GACAGCCGTCATATACTCACTACGTCCGAGTTTCAGCTGCGGTTAACGGTTTGGTCTCTT 360
Query 507 TTAAACACGGCGTGTGTTCATGTTCAGTGGCCAAAGCATGGTTCCAAGGGAGTTTCATTC 566
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTAAACACTGCGTGTGTTCATGTTCAGTGGCCGAAGCATGGTTCCAAGGGAGTTTCATTT 420
Query 567 AATCAAGATGGGAAGTTTGCGGCTATATGTACACGGCGTGACTGTAAGGATTATGTTAAC 626
|||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 421 AATCAAGATGGGAAGTTTGCAGCGATCTGTACACGGCGTGATTGCAAGGATTATGTTAAC 480
Query 627 CTTTTGTCTTGTCAATCATGGGAGATAATGGGTAGCTTTGCTGTTGATACCTTGGACTTG 686
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 481 CTTTTGTCTTGTCAATCATGGGAAATAATGGGAAGCTTTGCTGTTGACACCTTGGATTTG 540
Query 687 GCTGATCTTGAGTGGTCACCTGATGATAGTTCTATTGTAGTGTGGGATTCGCCTCTTGAA 746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCTGATCTTGAGTGGTCACCTGATGATAGTTCTATTGTAGTGTGGGATTCGCCTCTTGAA 600
Query 747 TATAAGGTTCTAATTTATTCTCCAGATGGTAGGTGTCTGTTTAAGTACCAGGCATATGAA 806
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TATAAGGTTCTAATCTATTCTCCAGATGGTAGGTGTCTGTTTAAGTACCAGGCATATGAA 660
Query 807 TGTGGACTTGGTGTCAAGACTGTTTCCTGGTCTCCGTGTGGTCAGTTTCTTGCCATTGGT 866
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 TGTGGACTTGGTGTGAAGACTGTTTCCTGGTCTCCGTGTGGTCAGTTTCTTGCTATTGGT 720
Query 867 AGCTATGATCAAATGTTGCGGGTCCTGAATCACCTTACTTGGAAAACATTCGCTGAGTTC 926
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGCTATGATCAGATGTTGCGGGTCCTGAATCACCTTACTTGGAAAACATTCGCTGAGTTC 780
Query 927 TTACACCTATCAACGGTTCGTGCGCCCTGTTCTGCGGCTATTTTCAAGGAAATCGATGAA 986
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTACACCTATCAACTGTTCGTGCGCCCTGTTCTGCTGCCATTTTCAAGGAAATCGATGAA 840
Query 987 CCATTACAGCTTGATATGTCTGAGTTATCGTTGGATGAAAACTTTATGCCAAGCAATTAT 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCATTACAGCTTGATATGTCTGAGTTATCGTTGGATGAAAACTTTATGCCAAGCAATTAT 900
Query 1047 GATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGGTATGAAGTCATGGAATTACCGGTAGCTTTT 1106
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GATGCTTCAGAAGGCTATATAAGTGTCAGATATGAAGTCATGGAATTACCGGTAGCTTTT 960
Query 1107 CCTTTCCAGAAACCTCCTGCGGACAAGCCTAACCCAAAACAAGGAGTCGGCCTTCTAGCT 1166
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 CCTTTCCAGAAACCTCCTGCAGACAAGCCTAACCCAAAACAAGGAGTCGGCCTTCTGGCT 1020
Query 1167 TGGAGCAAAGACAGCCAGTACATATGCACACGAAACGACAGTATGCCCACTGCTCTGTGG 1226
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TGGAGCAAAGACAGCCAATACATATGCACACGAAACGACAGTATGCCCACTGCTCTGTGG 1080
Query 1227 ATATGGGACATGCGCCTCCTCGAGGTTGCAGCCATCCTGGTCCAGAAGGAACCCATCCGA 1286
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1081 ATATGGGACATGCGCCGCCTCGAGGTTGCAGCCATCTTGGTTCAGAAGGAACCTATCCGA 1140
Query 1287 GCAGCTGTGTGGGACCCAACCTGCACACGCCTCCTCCTGTGCACTGGAAGCTCTCACCTT 1346
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GCCGCTGTGTGGGATCCAACCTGCACACGCCTCCTCCTATGCACTGGAAGCTCTCACCTT 1200
Query 1347 TACATGTGGACTCCCTCGGGTGCTTTCTGTGTATGCAATCCCCTTCCGGGCTTCTCCATA 1406
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TACATGTGGACTCCCTCGGGTGCCTTCTGTGTATGCAATCCCCTTCCGGGCTTCTCCATA 1260
Query 1407 TCGGACCTCAAATGGAACATTGATGGAAGCTGTCTCCTTCTCAAAGACAAAGATGCGTTC 1466
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 TCTGACCTCAAATGGAACATTGATGGAAGCTGTCTCCTTCTCAAAGACAAAGATGCATTC 1320
Query 1467 TGTTGTGCCACGGTCCCGTCTCTGCCTGAGTCCAGCGACTACAGTTCTGATGACTGA 1523
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TGTTGTGCCACAGTCCCGTCTCTGCCTGAGTCCAGCGACTACAGTTCTGATGACTGA 1377
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62010918860
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5