BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G07920.1
Length=3043
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487625 jgi|Araly1|487625|fgenesh2_kg.6__759__AT5G07920.1 4054 0.0
> Ahg487625 jgi|Araly1|487625|fgenesh2_kg.6__759__AT5G07920.1
Length=2926
Score = 4054 bits (2195), Expect = 0.0
Identities = 2383/2474 (96%), Gaps = 12/2474 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 270 TTT-TTCTGAGCATAAACTGGTTTGATGGATGATGATGATATGGAGTTTGAGGAAGAATT 328
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 185 TTTGTTCTGAGCATATACTGGTTTGATGGATGATGAGGATATGGAGTTTGAAGAAGAATT 244
Query 329 TTTGATGATCTGTGTGTGGACCTGACCAATACAATAATCTTTTTGGGGCTTCT-TATTGG 387
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||
Sbjct 245 TTTGATGACCTGTGTGTGGACCTGACCAATACAAGAATC-TTTTGGGGCTTCTGT-TTGG 302
Query 388 CTCGGATTTCAGGGATTTTCACACTTGTAGTAGAGTTGCAACATAGACAAATGGACGACG 447
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
Sbjct 303 CTCGAATTTCAGGGATTTTCACACTTGTAGTAGAGTTGTAACATAGATAAATGGATGACG 362
Query 448 ATGGAGAATTGGGGATGTTCTTTCCTAGCTGGACCAGCAAGAATCCTATTGACACGGTTG 507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 363 ATGGAGAATTGGGGATGTTCTTTCCTAGCTGGACCAGCAAGTATCCTATTGACACTGTTG 422
Query 508 AATCTCGTGGTTTAATGTTCTCTTGTTTTGTTGCTGCCCTTGTTGGTATATTGACCATCG 567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 AATCTCGTGGTTTAATGTTCTCTTGTTTTGTTGCTGCCCTTGTTGGTATATTGACCATCG 482
Query 568 CCTACACTGCTTTTCAATGGCGAAGAAATATTAATTTAAGTTGGACGAAAGCCATAGCCA 627
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 CCTACACTGCTTTTCAATGGCGAAGAAATATTAACTTAAGTTGGACGAAAGCCATAGCCA 542
Query 628 GGTCAAAGAAAAATCCAAAGGCACGACATAAGGTTCCTGTTGCCCCACATAGCTGGGAAC 687
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 543 GGTCAAAGAAAAATCCAAAGGCACGACATAAGGTTCCTGTCGCCCCACATAGCTGGGAAC 602
Query 688 TCGACCCTATAGCTCGTGCGAAAAACTTGAACTGTTGTGTTTGCTTGAAGTCCATGTCGC 747
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 603 TCGACCCTATAGCTCGCGCGAAAAACTTGAACTGTTGTGTTTGCTTGAAGTCGATGTCGC 662
Query 748 CATCTCAGGCAATTGTAGCTTCAGAAAGTTTTTTCCACAGGTGCACAATCTGTGGAGCAG 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 CATCTCAGGCAATTGTAGCTTCAGAAAGTTTTTTCCACAGGTGCACAATCTGTGGAGCAG 722
Query 808 CAGCACATTTTAACTGTTCTTCAAGTGCGCCAAAAGATTGCAAATGTGTCTCCATGGTTG 867
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 CAGCACATTTTAACTGTTCTTCAAGTGCGCCTAAAGATTGCAAATGTGTCTCCATGGTTG 782
Query 868 GATTTGAGCATGTGGTGCACCAGTGGGCAGTGCGGTGGACAGAAGGGGCTGATCAGACTG 927
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 783 GATACGAGCATGTGGTGCACCAGTGGGCAGTGCGGTGGACAGAAGGGGCTGATCAGCCTG 842
Query 928 ATGACTCCTCGTTTTGTAGCTACTGTGACGAGTCATGTAGTAGCTCCTTTCTTGGGGGTT 987
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 ACGACTCCTCGTTTTGTAGCTACTGTGACGAGTCATGTAGTAGCTCCTTTCTTGGGGGTT 902
Query 988 CTCCTATATGGTGCTGCTTGTGGTGTCAACGTCTTGTGCACGTTGACTGTCACAGTAACA 1047
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 903 CTCCTATATGGTGCTGCTTGTGGTGTCAACGTCTTGTGCATGTTGACTGTCACAGTAACA 962
Query 1048 TGTCAAATGAAACTGGTGACATTTGTGATTTAGGCCCGCTTAGAAGGTTAATATTGTGCC 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 963 TGTCAAATGAAACTGGTGACATTTGTGATTTAGGCCCTCTTAGAAGGTTAATCTTGTGCC 1022
Query 1108 CACTCTACGTTAAGGAATTGACGCGGAATCCCTCTGGAGGATTTCTGAGCTCAATCACTC 1167
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1023 CTCTCTACGTTAAGGAATTGACACGGAATCCCTCTGGAGGATTTCTGAGCTCAATCACGC 1082
Query 1168 ATGGTGCTAACGAACTTGCATCTACCGCCCTTGCCAGTATCAGGATTCAAAGCAAAAAAT 1227
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1083 ATGGTGCTAACGAACTTGCATCAACCGCCCTTGCCAGCATCAGGAGTCAAAGCAAAAAAT 1142
Query 1228 ACAAGCAAACTAATGAAACTTCAGCTGACACTGGTAATAGTGGTAGCAATTGCGATGAAT 1287
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 ACAAGCAAGCTAATGAAACTTCAGCTGACACAGGTAATAGTGGTAGCAATTGCGATGAAT 1202
Query 1288 CCACAGAAAGCACAGCTGATACAGGTCCAACTGTTAATGGCGCTCATGCCGTACTGGAAA 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||
Sbjct 1203 CCACAGAAAGCACAGCTGATACAGGTCCAACTGTTAATGGCTCCCAGGCCGTGCTGGAAA 1262
Query 1348 ATTCTATCAGCGTTATGAATGGGGATTCTTCTAACGGGGACAGTGACAGCAATGGCAAGC 1407
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1263 ATTCTATCAGCGTTATGAATGGGGATTCTTCTCACGGAGACATTGACAGCAATGGCAAGC 1322
Query 1408 TGGAAAAGAAGCCGAGTGTTAAAAGAACCGGGTCTTTTGGTCAGAAGGAATATCATGCAC 1467
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 TGGAAAAGAAGCCCAGTGTTAAAAGAAGCGGGTCTTTTGGTCAGAAGGAATATCATGCAC 1382
Query 1468 TAAGGTCGAAACTTAAGTATGAACTAGCTGATTTGCCTTCAGATGCAAGACCGTTGTTGG 1527
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1383 TAAGGTCGAAACTTAAGTATGAACTAGCTGATTTACCTTCAGATGCAAGACCATTGTTGG 1442
Query 1528 TTTTTATTAACAAAAAGAGTGGTGCTCAACGAGGTGATTCCCTTCGTCAACGTCTTCATC 1587
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1443 TTTTTATTAACAAAAAGAGTGGTGCTCAACGTGGGGATTCCCTTCGTCAGCGCCTTCATC 1502
Query 1588 TTCATCTAAATCCTGTGCAGGTATTTGAATTGAGTTCAGTGCAGGGACCAGAAGTGGGAC 1647
||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1503 TTCTTCTAAATCCCGTGCAGGTATGTGAATTGAGTTCAGTACAGGGACCAGAAGTGGGAC 1562
Query 1648 TTTTTCTCTTCAGGAAGGTTCCTCACTTTAGAGTTCTTGTTTGTGGTGGAGATGGCACCG 1707
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1563 TTTTCCTCTTCAGGAAGGTTCCTCACTTTAGAGTTCTTGTTTGTGGTGGAGATGGCACTG 1622
Query 1708 CTGGTTGGGTATTAGATGCCATAGAGAAACAGAATTTTATTTCTCCTCCTGCAGTTGCTA 1767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CTGGTTGGGTATTAGATGCCATAGAGAAACAGAATTTCGTCTCTCCTCCTGCAGTTGCTA 1682
Query 1768 TACTGCCTGCTGGAACCGGGAATGATCTATCCCGAGTATTAAATTGGGGTGGTGGTTTGG 1827
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 TCCTCCCTGCTGGAACCGGGAATGATCTATCCCGAGTATTAAATTGGGGTGGTGGTTTGG 1742
Query 1828 GTTCTGTTGAGAGACAAGGAGGCTTGTCGACAGTATTACAGAACATAGAGCATGCTGCAG 1887
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1743 GTTCTGTTGAGAGACAAGGAGGATTGTCGACAGTGTTACAGAATATAGAGCACGCTGCAG 1802
Query 1888 TCACTGTCCTTGATCGTTGGAAAGTATCGATTCTGAATCAACAAGGAAAGCAACTCCAGC 1947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 TCACTGTCCTTGATCGTTGGAAAGTATCGATTCTGAATCAACAAGGAAAGCAACTCCAGC 1862
Query 1948 CGCCAAAATATATGAACAATTATATAGGGGTTGGGTGTGATGCTAAGGTTGCCCTTGAGA 2007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1863 CGCCAAAATATATGAACAATTATATAGGGGTTGGGTGTGATGCAAAGGTCGCCCTTGAGA 1922
Query 2008 TTCACAATCTACGGGAGGAGAATCCAGAGAGATTTTATAGCCAGTTTATGAACAAAGTCC 2067
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 TTCACAATCTACGAGAGGAGAATCCAGAGAGATTTTATAGCCAGTTTATGAACAAAGTCC 1982
Query 2068 TCTATGCCAGAGAAGGTGCAAGGAGTATAATGGACAGAACATTCGAAGATTTCCCTTGGC 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCTATGCCAGAGAAGGTGCAAGGAGTATAATGGACAGAACATTCGAAGATTTCCCTTGGC 2042
Query 2128 AAGTTCGAGTTGAGGTGGATGGTGTTGACATCGAGGTTCCTGAGGATGCGGAAGGAATAC 2187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 AAGTTCGAGTTGAGGTGGATGGTGTTGACATCGAGGTTCCTGAGGATGCGGAAGGAATAC 2102
Query 2188 TGGTTGCAAACATTGGAAGTTACATGGGAGGGGTGGATTTATGGCAGAATGAAGATGAAA 2247
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 TTGTTGCAAACATTGGAAGTTACATGGGAGGGGTGGATTTATGGCAGAATGAAGATGAAA 2162
Query 2248 CATATGAAAACTTTGATCCGCAATCGATGCACGACAAGATAGTTGAAGTTGTGAGTATAT 2307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2163 CATATGAAAACTTTGATCCGCAATCGATGCACGACAAGATAGTTGAAGTCGTGAGTATAT 2222
Query 2308 CTGGGACATGGCACCTTGGGAAACTTCAGGTCGGGTTGTCTCGTGCGAGAAGGCTAGCTC 2367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 CTGGGACATGGCACCTTGGGAAACTTCAGGTCGGGTTGTCTCGTGCGAGAAGGCTAGCTC 2282
Query 2368 AAGGGTCAGCAGTCAAGATACAACTTTGTGCGCCTTTACCAGTGCAAATTGATGGAGAGC 2427
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2283 AAGGGTCAGCAGTCAAGATACAACTTTGTGCGCCTTTACCAGTGCAAATTGATGGAGAAC 2342
Query 2428 CTTGGAATCAGCAACCATGTACCTTAACCATATCGCACCATGGCCAGGCTTTCATGCTAA 2487
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 CTTGGAATCAGCAACCATGTACCTTAACCATATCACACCATGGCCAGGCTTTCATGCTAA 2402
Query 2488 AGAGAGCCGCGGAAGAGCCACTGGGTCACGCAGCAGCTATAATCACAGATGTTCTAGAGA 2547
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 AGAGAGCCGCGGAGGAGCCACTGGGCCACGCAGCGGCTATAATCACAGATGTTCTAGAGA 2462
Query 2548 ATGCAGAAACCAATCAAGTGATAAACGCTTCTCAGAAACGAACGCTGCTTCAAGAAATGG 2607
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2463 ATGCAGAAACCAATCAAGTGATAAATGCTTCTCAGAAACGAGCTCTGCTTCAAGAAATGG 2522
Query 2608 CTCTACGGCTAACTTAAAACAGGGGaaaaaaaaaGAAAAGACAGAAGACAAAACCTTCCC 2667
|||| || ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2523 CTCTTCGACTAACTTAAAACAAAG-AAAAAAAA-GAAAAGACAGAAGACAAAAC-TTCCC 2579
Query 2668 -TCTTCAACAACCAAT--CAATCATCACTGGTTAGTTACAAATATTTACAAATGCGTGTA 2724
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 CTCTTCAACAACCAATATCAATCATCACTGGTTAGTTACAAATATTTACAAATGCGTGTA 2639
Query 2725 TTTTACATA-TCTT 2737
||| | ||| ||||
Sbjct 2640 TTT-AGATAGTCTT 2652
Score = 333 bits (180), Expect = 5e-90
Identities = 252/284 (89%), Gaps = 15/284 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 2769 AGTCTTGAAGATCGAAATCCGCTGATTGACAAAGCGGGTTCTGTGTGGAAGT-------A 2821
|||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2647 AGTCTTCAAGATCGAAATCTGCTGAATGA-AAAGCGGGTTCTGTGTGGAAGTAGGAAAAA 2705
Query 2822 GGAAAAAGGAACCAAAAATTGGAATCTGGTTCCTAGATTTTTGGCTGTTCTCATAGTGAA 2881
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2706 GGAAAAAGGAACCAAAAAATGGATTCTGGTTCCTAGATTTTTGGCTGTTCTCATAGTGAA 2765
Query 2882 TGAAAGCAAAACGTGTTTAATTATCTCTGTCTTT--CTCATATTTTATTATTATGGGTTC 2939
||||| ||| |||||||||||| || ||| ||| |||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2766 TGAAA-CAAGGCGTGTTTAATTACCTATGTGTTTTTCTCATATT--ATTACTATGGGTTC 2822
Query 2940 CTTTTCTATATCAAATAGA-A-TTTTGAGAAGAATCATGTATGTACATATAGATGAACCA 2997
||||||||| ||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2823 CTTTTCTATGTCAAATATATAATTTTTAGAAGAATCATGTATGTACATTTAGATGAACCC 2882
Query 2998 TGTTCTTAATTTGTGATTATTTTCTAGAAATAGTATTATTAGGC 3041
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2883 TGTTCTTAATTTGTGATTATTTTCTAGAAACAGTATTATTAGGC 2926
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114918269165
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5