BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G08310.1
Length=2499
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg892758 jgi|Araly1|892758|Al_scaffold_0006_754 3777 0.0
> Ahg892758 jgi|Araly1|892758|Al_scaffold_0006_754
Length=3846
Score = 3777 bits (2045), Expect = 0.0
Identities = 2290/2410 (95%), Gaps = 10/2410 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCCTTCTCGAGAATCGCTCTTCTTTGCCAACGATTCTCTAG---ACAACAACAACAA 57
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCCTTCTCGAGAATTGCTCTTCTTTGCCAACGATTCTCTAGACAACAACAACAACAA 60
Query 58 CGCCAACTTCTTCACAGACCACTCACTACGA-AGCTAGATAACACCAGATTCCTCCATCC 116
|||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 61 CGCCAA---CTTCACAGACCATTCACTAC-AGAGCTAGATAACACCAGATTTCTCTATCC 116
Query 117 CAATCAATCCAAGCTTGCCCAAAACCTAATCGTGATCTTCACTAGACAACCTTTTTCACC 176
||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 117 CAATCAATCCAAGCTTGCCCAAAACCTGATTGCGATCTTCACAAGACAACCTTTTTCCCC 176
Query 177 TGACGACCCTGAGCTACTGATACTCTCTCCAGAGCTCAACACCAAGGTAGTCGAAACCGT 236
|||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 177 TGACGACCCTGAGCTATTAAAACTCGCTCCAGAGCTCAACACCAAGGTAGTTGAAACAGT 236
Query 237 CTTGAATGGATTCAAAAGGTGGGGTTTGGCTTATCTGTTCTTCAATTGGGCTTCTAAACA 296
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 237 CTTGAATGAATTCAAAAGATGGGGTTTGGCTTATCTTTTCTTCAATTGGGCTTGTAAACA 296
Query 297 GGAAGGTTACAGAAACGATATGTATGCTTACAATGCCATGGCTTCTATCCTATCACGTGC 356
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GGAAGGTTATAGAAACGATATGTATGCTTACAATGCCATGGCTTCTATCCTATCACGTGC 356
Query 357 TCGACAAAATGCCTCACTGAAAGCTTTGGTTGTAGATGTTCTGAATTCTCGTTGTTTCAT 416
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 357 TCGACAAAATGCCTCACTGACGGCTTTGGTTGGAGATATTCTGAATTCTCGTTGTTTAAT 416
Query 417 GTCTCCTGGAGCTTTCGGGTTTTTCATTCGGTGTTTAGGTAATGCTGGGCTAGTGGATGA 476
|||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 417 GTCTCCCGGAGCGTTAGGGTTTTTTATTCGGTGTTTGGGTAATGCTGGGCTAGTGGAAGA 476
Query 477 AGCAAGTTCTGTTTTTGATCGAGTTAGAGAGATGGGTCTTTGTGTTCCTAATGCTTATAC 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AGCAAGTTCTGTTTTTGATCGAGTTAGAGAGATGGGTCTTTGTGTTCCTAATGCTTATAC 536
Query 537 TTATAACTGTTTGTTAGAAGCAATTTCTAAGTCGAATTCGAGCTCTGTTGAGTTGGTTGA 596
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 537 ATATAACTGTTTGTTAGAAGCAATTTCTAAGTCGAATTCAAGTTCGGTTGAGTTGGTTGA 596
Query 597 GGCGAGGTTGAAGGAGATGAGGGATTGCGGTTTTCATTTCGATAAATTTACTCTTACACC 656
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 GGCGAGGTTGCAGGAGATGAGGGATTGCGGTTTTCATTTCGATAAATTTACTCTTACACC 656
Query 657 AGTTTTGCAGGTTTATTGCAACACTGGTAAGTCTGAGAGAGCGTTGAGTGTTTTCAATGA 716
||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 657 AGTTTTGCAGGTTTATTGCAACAATGGGAAGTCCGAGAGAGCGTTGAGTGTTTTTAATGA 716
Query 717 GATTCTTAGTAGAGGTTGGCTTGATGAACATATTTCAACGATTTTGGTTGTTTCATTTTG 776
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 717 GATTCTTAGTAGAGATTGGCTTGATGAACATATTTCAACCATCTTGGTTGTGTCATTTTG 776
Query 777 TAAGTGGGGTCAGGTGGATAAGG-CTTTCGAGTTGATTGAGATGCTTGAAGAACGAGATA 835
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 777 TAAGTGGGGTCAGGTGGATAAGGCCTTT-GAGTTGATTGAGATGCTCGAAGAACGCCATA 835
Query 836 TTAGGTTGAACTATAAGACATATTGTGTTTTGATACATGGATTCGTAAAGGAGTCACGGA 895
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 836 TTAGGTTGAACTATAAGACATTTTGTGTTTTGATTCATGGATTTGTAAAGGAGTCTCGGA 895
Query 896 TTGATAAAGCTTTTCAGTTGTTTGAGAAAATGCGTCGGATGGGTATGAACGCTGATATTG 955
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TTGATAAAGCATTTCAGTTGTTTGAGAAAATGCGTCGGATGGGTATGAACGCTGATATTG 955
Query 956 CATTGTATGATGTGTTGATAGGAGGACTTTGCAAGCATAAAGATCTTGAGATGGCGCTGA 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 956 CATTGTATGATGTGTTGATAGGAGGACTTTGCAAGCATAAAGATCTTGAGATGGCTCTGA 1015
Query 1016 GTTTGTATTTGGAGATTAAGAGGTCAGGAATTCCACCTGATAGAGGAATACTTGGGAAGC 1075
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GTTTGTATTTGGAGATTAAGAGGTCGGGAATCCCACCTGATAGAGGAATACTTGGGAAGC 1075
Query 1076 TATTATGTTCATTTTCCGAAGAAAGTGAATTAAGTCGAATAACAGAAGTGATCATTGGAG 1135
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1076 TATTATGTTCATTTTCTGAAGAAAGTGAATTAAGTCGGATAACAAAAGTGATCATTGGAG 1135
Query 1136 ACATAGACAAAAAATCTGTGATGCTTCTTTACAAATCTTTGTTTGAGGGGTTTATTAGGA 1195
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1136 ACATAGACACAAAATCTGTGATGCTTCTTTATAAATCTTTGTTGGAGGGGTTTATTAGGA 1195
Query 1196 ATGATTTGGTGCATGAGGCTTACAGTTTTATTCAGAATCTCATGGGAAATTATGAGTCGG 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1196 ATGATTTGGTGCATGAGGCTTACAGTTTTATTCAGAACCTCATGGGAAATCATGAGTCGG 1255
Query 1256 ATGGTGTGTCTGAGATTGTTAAGCTTCTTAAGGATCATAATAAAGCAATCCTCCCAGATT 1315
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 ATGGTATGTCTGAGATTGTGAAGCTTCTTAAGGATCAAAATAAAGCAATCCTCCCAGATT 1315
Query 1316 CAGATTCTCTTAGCATTGTGATTAATTGCTTAGTCAAAGCTAACAAGGTGGATATGGCAG 1375
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1316 CAGATTCTCTTAGCATTGTGATTGACTGCTTAGTCAAAGCTAACAAGGTGAATATGGCAG 1375
Query 1376 TGACCTTGTTACATGATATTGTCCAGAATGGCCTTATTCCAGGTCCTATGATGTACAACA 1435
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1376 TGACCTTGTTACATGATATTGTCCAGAATGGTCTTATTCCAAGTCTTATGATGTACAACA 1435
Query 1436 ACATAATAGAGGGGATGTGTAAAGAAGGAAGGTCGGAAGAAAGCTTGAAACTCTTAGGAG 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1436 ACATAATAGAGGGGATGTGTAAAGAAGGAAGGTCGGAAGAAAGCTTGAAACTCTTAGCAG 1495
Query 1496 AAATGAAGGATGCCGGAGTTGAACCAAGTCAATTCACGCTTAATTGTATTTATGGTTGCT 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AAATGAAGGATGCCGGAGTTGAACCAAGTCAATACACACTTAATTGTATTTATGGTTGCT 1555
Query 1556 TGGCTGAACGATGCGATTTTGTAGGAGCATTGGACCTGCTGAAAAAGATGCGTTTTTATG 1615
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TGGCTGAACGATGCGATTTTGCAGGAGCATTGGACCTGCTGAAAAAGATGCGTTTTTATG 1615
Query 1616 GATTTGAGCCATGGATAAAGCATACTACCTTTCTTGTCAAAAAACTTTGCGAGAATGGAA 1675
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GATTTGAGCCATGGATAAAGCATACTACCTGTCTTGTCAAAAAACTTTGCGAGAATGGAA 1675
Query 1676 GGGCTGTTGATGCTTGCAAGTACCTTGATGATGTAGCTGGAGAAGGTTTCCTTGGTCACA 1735
||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1676 AGGCTGTTAATGCTTGCAAATACATTGATGATGTAGCTGGAGAAGGTTTCCTTCGTCACA 1735
Query 1736 TGGTTGCCTCTACTGCTGCGATTGATGGCCTCATAAAAAATGAGGGAGTAGATAGAGGTT 1795
||||| ||| ||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TGGTTTCCTATACTGCTGCAATTGAGGGTCTCATAAGAAATGAGGGAGTAGATAGAGGTT 1795
Query 1796 TAGAGTTATTCCGAGACATATGTGCCAATGGTCACTGCCCTGATGTGATTGCATATCATG 1855
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TAGAGTTATTCCGAGACACATGTGCCAATGGTCACTGCCCTGATGTGATTGCATATCATG 1855
Query 1856 TATTGATAAAGGCTCTATGTAAAGCGTGTCGAACTATGGAAGCTGATATCCTATTTAATG 1915
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |
Sbjct 1856 TATTGATAAAGGCTCTATGTAAAGCGTGTCGAACTACGGAAGCTGATAACCTGTTTAACG 1915
Query 1916 AAATGGTATCAAAAGGACTAAAACCTACTGTTGCTACTTATAACAGTATGATAGATGGAT 1975
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 AAATGGTATCAAAAGGACTAAAACCTTCTGTTGCTACTTATAACAGTATGATAGATGGAT 1975
Query 1976 GGTGCAAGGAAGGTGAGATTGACCGGGGCCTGTCTTGTATAGTGAGGATGTATGAGGATG 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 GGTGCAAGGAAGGTGAGATTGACCGGGGCCTGTCTTGTATAGTGAGGATGTATGAGGATG 2035
Query 2036 AGAAAAACCCTGATGTTATTACTTACACTAGCTTAATACATGGGCTATGCGCTAGCGGAA 2095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2036 AGAAAAACCCTGATGTTATTACTTACACTAGCTTAATACACGGGCTATGCGCTAGCAGAA 2095
Query 2096 GACCTAGTGAAGCAATCTTTCGTTGGAATGAAATGAAGGGAAAAGATTGCTATCCAAATA 2155
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2096 GACCTAGTGAAGCAATCTCTCGTTGGAATGAAATGAAGGGCAAAGATTGCTATCCAAATA 2155
Query 2156 GAATTACTTTTATGGCACTTATTCAGGGTCTTTGCAAGTGTGGCTGGTCTGGTGAGGCCT 2215
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2156 GAATTACTTTCATGGCACTTATTCAGGGTCTTTGCAACTGTGGCTGGTCTAGTGAAGCCT 2215
Query 2216 TAGTTTATTTTCGTGAGATGGAAGAAAAAGAAATGGAGCCTGATTCAGCTGTTTACTTAT 2275
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 TAGTTTATTTTCGTGAGATGGAAGAAAAGGAAATGGAGCCTGATTCAGCTGTTTACTTAT 2275
Query 2276 CACTCGTAAGCTCTTTTCTGTCAAGTGAAAACATCAATGCTGGGTTTGGGATATTCAGAG 2335
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2276 CCCTCGTAAGCTCTTTTCTGTCAAGTGAAAACATCAGTGCCGGGTTTGGGATATTCAGAG 2335
Query 2336 AAATGGTTCATAAAGGAAGATTTCCGGTTTCAGTAGATAGGAACTATATGCTTGCTGTTA 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2336 AAATGGTTCATAAAGGAAGATTTCCGGTTTCAGTAGATAGGAACTATCTGCTTGCAGTTG 2395
Query 2396 ATGTTACAAG 2405
||| ||||||
Sbjct 2396 ATGCTACAAG 2405
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94197175885
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5