BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G08470.1
Length=3718
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940314 jgi|Araly1|940314|scaffold_600858.1 5524 0.0
Ahg940333 jgi|Araly1|940333|scaffold_600877.1 2586 0.0
Ahg952239 jgi|Araly1|952239|scaffold_48700001.1 556 3e-157
> Ahg940314 jgi|Araly1|940314|scaffold_600858.1
Length=3411
Score = 5524 bits (2991), Expect = 0.0
Identities = 3274/3410 (96%), Gaps = 21/3410 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 ATCATCCCCGACGACGTGATGGAAACAGAAGCGGTGGTTAATACCGTCGCCGGCGTCGAC 81
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5 ATCATCCTCTCCGACGTGATGGAAACAGAAGCGGTGGTTAGTACCGTCGCCGGCGTCGAC 64
Query 82 TGTTTCGTCTCACTCCCTCGTCAATTACTACACGCGCTTCAATCCACCAGCTCCTCTCCT 141
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 65 TGTTTCGTTTCACTCCCTCGTCAATTACTCCACGCGCTTCAATCCACTAGCTCCTCTCCT 124
Query 142 CTCCCTCCGCTTCTCCCTGTCGAGCTACGCTCCGGTGACCGCCGTTGGTCAGTTGCTTGG 201
|| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 125 CTTCCTCCGCTTCTTCCTGTCGAGTTACGCTCCGGTGACCGCCGTTGGTCAGTTGCTTGG 184
Query 202 TCCGGCTCTAGCTCCTCCTCTTCTGCGATCGAGATCGCTCGAGTGTTTGCGGAAAGCATT 261
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 185 TCCGGCTCTAGCTCCTCCTCTTCTGCGATCGAGGTCGCTCGAGTGTTTGCGGAAACCATT 244
Query 262 TCGTTGCCGGATGGTACAGTTGTTAAAGTTCGTGTTCTTCCTAATGTGCCCAAGGCTACT 321
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 245 TCGTTGCCGGATGGTACAGTTGTTCAAGTTCGTGTTCTTCCTAATGTTCCCAAGGCTACA 304
Query 322 TTAGTAACAGTCGAACCAGAGACTGAAGATGACTGGGAAGTTCTTGAGCTCAATGCTGAA 381
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 305 TTAGTAACAGTTGAACCAGAGACTGAAGATGACTGGGAAGTTCTTGAGCTCAATGCAGAA 364
Query 382 CTTGCCGAGGCAGCTATACTTAGTCAGGTGAGGATACTACATGAGACCATGAAATTCCCT 441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 CTTGCCGAGGCAGCTATACTTAGTCAGGTGAGGATACTACATGAGACCATGAAATTCCCT 424
Query 442 TTGTGGTTGCATGACCGAACTGTGATAAGATTTTCTGTGGTTTCAACATTTCCATCAAAA 501
||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 TTGTGGTTGCATGACCGAACTGTGATAAGCTTTGCAGTGGTTTCAACATTTCCATCAAAA 484
Query 502 GGGGTGGTACAACTTGTGCCAGGAACTGAAGTGGCTGTGGCTCCAAAGAGACGTGACAGA 561
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 485 GGGGTGGTACAACTTGTGCCAGGAACTGAAGTGGCTGTGGCTCCAAAGAGGCGTGACAGA 544
Query 562 AATCTCAAAGCAAAAAAGAGTCAGGAAAAAGAATGTAACAATGTGAAGGCTCTACTACGT 621
||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||| ||||
Sbjct 545 AATCTCAAAGCAAAAAAGAGTCAGGAAAAAGAAAGCACCAATGTCAAGGCTCTATTACGC 604
Query 622 GTACAAGAGACTGATAGATCAGCCTTTCATGAAGCTGATGTCAAAGGATTTGAGCTAAGG 681
|||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 GTACAAGATACTGGTAGATCAGCCTTTCGTGAAGCTGATGTCAAAGGATTTGAGCTAAGG 664
Query 682 GTAGCCCTCACGTCTATTGCCTATATTCATCCAGAAACTGCCAAGAAACACTCTCTAGAA 741
||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 665 GTAGCCCTCACTTCTGTTGCCTACATTCATCCAGAAACTGCCAAGAATTACTCTCTAGAA 724
Query 742 TCTCTTCAGTTGATTTCTGTATCCCCTAGAATACCTTTGAAAGGTAGTGCAAAGAAGGAT 801
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 725 TCTCTTCAGTTGATTTCTGTATCCCCTAGAATACCTTTGAAAGGTACTGCAAAAAAGGAT 784
Query 802 GAAGCCTTAAATATGAAAAACAGTGAAGCTTCAAAGGTGGCCGAGAATGGTACTTCAAGC 861
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 GAAGCCTTAAATATCAAAAACAGTGAAGCTTCAAAGGTGGCCGAGAATGGTACTTCAAGT 844
Query 862 GCCAAGAAAGAGCCTCGTCAAGCAATTCTTCGTCTTGTCTTTTCAGATTTAGCTGCTAAA 921
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 845 GCAAAGAAAGAGCCCCGTCAAGCAATTCTTCGTCTTGTCTTTTCGGATTTAGCTGCTAAA 904
Query 922 GGACATCTAATGATGGTCGAGTCTCTTCGTCTCTATCTAGGAGCAGGCCTACACTCATGG 981
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 905 GGACATCTAATGATGGTCGAGTCTCTTCGTCTCTATCTCGGAGCAGGCCTACACTCATGG 964
Query 982 GTTTACTTAAGGGGATGCAATGTGAATGAAGACAAAGAAATTCCTGCTCTTTCACTTTCT 1041
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 965 GTTTACTTAAGGGGATGCAATGTGAATGAAAACAAAGAAACTCCTGCTCTTTCACTTTCT 1024
Query 1042 CCTTGTGTCTTCAAGATTTCTGAAAATGAAAAGGTGCTGGATAAGGGTACGGATAGGCTT 1101
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||
Sbjct 1025 CCTTGCGTCTTCAAGATTTCTGAAAATGAAAAGGTGCTGGATAGGGGTACAGATATGCTT 1084
Query 1102 GGTAATAACAATTCTGTTAGAAAAAGCAGTCATCCACCGTCTGGCTTGAGCACCTATGTG 1161
|||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1085 GGTAATCATAATTCTATTAGAAATTGCAGTCATCCACCGTCTGGCTTGAGCACCTATATG 1144
Query 1162 GATGTTGTCGACTGGTCTGTGCACGATAAGGTTGTTACAGCTCTTTCATCTGAGGGTTTG 1221
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 GATGTTGTCGACTGGTCTGTTCACGATAAGGTTGTTACAGCTCTTTCATCTGAGGGTTTG 1204
Query 1222 CATGACGAAGGAAATC------ATG-------A--TAAGAATAAG-AAAGGATTGGAATA 1265
|||||| ||||||||| ||| | |||||||||| ||| | |||||||
Sbjct 1205 CATGACAAAGGAAATCAAGTTAATGCCTATCAAGTTAAGAATAAGAAAAAG-TTGGAATG 1263
Query 1266 CCTTACTCGCCTGTGGTCATTGGCACAGCTTGATGCTATGGCGTCAGTCACAGGAGTTGA 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 CCTTACTCGCCTGTGGTCATTGGCACAGCTTGATGCTATTGCGTCAGTCACAGGAGTTGA 1323
Query 1326 TGTTAGTTCGTTAATTGTGGGAAGAGAAACGTTTTTCCATTTCGAAGTAAGAGGG-CTCG 1384
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |
Sbjct 1324 TGTTAGTTCGTTAATTGTAGGAAGAGAAACGTTTTTCCACTTCGAAGTAAGAGGGCCT-G 1382
Query 1385 AATCTTATAAATCCATAGACGGGCAGCCTTCTGTTAATGATCGTTGGGAAAGTGGGAAGA 1444
|||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 AATCGTATAAATTCAGAGACGGGCAGCCTTCTGTTAATGATCGTTGGGAAAGTGGGAAGA 1442
Query 1445 AGGATAAACACACTCCTTTAGAAATTTTGTACGTCATGACGGTCTCTGATGAGTCTTTGC 1504
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1443 AGGATAAAAACACTCCTTTAGAAATTTTGTATGTCATGACGGTCTCTGACGAGTCTTTGC 1502
Query 1505 TTGGTGATAAATTCGCTGGGTATGATCTTAGCCTGGATAGAAGTGAGAAGAGCGACAATG 1564
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1503 TTGGTGATAAATTCGCTGGGTATGATCTTAGCCTGGATAGAAGTGAGAAGAGCGGCAATG 1562
Query 1565 TGGTGCATATTGAGCCAGTGCTTGAGAAGATGAATCTTGGCGAGCCTATATATTTAAAGT 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1563 TGGTGCATATTGAGCCAGTGCTTGAGAAGATGAATCTTGGCGACCCTATATATTTAACGT 1622
Query 1625 CGGCTAAAGAGACACACTGCAATAAAGGTGTTTCCCCAGATATATCCTCCTTGACGTGGA 1684
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CAGCTAAAGAAACACACTGCAATAAAGGTGTTTCCCCGGATATATCCTCCTTGACGTGGA 1682
Query 1685 TGGGCCCAATCGTGTCGGATGTTATCAAGAGAATGACCGTGTTGTTGTCTCCTGCAGCTG 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 TGGGCCCAATCGTGTCGGATGTTATCAAGAGAATGACCGTGTTGTTGTCTCCTGCAGCTG 1742
Query 1745 GAATGTGGTTTAGCAAGTTCAAGATTCCATCACCTGGACATATTCTCATATATGGGCCTC 1804
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1743 GAATGTGGTTTAGCAAGTTCAAGATTCCATCACCTGGACATATTCTGATATATGGGCCTC 1802
Query 1805 CTGGTTCAGGAAAGACAATATTGGCAAGAGCTGCTGCAAAGTATTTCGAAGAACAGAAAG 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1803 CTGGTTCAGGAAAGACAATATTGGCAAGAGCTGCTGCAAAGTACTTCGAAGAACAGAAAG 1862
Query 1865 ACTTGTTGGCACATGTGATTTTAGTATCCTGTTCTACACTTGCCTTGGAGAAGGTTCAAC 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 ACTTGTTGGCACATGTGATTTTAGTATCCTGTTCTACACTTGCCTTGGAGAAGGTTCAAC 1922
Query 1925 ACATCCATCATGTCCTTTCTAGTGTAATAGCTGAGGGGTTGGAACATGCACCATCTGTCA 1984
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1923 ACATCCATCAAGTCCTTTCTAGTGTAATAGCTGAGGGCTTGGAACATGCACCATCCGTCA 1982
Query 1985 TCATTTTGGATGATCTTGATAGCATTATCTCATCGTCTTCTGATACTGAAGGAACACAAG 2044
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCATTTTGGATGATCTCGATAGCATTATCTCATCGTCTTCAGATACTGAAGGAACACAAG 2042
Query 2045 CTTCGGTTGGGGTTACAATGCTTACAAAATTCCTAACAGATGTTATAGATGATTATGGGG 2104
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 CTTCGGTTGGGGTTACGATGCTTACAAAATTCGTAACAGATGTTATAGATGATTATGGGG 2102
Query 2105 AATACAGGAATTCCTCTTGTGGAATTGGCCCACTTGCATTCGTTGCTTCTGTCCAGTCTC 2164
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 AATACAGGAATTTCTCTTGTGGAATTGGCCCACTTGCATTCGTTGCTTCTGTCCAGTCTC 2162
Query 2165 TAGAGCAAATTCCACAGACATTGAGCTCATCAGGAAGGTTTGACTTCCATGTGCAACTGG 2224
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2163 TAGAGCAAATTCCACAGACATTGAGCTCATCAGGACGGTTTGATTTCCATGTACAACTGG 2222
Query 2225 CTGCTCCTGCTACCTCGGAACGTGGGGCCATACTGAAGCATGAGATACAGAAACGCCTTT 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 CTGCTCCTGCTACCTCGGAACGTGGGGCCATACTGAAGCATGAGATACAGAAACGCCTTT 2282
Query 2285 TAGACTGTTCAGAAGACATTTTACTTAACTTAGCTGCTAAATGTGAAGGATATGATGCAT 2344
||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 TAGACTGTTCAGAAGACATATTGCTTGACTTAGCTGCTAAATGTGAAGGATATGATGCAT 2342
Query 2345 ATGACCTGGAAATATTGGTTGATAGAGCTGTTCATGCTGCCATTGGCCGGCATCTACCTT 2404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 ATGACCTGGAAATATTGGTTGATAGAGCTGTTCATGCTGCCATTGGCCGGCATCTACCTT 2402
Query 2405 -TAGAATCAAATATATCCAAATATAATTTGGTCAAAGAAGACTTTACTCGAGCTATGCAT 2463
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 GT-GAATCAAATATATCCAAATATAATTTGGTTAAAGAAGACTTTACTCGAGCTATGCAT 2461
Query 2464 GATTTTGTGCCTGTTGCCATGCGTGACATCACAAAATCTGCCTCTGAAGGTGGTCGTTTG 2523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 GATTTTGTGCCTGTTGCCATGCGTGACATCACAAAATCCGCCTCTGAAGGTGGTCGTTTG 2521
Query 2524 GGGTGGGAAGATGTGGGAGGTGTGACTGATATTAAAAATGCTATCAAAGAGATGATTGAG 2583
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2522 GGGTGGGAAGATGTGGGAGGTGTGACTGATATTAAAAATGCTATAAAAGAGATGATTGAG 2581
Query 2584 CTGCCATCAAAATTTCCAAAAATCTTTGCAAAATCTCCTCTGCGTTTGAGATCGAATGTT 2643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 CTGCCATCAAAATTTCCAAAAATCTTTGCAAAATCTCCTCTGCGTTTGAGATCGAATGTT 2641
Query 2644 CTCTTGTATGGCCCACCCGGTTGTGGGAAGACTCACATTGTTGGTGCAGCTGCTGCAGCG 2703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2642 CTCTTGTATGGCCCACCCGGTTGTGGGAAGACTCACATTGTTGGTGCAGCTGCTGCAGCG 2701
Query 2704 TGTTCCCTACGGTTTATATCGGTGAAGGGGCCTGAGCTGTTAAACAAATACATTGGTGCA 2763
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 TGTTCCCTACGGTTTATATCGGTAAAGGGGCCTGAGCTGTTAAACAAATACATTGGTGCA 2761
Query 2764 TCTGAACAAGCGGTCCGTGATATATTTTCGAAAGCAGCAGCTGCAGCTCCATGCATACTC 2823
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2762 TCTGAACAAGCGGTCCGTGATATATTTTCAAAAGCAGCAGCTGCAGCACCATGCATACTC 2821
Query 2824 TTTTTCGATGAATTCGATTCAATTGCTCCCAAAAGAGGACATGATAATACTGGTGTAACT 2883
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 TTTTTCGATGAATTCGATTCAATTGCTCCCAAGAGAGGACATGATAATACTGGTGTAACT 2881
Query 2884 GATCGAGTTGTTAATCAATTTTTGACAGAACTGGATGGAGTTGAAGTTCTAACAGGGGTC 2943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2882 GATCGAGTTGTTAATCAATTTTTGACAGAACTGGATGGAGTTGAAGTTCTAACCGGTGTC 2941
Query 2944 TTTGTATTTGCTGCAACCAGTAGACCAGATTTACTTGATCCTGCCCTCCTAAGGCCTGGC 3003
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2942 TTTGTATTTGCTGCAACCAGTAGACCAGATCTACTTGATCCTGCACTCCTAAGGCCTGGC 3001
Query 3004 CGGCTTGATCGTCTTCTTTTGTGCGACTTTCCTTCCCCACCAGAACGATTAGAGATTCTT 3063
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3002 CGGCTTGATCGTCTTCTTATGTGCGACTTTCCTTCCCCACCAGAACGATTAGATATTCTT 3061
Query 3064 ACAGTTCTTTCTAGAAAGCTTCTGATGGCTGATGATATTGACCTAGAGCCTATAGCTTTG 3123
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3062 ACTGTTCTTTCTAGAAAGCTTCCAATGGCTGATGATATTGACTTAGAGCCTATAGCTTTG 3121
Query 3124 ATGACTGAAGGCTTCAGTGGAGCTGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCA 3183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3122 ATGACTGAAGGCTTCAGTGGAGCTGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCA 3181
Query 3184 GCTGTACACGAGTATCTGAACAGAGAAGATAAACCCGAGACCGGAACTACACCAATAATA 3243
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3182 GCTGTACACGAGTATCTGAACAGAGAAGATAAACCTGAGACCGGAACTACGCCAATAATA 3241
Query 3244 ACTGATCCTCTTCTGAAGTCGATTGCTTCTAAAACTAAACCATCGGTTTCCGAAACCGAG 3303
|| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3242 ACCGATCCTCTTTTGAAGTCGATCGCTTCTAAAACTAAACCATCAGTTTCCGAAACCGAG 3301
Query 3304 AAACAAAAGCTCTATGACATATATAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGTCAAGAGAA 3363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3302 AAACAAAAGCTCTATGACATATATAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGACAAGAGAA 3361
Query 3364 GCAAAGGGCAAAAGAGCAACCTTAGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 3413
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3362 GCAAAGGGCAAAAGGGCAACCTTAGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 3411
> Ahg940333 jgi|Araly1|940333|scaffold_600877.1
Length=1971
Score = 2586 bits (1400), Expect = 0.0
Identities = 1485/1527 (97%), Gaps = 2/1527 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1888 GTATCCTGTTCTACACTTGCCTTGGAGAAGGTTCAACACATCCATCATGTCCTTTCTAGT 1947
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 446 GTATCCTGTTCTACGCTTGCCTTGGAGAAGGTTCAACACATCCATCAAGTCCTTTCTAGT 505
Query 1948 GTAATAGCTGAGGGGTTGGAACATGCACCATCTGTCATCATTTTGGATGATCTTGATAGC 2007
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 506 GTAATAGCTGAGGGCTTGGAACATGCACCATCCGTCATCATTTTGGATGATCTCGATAGC 565
Query 2008 ATTATCTCATCGTCTTCTGATACTGAAGGAACACAAGCTTCGGTTGGGGTTACAATGCTT 2067
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 566 ATTATCTCATCGTCTTCAGATACCGAAGGAACACAAGCTTCGGTTGGGGTTACGATGCTT 625
Query 2068 ACAAAATTCCTAACAGATGTTATAGATGATTATGGGGAATACAGGAATTCCTCTTGTGGA 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 626 ACAAAATTCCTAACAGATGTTATAGATGATTATGGGGAATACAAGAATAACTCTTGTGGA 685
Query 2128 ATTGGCCCACTTGCATTCGTTGCTTCTGTCCAGTCTCTAGAGCAAATTCCACAGACATTG 2187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 ATTGGCCCACTTGCATTCGTTGCTTCTGTCCAGTCTCTAGAGCAAATTCCACAGACATTG 745
Query 2188 AGCTCATCAGGAAGGTTTGACTTCCATGTGCAACTGGCTGCTCCTGCTACCTCGGAACGT 2247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 AGCTCATCAGGAAGGTTTGACTTCCATGTGCAACTGGCTGCTCCTGCTACCTCGGAACGT 805
Query 2248 GGGGCCATACTGAAGCATGAGATACAGAAACGCCTTTTAGACTGTTCAGAAGACATTTTA 2307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 806 GGGGCCATACTGAAGCATGAGATACAGAAACGCCTTTTAGACTGTTCAGAAGACATATTG 865
Query 2308 CTTAACTTAGCTGCTAAATGTGAAGGATATGATGCATATGACCTGGAAATATTGGTTGAT 2367
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 CTTGACTTAGCTGCTAAATGTGAAGGATATGATGCATATGACCTGGAAATATTGGTTGAT 925
Query 2368 AGAGCTGTTCATGCTGCCATTGGCCGGCATCTACCTT-TAGAATCAAATATATCCAAATA 2426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 926 AGAGCTGTTCATGCTGCCATTGGCCGGCATCTACCTTGT-GAATCAAATATATCCAAATA 984
Query 2427 TAATTTGGTCAAAGAAGACTTTACTCGAGCTATGCATGATTTTGTGCCTGTTGCCATGCG 2486
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 TAATTTGGTCAAAGAAGACTTTACTAGAGCTATGCATGATTTTGTGCCTGTTGCCATGCG 1044
Query 2487 TGACATCACAAAATCTGCCTCTGAAGGTGGTCGTTTGGGGTGGGAAGATGTGGGAGGTGT 2546
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 TGACATCACAAAATCCGCCTCTGAAGGTGGTCGTTTGGGGTGGGAAGATGTGGGAGGTGT 1104
Query 2547 GACTGATATTAAAAATGCTATCAAAGAGATGATTGAGCTGCCATCAAAATTTCCAAAAAT 2606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 GACTGATATTAAAAATGCTATCAAAGAGATGATTGAGCTGCCATCAAAATTTCCAAAAAT 1164
Query 2607 CTTTGCAAAATCTCCTCTGCGTTTGAGATCGAATGTTCTCTTGTATGGCCCACCCGGTTG 2666
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 CTTTGCAAAATCTCCTTTGCGTTTGAGATCGAATGTTCTCTTGTATGGCCCACCCGGTTG 1224
Query 2667 TGGGAAGACTCACATTGTTGGTGCAGCTGCTGCAGCGTGTTCCCTACGGTTTATATCGGT 2726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1225 TGGGAAGACTCACATTGTTGGTGCAGCTGCTGCAGCGTGTTCCCTACGGTTTATATCAGT 1284
Query 2727 GAAGGGGCCTGAGCTGTTAAACAAATACATTGGTGCATCTGAACAAGCGGTCCGTGATAT 2786
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 GAAGGGGCCTGAGTTGTTAAACAAATACATTGGTGCATCTGAACAAGCGGTCCGTGATAT 1344
Query 2787 ATTTTCGAAAGCAGCAGCTGCAGCTCCATGCATACTCTTTTTCGATGAATTCGATTCAAT 2846
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 ATTTTCAAAAGCAGCAGCTGCAGCACCATGCATACTCTTTTTCGATGAATTCGATTCAAT 1404
Query 2847 TGCTCCCAAAAGAGGACATGATAATACTGGTGTAACTGATCGAGTTGTTAATCAATTTTT 2906
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 TGCTCCCAAGAGAGGACATGATAATACCGGTGTAACTGATCGAGTTGTTAATCAATTTTT 1464
Query 2907 GACAGAACTGGATGGAGTTGAAGTTCTAACAGGGGTCTTTGTATTTGCTGCAACCAGTAG 2966
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 GACAGAACTGGATGGAGTTGAAGTTCTAACCGGTGTCTTTGTATTTGCTGCAACCAGTAG 1524
Query 2967 ACCAGATTTACTTGATCCTGCCCTCCTAAGGCCTGGCCGGCTTGATCGTCTTCTTTTGTG 3026
||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1525 ACCAGATCTACTTGATCCTGCACTCCTAAGGCCTGGCCGGCTTGATCGTCTTCTTATGTG 1584
Query 3027 CGACTTTCCTTCCCCACCAGAACGATTAGAGATTCTTACAGTTCTTTCTAGAAAGCTTCT 3086
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 CGACTTTCCTTCCCCACCAGAACGATTAGAGATTCTTACAGTTCTTTCTAGAAAGCTTCC 1644
Query 3087 GATGGCTGATGATATTGACCTAGAGCCTATAGCTTTGATGACTGAAGGCTTCAGTGGAGC 3146
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 AATGGCTGATGATATTGACTTAGAGCCTATAGCTTTGATGACTGAAGGCTTCAGTGGAGC 1704
Query 3147 TGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCAGCTGTACACGAGTATCTGAACAG 3206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 TGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCAGCTGTACACGAGTATCTGAACAG 1764
Query 3207 AGAAGATAAACCCGAGACCGGAACTACACCAATAATAACTGATCCTCTTCTGAAGTCGAT 3266
|||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1765 AGAAGATAAACCTGAGACTGGAACTACGCCAATAATAACCGATCCTCTTTTGAAGTCGAT 1824
Query 3267 TGCTTCTAAAACTAAACCATCGGTTTCCGAAACCGAGAAACAAAAGCTCTATGACATATA 3326
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 CGCTTCTAAAACTAAACCATCAGTCTCCGAAACCGAGAAACAAAAGCTCTATGACATATA 1884
Query 3327 TAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGTCAAGAGAAGCAAAGGGCAAAAGAGCAACCTT 3386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1885 TAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGTCAAGAGAAGCAAAGGGCAAAAGGGCAACCTT 1944
Query 3387 AGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 3413
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 AGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 1971
Score = 433 bits (234), Expect = 5e-120
Identities = 264/278 (95%), Gaps = 4/278 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 236 TCGCTCGAGTGTTTGCGGAAAGCATTTCGTTGCCGGATGGTACAG-T--TGTTAAAGTTC 292
||||||||||||||||||||||||||||||| | | || || || | |||||||||||
Sbjct 172 TCGCTCGAGTGTTTGCGGAAAGCATTTCGTT-ACAGTTGTTAAAGTTCGTGTTAAAGTTC 230
Query 293 GTGTTCTTCCTAATGTGCCCAAGGCTACTTTAGTAACAGTCGAACCAGAGACTGAAGATG 352
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 GTGTTCTTCCTAATGTTCCCAAGGCTACTTTAGTAACAGTCGAACCAGAGACTGAAGATG 290
Query 353 ACTGGGAAGTTCTTGAGCTCAATGCTGAACTTGCCGAGGCAGCTATACTTAGTCAGGTGA 412
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 ACTGGGAAGTTCTTGAGCTCAATGCAGAACTTGCCGAGGCAGCTATACTTAGTCAGGTGA 350
Query 413 GGATACTACATGAGACCATGAAATTCCCTTTGTGGTTGCATGACCGAACTGTGATAAGAT 472
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 351 GGATACTACATGAGACCATGAAATTCCCTTTGTGGTTGCATGACCGAACTGTGATAAGGT 410
Query 473 TTTCTGTGGTTTCAACATTTCCATCAAAAGGGGTGGTA 510
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 TTGCAGTGGTTTCAACATTTCCATCAAAAGGGGTGGTA 448
Score = 261 bits (141), Expect = 3e-68
Identities = 165/176 (94%), Gaps = 4/176 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 CAAATCATCATCCCCGACGACGTGATGGAAACAGAAGCGGTGGTTAATACCGTCGCCGGC 75
||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2 CAAATCATCAT-CTC--CGACGTGATGGAAACAGAAGCGGTGGTTAATACCATCGCCGGC 58
Query 76 GTCGACTGTTTCGTCTCACTCCCTCGTCAATTACTACACGCGCTTCAATCCACCAGCTCC 135
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 59 GTCGACTGTTTCATTTCACTCCCTCGTCAATTACTACACGCGCTTCAATCCACTAGCTCC 118
Query 136 TCTCCTCTCCCTCCGCTTCTCCCTGTCGAGCTACGCTCCGGTGACCGCCGTTGGTC 191
|||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TCTCCTCTTC-TCCGCTTCTCCCTGTCGAGCTCCGCTCCGGTGACCGCCGTTGGTC 173
> Ahg952239 jgi|Araly1|952239|scaffold_48700001.1
Length=352
Score = 556 bits (301), Expect = 3e-157
Identities = 323/334 (97%), Gaps = 0/334 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3080 AGCTTCTGATGGCTGATGATATTGACCTAGAGCCTATAGCTTTGATGACTGAAGGCTTCA 3139
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 19 AGCTTCCAATGGCTGATGATATTGACTTAGAGCCTATAGCTTTGATGACTGAAGGCTTCA 78
Query 3140 GTGGAGCTGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCAGCTGTACACGAGTATC 3199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 79 GTGGAGCTGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCAGCTGTACACGAGTATC 138
Query 3200 TGAACAGAGAAGATAAACCCGAGACCGGAACTACACCAATAATAACTGATCCTCTTCTGA 3259
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 139 TGAACAGAGAAGATAAACCTGAGACCGGAACTACGCCAATAATAACCGATCCTCTTTTGA 198
Query 3260 AGTCGATTGCTTCTAAAACTAAACCATCGGTTTCCGAAACCGAGAAACAAAAGCTCTATG 3319
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 AGTCGATCGCTTCTAAAACTAAACCATCAGTTTCCGAAACCGAGAAACAAAAGCTCTATG 258
Query 3320 ACATATATAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGTCAAGAGAAGCAAAGGGCAAAAGAG 3379
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 259 ACATATATAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGACAAGAGAAGCAAAGGGCAAAAGGG 318
Query 3380 CAACCTTAGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 3413
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 319 CAACCTTAGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 352
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140470501943
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5