BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G08530.1
Length=1923
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487692 jgi|Araly1|487692|fgenesh2_kg.6__826__AT5G08530.1 3203 0.0
> Ahg487692 jgi|Araly1|487692|fgenesh2_kg.6__826__AT5G08530.1
Length=1909
Score = 3203 bits (1734), Expect = 0.0
Identities = 1863/1923 (97%), Gaps = 18/1923 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TTATCTCGAGTTCGTCGGTCTCAGGTGGGCAGTGATTATAACTTCGTCTCCGTGTCTGTT 63
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 1 TTATCTCGAGTTCGTCGGTCTCAGGTGGGCAGTGATTATAA------CTCC--GTCTGTT 52
Query 64 CAAGCTCCCATTCTTGTGGCCTTCACGCTTCAGGAA-CAAAGACCAGTATCTCTCTGAAA 122
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |
Sbjct 53 CAAGCTCCCATTCTTGTGGCCTTCACGCTTCAGGAACCAAAGACCAGTCTCTCTCCGTAC 112
Query 123 GACTACTTCTCGGAAATTTTCGTCTCCATGGCACCCGTGAGGGGGATTCTTGGCTTGCAA 182
|| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 113 GATTACTTCGCGGAAA-TTTCGTCTCCATGGCACCCGTGAGGGGGATTCTTGGCTTGCAA 171
Query 183 AGGGCAGTGTCCATTTGGAAGGAAAGTAACAGACTGACTCCAGCTTTGAGATCATTCAGC 242
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 AGGGCAGTGTCCATTTGGAAGGAAATTAACAGACTGGCTCCAGCTTTGAGATCATTCAGC 231
Query 243 ACTCAAGCTGCATCCACTTCCACCACTCCACAGCCTCCTCCACCTCCTCCGCCTCCGGAA 302
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 232 ACTCAAGCTGCATCCACTTCTACCACTCCACAGCCACCTCCACCTCCTCCGCCCCCGGAA 291
Query 303 AAGACTCATTTCGGTGGTCTCAAGGATGAAGATCGGATTTTTACTAATCTCTATGGTCTG 362
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 AAGACTCATTTCGGTGGTCTCACGGATGAAGATCGGATTTTTACTAATCTCTATGGTCTG 351
Query 363 CATGACCCATTTCTCAAAGGCGCGATGAAGAGAGGTGATTGGCATAGGACCAAAGATTTG 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 CATGACCCATTTCTCAAAGGCGCGATGAAGAGAGGTGATTGGCATAGGACCAAAGATTTG 411
Query 423 GTGCTCAAGGGTACTGATTGGATTGTCAATGAAATGAAGAAATCTGGACTTCGTGGACGT 482
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 412 GTACTCAAGGGTACTGATTGGATTGTCAATGAAATGAAGAAATCTGGTCTTCGTGGACGT 471
Query 483 GGTGGTGCTGGTTTCCCTTCTGGTCTTAAGTGGTCCTTTATGCCTAAAGTTTCTGATGGC 542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 GGTGGTGCTGGTTTCCCTTCTGGTCTTAAGTGGTCCTTTATGCCTAAAGTTTCTGATGGC 531
Query 543 CGTCCCTCCTATTTGGTTGTCAATGCTGATGAGAGTGAGCCTGGAACTTGTAAAGATAGG 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 CGTCCCTCCTATTTGGTTGTCAATGCTGATGAGAGTGAGCCTGGAACTTGTAAAGATAGG 591
Query 603 GAGATCATGCGTCATGACCCTCACAAATTGTTGGAAGGGTGTTTGATTGCTGGTGTTGGA 662
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 592 GAGATCATGCGTCATGACCCTCACAAATTGTTGGAAGGGTGTTTAATTGCTGGTGTCGGA 651
Query 663 ATGAGAGCTAGTGCTGCGTATATTTACATCAGGGGTGAATATGTGAATGAGCGTTTGAAT 722
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 ATGAGAGCCAGTGCAGCGTATATTTACATCAGGGGTGAATATGTGAATGAGCGTTTGAAT 711
Query 723 CTAGAGAAGGCTAGAAGAGAAGCGTATGCAGCTGGTCTCTTGGGGAAGAATGCATGTGGT 782
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 CTAGAGAAGGCTAGAAGAGAAGCATATGCAGCTGGTCTCTTGGGGAAGAATGCATGTGGT 771
Query 783 TCTGGTTATGATTTTGAAGTTTATATCCACTTTGGTGCTGGTGCGTACATTTGTGGTGAA 842
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 772 TCTGGTTATGATTTTGATGTTTATATCCACTTTGGTGCCGGTGCTTACATTTGTGGTGAA 831
Query 843 GAGACTGCGCTTCTTGAAAGCCTTGAAGGGAAGCAAGGAAAACCTAGGTTGAAGCCTCCG 902
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GAGACTGCCCTTCTTGAAAGCCTTGAAGGGAAGCAAGGAAAACCTAGGTTGAAGCCTCCG 891
Query 903 TTCCCTGCTAATGCTGGTTTATATGGTTGTCCCACAACTGTTACCAATGTGGAAACAGTG 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 TTCCCTGCTAATGCTGGTTTATATGGTTGTCCCACAACTGTTACCAATGTGGAAACAGTG 951
Query 963 GCTGTTTCGCCTACCATTTTAAGGCGTGGACCTGAGTGGTTTTCTAGTTTCGGTAGGAAG 1022
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 GCTGTTTCACCTACCATTTTAAGGCGTGGACCTGAGTGGTTTTCTAGTTTCGGTAGGAAG 1011
Query 1023 AATAACGCTGGGACAAAGCTCTTTTGTATATCAGGCCATGTAAACAAGCCATGCACGGTG 1082
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 AATAACGCTGGGACAAAGCTGTTTTGTATATCGGGCCATGTAAACAAGCCATGCACGGTA 1071
Query 1083 GAAGAGGAGATGAGTATACCTCTCAAGGAACTGATTGAGAGGCATTGTGGAGGTGTTAGG 1142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GAAGAGGAGATGAGTATACCTCTCAAGGAACTGATTGAGAGGCATTGTGGAGGTGTTAGA 1131
Query 1143 GGTGGATGGGACAATCTACTTGCTATCATCCCTGGTGGTTCATCTGTTCCTCTGATCCCT 1202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1132 GGTGGATGGGACAATCTACTTGCTATCATCCCTGGTGGTTCATCTGTTCCTCTGATTCCT 1191
Query 1203 AAGAACATTTGCGAGGATGTGCTGATGGATTTCGATGCGCTCAAGGCTGTCCAATCAGGG 1262
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 AAGAACATTTGCGAGGATGTGCTGATGGATTTTGATGCGCTCAAGGCTGTCCAATCAGGG 1251
Query 1263 TTAGGAACTGCAGCAGTCATTGTGATGGATAAATCAACCGATGTTGTGGATGCAATTGCA 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 TTAGGAACTGCAGCAGTCATTGTGATGGATAAATCAACCGATGTTGTGGATGCAATTGCA 1311
Query 1323 AGGCTCTCTTACTTCTACAAGCATGAAAGCTGTGGGCAGTGCACTCCTTGCAGAGAGGGA 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 AGGCTCTCTTACTTCTACAAGCATGAAAGCTGTGGGCAGTGCACTCCTTGCAGAGAGGGA 1371
Query 1383 ACAGGTTGGCTTTGGATGATCATGGAGAGAATGAAAGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAG 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 ACAGGTTGGCTTTGGATGATCATGGAGAGAATGAAAGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAG 1431
Query 1443 ATTGATATGCTGCAGGAGGTAACCAAACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGT 1502
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 ATTGATATGCTACAGGAGGTAACCAAACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGT 1491
Query 1503 GATGCAGCTGCATGGCCTGTGCAAGGTCTGATAAGACACTTTAGGCCAGAGCTCGAGAGA 1562
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 GATGCAGCTGCATGGCCCGTGCAAGGTCTGATAAGACACTTTAGGCCAGAGCTCGAGAGA 1551
Query 1563 AGGATCAGGGAACGCGCTGAAAGGGAGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAAGTACCTTGTTAA 1622
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 AGGATCAGGGAACGAGCTGAAAGGGAGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAAGTACCTTGTTAA 1611
Query 1623 CCAGAGGG-AGTTTGCTATTATTCTCCATGGAAATAAAATCTGAATGAACAACTAGTAAC 1681
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||
Sbjct 1612 CCAGAGGGGA-TTTGCTATTATTCTCCATGGAAATAAAATCTGAATGCACA-CTATTAAC 1669
Query 1682 GGTTTTGGGATGCAAAGCTACTTCAGAAGGAGAAGAAGGTAATGTAATTTGTTTGAATGG 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1670 GGTTTTGGGATGCAAAGCTACTTCAGAAGGAGAAGAAGGTAATGTA-TTTGTTTGAATTG 1728
Query 1742 TTAATGTTAAAACTCTCTTAAAGTTGTATCAGAAA-GAGCGCGATTTGCTCTTTTGCATT 1800
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1729 TTAATGTTAAAACTCTCTTCAAGTTGTATCAGAAAAGAGCGCTATTTGCTCTTTTGCATT 1788
Query 1801 ACTCTACTTTCTTT-ATTGTTTGCTTGTTATGTTTATTCGAGTATGAAAGCACATTTTGG 1859
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 1789 ACTCTACTTTCTTTTATTGTTTGCATGTTATGTT-ATT-GACTATGAGAGCACATTTTGG 1846
Query 1860 GAACAACCAAAGAAACCCTTTTCATGTTTGAAATAAAGAATGCTCCTTTTTGGGTTTATA 1919
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GAACAACCAAACAAACCCTTTTCATGTTTGAAATAAAGAATGCTCCTTTTTGGGTTTATA 1906
Query 1920 AGT 1922
|||
Sbjct 1907 AGT 1909
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72257194765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5