BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G08650.1
Length=2300
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487706 jgi|Araly1|487706|fgenesh2_kg.6__840__AT5G08650.1 3596 0.0
> Ahg487706 jgi|Araly1|487706|fgenesh2_kg.6__840__AT5G08650.1
Length=2178
Score = 3596 bits (1947), Expect = 0.0
Identities = 2117/2196 (96%), Gaps = 24/2196 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCTCAAAACAGTAGAGAGAGGTGTAGAGAGCTTAGACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 60
||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTCTCAAAACAGT----AGAGGTGTAGAGA-CTTACACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 55
Query 61 CTATGGACTTATCTTCTCCTCCAACGTTTTTCTTATCCGGAACTTCTACA------TCTT 114
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 56 CTATGGACTTA---TCTCCTCCAACGTTCTTCTTATCCGGAACTTCTACATCTTCTTCTT 112
Query 115 CCCCATCTCTCCGTCGTCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTAATC 174
|||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 113 CCCCTTCTGTCCGTCGCCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTTATC 172
Query 175 GGAAGTTACAGATACTTTGCCAAGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGCGGTCTCTCTG 234
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 173 GTAAGTTACAGATACTTTGCCAGGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGTGGTCTCTCTG 232
Query 235 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCAATTT 294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 233 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCGATTT 292
Query 295 CGAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 354
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 CAAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 352
Query 355 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 412
Query 415 ATAACATGGACTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 474
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 ATAACATGGATTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 472
Query 475 GTTATGTTTATGAAGATACACCGTTTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 534
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 GTTATGTTTATGAAGATACACCATATTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 532
Query 535 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTGG 594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 533 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTCG 592
Query 595 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 652
Query 655 ACCTCGAAATTATTCCCGTTTTAAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGCCAGAGAAAG 714
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 653 ACCTCGAAATTATTCCTGTTTTGAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGTCAGAGAAAG 712
Query 715 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGTTCGG 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 713 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGCTCAG 772
Query 775 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCTGCAC 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 773 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCGGCAC 832
Query 835 CTCTCGATACTGCAGGAAAGCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 894
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 CTCTCGATACTGCAGGAAATCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 892
Query 895 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGAGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 954
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGTGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 952
Query 955 tttttttCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTTGCGGATGAAGTCGGAGTTCTATCTCCAA 1014
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 953 TTTTTTTCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTCGCGGATGAAGTTGGAGTTCTATCTCCAA 1012
Query 1015 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1072
Query 1075 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1132
Query 1135 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTCTGTGGTCTTTTTCCAGTTG 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1133 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTTTGTGGCCTTTTTCCAGTTG 1192
Query 1195 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1252
Query 1255 CATTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCGAGTGCCATGGGATTTGGCTTTAGATGCGGGTTTT 1314
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1253 CACTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCAAGTGCCATGGGTTTTGGCTTTAGATGCGGTTTTT 1312
Query 1315 TGGGTCTTCTCCACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1374
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TGGGTCTTCTACACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1372
Query 1375 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1432
Query 1435 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1492
Query 1495 ACGTTAAGATTGAACTGCTCACACCAAAAGACTATATTGGTGCGCTTATGGAGCTCGCTC 1554
| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1493 ATGTTAAGATTGAGCTGCTTACACCAAAAGACTATATCGGTGCGCTTATGGAGCTCGCCC 1552
Query 1555 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATAGCTGAGAACAGAGCTTCAATCC 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1553 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATTGCTGAGAACAGAGCTTCGATCC 1612
Query 1615 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGTGATTTCTTTGACCAATTGAAGTCGAGAA 1674
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1613 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGAGATTTCTTTGATCAATTGAAGTCGAGAA 1672
Query 1675 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCCGTTATTGGGTACAGGGAAAGTGATCTGATAA 1734
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1673 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCAGTTATTGGGTACAGGGAAAGCGATCTGATAA 1732
Query 1735 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGGG 1794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1733 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGAG 1792
Query 1795 ATAAGGCATATTCCGTTGGGAGAGCTTTGACTCAGAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1854
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 ATAAGGCATATTCTGTTGGGAGAGCTTTGACTCAAAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1852
Query 1855 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1912
Query 1915 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1972
Query 1975 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2032
Query 2035 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCCGTTCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2094
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCGGTCCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2092
Query 2095 TTGTGGGTTTCTCCACTGAGTCACTCAAGATTCACTACATCATATTTTATTTTATCATTT 2154
||||||||||||||||| | | ||| | |||| || |||||| |||| |||| ||
Sbjct 2093 TTGTGGGTTTCTCCACTT--T---T-AAG-T-CACT-CAA-ATATTTCATTTGATCACTT 2142
Query 2155 TGTAATATTCTGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2190
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 TGTAATGTTATGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2178
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86617217130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5