BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G09400.1
Length=2893
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg325492 jgi|Araly1|325492|fgenesh1_pm.C_scaffold_6000712 3061 0.0
> Ahg325492 jgi|Araly1|325492|fgenesh1_pm.C_scaffold_6000712
Length=2655
Score = 3061 bits (1657), Expect = 0.0
Identities = 1726/1760 (98%), Gaps = 2/1760 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 980 AGATCAAGTGGTGATGATTTCAGTTGCATTTCTGGTGATCCTCTTTAGTCTACAAAAATA 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AGATCAAGTGGTGATGATTTCAGTTGCATTTCTGGTGATCCTCTTTAGTCTACAAAAATA 956
Query 1040 TGGGACGAGTAAGATGGGACTAGTAGTAGGTCCTGCCTTACTTATATGGTTCTGTTCTCT 1099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 957 TGGGACGAGTAAGATGGGACTAGTAGTAGGTCCTGCCTTACTTATATGGTTCTGTTGTCT 1016
Query 1100 TGCTGGTATTGGAATTTACAACCTGATCAAATACGATAGCAGTGTTTACAGAGCATTCAA 1159
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1017 TGCTGGTATTGGCATTTACAACCTGATCAAATACGATAGCAGTGTTTTCAAAGCATTCAA 1076
Query 1160 CCCTGTCCACATCTATTACTTCTTCAAGAGGAATTCTATAAATGCGTGGTATGCACTTGG 1219
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1077 CCCTGTTCACATCTATTACTTCTTCAAGAGGAACTCTATAAATGCATGGTATGCACTTGG 1136
Query 1220 AGGTTGCATTCTCTGTGCTACAGGCTCAGAGGCATTATTTGCAGACCTTTGCTACTTTTC 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AGGTTGCATTCTCTGTGCTACAGGCTCAGAGGCATTATTTGCAGACCTTTGCTACTTTTC 1196
Query 1280 TGTTAGATCAGTCCAGCTTACATTTGTGTGTCTTGTCCTGCCGTGCCTCATGTTGGGTTA 1339
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TGTTCGATCAGTCCAGCTTACATTTGTGTGTCTTGTCCTGCCGTGCCTCATGTTGGGTTA 1256
Query 1340 TATGGGACAAGCTGCATACCTGATGGAGAATCATGCGGATGCTAGTCAAGCTTTCTTTTC 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TATGGGACAAGCTGCATACCTGATGGAGAATCATGCGGATGCTAGTCAAGCTTTCTTTTC 1316
Query 1400 ATCTGTTCCAGGCT-CTGCATTCTGGCCAGTCCTTTTCATAGCCAACATTGCAGCTCTGA 1458
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1317 ATCTGTTCCAGG-TACTGCATTCTGGCCAGTCCTTTTTATAGCCAACATTGCGGCTCTGA 1375
Query 1459 TTGCCAGTCGCACAATGACGACTGCAACATTTTCATGTATTAAACAGTCAACAGCTCTGG 1518
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TTGCCAGTCGCACAATGACGACTGCGACATTTTCATGTATTAAACAGTCAACAGCTCTGG 1435
Query 1519 GTTGTTTCCCTCGTCTCAAAATTATTCACACTTCTCGAAAATTTATGGGCCAGATTTATA 1578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1436 GTTGTTTCCCTCGTCTCAAAATTATTCACACTTCTCGAAAATTTATGGGTCAGATTTATA 1495
Query 1579 TACCTGTCCTAAACTGGTTCCTGCTTGCCGTTTGCCTGGTCGTCGTCTGCTCAATCTCAA 1638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TACCTGTCCTAAACTGGTTCCTGCTTGCCGTTTGCCTGGTCGTCGTCTGCTCAATCTCAA 1555
Query 1639 GTATCGATGAGATTGGAAATGCATATGGGATGGCTGAGCTAGGAGTGATGATGACAACTA 1698
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GTATCGATGAGATTGGAAATGCATATGGGATGGCTGAGCTTGGAGTGATGATGACAACTA 1615
Query 1699 CAATTCTAGTGACGTTAATCATGCTTCTTATATGGCAGATAAACATCGTAATCGTGATTG 1758
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CAATTCTTGTGACGTTAATCATGCTTCTTATATGGCAGATAAACATCGTAATCGTGATTG 1675
Query 1759 CCTTTCTGGTAGTTTTTCTCGGAGTGGAATTAGTCTTTTTCTCATCAGTCATAGCGAGTG 1818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CGTTTCTGGTAGTTTTTCTCGGAGTGGAATTAGTCTTTTTCTCATCAGTCATAGCGAGTG 1735
Query 1819 TTGGGGATGGAAGCTGGATAATATTGGTCTTTGCCGTAATCATGTTTGGTATAATGTATA 1878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTGGGGATGGAAGCTGGATAATATTGGTCTTTGCCGTAATCATGTTTGGTATAATGTATA 1795
Query 1879 TTTGGAACTATGGAAGTAAGCTCAGGTATGAAACAGAAGTCGAACAAAAGCTGTCAATGG 1938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TTTGGAACTATGGAAGTAAGCTCAGGTATGAAACAGAAGTCGAACAAAAGCTGTCAATGG 1855
Query 1939 ATTTAATGAGAGAACTTGGGTGCAACCTGGGAACGATAAGAGCTCCTGGTATCGGTTTGC 1998
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1856 ATTTAATGAGAGAACTTGGGTGCAACCTGGGAACAATAAGAGCTCCTGGTATTGGTTTGC 1915
Query 1999 TGTACAATGAGTTAGTGAAGGGAGTACCGGCAATATTTGGCCATTTTCTGACTACACTTC 2058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TGTACAATGAGTTAGTGAAGGGAGTACCGGCAATATTTGGCCATTTTCTGACTACACTTC 1975
Query 2059 CTGCAATCCATTCCATGGTCATTTTCGTCTGCATAAAATATGTCCCGGTTCCAGTTGTAC 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CTGCAATCCATTCCATGGTCATTTTCGTCTGCATAAAATATGTCCCGGTTCCAGTTGTAC 2035
Query 2119 CACAGAATGAGAGGTTCCTCTTCAGACGTGTCTGCACCAAAAGCTATCACTTATTCCGTT 2178
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 CGCAGAATGAGAGGTTCCTCTTCAGACGTGTCTGCACCAAAAGCTATCACTTATTCCGTT 2095
Query 2179 GCATTGCCAGGTATGGTTATAAAGACGCAAGAAAGGAGACCCACCAAGCATTTGAGCAGC 2238
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 GCATTGCCAGGTATGGTTATAAGGACGCAAGAAAGGAGAACCACCAAGCATTTGAGCAGC 2155
Query 2239 TACTGATCGAGAGCCTCGAGAAATTCATCCGAAGGGAAGCACAAGAACGTTCCTTGGAGA 2298
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TACTGATCGAGAGCCTCGAGAAGTTCATCCGAAGAGAAGCTCAAGAACGTTCCTTGGAGA 2215
Query 2299 GCGACGGGAACGATGATTCAGACTCAGAGGAAGATTTCCCAGGTTCTAGAGTCGTAATTG 2358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 GCGACGGGAACGATGATTCAGACTCAGAGGAAGATTTCCCAGGTTCTAGAGTCGTAATTG 2275
Query 2359 GCCCCAACGGAAGCATGTACTCGATGGGGGTTCCCCTTCTCTCTGAGTACAGAGACTTAA 2418
|||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 GCCCCAACGGAAGCATGTACTCAATGGGCGTCCCCCTTCTCTCTGAGTACAGAGACTTAA 2335
Query 2419 ACAAACCGATCATGGAAATGAACACTTCATCTGATCACACAAACCACCATCCCTTTGACA 2478
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2336 ACAAACCGATCATGGAAATGAACGCTTCATCTGATCACAGAAACCACCATCCCTTTGATG 2395
Query 2479 CATCATCTGACTCCTCTGTATCTGAAGCTGAGCAAAGCCTGGAGAGAGAGTTATCGTTCA 2538
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 CATCGTCTGACTCCTCTGTATCTGAAGCCGAGCAAAGCCTGGAGAGAGAGTTATCGTTCA 2455
Query 2539 TACACAAAGCGAAAGAATCAGGGGTGGTGTATCTTCTCGGGCATGGCGATATAAGAGCAA 2598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 TACACAAAGCGAAAGAATCAGGGGTGGTGTATCTTCTCGGGCATGGCGATATAAGAGCAA 2515
Query 2599 GAAAAGATTCATGGTTCATCAAGAAGTTAGTCATAAACTACTTCTACACATTCCTGAGGA 2658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 GAAAAGATTCATGGTTCATCAAGAAGTTAGTCATAAACTACTTCTACACATTCCTGAGGA 2575
Query 2659 AAAACTGCAGGAGAGGGATCGCAAATTTGAGTGTGCCTCAGTCGCATCTGATGCAGGTCG 2718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 AAAACTGCAGGAGAGGGATCGCAAATTTGAGTGTGCCTCAGTCGCATCTGATGCAGGTCG 2635
Query 2719 GTATGACATACATGGTCTGA 2738
||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 GTATGACATACATGGTCTGA 2655
Score = 1310 bits (709), Expect = 0.0
Identities = 749/769 (97%), Gaps = 0/769 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 162 ATGGCGGAGGAAAGCAGTATGGAAGGTTCTGAAAAAGAAGAGATCGATAGCTCAGGTGGT 221
||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTGAGGAAAGCAGTCTGGAAGGTTCGGAAAAAGAAGAGATCGATAGCTCAGGTGGT 60
Query 222 GGTTTTGGAGATATGGCATCCATGGATTCTATCGAGTCTCGATGGGTTATTCAAGACGAT 281
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGTCTTGGAGATATGGCATCCATGGATTCTATCGAGTCTCGATGGGTTATTCAAGACGAT 120
Query 282 GATGATTCCGAGATCGGCGTTGACGATGATAATGATGGATTCGACGGTACTGGACTCGAA 341
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 GATGATTCCGAGATCGGCGTTGACGATGATAATGATGGATTCGACGGTACCGGACTCGAA 180
Query 342 TCCGATGAGGACGAGATACCTGAGCATCGCCTGATCCGTACTGGTCCACGTGTTGATTCC 401
|||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCCGATGAAGACGAGATACCAGAGCATCGTCTGATCCGTACTGGTCCACGTGTTGATTCC 240
Query 402 TTCGACGTGGAAGCGCTTGAAGTTCCTGGTGCTCCGAGAAATGATTACGAGGACTTGACC 461
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTGACGTGGAAGCGCTTGAAGTTCCTGGTGCTCCGAGAAATGATTACGAGGACTTGACC 300
Query 462 GTTGGGAGGAAAGTGTTGCTTGCATTTCAAACATTAGGGGTTGTCTTTGGAGATGTAGGA 521
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTGGGAGGAAAGTGTTGCTTGCATTTCAGACACTAGGGGTTGTCTTTGGAGATGTAGGA 360
Query 522 ACCAGCCCGTTGTATACGTTCAGTGTAATGTTCAGTAAATCACCTGTCCAAGAAAAAGAA 581
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 361 ACCAGTCCATTGTATACGTTCAGTGTAATGTTCAGTAAATCACCTGTCCAAGGAAAAGAA 420
Query 582 GATGTTATTGGAGCACTGTCACTAGTTTTATACACTTTACTTTTGGTCCCCCTTATTAAA 641
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GATGTCATTGGAGCACTGTCACTAGTCTTATACACCTTACTTTTGGTCCCCCTTATTAAA 480
Query 642 TATGTTCTTGTTGTTCTATGGGCAAATGATGATGGTGAAGGGGGGACCTTTGCGTTATAC 701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 481 TATGTTCTTGTTGTTCTATGGGCAAATGATGATGGTGAAGGTGGGACCTTTGCGTTATAC 540
Query 702 TCATTAATCTCTCGTCATGCCAAGATTAGTCTTATCCCAAACCAACTTCGCTCAGACACC 761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCATTAATCTCTCGTCATGCCAAGATTAGTCTTATCCCAAATCAACTTCGCTCAGACACC 600
Query 762 CGAATTTCAAGTTTTAGACTGAAGGTGCCTTGCCCTGAGCTTGAGAGATCATTGAAACTA 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 CGAATTTCAAGTTTTAGACTGAAGGTGCCTTGCCCTGAGCTTGAGAGATCATTGAAATTA 660
Query 822 AAAGAAAAACTCGAGAATTCATTAATTCTGAAGAAAATTCTCCTCGTGCTAGTTCTTGCT 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAAGAAAAACTCGAGAATTCATTAATTCTGAAGAAAATTCTCCTCGTGCTAGTTCTTGCT 720
Query 882 GGAACTTCCATGGTGATTGCCGATGGGGTTGTAACTCCTGCAATGTCAG 930
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGAACTTCCATGGTGATTGCCGATGGGGTTGTAACTCCTGCAATGTCAG 769
Score = 102 bits (55), Expect = 1e-20
Identities = 58/59 (98%), Gaps = 1/59 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 923 AATGTCAGTAATGTCAGCTGTTGGTGGACTTAAGGTCGGAGTTGATGTAGTTGAGCAAG 981
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 AATG-CAGTAATGTCAGCTGTTGGTGGACTTAAGGTCGGAGTTGATGTAGTTGAGCAAG 874
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109204732415
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5