BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G09550.1
Length=1673
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487772 jgi|Araly1|487772|fgenesh2_kg.6__906__AT5G09550.1 2423 0.0
> Ahg487772 jgi|Araly1|487772|fgenesh2_kg.6__906__AT5G09550.1
Length=1552
Score = 2423 bits (1312), Expect = 0.0
Identities = 1488/1570 (95%), Gaps = 23/1570 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAGAAAAAGTCTATTAGAGATCGATGAAGGATTAAAGACGATCAATAACGGAGATAGAG 60
||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| || | |||| |||||| ||||||||
Sbjct 1 AAAAAAAAAGTCTATGAGAGATCGATGAAGAATT-AA-A-GATCGATAACGTAGATAGAG 57
Query 61 ATCGATTACAATAATGGATGAAGAGTATGATGTGATTGTCCTTGGGACTGGTCTTAAGGA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 58 ATCGATTACAATAATGGATGAAGAGTATGATGTGATTGTTCTTGGGACTGGTCTTAAGGA 117
Query 121 GTGTATCCTTAGTGGCCTCCTCTCTGTCGATGGCCTCAAGGTACTACATATGGATAGAAA 180
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GTGTATCCTTAGTGGCCTTCTCTCTGTCGATGGCCTCAAGGTACTACATATGGATAGAAA 177
Query 181 CGACTACTATGGAGGAGAATCATCCTCTCTTAACCTCACTCAGCTATGGAAGCGTTTTAG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 178 CGACTACTATGGAGGAGAATCATCCTCTCTTAACCTCACTCAGCTATGGAAGCGTTTCAG 237
Query 241 GGGAAGTGACACTCCTGAAGAAAATCTTGGAGCAAGCAGAGAATACAATGTCGATATGAT 300
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 238 GGGAAGTGACACTCCTCAAGAAAATCTCGGAGCAAGCAGAGAATACAATGTTGATATGAT 297
Query 301 CCCAAAGTTTATAATGGCTAATGGACTCCTTGTTCAAACCCTAATCCACACCGATGTTAC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 CCCAAAGTTTATAATGGCTAATGGACTCCTTGTTCAAACCCTAATCCACACCGATGTTAC 357
Query 361 CAAGTATCTTAACTTTAAGGCCGTTGATGGTAGCTTTGTCTACAAGAAAGGCAAGATCTA 420
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AAAGTATCTTAACTTTAAGGCTGTTGATGGTAGCTTTGTTTACAAGAAAGGCAAGATCTA 417
Query 421 CAAAGTCCCAGCCACTGATGTGGAAGCCCTGAAATCGCCATTGATGGGTCTTTTCGAGAA 480
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CAAAGTCCCAGCCACTGATGTAGAAGCCCTGAAATCGCCATTGATGGGTCTTTTCGAGAA 477
Query 481 GCGACGTGCGAGAAAGTTCTTTATCTATGTGCAAGACTATGATGAGAAGGATCCTAAGTC 540
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 478 GCGACGTGCGAGAAAGTTCTTTATCTACGTGCAAGACTATGATGAGAAGGATCCCAAGTC 537
Query 541 TCACGAAGGACTTGACCTAAGCAAAGTCACTGCTAGAGAGATCATCTCAAAGTATGGACT 600
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TCACGAAGGACTTGACTTAAGCAAAGTCACTGCTAGAGAGATCATCTCAAAGTATGGACT 597
Query 601 TGAAGATGACACAATCGACTTCATAGGGCATGCCTTAGCGCTTCACAACGATGATGACTA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 598 TGAAGATGACACAATCGACTTCATAGGGCATGCCTTAGCGCTTCACAACGACGATGACTA 657
Query 661 CTTGGATCAACCCGCCATTGATTTTGTTAAGAGAATCAAGCTCTATGCGGAGTCTCTGGC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 658 CTTGGATCAACCCGCCATTGATTTTGTTAAGAGAATCAAGCTCTACGCGGAGTCTTTGGC 717
Query 721 TCGATTCCAAGGAGGATCCCCTTACATCTATCCGTTGTACGGTCTAGGAGAGCTGCCACA 780
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 718 TCGATTCCAAGGAGGATCTCCTTACATCTATCCATTGTACGGTCTAGGAGAGTTGCCACA 777
Query 781 GGCTTTTGCACGTTTGAGTGCTGTGTACGGTGGGACTTACATGCTCAACAAGCCCGAATG 840
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 778 GGCTTTTGCACGTTTAAGCGCTGTGTACGGTGGGACTTACATGCTCAACAAGCCTGAATG 837
Query 841 CAAGGTAGAGTTTGATGGTTCTGGAAAAGCTATTGGTGTCACTTCTGCAGGAGAAACTGC 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 838 CAAGGTAGAGTTTGATGGTTCTGGAAAAGCTATTGGTGTCACATCTGCAGGAGAGACTGC 897
Query 901 TAAATGCAAGAAAGTTGTATGTGATCCTTCTTACCTGTCTGAA-AAGGTTAAGAAAGTTG 959
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||
Sbjct 898 TAAATGCAAGAAAGTTGTCTGTGATCCTTCTTACCTATC-CAACAAGGTAAAGAAAGTTG 956
Query 960 GAAAAGTAACTCGAGCGGTGTGTATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACAAATGATGCTC 1019
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 957 GGAAAGTGACTCGAGCGGTGTGTATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACCAACGACGCTC 1016
Query 1020 ACTCGGTTCAAATCATTCTTCCTCAGAAGCAACTCGGTCGCAAATCAGACATGTACTTGT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ACTCGGTTCAAATCATTCTTCCTCAGAAGCAACTCGGTCGCAAATCAGACATGTACTTGT 1076
Query 1080 TCTGTTGCTCATACGCTCACAATGTGGCACCAAAGGGCAAATACATAGCTTTTGTCTCTG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TCTGTTGCTCATACGCTCACAATGTGGCACCAAAGGGCAAATACATAGCTTTTGTCTCTG 1136
Query 1140 CAGAAGCTGAAACTGACAATCCAGAAGAGGAGCTTAAACCCGGAATCGAATTGCTTGGAC 1199
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CAGAAGCTGAAACTGACAATCCAGAGGAGGAGCTTAAACCTGGAATCGAATTGCTTGGAT 1196
Query 1200 CTACTGATGAGATCTTCTATCATTCTTATGACACATACGTTCCAACCAATATTCAAGAAG 1259
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1197 CTATTGATGAGATCTTCTATCATTCTTATGAAACATACGTTCCAACCAATAATCAAGAAG 1256
Query 1260 AAGATAACTGTTTCATCTCTGCTACTTACGATGCAACAACACATTTCGAGAGTACAGTTG 1319
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1257 AAGATAACTGTTTCATCTCTGCTACTTATGATGCAACGACACATTTTGAGAGTACTGTTG 1316
Query 1320 TAGATGTACTTGACATGTACACCAAGATCACTGGAAAGACTCTTGATTTGTCTGTGGACT 1379
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TGGATGTACTTGACATGTACACCAAGATCACTGGAAAGACTCTTGATTTGTCTGTGGACT 1376
Query 1380 TGAGTGCTGCAAGTGCTGCTGCAGAGAATTGATAACTTGCGTTTTTCCTTCCGCTGAGTG 1439
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || | ||||||||
Sbjct 1377 TAAGTGCTGCAAGTGCTGCTGCAGAAAATTGATAA-TT---TT---C-----GCTGAGTG 1424
Query 1440 GTT-TTAAATTGCAAGTGATTGTTTATTTTTCTATTGGATAAA---GACATAAAGTTCAA 1495
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 1425 -TTCTTAAATTGCAAGTGATTGTTTATTTTTCTATTGGATAAAATTGG-ATACAGTTCAA 1482
Query 1496 AGTAACACAAGTTTGCGTTTTTGTTCATCTTACTTAAAACACTGGTTGATTTTGCTTTCA 1555
||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1483 AGTAACAGAAGTTTACGTTTTTGTTCATCTTACTTTAAACACTGGTTGATTTTGCTATAA 1542
Query 1556 TTTGTAtttt 1565
|||||| |||
Sbjct 1543 TTTGTACTTT 1552
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62734633515
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5