BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G09950.1
Length=2988
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487819 jgi|Araly1|487819|fgenesh2_kg.6__953__AT5G09950.1 3264 0.0
Ahg318888 jgi|Araly1|318888|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001904 62.1 2e-08
> Ahg487819 jgi|Araly1|487819|fgenesh2_kg.6__953__AT5G09950.1
Length=2913
Score = 3264 bits (1767), Expect = 0.0
Identities = 1953/2045 (96%), Gaps = 4/2045 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACTAATTGTGTTCCTCTTTCTTTTGTTCAGAGCTGCGTTGGACATAGAGGAGCTGCT 60
||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACCAAGTCTGTTCCTCTTTCTTTTGTTCAGAGCTGCATTGGACATAGAGGAGCTGCT 60
Query 61 AGATTCTTCCATTCCCGATTATATAAGAATAGGTTAGATAAAGATGTCTACTTGTGCAAC 120
| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAATTCTTCCATTCCCGATTATATAAAAATGGGTTAGACAAAGATGTCTACTTGTGCAAC 120
Query 121 AACCTCATCAATGCTTATCTTGAAACGGGTGATTCGGTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGAC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AACCTCATCAATGCTTATCTTGAAACGGGTGATTCTGTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGAC 180
Query 181 GAAATGCCTCTTAGGAACTGTGTTTCTTGGGCGTGTATTGTTTCAGGATATAGTCGTAAT 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 181 GAAATGCCTCTTAGGAACTGTGTTTCTTGGGCGTGTGTTGTTTCAGGGTATAGCCGTAAT 240
Query 241 GGAGAACATAAGGAAGCTTTAGTGTTTTTGAGAGATATGGTTAAAGAAGGGA-TTTTTTC 299
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 241 GGAGAACATAAGGAAGCTTTAGTGTTCTTGAGGGATATGGTTAAAGAA-GGAGTTTTTTC 299
Query 300 TAATCAATACGCTTTTGTTAGTGTTCTTCGGGCTTGTCAGGAGATAGGTTCTGTTGGGAT 359
||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 300 AAATCATTACGCTTTTGTTAGTGCGCTTCGAGCTTGTCAGGAGTTAGATTCTGTTGGGAT 359
Query 360 TCTTTTCGGGAGACAAATTCATGGCCTGATGTTCAAACTTTCTTATGCAGTGGATGCAGT 419
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTTTTCGGGAGACAAATTCATGGCCTGTTGTTCAAACTTTCTTATGCAGTGGATGCAGT 419
Query 420 TGTTTCTAATGTGCTCATATCAATGTACTGGAAATGTATCGGGTCTGTCGGTTATGCTCT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 420 TGTTTCTAATGTGCTCATATCAATGTACTGGAAATGCGGAGGGTCTCTCGGTTATGCTCT 479
Query 480 CTGTGCTTTCGGTGACATAGAAGTTAAGAATTCTGTTTCATGGAATTCGATTATTTCGGT 539
| ||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CCGTGCTTTCGATGACGTACAAGTTAAGAATTCTGTATCATGGAATTCGATTATTTCGGT 539
Query 540 TTATTCACAGGCTGGGGATCAGAGATCTGCGTTTAGGATTTTCTCTAGCATGCAATATGA 599
|||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| || |||| ||||||||||| ||
Sbjct 540 TTATTCACAGACTGGGGATCAGAGATTTGCATTTAAAATGTTCTATAGCATGCAATGCGA 599
Query 600 TGGTTCTAGACCAACTGAATACACTTTTGGTAGTCTTGTAACTACTGCTTGTTCTTTGAC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGGTTCTAGACCAACTGAATACACTTTTGGTAGTCTTGTAACTACTGCTTGTTCTTTGAC 659
Query 660 TGAACCAGATGTTCGTTTGCTCGAGCAGATCATGTGCACCATACAGAAATCAGGGTTGCT 719
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||
Sbjct 660 TGAACCAGATGTTCGTTTACTCGAGCAGATCATGTGCACCATCCAGAAATCTGGTTTTCT 719
Query 720 CACAGATCTTTTTGTTGGCAGCGGACTGGTGAGTGCATTTGCAAAGTCTGGTTCATTGAG 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 720 CACAGATCTTTTTGTTGGCAGCGGACTGGTGAGTGCGTTTGCAAAGTCTGGCTCATTGA- 778
Query 780 TT-ATGCTAGGAAGGTTTTTAATCAGATGGAAACAAGAAATGCGGTCACCTTAAATGGTC 838
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTCATGCTAGGAAGATTTTTAATCAGATGGAAACAAGAAATGCGGTCACCTTAAATGGTC 838
Query 839 TAATGGTTGGTCTGGTGCGACAGAAATGGGGAGAAGAAGCAACTAAACTCTTTATGGATA 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 839 TAATGGTTGGTCTGGTGCGACAGAAATGGGGAGAAGAAGCAACTAAGCTCTTTATGGATA 898
Query 899 TGAATAGCATGATTGATGTTAGTCCTGAGTCATACGTGATTCTCCTGAGCTCATTTCCTG 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TGAATAGCATGATTGATGTTAGTCCTGAGTCATACGTGATTCTCCTGAGCTCATTTCCTG 958
Query 959 AGTATTCTCTAGCAGAGGAAGTTGGTCTGAAAAAAGGCAGAGAGGTTCATGGACATGTAA 1018
|||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AGTATTCTTTAGCTGAGGAAGTAGGTCTGAAAAAAGGCAGAGAGGTTCATGGACATGTAA 1018
Query 1019 TAACAACTGGCTTAGTTGACTTCATGGTTGGCATTGGAAATGGCCTTGTTAATATGTATG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TAACAACTGGCTTAGTTGACTTCATGGTTGGCATTGGAAATAGCCTTGTTAATATGTATG 1078
Query 1079 CTAAGTGCGGCTCAATAGCTGACGCTAGACGTGTTTTCTATTTCATGACCGATAAAGATT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||
Sbjct 1079 CTAAGTGCGGCTCAATAGCTGACGCTAGACGTGTTTTCTGTTTCGTGACGGAGAAAGATT 1138
Query 1139 CTGTCTCCTGGAACTCCATGATCACTGGTCTTGACCAAAACGGCTGTTTCATAGAAGCAG 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTGTCTCCTGGAACTCCATGATCACTGGTCTTGACCAAAACAGCTGTTTCATAGAAGCAG 1198
Query 1199 TTGAACGCTACAAAAGTATGAGACGACATGACATCTTGCCTGGAAGTTTCACACTGATTA 1258
| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TAGAACGCTACCAAAGTATGAGACGACATGAAATCTTGCCTGGAAGTTTCACACTGATTA 1258
Query 1259 GTTCGCTAAGCTCATGCGCGAGCTTGAAATGGGCAAAATTAGGACAACAGATTCATGGAG 1318
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTTCGATAAGCTCATGCGCGAGCTTGAAGTGGGCAAAATTAGGACAACAGATTCATGGAG 1318
Query 1319 AGAGCCTCAAGTTGGGGATTGATTTGAATGTTTCAGTTTCAAATGCGCTTATGACACTGT 1378
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AAAGCCTCAAGTTGGGAATTGATTTGAATGTTTCAGTTTCAAATGCGCTTATGACACTGT 1378
Query 1379 ATGCAGAGACCGGCTATCTCAATGAATGCCGTAAGATATTTTCCTCAATGCCAGAGCATG 1438
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1379 ATGCAGAGACCGGCTGTCTCAATGAATGCCGTAAGATATTTTCCTCCATGCCAGAGCATG 1438
Query 1439 ATCAGGTGTCTTGGAATTCTATAATAGGAGCTTTAGCCCGTTCAGAACGGTCATTACCTG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 ATCAGGTGTCTTGGAATTCTATAATAGGAGCTTTAGCTAGTTCAGAACGGTCATTACCTG 1498
Query 1499 AAGCCGTGGTATGTTTCTTGAATGCACAACGAGCAGGACAGAAACTTAATAGAATAACCT 1558
||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAGCCGTGGCATGTTTCTTGAATGCGCTACGAGCAGGACAGAAACTTAATAGAATAACCT 1558
Query 1559 TTTCAAGCGTTCTTTCAGCCGTTTCATCCCTTTCATTTGGTGAACTGGGCAAGCAGATAC 1618
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTTCAAGCGTTCTTTCAGCCGTGTCATCCCTTTCATTCGGCGAACTGGGCAAGCAGATAC 1618
Query 1619 ACGGACTAGCTTTAAAGAACAATATTGCAGATGAAGCAACCACTGAAAATGCGCTTATAG 1678
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ACGGGCTAGCTTTAAAGTACAATATTGCAGATGAAGCAACCACTGAAAATGCGCTTATAG 1678
Query 1679 CTTGTTATGGGAAGTGTGGGGAGATGGATGGGTGTGAGAAGATATTTTCTAGAATGGCAG 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1679 CTTGTTATGGGAAGTGTGGGGAGATGGATGGGTGTGAGAAGATATTTTCTAGAATGTCCG 1738
Query 1739 AGAGAAGAGATAATGTAACTTGGAACTCAATGATCTCGGGGTATATACATAACGAGCTCC 1798
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1739 AGAGAAGAGATGATGTAACTTGGAACTCAATGATCTCCGGGTATATACATAATGAGCTCC 1798
Query 1799 TTGCCAAGGCCTTGGATTTGGTCTGGTTTATGTTGCAGACAGGTCAGAGATTGGATAGTT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTGCCAAGGCCTTGGATTTGGTCTGGTTTATGTTGCAAACGGGTCAGAGATTGGATAGTT 1858
Query 1859 TCATGTATGCGACTGTTCTTAGCGCGTTTGCTTCTGTTGCAACGCTAGAGCGTGGTATGG 1918
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1859 TCATGTATGCAACTGTTCTTAGCGCGTTTGCTTCTGTTGCAACGCTAGAGCGTGGCATGG 1918
Query 1919 AAGTGCATGCTTGTTCGGTGAGAGCTTGTTTAGAATCTGACGTGGTAGTTGGGAGTGCAC 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AAGTGCATGCTTGTTCGGTGAGAGCTTGTTTAGAATCTGATGTGGTAGTTGGGAGTGCAC 1978
Query 1979 TTGTTGACATGTATTCCAAATGTGGAAGACTAGATTATGCTTTGAGGTTTTTTAACACAA 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TTGTTGACATGTATTCCAAATGTGGAAGACTAGATTATGCTTTGAGGTTTTTTAACACAA 2038
Query 2039 TGCCT 2043
|||||
Sbjct 2039 TGCCT 2043
Score = 1513 bits (819), Expect = 0.0
Identities = 854/871 (98%), Gaps = 2/871 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2119 CTTTTTG-AAACTATGAAGCTCGATGGCCAAACACCACCTGACCATGTTACATTCGTGGG 2177
||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2044 CTTTTTGCAAA-TATGAAGCTTGATGGTCAAACACCACCTGACCATGTAACATTCGTGGG 2102
Query 2178 AGTCTTGTCAGCTTGTAGCCATGCGGGTCTGCTTGAAGAAGGGTTTAAACATTTCGAATC 2237
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 AGTCTTGTCAGCTTGTAGCCACGCCGGTCTGCTTGAAGAAGGGTTTAAACATTTCGAATC 2162
Query 2238 TATGAGTGATTCATATGGCTTAGCTCCTAGGATTGAACACTTCTCATGTATGGCTGACGT 2297
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2163 TATGAGTGATTCTTATGGCTTAGCTCCTAGGATTGAACACTTTTCATGTATGGCTGACTT 2222
Query 2298 GCTAGGCCGTGCAGGTGAACTCGATAAGTTGGAAGATTTCATCGAGAAAATGCCAATGAA 2357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2223 GCTAGGCCGTGCAGGTGAACTCGATAAGTTGGAAGATTTCATCGATAAAATGCCAATGAA 2282
Query 2358 GCCTAATGTTCTCATCTGGAGGACTGTACTTGGGGCTTGTTGCAGAGCAAATGGTCGAAA 2417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 GCCTAATGTTCTCATCTGGAGGACTGTACTTGGGGCTTGTTGCAGAGCAAATGGTCGAAA 2342
Query 2418 AGCAGAATTAGGAAAGAAAGCAGCAGAAATGCTTTTTCAATTGGAGCCAGAAAACGCTGT 2477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2343 AGCAGAATTAGGAAAGAAAGCAGCAGAAATGCTTTTTCAACTGGAGCCAGAAAATGCTGT 2402
Query 2478 AAACTATGTGCTACTTGGTAACATGTATGCTGCTGGAGGAAGATGGGAAGATTTAGTAAA 2537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 AAACTATGTGCTACTTGGTAACATGTATGCTGCTGGAGGAAGATGGGAAGATTTAGTAAA 2462
Query 2538 GGCGAGAAAGAAAATGAAAGATGCAGATGTGAAAAAGGAAGCTGGTTATAGTTGGGTCAC 2597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 GGCGAGAAAGAAAATGAAAGATGCAGATGTGAAAAAGGAAGCTGGTTATAGTTGGGTCAC 2522
Query 2598 CATGAAGGATGGAGTCCATATGTTTGTTGCTGGGGATAAGTCACACCCAGACGCTGATGT 2657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 CATGAAGGATGGAGTCCATATGTTTGTTGCTGGGGATAAGTCACACCCAGACGCTGATGT 2582
Query 2658 GATCTACAAGAAGCTCAAGGAGCTCAACAGAAAGATGAGAGACGCAGGTTATGTGCCACA 2717
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 GATCTACAAGAAGCTCAAGGAGCTCAATAGAAAGATGAGAGACGCAGGTTATGTGCCACA 2642
Query 2718 GACAGGATTTGCCTTGTATGATCTAGAGCAAGAGAACAAGGAAGAGATTCTGAGCTATCA 2777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 GACAGGATTTGCCTTGTATGATCTAGAGCAAGAGAACAAGGAAGAGATTCTGAGCTATCA 2702
Query 2778 CAGCGAGAAGCTCGCTGTAGCTTTTGTTCTCGCAGCCCAGAGGAGCTCTACGCTGCCAAT 2837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 CAGCGAGAAGCTCGCTGTAGCTTTTGTTCTCGCAGCCCAGAGGAGCTCTACGCTGCCAAT 2762
Query 2838 CAGAATAATGAAGAACCTCAGAGTTTGCGGTGATTGCCACTCTGCCTTCAAGTATATATC 2897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 CAGAATAATGAAGAACCTCAGAGTTTGCGGTGATTGCCACTCTGCCTTCAAGTATATATC 2822
Query 2898 AAAGATCGAAGGGAGACAGATAATTCTAAGGGATTCAAACAGGTTTCATCATTTTCAAGA 2957
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 AAAGATCGAAGGGAGACAGATAATCCTAAGGGATTCAAACAGGTTTCATCATTTTCAAGA 2882
Query 2958 CGGTGCATGTTCTTGTAGTGATTTCTGGTGA 2988
||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2883 CGGTGAATGTTCGTGTAGTGATTTCTGGTGA 2913
> Ahg318888 jgi|Araly1|318888|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001904
Length=1572
Score = 62.1 bits (33), Expect = 2e-08
Identities = 33/33 (100%), Gaps = 0/33 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 GTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCT 189
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 GTTTCTGCACGTAAGGTGTTTGACGAAATGCCT 324
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112823305690
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5