BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G10200.1
Length=2517
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940490 jgi|Araly1|940490|scaffold_601034.1 3133 0.0
> Ahg940490 jgi|Araly1|940490|scaffold_601034.1
Length=1933
Score = 3133 bits (1696), Expect = 0.0
Identities = 1858/1937 (96%), Gaps = 7/1937 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 260 GTTTTGG-TTTTTGTTTGTCAATGGATAAAGCTTCCTCACAAGAGTGTCCTTATCCAGGA 318
||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTTTTGGTTTTTTG-TTGTCAATGGATAAAGCTTCTTCACAAGAGTGTCCTTATCCAGGA 59
Query 319 TGTTTCTTCTGTGTAATGAAAGAAGGAAACCCGAGTAAACGAAGATCCTGCATTCTCAAA 378
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TGTTTCTTCTGTGTAATGAAAGAAGGAAACCCAACTAAAAGAAGATCCTGCATTCTCAAA 119
Query 379 TTCTTTAGAGATCTTCCTTCTCAAGACGATGATGGTCAAGTTCTTCCCATTAGTGGTCTC 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTCTTTAGAGATCTTCCTTCTCAAGACGATGATGGTCAAGTTCTTCCCATTAGTGGTCTC 179
Query 439 TGGAACACAGCAATGGCTCATCCTAATGATCCTGAGTTCATTGAGCTTGGAATCTTTGAG 498
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TGGAACACAGCAATGGCTCACCCTAATGATCCTGAGTTCATTGAGCTTGGAATCTTTGAG 239
Query 499 TGTATGTCTGCTTTGATATGGAAAGGACTTAAAAACCGGCGTTGGCTATCTCATGACCAG 558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGTATGTCTGCTTTGATATGGAAAGGACTTAAAAACAGGCGTTGGCTATCTCATGACCAG 299
Query 559 AACATATACATTCCTTACTACGCGGCTCACATTATCGGGTCTTACACTATGAACATGGAA 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AACATATACATTCCTTACTACGCGGCTCACATTATCGGGTCTTACACTATGAACATGGAA 359
Query 619 GAGTTTGCTGAGAGAGCTGTAGAAGCTGGTGTGATTCCTCCACTTGTTGAGCTTTTAAGA 678
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAGTTTGCTGAGAGAGCTGTGGAAGCTGGTGTGATTGCTCCACTTGTTGAGCTTTTAAGA 419
Query 679 GGTAGGCTTACTTGGGTTGAACAGAGAGTGGCGGTTCGTGCTTTAGGGCATTTAGCTACT 738
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGTAGGCTTACTTGGGTCGAACAGAGAGTGGCGGTTCGTGCTTTAGGGCATTTAGCTACT 479
Query 739 TACCCGAGTACTTTTCCCGCTGTTGCGGATCACGGAGAGATCCTCGAGCTTGCTATACAG 798
|||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 480 TACCCGAGCACTTTTCCTGCCGTTGCGGATCACGGAGAGATCCTCGAGCTTGCGATACAA 539
Query 799 TTGGCAATGAGTTCGTTGGAGATAGTTTATTCTCATTTTTACCAGTATCCGGATCGAAGG 858
||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTGGCAATGAGTTCGTTAGAAATAGTTTACTCTCACTTTTACCAGTATCCGGATCGAAGG 599
Query 859 TTGAGTTACCATTGTGATCTGCTTACACGAGGCATGGGAGGTGTAGAGATGGAGTCGAGA 918
||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 600 TTGAGTTACCACTGCGATCTGCTGACACGAGGCATGGGAGGTGTTGAGATGGAGTCAAGA 659
Query 919 AAAGCAGAGGAATGGGCGAGCCAGTTGCAGTGTTGGTCTCTTCAGCTCATAAACTGTTTC 978
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 660 AAAGCAGAGGAATGGGCAAGCCAGTTGCAGTGCTGGTCTCTTCAGCTCATTAATTGTTTC 719
Query 979 GCTTTTAAACCCGAGTTTCTTCCCACTTTGTGTAAACCTGAG-TTCTTGGTGAATCTTCC 1037
|| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||| |||||||||||||
Sbjct 720 GCCTTTAAACCTGAGTTTCTTCCCACTCTGTGCAAACCCGAGTTTC-TGGTGAATCTTCC 778
Query 1038 AGTTATGTGGGGAGGACTTGTGAATGAGAACTCGCCTGCTGGTATCGGTTTGCTTAGAAC 1097
||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GGTTATGTGGGGCGGACTTGTGAATGAGAACTCACCCGCTGGTATCGGTTTGCTTAGAAC 838
Query 1098 AATCTGTCAGCATAAACTAGGTCGTGGACCTGTCTCTGCATGTGCAGGAATGATTGAGGC 1157
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AATCTGTCAGCATAAACTAGGCCGTGGACCTGTTTCTGCGTGTGCAGGAATGATTGAGGC 898
Query 1158 CTTGTGTAATATCGCTCGTTCTTCTGATGATTGGCAGTATATGGCGATTGAATGTCTTCT 1217
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 899 CTTGTGTAATATCGCTCGGTCTTCTGATGATTGGCAGTATATGGCGATAGAATGTCTTCT 958
Query 1218 TTGGTTGCTTCAAGATCCTAATACGTCTCACAAGGTGATTGATAAGGCGGTGCCAACGCT 1277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTGGTTGCTTCAAGATCCTAATACGTCTCACAAGGTAATTGATAAGGCGGTGCCAACGCT 1018
Query 1278 TGTAGATCTTGCAGAGATCACAAACTTGGGTGATCACAAGAAACTTGGAGATTCCATTGT 1337
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TGTGGATCTTGCAGAGATCACAAACTTGGGCGATCACAAGAAACTTGGAGATTCCATTGT 1078
Query 1338 GAGTGTTCTTCAAGAATGCAGCTCAATGGGTAACCGTTCAAGGGAATTGATCGAAGAAAC 1397
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AAGTGTTCTTCAAGAATGCAGCTCCATGGGTAACCGTTCAAGGGAATTGATCGAAGAAAC 1138
Query 1398 GGTAAATTCTCGACAGAGACTGAAATGGGAGAAGAGTATGCCTAAAGAGGACCTTCATAT 1457
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1139 GGTAAATTCTCGACAAAGACTGAAATGGGAGAAGAGTATGCCTAAAGAGGATCTTCATAT 1198
Query 1458 CAAACAAGCAGCAGCTTTAGTGGTCAAACTCGAAGGAAACTCTCTCTTTTCATCAGGAGA 1517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CAAACAAGCAGCAGCTTTAGTGGTCAAACTCGAAGGAAACTCTCTCTTTTCATCAGGAGA 1258
Query 1518 TATCGCGGGTGCAGCGGAAAAGTACTCGGAAGCTTTGTCTCTATGCCCAATGAGGTCGAA 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1259 TATCGCGGGTGCAGCGGAAAAGTACTCGGAAGCTTTGTCTCTATGTCCGATGAGGTCGAA 1318
Query 1578 GAAGGAAAGAGTAGTGTTGTATAGCAATCGAGCTCAGTGTCATCTCTTGCTACAACAGCC 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1319 GAAGGAAAGAGTAGTGTTGTATAGCAATCGAGCTCAGTGTCATCTCTTGCTGCAACAGCC 1378
Query 1638 TTTGGTTGCTATAAGTGACGCTACACGTGCGCTTTGCTTGCACAATCCTGTAAACCGGCA 1697
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1379 TTTGGTTGCTATAAGCGACGCCACACGTGCGCTCTGCTTGCACAGTCCTGTAAACCGGCA 1438
Query 1698 TGCTAAGAGTCTTTGGAGAAGAGCTCAGGCTTATGATATGTTAGGTCTAGCTAAAGAGAG 1757
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TGCTAAGAGTCTTTGGAGAAGAGCTCAGGCCTATGATATGTTAGGTCTAGCTAAAGAGAG 1498
Query 1758 TTTGTTAGATGCGATTCTGTTCATCAACGAATGTTCTCAGTCGAATGATCCGGATCTCTC 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TTTGTTAGATGCGATTCTGTTCATCAACGAATGTTCTCAGTCGAATGATCCGGATCTCTC 1558
Query 1818 CATGAGACAGAACAAGGTTCCTGATTACGCAGAGAGGTTGGTGAAGAAACAGATGCGTGC 1877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1559 CATGAGACAGAACAAGGTTCCTGATTACGCAGAGAGGTTGGTGAAGAAGCAGATGCGAGC 1618
Query 1878 AGCTTGGTTGTTTAAAGAAGCGGCATTGAAGCATGGAGGTGTGCATAGGAAAGGTGAAGA 1937
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGCTTGGTTGTTTAAAGAAGCAGCATTGAAGCATGGAGGTGTGCATAGGAAAGGTGAAGA 1678
Query 1938 GAGGGAAGTGTATGGAAATGAAACAGATGATTCGGAATGGGAAACAGCGAGTGAGAGTGA 1997
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1679 GAGGGAAGTGTATGGAAATGAAACCGATGATTCGGAATGGGAAACAGCGAGTGAGAGCGA 1738
Query 1998 TATAGGAGATGATGGAAGGGATCATATGGGACTTGATGATgaggaggaggaggaggaAGA 2057
||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1739 TATTGGAGATGATGGAAGAGACCATATGGGACTTGATGATGAGGAGGAGGAGGA--A-GA 1795
Query 2058 TGAAGGTCACGGTGAGAAGTGGAAGAACCGGGATAAATCGAGTGAGAAAAATGAGAAAAC 2117
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TGAAGGCCATGGTGAGAAGTGGAAGAACCGGGATAAATTGAGTGAGAAAAATGAGAAAAC 1855
Query 2118 TTCTGCCAAAGGTATGAGGCATGGATACAGCATAAAGCTTGCAGAAGATGAAATATGAAA 2177
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TTCTGCGAAAGGTATGAGGCATGGATACAGTATAAAGCTAGCAGAAGATGAAATATGAAA 1915
Query 2178 CCTTGAAACACAACAAG 2194
|| |||||||||| |||
Sbjct 1916 CCCTGAAACACAATAAG 1932
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94882800295
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5