BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G10370.1
Length=5484
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487868 jgi|Araly1|487868|fgenesh2_kg.6__1002__AT5G10370.1 8735 0.0
> Ahg487868 jgi|Araly1|487868|fgenesh2_kg.6__1002__AT5G10370.1
Length=5455
Score = 8735 bits (4730), Expect = 0.0
Identities = 5246/5490 (96%), Gaps = 56/5490 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGGAACTCTTTTCCTCCTTCAGACGGTGGAAGATCGGCGACTGATCGTCGTCAGCAG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGGAACTCTTTTCCTCCTTCAGACGGTGGAAGATCGGAGACTGATCGTCGTCAGCAG 60
Query 61 TCGTCTCACTCATCCTCCACGAACCGTTATAACTCTCGCTCTGCACAATCTTCTCCGCCG 120
|||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 TCGTTTCCCTCATCCTCTATGAACCGTTATAACTCTCACTCTGCACAATCATCTCCGCCG 120
Query 121 CTCAACCACCGTCCTACTTGGAACCAGCAACACTCTCAGTACCCTAACTCAAATTTCCCG 180
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 121 CTCAACCACCGTCCTTCTTGGAACCAGCAACACTCTCAGCACCCTAACTCTAATTTCCCG 180
Query 181 CCAAATTACAGGCGTGATCGTAATCCGTCGTCG-GGATACTCGCCTCCA-GTTACGCGGG 238
||||||||||||||||||| | ||||||| || | || |||| ||||| ||| ||||||
Sbjct 181 CCAAATTACAGGCGTGATCATGTTCCGTCGCCGAGAAT-CTCGTCTCCAGGTT-CGCGGG 238
Query 239 CTAGACCTAATTTCATCGTTCAGCTGCTTCACCC---------CGCCGCCGCTAACAGTG 289
|||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 239 CTAGGCCGAATTTCATCGTTCAGCTGCTTCACCCGAGAATTAACGCCGCCGCTAACAGTG 298
Query 290 ACACAAAGCTGTGTTTTTCGACTAAGAAACAAGAGATCGAGAGTCTCGCTTTGCTTTGCG 349
|||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 299 ACACAAAGCTGTCTTTTTCTTCTAAGGAGCAAGAGATCAAGAGTCTCGCTTTGCTTTGCG 358
Query 350 AAATTCCTGAGGAATCAATTCATGTGCCTCAATTTGGTTGTATCGCTGGAAGTTTCAGTT 409
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 AAATTCCGGAGGAATCTGTTCATGTGCCTCAATTTGGTTGTATCGCCGGAAGTTTCAGTT 418
Query 410 TTCGTCAGTGGGTCGATGCGCGCTCTGCCGTGGTGGCTCTTTGGGATTATCGACTTCAAG 469
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 419 TTCGTCAGTGGGTCGATGCGCGCTCTGCCGTTGTGGCTCTTTGGGACAATCGGCTTCAAG 478
Query 470 GGAAGCATGAGTTTGTTCCTGAGCTGATCCCTAATGTTATTGTTCCGTCTGACATGAACG 529
|||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GGAAACATGATTTTGTTCCTGAGCTGATTCCTAATGTTATTGTTCCGTCTGACATGAACG 538
Query 530 AGCTTAAAGACAGGCTTCGTGATCTTTTCTCGT-CTCATATTCTTTCGCTTATGGAAAAT 588
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 539 AGCTTAAAGACAGGCTTCGTGATCTTTTCTC-TGCTCATGTTCTTTTGCTTATGGAAAAT 597
Query 589 GGAGAAGGCGTCAAGAAGGTGAGGTTGGAGATTGAGGAGAAGTCTCGTCAAGTTGTGTCC 648
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 598 GGAGAAGGCGTCAAGAAGGTGAGAATGGAGATAGAGGAGAAGTCTCGTCAAGTTGCGTCC 657
Query 649 TTTTCGTCTAAAAGGGGTCTTAAATTTGAGGTTTTTGAGAAAAAGAAGGCTATAGAGGCT 708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TTTTCGTCTAAAAGGGGTCTTAAATTTGAGGTTTTTGAGAAAAAGAAGGCTATAGAGGCG 717
Query 709 GAGAGAGATTTGGTTGTGAATCGGCTTGAAGAATTCAATAATGCCATGAAGAGCATTTTG 768
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GAGAGAGATTTGGTTGTCAATCGGCTTGAAGAATTCAACAATGCCATGAAGAGCATTTTG 777
Query 769 CGATATCTCATAGGACAAGACGGGTATGAGTTTGATTTAGATGATGAAGAAGAAGGAGAC 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||
Sbjct 778 CGATATCTCATAGGACAAGACGGGTATGAGTTTGATTTAGA--A-GAAGAAGACGAAGAC 834
Query 829 GTGGCCGTGTTTTGTTTGGAAGGGGCTTATGATTGGAGACGTATTCATTGTTTGATTCGT 888
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 835 GTGGCCGTGTTTTGTTTGGAAGGGGCCTATGATTGGAGACGTATTCATTATTTGATTCGT 894
Query 889 AGGGAGTGTCGAAGGCTAGAGGATGGACTTCCTATCTATGCCTACCGGCG-GCAGATTTT 947
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 895 AGAGAGTGTCGAAGGCTAGAGGATGGACTGCCTATCTATGCCTACCGGCGAG-AGATTTT 953
Query 948 GAAGAAAATTCATCGTGAACAGATAATGGTGTTGATTGGAGAAACTGGTTCAGGGAAGAG 1007
||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 GAAGAGAATTCATTGTGAACAGATAATGGTATTGATTGGAGAAACTGGTTCAGGGAAGAG 1013
Query 1008 CACTCAGTTAGTTCAGTTCCTTGCTGATTCCGGAGTTGCTGCTAGTGAGTCGATTGTTTG 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1014 CACTCAGTTAGTTCAGTTCCTTGCTGATTCCGGAGTTGCTGCTAGTGATTCCATTGTTTG 1073
Query 1068 TACACAACCACGGAAGATTGCTGCCATGACATTGGCTGATCGGGTCAGAGAAGAAAGCAG 1127
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 TACACAACCACGGAAAATTGCTGCCATGACATTGGCTGATCGGGTCAGAGAAGAAAGCAG 1133
Query 1128 TGGTTGTTATGAGGAAAATACTGTTTC-TTGTACTCCAACTTTTTCGTCTACTGAGGAGA 1186
||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1134 TGGTTGTTATGAGGAAAATACTG-TCCGTTGTACTCCAACTTTTTCGTCTACTGAGCAGA 1192
Query 1187 TTAGTTCCAAAGTTGTATACATGACGGATAATTGTCTGCTTCAGCACTACATGAA-AGAT 1245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1193 TTAGTTCCAAAGTTGTATACATGACGGATAATTGTCTGCTTCAGCACTACAT-AAGAGAT 1251
Query 1246 CGGAGTTTGTCTGGCATTTCATGTGTTATTATTGACGAAGCTCATGAAAGAAGCTTAAAC 1305
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CGTAGCTTGTCTGGCATTTCATGTGTTATTATTGACGAAGCTCATGAAAGAAGCTTAAAC 1311
Query 1306 ACGGACCTTCTGTTGGCATTGCTTAAAAAGTTGCTATCCAGAAGGATTGACCTGAGGCTT 1365
||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 ACGGACCTTCTTTTGGCATTGCTCAAAGAGTTGCTATCCAGAAGGATTGACCTGAGGCTC 1371
Query 1366 GTAATCATGTCTGCCACGGCCGATGCCAAACAACTTTCACAGTATTTCTTCAGTTGTGGT 1425
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GTAATCATGTCTGCCACGGCCGATGCCCACCAACTTTCACAGTATTTCTTCAGTTGTGGT 1431
Query 1426 ATTCTTCTTGTCAATGGGAGGAACTTTCCGGTGGAGATTGTATATTCCCCTAGTGACACA 1485
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 ATTCTTCCTGTCAATGGGAGGAACTTTCCGGTGGAGATTGTATATTCCCCTAGTGACACA 1491
Query 1486 GAAGAGAATTCTGTTGTTGGCGGCATTGCTTCATATGTTGGCGATGTTGTTAAAATGGCA 1545
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1492 GAAGAGACTTCTGTTGTTGGCGGCATTGCTTCATATGTTGGTGATGTTGTTAAGATGGCA 1551
Query 1546 GTGGAAATACATAAAACAGAGAAAGAAGGAACCATCCTTGCATTCTTGACTTCCCAAGCA 1605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1552 GTGGAAATACATAAAACAGAGAAAGAAGGAACCATCCTTGCATTCTTGACTTCCCAAGTA 1611
Query 1606 GAGGTAGAATGGGCATGCGAAAGGTTTATAACTCCGTCTGCAATTGCTTTGCCTTTGCAT 1665
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 GAAGTAGAATGGGCATGCGAAAGGTTTATAGCTCCGTCTGCAATTGCTTTGCCTTTGCAT 1671
Query 1666 GGAAAGCTTTCCTTCGAAGAACAGTTTAGGGTTTTCCAGAACCATCCTGGGAGACGGAAA 1725
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1672 GGAAAGCTTTCCTTCGAAGAACAATTTAGGGTTTTCCAGAACCATCCTGGGAGACGAAAA 1731
Query 1726 GTGATATTTGCCACAAATATTGCAGAGACGTCGCTGACTATTCCTGGTGTCAAGTATGTA 1785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 GTGATATTTGCCACAAATATTGCAGAGACGTCGCTGACTATTCCTGGTGTCAAGTATGTA 1791
Query 1786 ATTGATTCCGGGATGGTGAAAGAGAGTAAATATGAACCTAGAACGGGGATGAGCATCCTC 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1792 ATTGATTCCGGGATGGTGAAAGAGAGTAAATATGAACCTAGAACGGGTATGAGCATCCTC 1851
Query 1846 AAGGTGTGCCGGGTCAGTCAGAGTTCTGCTCGACAACGTGCTGGTCGTGCTGGAAGGACA 1905
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 AAGGTGTGCCAGGTCAGTCAGAGTTCTGCTCGACAACGTGCTGGTCGTGCTGGAAGGACA 1911
Query 1906 GAACCCGGAAGATGTTACAGACTCTACTCAAAAAACGATTTTGATTCAATGAATCTTAAT 1965
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1912 GAACCCGGACGATGTTACAGACTCTACTCAAAAAATGATTTTGATTCATTGAATCTTAGT 1971
Query 1966 CAGGAACCAGAAATTCGGAGGGTCCATCTTGGTGTAGCACTTTTGAGGATGCTTGCTCTG 2025
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1972 CAGGAACCTGAAATTCGGAGGGTCCATCTTGGTGTAGCACTTTTAAGGATGCTTGCTCTG 2031
Query 2026 GGTGTCA-ACAACATAGCA-GAATTTAACTTTGTTGATGCGCCTGTCCCGGAAGCCATTG 2083
||||| | ||||||||| | | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GGTGT-AGACAACATAG-ATGCTTTTGACTTTATTGACGCGCCTGTCCCGGAAGCCATTG 2089
Query 2084 CAATGGCTGTCCAAAATCTTGTTCAGTTGGGTGCAGTTGTTGAGAAGAACGGTGTTCATG 2143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2090 CAATGGCTGTCCAAAATCTTGTTCAGTTGGGTGCAGTCGTTGTGAAGAACGGTGTTCTTG 2149
Query 2144 AATTAACACAGGAAGGGCATTGTTTAGTCAAGCTGGGGCTGGAGCCAAAGCTTGGAAAGT 2203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 AATTAACACAGGAAGGGCATTGTTTAGTCAAGCTGGGGCTGGAGCCAAAGCTTGGAAAGT 2209
Query 2204 TAATTTTAGGCTGCTTCAGACACAGAATGGGCAAAGAGGGGATTGTTCTTGCTGCTGTCA 2263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 TAATTTTAGGCTGCTTCAGACACAGAATGGGCAAAGAGGGGATTGTTCTTGCTGCTGTCA 2269
Query 2264 TGGCTAATGCTAGTAGTATATTTTGCAGAGTTGGCAACTTCGATGATAAGATGAAAGCTG 2323
|||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 TGGCTAATGCTACTAGTATATTTTGTAGAGTTGGCAGCTTCGATGATAAGATGAAAGCTG 2329
Query 2324 ATCGCCTAAAGGTGCAATTCTGCAATCAGAATGGAGACTTGTTCACTCTTCTTTCGGTGT 2383
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 ATCGCCTAAAGGTGCAATTCTGCAATCATAATGGAGACTTGTTCACTCTTCTTTCGGTGT 2389
Query 2384 ACAAAGAATGGGCATCTCTGCCGCGAGAGAGAAGAAATAAATGGTGCTGGGAAAATAGCC 2443
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 ACAAAGCATGGGCATCTCTGCCGCGAGAGAGAAGAAATAAATGGTGCTGGGAAAATAGCC 2449
Query 2444 TGAATGCCAAATCAATGAGGAGATGTGAAGACACAGTCAAGGAATTGGAGATATGCATTG 2503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2450 TGAATGCCAAATCAATGAGGAGATGTGAAGACACAGTCAAGGAATTGGAGATATGCATTG 2509
Query 2504 AGAGAGAACTTACTCTTGTCAGTCCTAGTTACTGGGTTTGGAATCCAAATGAGGGTACTA 2563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 AGAGAGAACTTACTCTTGTCAGTCCTAGTTACTGGGTTTGGAATCCAAATGAGGGTACTA 2569
Query 2564 AACACGACAAGCATTTGAAAATGGTTATACTTGCATCTCTTGCAGAAAACGTGGCGATGT 2623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 AACACGACAAGCATTTGAAAATGGTTATACTTGCATCTCTTGCAGAAAACGTGGCGATGT 2629
Query 2624 ACACTGGCTATAATCAGCTTGGATACGAGGTGGCATTGACTGGTCAACAAGTTCAGTTAC 2683
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2630 ACACTGGCTATGATCAGCTTGGATACGAGGTGGCATTGACTGGTCAACAAGTTCAGTTAC 2689
Query 2684 ATCCATCGTGTTCATTGCTAGCATTTGGCCAGAAGCCAAGCTGGGTTGTTTTCGGTGAAC 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 ATCCATCGTGTTCATTGCTAGCATTTGGCCAGAAGCCAAGCTGGGTTGTTTTCGGTGAAC 2749
Query 2744 TTCTATCTATTGTGGACCAGTACTTGGTATGTGTAACTGCGTGTGATTTTGAAGCTTTGT 2803
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2750 TTCTATCTATTGTGGACCAGTACTTGGTATGTGTAACTGCGTTTGATTTTGAAGCTTTGT 2809
Query 2804 ATATGCTTGATCCACCACCACCTTTTGACGTATCCCAGATGGATGAGCGGAGGCTCCGAA 2863
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810 ATATGCTTGATCCACCACCACCTTTTGATGCATCCCAGATGGATGAGCGGAGGCTCCGAG 2869
Query 2864 TTAAAAAAGTGGTTGGTTGTAGCAGCACTGTGCTAAAACGATTCTGTGGGAAATCTAATC 2923
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2870 TGAAAAAAGTGGTTGGTTGTAGCAGCACTGTGCTAAAACGATTATGTGGGAAATCTAATC 2929
Query 2924 GTAGTCTGCTTTCAATTGTTTCTCGTGCTAGGTCTCTTTGTTCGGATGAAAGGATTGGTA 2983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2930 GTAGTCTGCTTTCAATTGTTTCTCGTGCTAGGTCTCTTTGTTCGGATGAAAGGATTGGTA 2989
Query 2984 TTCAAGTCGATGTTGATCAGAATGAGATTCGACTGTATGCGCCTCCCCTCGACATGGAAA 3043
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2990 TTCAAGTCGATGTTGATCAGAATGAGATTCTACTGTATGCGCCTCCCCTCGACATGGAAA 3049
Query 3044 AAGTGTCAGCCCTTGTGAACGATGCATTGGAATGTGAAAAGAAATGGATGCATAATGAAT 3103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3050 AAGTGTCAGCCCTTGTGAACGATGCATTGGAATGTGAAAAGAAATGGATGCGTAATGAAT 3109
Query 3104 GTTTGGAGAAGTATCTATATCATGGTCGGGGACAAGTACCTATTGCACTGTTTGGATCTG 3163
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3110 GTTTGGAGAAGTATCTATTTCATGGTCGGGGACAAGTACCTATTGCACTGTTTGGATCTG 3169
Query 3164 GTGCTCAGATAAAGCATCTTGAAGTTGATCAGAGATTTCTGACAGTCGATGTACTTTATT 3223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170 GTGCTCAGATAAAGCATCTTGAAGTTGATCAGAGATTTCTGACAGTCGATGTACTTTATT 3229
Query 3224 ATGGCGATGATGTTGTTGATGACAGAGAGCTTCTGACGTTTCTGGAGAAGAAGATTGATG 3283
|||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3230 ATGGCGATAATTTTGTTGATGACAGAGAGCTTCTGTCGTTTCTGGAGAAGAAGATTGATG 3289
Query 3284 GGTCTATTTGCTCTATATACAAGTTTGCTGCGAACAAGCAAGACTGTGATGAGAAGGAGA 3343
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 GGTGTATTTGCTCTATTTACAAGTTTGCTGCGAACAAGCAAGACTGTGATGAGAAGGAGA 3349
Query 3344 AGTGGGGTAGAATAACCTTTCTCACTCCAGAATCTGCTATGAAGGCAACAGAAATTCAGA 3403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3350 AGTGGGGTAGAATAACCTTTCTCACTCCAGAATCTGCTATGAAGGCAACAGAAATTCAGA 3409
Query 3404 AATTTTATTTCAAAGGATCAGTGCTCAAATTATTTCCATCACTGTCAACTGGTGGAGGAA 3463
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3410 AATTTGATTTCAAAGGATCAGTGCTTAAATTATTTCCATCACTGTCAACTGGTGGAGGAA 3469
Query 3464 TTTTCAAGATGCCTTATTTCTCTTCCGTGACAGCTAAGATTCGTTGGCCGAGAAGGGAAA 3523
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3470 TTTTCAAGATGCCTTCTTTCCCTTCCGTGACAGCTAAGATTCGTTGGCCGAGAAAGGAAA 3529
Query 3524 GCAGTGGTAGAGGATGTCTTAAGTGCCCTTCCGGAGATATTCACCGTATACTTGGTGATA 3583
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
Sbjct 3530 GCAGTGGTAGAGGATGTCTTAAGTGCCCTTCCGGAGATATTCACAGTATAATTGGTGGGA 3589
Query 3584 TATCCAGCCTTGAGATAGGAACAAATTATGTCCATATTCAGAGAGATCAACAGTCAAATG 3643
|||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 3590 TATCCAACCTTGTGATTGGAACAAATTATGTCAATATTCAGAGAGATCAACGGTCCAATG 3649
Query 3644 ATTCTATCTTGATAAGTGGACTTGGAGATCTTTCGGAAGCAGAAGTTTTAGATGTTTTGG 3703
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3650 ATTCTATCTTGATAAGTGGACTTGGAGATCTTTCAGAAGCAGAAGTTTTAGATGTTTTGG 3709
Query 3704 AATTCAGAA-CGCAGAGAAGAGATCTGAATTTTTTCATATTCAGaaaaaaaTACAGTGTG 3762
| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3710 AGTTG-GAAACGAAGAGAAGAGATCTGAATTTTTTCATATTCAGAAAAAA---CAGTGTG 3765
Query 3763 CAGTGCCCATCTCCTACTGCTTGCGAAGAAGAGCTTCATAAGAGAATATTTGCGCGCATG 3822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3766 CAGTGCCCATCTCCTACTGCTTGCGAAGAAGAGCTTCATAAGAGAATATTTGCGCGCATG 3825
Query 3823 TCAGCAAAGAATCCAGAGCCAAACTGTGTCCAAGTTCAAGTTTTTGAACCAAAAGAAGAC 3882
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3826 TCAGCAAAGAATCCAGAGCCAAACTGTGTCCAAGTCCAAGTTTTTGAACCAAAAGAAGAC 3885
Query 3883 AATTACTTCATGCGAGCGTTAATTAAGTTTGACGGGAGATTACATTTCGAAGCTGCAAAA 3942
||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3886 AATTATTTCATGCGAGCGTTGATTACGTTTGACGGGAGATTACATTTGGAAGCTGCAAAA 3945
Query 3943 GCTTTGCAAGAGTTAAATGGGGAGGTGCTACCTGGATGTCTTCCATGGCAGAAGATAAAG 4002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3946 GCTTTGCAAGAGTTAAATGGGGAGGTGCTACCTGGATGTCTTCCATGGCAGAAGATAAAG 4005
Query 4003 TGCGAACAATTGTTTCAGAGCTCCATAATCTGCTCCGCTTCTATCTACAACACTGTCAAA 4062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4006 TGCGAACAATTGTTTCAGAGCTCCATAATCTGCTCCGCTGCTATCTACAACACTGTCAAA 4065
Query 4063 AGACAATTGAACGTTTTATTAGCAAGGTTTGAGAGACAAAAAGGGGGTGA-ATG-CTGTC 4120
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||| | |||
Sbjct 4066 AGACAATTGAACGTTTTATTAGCAAGCTTTGAGAGACAACAAGGGGGT-ATATGGC-GTC 4123
Query 4121 TGGAACCAACTCATAACGGGGCTTATCGTGTTAAAATTACTGCTTATGCAACAAGACCCG 4180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4124 TGGAACCAACTCATAACGGGGCTTATCGTGTTAAAATTATTGCTTATGCAACAAGACCCG 4183
Query 4181 TTGCGGAGATGCGGAGAGAACTTGAAGAACTCTTAAGAGGAAGACCCATAAACCATCCAG 4240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 4184 TTGCGGAGATGCGGAGAGAACTTGAAGAACTCTTAAGAGGAAGACCTATTAACCATCCAG 4243
Query 4241 GCTTCACACGTAGAGTCCTGCAGCATCTTATGTCCAGAGATGGTATTAATCTGATGCGGA 4300
|||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4244 GCTTAACCCCTAGAGTCCTGCAGCATCTTATGTCCAGAGATGGTATTAATCTGATGCGGA 4303
Query 4301 AGATCCAGCAGGAGACAGAAACTTACATTCTATTAGATAGGCACAATCTCACAGTACGCA 4360
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 4304 AGATCCAACAGGAGACAGAAACTTACATTGTATTAGACAGGCACAATCTCACAGTACGAA 4363
Query 4361 TTTGTGGAACAAGTGAGAAAATTGCCAAGGCAGAACAAGAACTGATTCAGGCACTTATGG 4420
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 4364 TTTGTGGATCAAGTGAGAAAATTGCCAAGGCAGAACAAGAACTGGTTCAATCACTTATGG 4423
Query 4421 ATTATCATGAGAGCAAGCAACTTGAAATCCACCTCCGAGGTCCTGAGATCCGTCCTGACC 4480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4424 CTTATCATGAGAGCAAGCAACTTGAAATCCACCTCCGAGGTCCTGAGATCCGTCCTGACC 4483
Query 4481 TCATGAAGGAAGTTGTGAAGCGGTTTGGTCCGGAGCTCCAAGGTATCAAAGAAAAGGTGC 4540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 4484 TCATGAAGGAAGTTGTGAAGCGGTTTGGTCCGGAGCTTCAAGGTATCAAAGAAAAGGTAC 4543
Query 4541 ATGGTGTGGATCTCAAGCTCAACACCCGGTACCATGTTATTCAGGTTCATGGGAGCAAAG 4600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4544 ATGGTGTGGATCTCAAGCTCAACACCCGGTACCATGTTATTCAGGTTCATGGGAGCAGAG 4603
Query 4601 AAATGAGGCAGGAAGTACAAAAGATGGTCAATGAACTTGCACGAGAAAAGAGTGCACTGG 4660
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4604 AAATGAGGCAGGAAGTACAAAAGATGGTCGATGAACTTGCACGAGAAAAGAGTGCACTGG 4663
Query 4661 GTGAAAAACCAGATGAGATTGAAGTTGAATGCCCCATTTGCTTGTCTGAAGTTGATGATG 4720
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4664 GTGAAAAACCAGATGACATTGAAGTTGAATGCCCCATTTGCTTGTCTGAAGTTGATGATG 4723
Query 4721 GCTACTCTCTTGAAGGATGTTCACACCTCTTCTGCAAAGCTTGTTTGTTGGAGCAATTTG 4780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4724 GCTACTCTCTTGAAGGATGTTCACACCTCTTCTGCAAAGCTTGTTTGTTGGAGCAATTTG 4783
Query 4781 AGGCATCGATGAGAAACTTTGACGCATTCCCAATACTTTGTTCTCACATAGACTGTGGAG 4840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4784 AGGCATCGATGAGAAACTTTGACGCATTCCCAATACTTTGTTCTCACATAGACTGTGGAG 4843
Query 4841 CTCCAATAGTACTCGCTGATATGAGAGCCCTCTTATCACAAGAGAAGCTCGATGAACTCT 4900
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4844 CTCCAATAGTACTGGCTGATATGAGAGCCCTCTTATCACAAGAGAAGCTCGATGAACTCT 4903
Query 4901 TCAGCGCATCCTTGTCCTCTTTTGTAACATCCAGTGATGGAAAGTTCAGGTTTTGCTCCA 4960
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4904 TCAACGCATCCTTGTCCTCTTTTGTAACATCTAGTGATGGAAAGTTCAGGTTTTGCTCCA 4963
Query 4961 CACCTGATTGCCCTTCCGTCTACCGTGTAGCTGGACCTCAAGAATCTGGTGAGCCATTCA 5020
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 4964 CACCTGATTGCCCTTCCATCTACCGTGTAGCTGGACCTCAAGAATCCGGCGAGCCATTCA 5023
Query 5021 TCTGTGGAGCATGTCACTCAGAAATATGCACAAGGTGTCACCTCGAGTATCACCCGTTAA 5080
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5024 TCTGTGGAGCATGTCACTCGGAAACATGCACAAGGTGTCACCTCGAGTATCACCCGTTAA 5083
Query 5081 TCACTTGTGAAAGGTACAAAAAGTTCAAGGAAAATCCGGACTTGTCGCTAAAGGACTGGG 5140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||
Sbjct 5084 TCACTTGTGAAAGGTACAAAAAGTTCAAGGAAAATCCAGACTTGTCCCTTAAGGACTGGG 5143
Query 5141 CAAAAGGGAAGAACGTAAAGGAGTGTCCGATTTGCAAGTCGACGATAGAGAAGACTGATG 5200
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5144 CAAAAGGGAAGGACGTAAAGGAGTGTCCGATTTGCAAGTCGACGATAGAGAAGTCTGATG 5203
Query 5201 GGTGTAACCATATGAAGTGCCGGTGTGGAAAGCACATTTGTTGGACCTGCTTAGACGTCT 5260
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5204 GGTGTAACCATCTGCAGTGCCGGTGTGGAAAGCACATTTGCTGGACCTGCTTAGACGTCT 5263
Query 5261 TCACTCAAGAAGAACCTTGTTATGCCCATTTAAGGACAATTCATGGTGGAATCGGATTAG 5320
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5264 TCACTCAAGCAGAACCTTGTTATGCCCATTTAAGGACAATTCATGGTGGAATCGGATTGG 5323
Query 5321 TCGAGTAAGGTGTCCCAGAGGACCCCGTTGCCCAGCCCGACTAGACCGGACCTATGTATC 5380
||||| ||||||||| | |||| | || ||| | ||||| |||||||
Sbjct 5324 CCGAGTTAGGTGTCCCGGTGGAC----T-----AG---GAC----C-GGACCCATGTATC 5366
Query 5381 TATATTCTGTAACATCTGGTATGCTTAATGTGTACATATGTGAAGAT-AGTGTAGTTCGG 5439
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| || || |||||||||
Sbjct 5367 TATATTCTGTTACATCTGGTTTGCTTAATGTGTATATATGTGATCATTAGCGTAGTTCGG 5426
Query 5440 TAGTTATACCTTCTTTAACCAACTGAAAAA 5469
|| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5427 TA-TTGTACCTTCTTTAACCAACTGAAAAA 5455
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 207680175861
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5