BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G10560.1
Length=2474
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487889 jgi|Araly1|487889|fgenesh2_kg.6__1023__AT5G10560.1 3768 0.0
> Ahg487889 jgi|Araly1|487889|fgenesh2_kg.6__1023__AT5G10560.1
Length=2428
Score = 3768 bits (2040), Expect = 0.0
Identities = 2305/2432 (95%), Gaps = 22/2432 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTTTCCTCCAAAATATGAATCTTCAGTTGACTCTAATCTCCTTACTCTTCTTCACTTCC 60
||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATTTTCCACGAAAATATGAATCATCAGTTGACTCTAATCTCATTAGTCTTCTTCACTTCA 60
Query 61 GCCATAGCTGAAACCTTCAAAAACCTCGATTCTCATCCACAGTTCCCTTGTAAACCTCCT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 GCCATAGCTGAAACCTTCAAAAACCTCGATTCTCATCCACAGTTCCCCTGTAAACCTCCT 120
Query 121 CATTTTAGCTCTTATCCC-TTCTGCAATGTCTCTTTATCCATAAAACAACGAGCAATTTC 179
||||| |||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CATTTCAGCTCTTA-CCCATTCTGCAACGTATCTTTATCCATAAAACAACGAGCAATTTC 179
Query 180 TCTCGTCTCCCTCCTCATGCTCCCAGAGAAGATAGGTCAGCTCTCAAACACAGCTGCTTC 239
||||||||| ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 180 TCTCGTCTCTCTCCTTACGCTCCCGGAGAAGATCGGTCAGCTTTCAACCACAGCTGCTTC 239
Query 240 AGTACCCCGTCTCGGTATTCCTCCGTACGAGTGGTGGTCGGAGTCTTTACACGGACTCGC 299
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 240 AGTACCTCGTCTCGGTATCCCTCCGTACGAGTGGTGGTCGGAGTCGTTACACGGACTCGC 299
Query 300 CGATAACGGTCCCGGAGTTTCCTTCAACGGTTCGATCTCCGCCGCTACTAGTTTTCCTCA 359
|||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGATAACGGTCCCGGCGTCTCTTTCAACGGTTCAATCTCCGCCGCTACTAGTTTTCCTCA 359
Query 360 GGTAATCGTATCTGCTGCATCTTTCAATAGAACGCTATGGTACGAGATTGGATCTGCTGT 419
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 GGTAATCGTATCAGCCGCATCTTTCAATAGAACGCTATGGTACGAGATCGGATCTGCTGT 419
Query 420 TGCGGTGGAAGGTCGGGCTATGTACAACGGTGGTCAAGCTGGGTTGACGTTTTGGGCTCC 479
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 420 TGCGGTGGAAGCTCGGGCTATGTACAACGGTGGTCAAGCTGGGTTGACTTTTTGGGCTCC 479
Query 480 GAATATAAATGTGTTTAGGGATCCGAGATGGGGAAGAGGACAGGAGACTCCTGGTGAGGA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GAATATAAATGTGTTTAGGGATCCGAGATGGGGAAGAGGGCAGGAGACTCCTGGTGAGGA 539
Query 540 TCCGAAGGTAGTTTCCGAGTATGGAGTTGAGTTCGTTAGAGGGTTTCAAGAGAAGAAGAA 599
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCCAAAGGTAGTTTCCGAGTATGGAGTTGAGTTCGTTAGAGGGTTTCAAGAGAAGAAGAA 599
Query 600 AAGGAAGGTTTTGAAAAGAAGA-TT--TAGtgatga-tgttgatgatga---tcgtcatg 652
||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||| |||| |||
Sbjct 600 GAGGAAGGTTTTGAAAAGAAGATTTGGTAGTGAT-AGTGTTGATGATGATGCTCGTTATG 658
Query 653 atgatgatgctgatgGGAAGCTCATGTTATCTGCTTGTTGTAAGCATTTCACTGCCTATG 712
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 ATGATGATGATGATGGGAAACTCATGTTATCTGCTTGTTGTAAGCATTTCACTGCCTATG 718
Query 713 ATTTGGAAAAATGGGGGAATTTCACTAGATACGACTTCAATGCTGTGGTCACAGAACAGG 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ATTTGGAAAAATGGGGGAATTTCACTAGATACGACTTCAATGCTGTGGTCACAGAACAGG 778
Query 773 ACATGGAAGACACATATCAGCCCCCATTTGAGACTTGTATAAGAGATGGTAAAGCTAGCT 832
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 779 ACATGGAAGACACATATCAGCCCCCATTTGAGACTTGTATAAAAGATGGTAAAGCTAGCT 838
Query 833 GCTTGATGTGTTCATATAATGCAGTTAATGGGGTCCCTGCTTGTGCGCAAGGAGACTTAT 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GCTTGATGTGTTCATATAATGCAGTTAATGGGGTCCCTGCTTGTGCGCAAGGAGACTTAT 898
Query 893 TACAAAAAGCTCGAGTTGAGTGGGGATTTGAAGGGTACATTACATCAGACTGTGATGCTG 952
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TACAAAAAGCTCGAGTTGAATGGGGATTTGAAGGGTACATTACATCAGACTGTGATGCTG 958
Query 953 TGGCAACTATTTTTGCGTACCAAGGATATACCAAGTCACCTGAGGAAGCTGTTGCTGATG 1012
||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TGGCAACCATTTTTGAGTACCAAGGATATACTAAGTCACCTGAGGAAGCTGTTGCTGATG 1018
Query 1013 CCATAAAAGCAGGGGTGGATATAAATTGTGGAACATACATGCTTCGGCACACACAATCTG 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1019 CCATAAAAGCAGGGGTGGATATAAATTGTGGAACATACATGCTTCGGAACACACAATCTG 1078
Query 1073 CGATTGAGCAGGGGAAGGTGAGCGAAGAACTAGTAGACCGAGCTCTGCTAAATCTCTTTG 1132
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CGATTGAGCAAGGGAAGGTGAGCGAAGAACTAGTAGACCGAGCTCTGCTAAATCTCTTTG 1138
Query 1133 CTGTTCAACTTCGTCTTGGACTTTTTGATGGTGATCCAAGAAGAGGACAGTACGGAAAGT 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1139 CTGTTCAACTTCGTCTTGGACTTTTTGATGGTGATCCAAGAGGAGGACATTACGGAAAGT 1198
Query 1193 TAGGATCAAATGACATTTGTAGCTCAGACCACAGAAAATTGGCACTGGAAGCAACAAGAC 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1199 TAGGATCAAATGACATTTGTAGCTCAGACCACAGAAAATTGGCACTGGAAGCAGCAAGAC 1258
Query 1253 AGGGTATCGTGCTCCTGAAAAATGATCACAAGTTGTTGCCTTTGAACAAAAACCATGTTT 1312
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AGGGTATCGTGCTTCTGAAAAATGATCACAAGTTGTTGCCTTTGAACAAAAACCATGTTT 1318
Query 1313 CTTCATTAGCAATCGTTGGTCCAATGGCGAATAATATAAGCAATATGGGCGGTACTTATA 1372
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CTTCTTTAGCAATCGTTGGTCCAATGGCGAATAATATAAGCAATATGGGCGGTACTTATA 1378
Query 1373 CAGGAAAGCCGTGTCAACGAAAGACTTTGTTCACGGAACTTCTGGAGTATGTGAAGAAGA 1432
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1379 CAGGAAAGCCGTGTCAACGCAAGACTCTGTTCACGGAACTTCTGGAGTATGTAAAGAAGA 1438
Query 1433 CATCTTATGCGTCTGGTTGCTCAGACGTGTCTTGTGATTCTGATACCGGATTTGGAGAAG 1492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CATCTTATGCGTCTGGTTGCTCAGACGTGTCTTGTGTTTCTGATACCGGATTTGGAGAAG 1498
Query 1493 CTGTGGCCATCGCCAAGGGAGCGGATTTTGTCATAGTAGTTGCAGGATTAGATCTCTCTC 1552
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CTGTTGCCATCGCCAAGGGAGCGGATTTTGTCATAGTAGTTGCAGGATTAGATCTCTCTC 1558
Query 1553 AAGAAACCGAGGATAAGGATCGAGTTAGTCTTTCTTTGCCTGGTAAACAGAAAGATCTTG 1612
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAGAAACCGAGGATAAGGATCGATTTAGTCTTTCTTTGCCTGGTAAACAGAAAGATCTTG 1618
Query 1613 TGTCT-CATGTTGCTGCTGTGAGCAAAAAACCGGTGATTCTTGTTCTAACCGGTGGAGGA 1671
||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGTCTTC-TGTTGCAGCTGTGAGCAAAAAACCAGTGATTCTTGTTCTAACCGGTGGAGGA 1677
Query 1672 CCAGTGGATGTAACGTTTGCTAAAAATGACCCGAGAATCGGAAGCATTATCTGGATTGGT 1731
||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1678 CCAGTGGATGTGACGTTTGCTAAAACTGACCCAAGAATCGGAAGCATCATCTGGATTGGT 1737
Query 1732 TATCCAGGTGAAACTGGTGGACAAGCACTCGCTGAAATCATATTTGGAGACTTCAATCCA 1791
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TATCCAGGTGAAACCGGTGGACAAGCACTAGCTGAAATCATATTTGGAGACTTCAATCCA 1797
Query 1792 GGTGGTAGATTACCGACAACGTGGTATCCGGAGTCATTCACGGATGTGGCAATGTCGGAT 1851
||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1798 GGTGGAAGATTACCGATAACGTGGTATCCCGAGTCCTTCACGGATGTTCCAATGTCGGAT 1857
Query 1852 ATGCACATGAGAGCCAATTCATCTCGTGGATATCCAGGAAGAACGTACAGATTCTATACC 1911
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1858 ATGCACATGAGAGCCGATTCATCTCGTGGATATCCGGGAAGAACATACAGATTCTATACC 1917
Query 1912 GGACCTCAAGTTTACAGTTTTGGGACCGGTTTAAGCTACACGAAATTCGAGTACAAGATC 1971
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1918 GGACCTCAAGTTTACAGTTTTGGAACTGGTTTAAGCTACACGAAATTCGATTACAAGATC 1977
Query 1972 TTATCAGCACCAATCAGACTTAGCTTATCGGAACTTCTTCCACAACAGTCTTCTCACAAG 2031
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ATATCAGCACCAATCAGACTTAGCTTATCAGAACTTCTTCCACAACAGTCTTCTCACAAG 2037
Query 2032 AAACAACTAC---AACATGGAGAAGAACT--TC-GATACTTACAGCTCGATGATGTGATT 2085
|||||||||| |||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2038 AAACAACTACTGCAACACGGAGAAGAACAGCTCCGATACATACAGCTCGATGATGTGATG 2097
Query 2086 GTTAACTCTTGCGAATCTCTGCGGTTTAACGTTCGTGTTCATGTGAGCAATACCGGAGAA 2145
|||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| | ||||| ||||| ||||||
Sbjct 2098 GTTAACTCTTGCGAATCTATGCACTTTAATGTTCGGGTTAACGTGAGAAATACGGGAGAA 2157
Query 2146 ATCGACGGTAGTCATGTTGTGATGCTGTTTTCGAAAATGCCACCGGTTTTATCTGGTGTT 2205
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||| ||||| |||
Sbjct 2158 ATCGACGGTAGTCATGTTCTGATGCTGTTTTCGAAAATGGCTCGGGTTTTGTCTGGAGTT 2217
Query 2206 CCGGAGAAGCAGCTGATTGG-TTATGATCGTGTTCATGTTCGTTCCAATGAAATGATGGA 2264
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||
Sbjct 2218 CCGGAGAAGCAGCTGATTGGATT-TGATCGTGTTCATGTTCGTTCCAGTGAGATGATCGA 2276
Query 2265 AACAGTGTTCGTAATCGATCCTTGCAAGCAGCTAAGCGTAGCGAATGATGTCGGGAAGAG 2324
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 AACAGAGTTCGTGATCGATCCTTGCAAGCAGCTAAGCGTAGCGAATGATGTCGGGAAGAG 2336
Query 2325 AGTGATTCCTCTGGGGAGTCATGTCTTGTTCTTGGGAGATTTACAACATTCTCTCTCTGT 2384
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2337 AGTGATTCCTCTGGGGATTCATGCCTTGTTCTTGGGAGATTTACAACATTCTCTATCTGT 2396
Query 2385 TGAATTCTAAA-ACA-CTGTAATCCGAAAAAA 2414
||||||||||| | | |||||||||| |||||
Sbjct 2397 TGAATTCTAAACAAAACTGTAATCCGGAAAAA 2428
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93244919760
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5