BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G10630.2
Length=2362
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg325603 jgi|Araly1|325603|fgenesh1_pm.C_scaffold_6000823 3192 0.0
> Ahg325603 jgi|Araly1|325603|fgenesh1_pm.C_scaffold_6000823
Length=2367
Score = 3192 bits (1728), Expect = 0.0
Identities = 1949/2050 (95%), Gaps = 38/2050 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 142 AAACAAACGATGCCTCGTAAAGGATTATCCAATTTCgatgattatgatgatggttttgat 201
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 AAACTAACGATGCCTCGTAAAGGATTATCCAATTTCGATGATTATGATGATGGTTTTGAT 381
Query 202 gatgatgacgatgcttttgattatgactatgatgttgatatagatgaacatgaAGAAGAA 261
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||
Sbjct 382 GATGATGACGATGCTTATGATTATGACTATGATGTAGATATTGAAGAACACGAAGAAGAG 441
Query 262 GCTGCTGCTGAACCAAAGGAAGAAATTGCTAAAACGCAAGGGCTTTGGCGATGTGCTATC 321
| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 GAAGCTGCTGAACCAAAGGAAGAAATTGCT--AA-GCAAGGGCTTTGGCGATGTGCTATC 498
Query 322 TGTACATATGACAATGTTGAGACTATGTTTGTGTGTGATATCTGCGGTGTTCTTCGTCAT 381
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 499 TGTACATATGACAATGATGAGAGTATGTTTGTGTGTGATATCTGCGGCGTTCTTCGTCAT 558
Query 382 CCTGTCGCCGGAAATCAAAGTAT---C-A-A-T--AA----------G-AA---TACAG- 418
||||| ||||||||||||||||| | | | | || | || | | |
Sbjct 559 CCTGTAGCCGGAAATCAAAGTATCAACAAGACTACAATTGGGTCTTTGCAATTGTGCTGT 618
Query 419 -CACCTTTCAAGTTTGATGCTCCATCGCCAGATGATTTAGTCTCCAATGGACTAACATCC 477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 619 TCACCTTTCAAGTTTGATGCTCCATCGCCAGATGATTTAGTCTCCAATGGACTAACATCC 678
Query 478 TCAAAAACTGGTCCAAAAGGCTCAGGTGATGCTAGCATGAGACAGAAGGAGAAGCAAGAT 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 TCAAAAACTGGTCCAAAAGGCTCAGGTGATGCTAGTATGAGACAGAAGGAGAAGCAAGAT 738
Query 538 AGCGTAGAACAGAAACC-TTTAAAGAAAGGAGGAGATAGTTCAGAAACAAGCTCCCGAGG 596
|||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 739 AGCGCAGAACAGAAACCTTTTAAA-AAAGGAGGAGATAATTCCGAAACAAGCTCCCGAGG 797
Query 597 TAGACATGATAAACTTG-----A-TG-AT--AAGGGCGGTGCTGGCGGCATAAAATCAGG 647
||||||||||||||||| | || | ||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 798 TAGACATGATAAACTTGATAATAGTGTTTCAAAGGGTGGTGCTGGTGGCATAAAATCGGG 857
Query 648 CAAAAGTTTGCCAAAAGCAAAAGCAGATATGTCTAATGAGACAAGTTCGTCCTCTAAATA 707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 858 AAAAAGTTTGCCAAAAGCAAAAGCAGATATGTCTAATGAGACAAGTTCTTCCTCCAAATA 917
Query 708 TATGGAGACGTCGGAGAGTCTTACTGGTACTATGAACAAGATGTCTTTGATTGGGGAAAC 767
| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 918 TTTGGAGACGTCAGAGAGTCTTACCGGTACTATGAACAAGATGTCTTTGATTGGGGAAAC 977
Query 768 AGAAAACTCTAGCGATATTAAAATTAGAGGACCAAAATCACAATCTAAGCATAAGCCAGA 827
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 978 AGAAAACTCCAGCGATATTAAAATTAGAGGACCAAGATCACAATCTAAGCATAAGCCAGA 1037
Query 828 GGAGTGGATGCTTCTTGATAAAGAATCAGATGCACTAAGCCAGCTTAATCTTGCCATCGT 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 GGAGTGGATGCTTCTTGATAAAGAATCAGATGCACTAAGCCAGCTTAATCTTGCCATCGT 1097
Query 888 GGGGCATGTTGATTCCGGTAAGTCTACACTTTCGGGTAGATTATTGCATCTTTTGGGAAG 947
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1098 GGGGCATGTTGATTCCGGTAAGTCAACACTTTCGGGTAGATTATTGCATCTATTGGGAAG 1157
Query 948 AATATCGCAGAAGCAAATGCACAAGTATGAGAAAGAAGCAAAGTTGCAGGGCAAAGGGTC 1007
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158 AATTTCGCAGAAGCAAATGCACAAGTATGAGAAAGAAGCAAAGTTGCAGGGCAAAGGGTC 1217
Query 1008 CTTTGCATATGCCTGGGCATTGGATGAGAGTGCTGAAGAGAGGGAACGAGGAATAACAAT 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1218 CTTTGCATATGCCTGGGCATTGGATGAGAGTGCTGAAGAGAGAGAACGAGGAATAACAAT 1277
Query 1068 GACTGTGGCTGTTGCTTATTTCAATTCCAAAAGACATCATGTTGTTTTGCTCGACTCTCC 1127
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 GACTGTGGCTGTTGCTTATTTCAACTCCAAAAGACATCATGTTGTTTTGCTCGACTCTCC 1337
Query 1128 TGGACACAAAGATTTTGTTCCAAACATGATAGCAGGAGCAACACAAGCAGATGCTGCGAT 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338 TGGACACAAAGATTTTGTTCCAAACATGATAGCAGGAGCAACACAAGCAGATGCTGCGAT 1397
Query 1188 TCTTGTCATAGATGCATCTGTTGGTGCTTTTGAAGCTGGTTTTGATAATTTGAAAGGGCA 1247
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1398 TCTTGTCATAGATGCATCTGTCGGTGCTTTTGAAGCTGGTTTTGATAATTTGAAAGGCCA 1457
Query 1248 GACAAGGGAGCATGCACGGGTTCTGAGAGGTTTTGGCGTGGAGCAAGTCATAGTTGCAAT 1307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1458 GACAAGGGAGCATGCACGGGTTCTGAGAGGTTTTGGCGTGGAGCAAGTCATAGTTGCAGT 1517
Query 1308 CAACAAAATGGATATTGTTGGCTACTCAAAGGAAAGATTTGATTTGATTAAGCAGCACGT 1367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1518 CAACAAAATGGATATTGTTGGCTACTCAAAGGAAAGATTTGATTTGATTAAGCAGCATGT 1577
Query 1368 TGGATCTTTTTTGCAATCCTGTCGTTTTAAGGATTCTTCTCTGACATGGATTCCATTAAG 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 TGGATCTTTTTTGCAATCCTGTCGTTTTAAGGATTCTTCTCTGACATGGATTCCATTAAG 1637
Query 1428 TGCCATGGAAAACCAAAACTTGGTGGCAGCTCCCTCTGATAACCGCCTATCCTCATGGTA 1487
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1638 TGCCATGGAAAACCAAAACTTGGTGGTAGCTCCCTCTGATAATCGCCTATCCTCATGGTA 1697
Query 1488 TCAAGGTCCATGTTTATTGGATGCCGTCGACTCTGTCAAGTCTCCTGATAGAGACGTCTC 1547
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 TCAAGGTCCATGTTTATTGGATGCCGTTGACTCTGTCAAGTCTCCTGATAGAGACGTCTC 1757
Query 1548 AAAGCCTCTACTCATGCCTATATGTGACGCTGTAAGATCAACTTCGCAAGGGCAGGTATC 1607
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 AAAGCCTCTACTCATGCCTATATGTGATGCTGTAAGATCAACTTCGCAAGGGCAGGTATC 1817
Query 1608 TGCATGTGGCAAACTTGAAGCTGGAGCTGTCCGGCCAGGATCTAAGGTAATGGTTATGCC 1667
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1818 TGCATGTGGCAAACTTGAAGCTGGAGCTGTTCGGCCAGGATCTAAGATAATGATTATGCC 1877
Query 1668 ATCAGGAGATCAAGGAACCATACGATCACTAGAGCGTGACTCTCAGGCTTGCACCATTGC 1727
||| ||||||||||||||| | || || || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 ATCGGGAGATCAAGGAACCGTGCGGTCTCTGGAGCGTGACTCTCAGGCTTGCACCATTGC 1937
Query 1728 AAGAGCTGGAGATAACGTAGCGTTAGCGTTGCAAGGGATCGATGCAAATCAAGTAATGGC 1787
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938 AAGAGCTGGAGATAACGTAGCGATAGCTTTGCAAGGGATCGATGCAAATCAAGTAATGGC 1997
Query 1788 AGGAGATGTATTGTGCCATCCTGATTTCCCTGTATCAGTAGCAACTCATTTGGAATTGAT 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 AGGAGATGTATTGTGCCATCCTGATTTCCCTGTATCAGTAGCAACTCATTTGGAATTGAT 2057
Query 1848 GGTGCTCGTCTTGGAAGGCGCAACACCGATCTTGCTCGGTTCTCAGTTGGAGTTTCATGT 1907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 GGTGCTCGTCTTGGAAGGCGCAACACCGATCTTGCTTGGTTCTCAGTTGGAGTTTCATGT 2117
Query 1908 GCATCATGCAAAGGAAGCAGCAACAGTTGTGAAACTTGTGGCAATGCTTGATCCCAAAAC 1967
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 GCATCATGCTAAGGAAGCAGCAACAGTTGTGAAACTTGTGGCAATGCTTGATCCCAAAAC 2177
Query 1968 AGGGCAGCCAACAAAGAAGTCTCCTCGTTGTCTAACTGCTAAACAGAGCGCAATGCTTGA 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2178 AGGGCAGCCAACAAAGAAGTCTCCTCGTTGTCTAACTGCGAAACAGAGTGCAATGCTTGA 2237
Query 2028 GGTTAGTCTCCAAAATCCAGTATGTGTGGAGACATTTTCTGAGAGTAGAGCTCTTGGAAG 2087
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2238 GGTTAGTCTCCAAAATCCAGTTTGTGTGGAGACATTTTCTGAAAGTAGAGCTCTTGGAAG 2297
Query 2088 AGTGTTCCTTAGATCATCGGGAAGAACTGTTGCTATGGGCAAAGTTACTCGGATTATCCA 2147
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2298 AGTGTTCCTTAGATCATCAGGAAGAACTGTTGCTATGGGCAAAGTTACTCGGATTATCGA 2357
Query 2148 AGACTCATAA 2157
||||||||||
Sbjct 2358 AGACTCATAA 2367
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88978812320
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5