BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G10690.1
Length=1912
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940537 jgi|Araly1|940537|scaffold_601081.1 2778 0.0
> Ahg940537 jgi|Araly1|940537|scaffold_601081.1
Length=1769
Score = 2778 bits (1504), Expect = 0.0
Identities = 1691/1780 (95%), Gaps = 17/1780 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 100 AGCTTCTGGTCTCCTTGAAGATGAATCGGATTTCAGCTATTTCTACTCTTGTCACTCCTC 159
||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| | |||
Sbjct 1 AGCCTCCGGTTTCTTTGAAGATGTATCGGATTTCAGCTACTTCTAATCTTGT--C-CCT- 56
Query 160 TCCCTCTTCTTCCGTCGTGCTCCTTTGTTCCGACACGACGGTGTTATCCTCGCAGAGCTA 219
| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 T---TC--CTTCCGTCGTCCTCCTTCGTTCCGACACGACGGTGTTATCCTCGCAGAGCTA 111
Query 220 CTCCTTATTCCAGGCGAATCAATCTCAAGCCTCTCACTTCTCGCATTGTTCTCCTCACGC 279
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 CTCCTTACTCCAGGCGTATCAATCTCAAGCCTCTCACCTCTCGCATTGTTCTCCTCACGC 171
Query 280 GCCGTCGTCAGCTTGGTCAGATCGTGGAGGAGGTAGAAGCCGCTAAGAAACGGTATGGGA 339
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 172 GCCGTCGTCAGCTTGGTCAGATCGTGGAGGAGGTGGAAGCAGCTAAGAAACGGTATGGGA 231
Query 340 GGCTCAACACAATTGTGATGAACTCAGTTCTCGAAGCTTGCGTTCACTGTGGAAATATTG 399
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 232 GGCTTAACACAATTGTGATGAACTCAGTTCTAGAAGCTTGCGTTCACTGTGGAAATATCG 291
Query 400 ATTTGGCTCTTCGGATGTTCCATGAGATGGCGGAACCTGGTGGAATTGGAGTCGACTCTA 459
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 292 ATTTGGCTCTTCGGATGTTTCATGAGATGGCGGAACCTGGTGGGATTGGAGTCGACTCTA 351
Query 460 TTAGTTACGCTACTATCTTGAAGGGATTGGGTAAGGCTCGGAGGATTGATGAAGCGTTCC 519
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 352 TTAGTTACGCCACTATCTTGAAGGGATTGGGGAAGGCTCGGAGGATTGACGAAGCGTTCC 411
Query 520 AAATGCTGGAGACTATAGAGTATGGAACTGCTGCTGGGACTCCCAAATTGTCATCATCTC 579
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||
Sbjct 412 AAATGCTGGAGTCTATAGAGCATGGAACTGCTGCTGGGAATCCTAAGTTGTCATCATCTC 471
Query 580 TTATCTATGGTCTGCTTGACGCTCTTATCAATGCTGGAGATTTACGTCGTGCCAATGGTC 639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 TTATCTATGGTCTGCTTGACGCTCTTATCAATGCTGGAGATTTACGTCGTGCCAATGGTC 531
Query 640 TGCTTGCACGATATGATATTTTGCTTCTAGATCATGGTACTCCGTCAGTTCTTATCTATA 699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||
Sbjct 532 TGCTTGCACGATATGATATTTTGCTTCTAGATCATGGCACCCCGTCAGTTCTCATCTATA 591
Query 700 ACTTGCTGATGAAGGGCTATGTCAACTCAGAATCTCCGCAAGCTGCAATAAATTTGCTGG 759
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 ACTTGTTGATGAAGGGCTATGTCAACTCAGAATCTCCGCAAGCTGCAATAAATTTGCTGG 651
Query 760 ATGAAATGTTACGCCTTAGATTGGAGCCAGATAGGTTGACCTACAATACTTTGATCCATG 819
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 652 ATGAAATGTTACGCCTTAGATTGGAGCCTGATAGGTTGACTTACAATACTTTGATCCATG 711
Query 820 CCTGCATTAAGTGTGGCGACT-TGGATGCGGCTATGAAGTTTTTCAATGATATGAAGGAG 878
||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 712 CCTGCATCAAGTGTGGCGA-TATGGATGTGGCTATGAAGTTTTTCAAGGAAATGAAGGAG 770
Query 879 AAAGCAGAGGAATATTACGACGATTTTCTTCAGCCAGATGTTGTAACCTACACCACTTTG 938
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 771 AAAGCAGAGGAATATTATGACGATTTTCTTCAGCCAGATGTTGTAACATACACCACTTTG 830
Query 939 GTGAAGGGGTTTGGGGATGCAACGGATCTGTTATCACTGCAGGAAAtttttttGGAAATG 998
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 831 GTGAAGGGGTTTGGGGATGCAAAGGATCTGTTATCACTGCAGGAAATATTTTTGGAAATG 890
Query 999 AAATTGTGTGAGAACGTGTTCATTGACCGAACTGCATTTACAGCAGTAGTTGATGCCATG 1058
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 891 AAATTGTGTGATAACGTGTTCATTGACCGAACTGCATTTACAGCAGTAGTTGATGCTATG 950
Query 1059 CTGAAGTGTGGTTCAACAAGCGGGGCCCTTTGTGTATTTGGTGAGATATTGAAGAGAAGT 1118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 951 CTGAAGTGTGGTTCAACAAGCGGGGCCCTTTGTGTATTTGGTGAGATATTGAAGAGAAGT 1010
Query 1119 GGAGCTAATGAAGTCTTGCGACCAAAGCCTCACTTGTACCTGTCTATGATGCGTGCGTTT 1178
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1011 GGAGCTAACGAAGTCTTGCGACCAAAGCCTCACTTGTACCTGTCTATGATGCGTGCTTTT 1070
Query 1179 GCTGTCCAAGGGGATTATGGAATGGTTAGAAATCTGTATCTTCGCTTATGGCCGGATTCT 1238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 GCTGTCCAAGGGGATTATGGAATGGTTAGAAATCTGTATCTTCGCTTATGGCCGGATTCT 1130
Query 1239 TCAGGATCAATCTCCAAGGCGGTTCAACAAGAAGCTGATAATCTCCTGATGGAAGCAGCT 1298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 TCAGGATCAATCTCCAAGGCGGTTCAACAAGAAGCTGATAATCTCCTGATGGAAGCAGCT 1190
Query 1299 CTCAATGATGGCCAGCTCGATGAGGCCCTAGGGATTCTTTTAAGTATCGTGAGAAGGTGG 1358
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1191 CTCAATGCTGGCCAGCTCGATGAGGCCCTAGGGATTCTTTCAAGTATCGTTAGAAGGTGG 1250
Query 1359 AAGACAATACCTTGGACGACTAGTGGAGGCATGGCTGCTGTCCGCCTAGAAACATTGTTG 1418
||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| ||||||||
Sbjct 1251 AAGGCAATACCTTGGACGACTAGTGGAGGC-TG-CTG-T--CCGCCTAGAAGCATTGTTG 1305
Query 1419 GGGTTTTCCAAGTCTATATTGCGTCCACATCTACTTAGTAAGGTGATACCAAGTGAACCA 1478
||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 GGGTTTTCCAA-TCTATATTGCGCCCGCATCTACTTAGTAAGGTGATACCAAGTGAACCA 1364
Query 1479 ATAGAAAGCATTATGATTCGATTTGAAGCCACTCGGCCACTGCTAGGCACTCTGCAGTTG 1538
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 ATAGAAAACATTATGATTCGATTTGAAGCCACTCAGCCACTGCTAGGCACTCTGCAGTTG 1424
Query 1539 AAGAATGTGGCCATGCGGTTTTTCAAGGAGCAAGTTGTACCAATTGTAGACGACAGGGGA 1598
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1425 AAGAATGTGGTCATGCGGTTTTTCAAGGAGCAAGTTGTACCAATTGTAGACGACTGGGGA 1484
Query 1599 AGCTGCATAGGCCTTTTGCATCGGGAGGATTGCAATAACCTTGATGCGCCATTGGTCTCA 1658
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 AGCTGCATAGGCCTTTTGCATCGGGAGGATTGCAACAATCTTGATGCGCCATTGGTCTCA 1544
Query 1659 ATGATGAGAAGCCCGCCCACATGTGTGAGTACAACAACATCGATTGGTCGTGTGGTAGAT 1718
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1545 ATGATGAGAAGCCCGCCCACATGTGTGAATACAACAACATCGATTGGTCGTGTCGTGGAT 1604
Query 1719 CTAGTTTTGGAAAAGAAGCTTAAGATGGTTATAGTTGTTCACTGCGGGAATTTTAGTGGG 1778
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||
Sbjct 1605 CTGGTTTTGGAAAAGAAACTTAAGATGGTTATAGTTGTTCATTGCGGAAATCTTAGTGGG 1664
Query 1779 AGCGGTTATAGCTCAAAGGCAGTAGGAGCTTTTACAAGAGCACAATTGTATCGGCTATTT 1838
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 GGTGGTTATAGCTCAAAGGCAGTAGGAGCTTTTACAAGAGCACAATTGTATCGGCTATTT 1724
Query 1839 GAATCAGAACAAAAGCTGCTTTAGTGAATGTAAGTAATAT 1878
|| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1725 GAGCCAGAACAACAGCTGCTTTAGTAAATGTAAGTAATAT 1764
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71838202070
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5