BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G10940.1
Length=2632
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487925 jgi|Araly1|487925|fgenesh2_kg.6__1059__AT5G10940.1 4159 0.0
> Ahg487925 jgi|Araly1|487925|fgenesh2_kg.6__1059__AT5G10940.1
Length=2616
Score = 4159 bits (2252), Expect = 0.0
Identities = 2515/2638 (95%), Gaps = 34/2638 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 AGAATGTAGAACCGGGCACGAGAAATAGCGTCAGATTACAAAGAGCCAAAGAAGGAGGGC 64
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||
Sbjct 1 AGAATGTAGAACCGGGCACGAGAAATTGCGTCAGATTACAAAGAG--AGCCAA--AGGGC 56
Query 65 TTCTTCTTCCAATTTGTGATCGGTG-C--T-GATCGATTTCTCCATGGATAATCTCAGTT 120
|| ||||||||||| |||||||||| | | ||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 57 TTTTTCTTCCAATTCGTGATCGGTGCCGGTCGATCGTTTTCTCCATGGAAAATCTCAGTT 116
Query 121 TTCACGATGGTAACATCTTCAATCTCCTCCACACAAGGTCCCAGGACCCAAGTCATGAGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 TTCACGATGGTAACATCTTCAATCTCCTCCACACAAGGTCCCAGGACCCAAGTCATGAGG 176
Query 181 TTGATCAAAGAATGCAGTTTCACTCTTCCTTGGTTCGGAGACTTTCTCAGGAGCAAGAAT 240
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 177 TTGATCAAAGAATGCAATTTCACTCTTCCTTGGTTCGGAGACTCTCTCAGGAGCAAGAAT 236
Query 241 TGGAGGGACATCAAGGCTGTGTTAATGCTTTAGCGTGGAACTCTAATGGTTCACTTTTGA 300
||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 237 TGGAGGGACATCAAGGCTGTGTTAATGCTCTGGCTTGGAACTCTAATGGTTCACTGTTGA 296
Query 301 TATCTGGATCAGATGATTTAAGGATCAATATTTGGAATTACTCCAGTCGGAAGCTTTTGC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 297 TATCTGGATCAGATGATTTAAGGATCAATATTTGGAATTACTCCAGTAGGACGCTTTTGC 356
Query 361 ATTCTATAGATACAGGGCATACTGCCAACATCTTCTGTACGAAGTTTGTCCCTGAAACCT 420
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 357 ATTCTATAGATACAGGGCATACTGCCAACATATTCTGTACAAAGTTTGTCCCTGAAACCT 416
Query 421 CTGACGAGCTTGTGGTATCTGGTGCTGGAGATGCTGAGGTTAGGCTATTCAATAC-ATCC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 417 CTGACGAGCTTGTGGTATCTGGTGCTGGAGATGCTGAGGTTAGGCTATTCAAT-CTATCC 475
Query 480 CGGTTAAGCGGTAGAGCAGAAGATGACAATGCTATTATTCCATCAGCATTGTACCAATGT 539
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 CACTTAAGCGGTAGAGCAGAAGATGACAATGCTATTACTCCATCAGCATTGTACCAATGT 535
Query 540 CACACACGAAGAGTGAAAAAACTAGCTGTCGAACCTGGTAACCCCAATGTTGTATGGAGT 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 536 CACACACGAAGAGTGAAAAAACTAGCTGTCGAACCTGGTAACCCTAATGTTGTATGGAGT 595
Query 600 GCTAGTGAAGATGGGACTTTAAGGCAGCATGATTTCCGGGAATCTACCTCTTGTCCTCCT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GCTAGTGAAGATGGGACTTTAAGGCAGCATGATTTCCGAGAATCTACCTCTTGTCCTCCT 655
Query 660 GCTGGAACCGCTCACCAAGAATGCCGCAGTGTTCTGCTTGATCTGCGCAGTGGTGCCAAA 719
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 GCTGGAACTGCTCACCAAGAATGCCGCAGTGTTCTGCTTGATCTGCGCAGTGGTGCCAAA 715
Query 720 AGAGCACTAGCTGATCCTCCAAAGCAAACTCTCTCCCTGAAGTCTTGTGATATAAGTGCC 779
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 AGAGCACTAGCTGATCCTCCTAAGCAAACTCTCTCCCTGAAGTCTTGTGATATAAGTGCC 775
Query 780 ACAAGACCGCACCTACTTCTTGTTGGTGGAAGTGATGCATTTGCTCGTTTATACGATAGA 839
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 776 ACAAGACCACACCTACTTCTTGTTGGGGGAAGTGATGCATTTGCTCGTTTGTACGATAGA 835
Query 840 AGGATGCTCCCACCGTTGGCATCAAGTCGGAAAAGGATGCCTCCACCTCCGTGTGTCAAT 899
|||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 836 AGGATGCTACCACCATTGACATCAAGTCGGAAAAGGATGCCTCCACCTCCATGTGTCAAT 895
Query 900 TACTTCTGTCCCATGCATCTTTCTGAACGTGGGCGAACAAATTTGCACCTAACACATGTT 959
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TACTTCTGTCCCATGCATCTTTCTGACCGCGGGCGAACAAATTTGCACCTAACACATGTT 955
Query 960 ACTTTCAGTCCTAATGGCGAAGAAGTTTTGCTCAGTTACAGTGGGGAGCATGTCTACCTG 1019
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 956 ACTTTCAGTCCTAATGGTGAAGAAGTTTTGCTCAGTTACAGCGGGGAGCATGTCTACCTG 1015
Query 1020 ATGAATGTAAATAATGGTATTTGCAGCACTGGAATCATGCAATACACACCAGGAGATGTA 1079
|||||||||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 ATGAATGTAAAT-A----A--TG--GCACTGGAATCATGCAATACACACCAGGAGATGTA 1066
Query 1080 GATAACTTGTTTTCTTTCAGTAACAACCTCCACGATGTAGAATCTCCACCTCAGGTTTCC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 GATAACTTGTTTTCTTTCAGTAACAACCTCCACGATGTAGAATCTCCACCTCAGGTTTCC 1126
Query 1140 ACCACTCCTCAAAATGGCTTTCACAGAAGTAGCAATGCTGCAACGGTTAAGAAGTGTACG 1199
|||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 ACCACTCCTCAAAACGGCTTTCGCAGAAATTGCAATGCTGCAACGGTTAAGAAGTGTACC 1186
Query 1200 GAATTGGTAGAAATTGCTAAATGGTCTTTAGAAGAGGGTACAGATGTTTTCTATGCAATT 1259
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 GAATTGGTAGAAATTGCTAAAAGGTCTTTAGAAGAGGGTACAGATGTTTTCTATGCAATT 1246
Query 1260 GAGGCAGCTAATGAAGTTCTGGATGCTCATTCTAATGATATTGAGTCTGCGCTAAGGCAT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1247 GAGGCAGCTAATGAAGTTCTGGATGCTCATTCTAATGATATTGAGTCCGCGCTAAGGCAT 1306
Query 1320 GAATGCCTTTGTACTCGTGCCGCATTGTTACTCAAGAGGAAGTGGAAGAATGATGCTCAT 1379
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 GAATGCCTTTGTACTCGTGCCGCTTTGTTGCTCAAGAGGAAGTGGAAGAATGATGCTCAT 1366
Query 1380 ATGGCCGTAAGAGATTGCCATAATGCTCGGAGAATTGATGCTTCATCCTTTAAAGCTCAT 1439
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1367 ATGGCCGTAAGAGATTGCTATAATGCTCGGAAAATTGATGCTTCATCTTTTAAAGCTCAT 1426
Query 1440 TACTACATGTCTGAAGCGCTGCAGCAATTGGGAAAATGTAAAGAAGCTCTAGATTTTGCG 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 TACTACATGTCTGAAGCGCTGCAGCAATTGGGAAGATGTAAAGAAGCTCTAGATTTTGCG 1486
Query 1500 ACTGCTGCACAACATATGAACCCATCAGATGCCGATATAGTGGCAAAAGTGGAGAGCATT 1559
| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1487 AATGCTGCACAACATTTGAACCCATCTGATGCCGATATAGTGGCAAAGGTGGAGAGCATT 1546
Query 1560 AAAAGGGATCTTCAAGCAGCTGGAGCTGAGAAAAACGAAGAGACAGGAGCTGGAACTACT 1619
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 AAAAGGGATCTTCAAGCAGCTGGATCTGAGAAAAACGAAGAGACAGGAGCTGGAACTACT 1606
Query 1620 AGAGTACTTTCTTTAAGCGACATACTATATAGATCAGAGGCCAACAGTGACAGTTCACAT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 AGAGTACTTTCTTTAAGCGACATACTATATAGATCAGAGGCCAACAGTGACAGTTCACAT 1666
Query 1680 GATATGTCGAGATCCGAAAGAGAAGATTCTGATTATGATGAGGAATTGGAGTTGGATATT 1739
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 GATATGTCAAGATCCGAAAGAGAAGATTCTGATTATGACGAGGAATTGGAGTTGGATATT 1726
Query 1740 CAAACTTCGTTGTCTGATGATGAAGGACGAGATACAGACTCAAATTCTATGCGTGGCAGT 1799
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||
Sbjct 1727 CAAACTTCCTTGTCTGATGATGAAGGACGAGATCCAGAGTCGAATGCTATGCGTGGCAGT 1786
Query 1800 CTCAACTTACGAATTCATAGAGTA-G-G-TGATGATAAACCGATGGAAAATACAGTTGAC 1856
|||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 CTCAACCTACGAATTCATAGAGTAGGTGATGATGATAAACCGATGGAAAATACAGTTGAT 1846
Query 1857 AATGCCTCCTCAGGAACTGCATCGTCATCTCAAAATGATAGGACGTCTTATCAGCCAGAG 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1847 AATGCCTCCTCAGGAACTGCATCGTCATCTCAAAATGATAGAACGTCTTATCAGCCAGAG 1906
Query 1917 GGAGCCATTGATATGAAACGTAGATATGTTGGCCACTGTAACGTAGGAACTGATATTAAG 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1907 GGAGCCATTGATATGAAACGTAGATATGTTGGCCACTGTAACGTAGGAACTGATATCAAG 1966
Query 1977 CAGGCCAGTTTTCTTGGTCAGAGAGGTGAATATATTGCAAGTGGAAGCGATGACGGTCGG 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1967 CAGGCCAGTTTTCTTGGTCAGAGAGGTGAATATATTGCAAGTGGAAGCGATGACGGCCGG 2026
Query 2037 TGGTTTATATGGGAGAAACAGACTGGAAGGCTTATGAAAGTGCTCGTTGGCGATGAATCA 2096
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2027 TGGTTTATATGGGAGAAACAGACGGGAAGGCTTATGAAAGTGCTTGTTGGCGATGAAGCA 2086
Query 2097 GTTTTGAACTGCATTCAATGCCATCCGTTTGATAGTGTTGTAGCAACGAGTGGAATTGAT 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 GTTTTGAACTGCATTCAATGCCATCCGTTTGATAGTGTTGTAGCAACGAGTGGAATTGAT 2146
Query 2157 AACACAATAAAGATATGGAGCCCAACCGCATCAGTCCCATCAATTGTAGCAGGAGGATCA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2147 AACACAATAAAGATATGGAGCCCAACCGCATCAGTCCCATCAATTGTAGTGGGAGGATCA 2206
Query 2217 GCTGGACCAGCAACCGCCAATGTAGTGGAAGTAATGGAGAGTAATCAACAGAAGCTAAGC 2276
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 GCTGGACCTGCAACCGCCAATGTAGTGGAAGTAATGGAGAGTAATCAACAGAAGCTAAGC 2266
Query 2277 CGCAATCGAGAGAATCCTCTGTCTGTGGAGCTAATGCAAAGGTTTAGGATGCAAGAATTT 2336
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2267 CGCAATCGAGAGAATCCTCTATCTGTGGAGCTTATGCAAAGGTTTAGGATGCAAGAGTTT 2326
Query 2337 GCAGAAGGAAACTTTCACCCATTTGAATGTACTCAGAGCTAAAGCAGGAGG-G-AA-CTG 2393
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||
Sbjct 2327 GCAGAAGGAAACTTTCACCCATTTGAATGTACTCAGAGCTAAAGCAGGAGGAGGAAACTG 2386
Query 2394 TAGAGGTATAATAAGCTTGCTTTGTGAAGGTGATGGTGGAATAACAATGGTTTTGAATAT 2453
|| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2387 TATAGGTAAAATAAGTTTGCTTTGTGAAGGTGATGGTGGAATAACAATGGCTTTGAAAAT 2446
Query 2454 GAATAATGAATAATAAGGTTTGATTAGGTTTCATA-TGTAGCAAAAGCTTTCTCTCTGTA 2512
|||||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 GAATAATGAACAATAAGGTTTGATTAGGTTTCAAAAT-TAGCAAAAGCTTTCTCTCTGTA 2505
Query 2513 AAACTCATGCATAGCTTCCTTCTAAAAGCtttttttgttgttgttgttgttgttgtACAG 2572
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || | | || ||||||
Sbjct 2506 AAACTCATGCATAGCTTCCTTCTAAAATCTTTTTTT-TT-TT-TTCCT-T-GT-GTACAG 2559
Query 2573 TTTGATATTGGCTTCTTCTTTTGAATGTGAATATTCATCGTTATTTTACATTGTTTTT 2630
|||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2560 TTTGATATTGGCTT-TTCTTTTGACTGTGAAAATTCAACGTTATTTTACATAGTTTTT 2616
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99263178470
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5