BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11040.1
Length=3918
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487936 jgi|Araly1|487936|fgenesh2_kg.6__1070__AT5G11040.1 6183 0.0
> Ahg487936 jgi|Araly1|487936|fgenesh2_kg.6__1070__AT5G11040.1
Length=3823
Score = 6183 bits (3348), Expect = 0.0
Identities = 3537/3630 (97%), Gaps = 6/3630 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCACGCTCACCGAAAGATCCTCACTCTCCTT-CTCTGATCTCGCCATGGAACCTGACGT 59
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTCACGCTCACCGAAAGATCCTCACTCT-CTTCCTCTGATCTCGCCATGGAACCTGACGT 59
Query 60 CAGTATCGAGACTTTGTCGATCATTCGGATCGCCGTCCTTCCGATCGGCACTATTCCGCC 119
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 60 CAGCATCGAGACTTTGTCGATCATTCGGATCGCCGTCCTTCCGATCGGCACTATCCCGCC 119
Query 120 GACGCTTCTCCGGGACTACCACTCGATGCTGCTCCGTCATCACACGATCGCGCTCTCAGC 179
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 120 GACGCTTCTCCGGGACTATCACTCGATGCTGCTCCGTCACCACACGATCGCGCTCTCTGC 179
Query 180 TATTAGCTCTTTCTACACTGAACATCAGAAATCTCCATTCACGAATCAGCCGTGGGATTC 239
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 180 TATTAGCTCTTTCTACACTGAGCATCAGAAATCTCCGTTCACGAATCAGCCTTGGGACTC 239
Query 240 CGGCTCTCTCCGGTTCAAATTTGTGCTTGGTGGTTCTCCTCCGAGTCCTTGGGAGGATTT 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGGCTCTCTCCGGTTCAAATTTGTGCTTGGTGGTTCTCCTCCGAGTCCTTGGGAGGATTT 299
Query 300 TCAGTCTAATCGGAAGATGCTCGCCGTGATCGGCCTTTGCCACTGTCCCTCGTCCCCTGA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 300 TCAGTCTAATCGGAAGATGCTCGCCGTGATCGGTCTTTGTCACTGTCCTTCGTCTCCTGA 359
Query 360 TCTTGATTCTGTCACTGAAAAATTCAATGTCGCTTGTAAGAGTTATTCCTCGGCTCTTGT 419
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTCGATTCTGTCACTGAAAAATTCAATGTCGCTTGTAAGAGCTATTCCTCGGCTCTTGT 419
Query 420 CCGGCGCTGCTTCGCTTTCTCCCCTGGCGATTCGCAACTTGAAGATGGAGACAAGAAGGG 479
||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TCGGCGGTGCTTCGCTTTCTCCCCTGACGATTCGCAACTTGAAGATGGAGACAAGAAGGG 479
Query 480 TGAAAATTTGATTTTGTTTCCTCCATCTGACAAGCAAACTCAGGAGTTTCATTTACAAAC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TGAAAATTTGATTTTGTTTCCTCCATCTGACAAGCAAACTCAGGAGTTTCATTTACAAAC 539
Query 540 AATGATGCAAGACATTGCCGCTTCGCTGTTAATGGAATTTGAGAAGTGGGTTCTTCAGGC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AATGATGCAAGACATTGCCGCTTCGCTGTTAATGGAATTTGAGAAGTGGGTTCTTCAGGC 599
Query 600 AGAATCTGCTGGCACAATTTTGAAGACGCCTTTGGATTCCCAAGCTAGTCTCAACTCAGA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 AGAATCTGCTGGCACAATTTTGAAGACGCCTTTGGATTCCCAAGCTAGTCTTAACTCAGA 659
Query 660 GGAGGTTATTAAGGCCAAAAAGCGTAGGCTGGGACGTGCACAAAAAACTATAGGAGACTA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GGAGGTTATTAAGGCCAAAAAGCGTAGGCTGGGACGTGCACAAAAAACTATAGGAGACTA 719
Query 720 TTCCTTGTTGGCTGGTTCACCTGTTGATGCCAATGCTCATTATTCTACTGCTCTGGAACT 779
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 720 TTCTTTGTTGGCTGGGTCACCTGTTGATGCCAATGCTCATTATTCTACTGCTCTAGAACT 779
Query 780 GGCCAGATTGACTGGAGATTACTTCTGGTATGCCGGTGCCTTGGAAGGCAGTGTTTGTGC 839
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GGCCAGATTGACAGGAGATTACTTCTGGTATGCCGGTGCCTTGGAAGGCAGTGTTTGTGC 839
Query 840 CTTACTGGTAGATCGGATGGGTCAACGTGATGTGGCTTTAGAAGATGAAGTTAGATATCG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CTTACTGGTAGATCGGATGGGTCAACGTGATGTGGCTTTAGAAGATGAAGTTAGATATCG 899
Query 900 ATACACTAATGTTATCTTGCACTACAGAAAGTCATTTATTCAAGAAATTGCTCAGAGAGT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATACACTAATGTTATCTTGCACTACAGAAAGTCATTTATTCAAGAAATTGCTCAGAGAGT 959
Query 960 TTCGCCCCTAAGCTTTGAACTCGAAGCTACCCTTAAGCTGGCCAGATTCCTTTGCAGGAG 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTCGCCCCTAAGCTTTGAACTCGAAGCTACCCTTAAACTGGCCAGATTCCTTTGCAGGAG 1019
Query 1020 GGAACTGGCTAAGGAAGTAGTAGAGCTATTAACAAATGCAGCTGATGGTGCAAAGTCTTT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1020 GGAACTGGCTAAGGAAGTAGTAGAGCTATTAACAAATGCTGCCGATGGTGCAAAGTCTTT 1079
Query 1080 AATTGATGCCAGTGATAGGCTCATATTATATGTTGAAGTAGCGCGTTTATTTGGAGCCCT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1080 GATTGATGCCAGTGATAGGCTCATATTATATGTTGAAGTAGCGCGTTTATTTGGAGTACT 1139
Query 1140 TGGTTATCAACGGAAAGCAGCCTTCTTCTGTAGGCAGGTCGCCCAATTGTATTTGCAGCA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGGTTATCAACGGAAAGCAGCCTTCTTCTGTAGGCAGGTCGCCCAATTGTATTTGCAGCA 1199
Query 1200 AGACAATCGATTGGCTGCTATCAGTGCCATGCAAGTTCTCTCTATGACAACTGATGCATA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGACAATCGATTGGCTGCTATCAGTGCCATGCAAGTTCTCTCTATGACAACTGATGCATA 1259
Query 1260 CAGAATTCAAAGTAGGGCATCCATGTCAAAAGTGTCGGTTAACAATGAAACTGGGCGCCT 1319
|||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CAGAATCCAAAGTAGGGCATCCGTGTCAAAAGTTTCTGTTAACAATGAAACTGGGCGCCT 1319
Query 1320 ACCTGACGCTGGGAAAATGCATCATCATTCCATTGTCTCCCTGTTCGAGTCCCATTGGAG 1379
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1320 ACCTGATGCTGGGAAAATGCATCATCATTCCATTGTCTCCCTGTTCGAGTCTCAGTGGAG 1379
Query 1380 CACTTTGCAGATGGTTGTGCTTAGGGAGATACTCCTCTCTGCTGTTCGTGCTGGAGATCC 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TACTTTGCAGATGGTTGTGCTTAGGGAGATACTTCTCTCTGCTGTTCGTGCTGGAGATCC 1439
Query 1440 CTTAGCTGCATGGAGTGCTGCAGCTAGGCTTCTGAGGTGGCATTATCCTCTAATTACACC 1499
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CCTAGCTGCATGGAGTGCTGCAGCTAGGCTTCTGAGGTGGCATTATCCTCTAATTACACC 1499
Query 1500 TTCAGGTCAAAATGGACTTGCTAATTCCCTTGCAAATTCAGCGGATAGATTACCTTCTGG 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1500 TTCAGGTCAAAATGGACTTGCTAATTCCCTTGCAAATTCAGCGGATAGATTACCTTCAGG 1559
Query 1560 AACTCGCTGTGCTGACCCTGCCTTGCCTTTTGTAAGGCTATTCTCTTTCCCACTCCATTC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AACTCGCTGTGCTGACCCTGCCTTGCCTTTTGTAAGGCTGTTCTCTTTCCCACTCCATTC 1619
Query 1620 CTCCCAAGTGGACATCGTAAAACGCAATCCAGCAAGAGAAGATTGGTGGACAGGCTCTGC 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1620 CTCCCAAGTGGACATCGTAAAACGCAATCCAGCAAGAGAAGATTGGTGGACAGGGTCTGC 1679
Query 1680 TCCTTCTGGGCCATTTATTTACACTCCTTTCAGCAAAGGAGATGCCAACGAAAGTAGCAA 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TCCTTCTGGGCCATTTATTTACACTCCTTTCAGCAAAGGAGATGCCAACGAAAGTAGCAA 1739
Query 1740 GCAGGAATTGATTTGGGTGGTCGGTGAACCAGTTCAGGTCTTAGTGGAGTTAGCAAATCC 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GCAGGAATTGATTTGGGTGGTCGGTGAACCAGTTCAGGTCTTAGTGGAGTTAGCAAATCC 1799
Query 1800 TTGTTGCTTCGATTTGCGGATTGATAGTATTTATCTCTCAGCTCACTCGAGTAACTTTGA 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1800 TTGTTGCTTCGATTTGCGGATTGATAGTATTTATCTCTCAGCTCACTCAAGAAACTTTGA 1859
Query 1860 TGCGTTTCCTGTCAGTGTGGACATTCCCCCTAACTCTGCAAAAGTGATCACATTATCTGG 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TGCGTTTCCTGTCAGTGTGGACATTCCCCCTAACTCTGCAAAAGTGATCACATTATCTGG 1919
Query 1920 TATTCCAACAGCTGTAGGACCAGTGACAATTCCAGGCTGCACAGTTCACTGCTTTGGTGT 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TATTCCAACAGCTGTAGGACCAGTGACAATTCCAGGCTGCACAGTTCACTGCTTTGGTGT 1979
Query 1980 AATCACTGAACATGTGTTCAGGGATGTTGACAATCTGCTTCTTGGAGCAGCACAAGGACT 2039
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AATCACTGAACATGTGTTCAGTGATGTTGACAATCTGCTTCTTGGAGCAGCACAAGGACT 2039
Query 2040 TGTATTTTCTGACCCTTTCAGATCCTGCGGATCTGCAAAGCTACGACATGTATTTGTTCC 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TGTATTTTCTGACCCTTTCAGATCCTGCGGATCTGCAAAGCTACGACATGTATTTGTTCC 2099
Query 2100 TAACATATCAGTTGCTCCTCCATTGCCCCTCCTTGTGGCTAATGTTGTGGGTGGTGATGG 2159
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2100 TAACATATCAGTTGCACCACCATTGCCCCTCCTTGTGGCTAATGTTGTCGGTGGTGATGG 2159
Query 2160 TGCAATTATTCTGTATGAAGGTGAAATTCGGGAGGTGTGTATAAATTTTGCAAATGCTGG 2219
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TGCAATTATTCTGTATGAAGGTGAAATTCGAGAGGTGTTTATAAATTTTGCAAATGCTGG 2219
Query 2220 CACAGTTCCAATAGTACAGGCACATGTCTCGCTCTCTGGAAAGAATCAGGATGCTGTTAT 2279
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 CACAGTTCCAATAGAACAGGCACATGTCTCGCTCTCTGGAAAGAATCAGGATGCTGTTAT 2279
Query 2280 CTCGATCGCAGATGAAGCTTTACAGTCTGCTCTTCCCTTGAAACCTGGGGCACAAGTGAC 2339
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2280 CTCGATAGCAGATGAAGCTTTACAGTCTGCTCTTCCCTTGAAACCCGGGGCACAAGTGAC 2339
Query 2340 TCTGCCTGTGACTTTAAAAGCTTGGCATGTGGGTCCAACTGATTCTGACAATACTATGAG 2399
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||
Sbjct 2340 TCTTCCTGTGACTTTAAAAGCTTGGCATGTGGGACCAACAGATTCTGACAATGCTATTAG 2399
Query 2400 CAGTGGCAGGAATGCTGCG-GGTAACACAGGAAGACCAAAAGACGGAACCAGTCCATCAT 2458
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2400 CAGTGGCAGGAATGCTG-GTGGTAACACAGGAAGACCAAAAGACGGAACCAGTCCGTCAT 2458
Query 2459 TGCTTATTCACTACGCAGGGCCATTGTCTAACAATGGGGATTCCCAAGAAAAAGAATCTA 2518
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2459 TACTTATACACTACGCAGGGCCATTGTCTAACAATGGGGATTCCCAGGAAAAAGAATCTG 2518
Query 2519 TCGTGCCACCGGGCAGACGGCTTGTTGTTCCCTTACAAATTTGTGTTTTGCAAGGTTTGT 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TCGTGCCACCGGGCAGACGGCTTGTTGTTCCCTTACAAATTTGTGTTTTGCAAGGTTTGT 2578
Query 2579 CGTTTGTGAAAGCTCGTTTGCTTTCCATGGAAATCCCTGCACATGTGAGTGACAACCTTC 2638
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CATTTGTGAAAGCTCGTTTGCTTTCCATGGAAATCCCTGCACATGTGAGTGACAACCTTC 2638
Query 2639 GGGATGAAGACATTGAAAGAGAGAGCAATGCAGACAGCCTTGTCAAGATCAATCCCTTTA 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GGGATGAAGACATTGAAAGAGAGAGCAATGCAGACAGCCTTGTCAAGATCAATCCCTTTA 2698
Query 2699 GGGGAAGCTGGGGACTACGGTTTCTTGAACTTGAGTTATCTAACCCAACAGATGTTGTTT 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 GGGGAAGCTGGGGACTACGGTTTCTTGAACTTGAGCTATCTAACCCAACAGATGTTGTTT 2758
Query 2759 TTGAAATCAGCGTCTTCGTTCAGCTGGAAAACTCTGCCAAGGAAGATGATTCTTCACCAG 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TTGAAATCAGCGTCTTCGTTCAGCTGGAAAACTCTGCCAAGGAAGATGATTCTTCACCAG 2818
Query 2819 TACAAGATTCTCCAGAGTATGAATACCCGAAAACAAGAATCGACCGGGACTATTCTGCTA 2878
| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 TGCAAGATTCTCCAGAGTATGAGTACCCAAAAACAAGAATCGACCGGGACTATTCTGCTA 2878
Query 2879 GGGTACTGATTCCATTGGAGCATTTTAAGCTACCGGTTCTTGATGGTTCATTCTTCACAA 2938
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 GGGTACTGATTCCGTTGGAGCATTTTAAGCTACCGGTTCTTGATGGTTCATTCTTCACAA 2938
Query 2939 AGGACCCTCCACCTGGTAGCCCTTCAAGTAGTAGAAATCCGAGCTTCTCAGAGAAGAACA 2998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 AGGACCCTCCACCTGGTAGCCCTTCAAGTAGTAGAAATCCGAGCTTCTCAGAGAAGAACA 2998
Query 2999 CGAAAGCTGAGATAAACACATTGATCAAGAATCTCATCTCTAAGATAAAAGTTCGGTGGC 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 CGAAAGCTGAGATAAACACATTGATCAAGAATCTCATTTCTAAGATAAAAGTTCGGTGGC 3058
Query 3059 AATCAGGAAGGAACAGCTCAGGAGAACTGGACATCAAGGATGCAATTCAGACAGCTCTCC 3118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 AATCAGGAAGGAACAGCTCAGGAGAACTGGACATCAAGGATGCAATTCAGACAGCTCTCC 3118
Query 3119 AGACGACTGTGATGGATGTTTTGCTCCCAGATCCGCTAACATTTGGTTTCAGACTGGTCA 3178
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 AGACGACCGTGATGGATGTTTTGCTCCCAGATCCGCTAACATTTGGTTTCAGACTGGTCA 3178
Query 3179 GAAACGGTCTGGAGAAGGATCCTGAGACAAAGGCTGAGTCCCCATTTTCAAAGGGATCTG 3238
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 GAAACGGTCTGGAGAGGGATTCTGAGACAAAGGCTGAGTCCCCATTTTCAAAGGGATCTG 3238
Query 3239 TTCTGTCACATGAAGTCACTCCTATGGAGGTTCTGGTCCGCAATAACACTAGCGAAGCTA 3298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 3239 TTCTGTCACATGAAGTCACTCCTATGGAGGTTCTGGTCCGTAATAACACAAGCGAAGCTA 3298
Query 3299 TCAAGTTGAATCTAAGTGTTACTTGCAGAGATGTAGCTGGACAGAACTGCACTGAAGGAG 3358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3299 TCAAGTTGAATCTAAGTGTTACTTGCAGAGATGTAGCTGGACAGAACTGCACTGAAGGAG 3358
Query 3359 CTGATGCCACTGTCCTCTGGGCTGGTGCTCTTAGTGGAATCTCAATGGAAGTAGCGCCGC 3418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 3359 CTGATGCCACTGTCCTCTGGGCTGGTGCTCTTAGTGGGATCTCAATGGAAGTTGCACCGC 3418
Query 3419 TGCAAGAAGCAAGACACTGTTTCTCACTCTTCTTCCTTGTTCCAGGAGAGTACACGATGG 3478
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3419 TGCAAGAAGCAAGACACTGTTTCTCACTCTACTTCCTTGTTCCAGGAGAGTACACGATGG 3478
Query 3479 TAGCAGCTGCTGTAATTGAAGACGCTAACAATGTACTCAGAGCACGAGCAGGAACTGCTT 3538
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 3479 TAGCAGCGGCTGTAATTGAAGACGCTAACAATGTACTCAGAGCACGAGCACGAACTGCAT 3538
Query 3539 CTCCAAACGAACCCATCTTCTGTCGTGGACCGCCTTTTCATGTCTGTGT-AGCTGGAGGT 3597
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 3539 CTCCAAACGAACCCATCTTCTGCCGTGGACCGCCTTTTCATGTCTGTGTCA-CTGGAGGC 3597
Query 3598 GCACTGTGATTCGTTAACCAAATCAGGTCT 3627
|||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 3598 GCACTGTGATTCGTAAAGCAAATCAGGTCT 3627
Score = 250 bits (135), Expect = 6e-65
Identities = 180/200 (90%), Gaps = 9/200 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 3683 AATTATAAGTTCCGGGTTTAAGT-ATGGGTCTTTATAAATATCTCTATAATTGCTTGTGT 3741
|||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| |||| ||||||| | |||||||
Sbjct 3628 AATTTTAAGTTCC-GGTTTAAGTAATTGGTCTTTATATATATATCTATAAATACTTGTGT 3686
Query 3742 GTTTGTCTCTGTA-TTTACCTTGGGTCATCTTATGACCACCATGCATAGAC--TATGCTT 3798
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 3687 G--TGTCTCTGTATTTTACCTTGGGTCATCTTATGACCATCATGCATAGACTGTATGCTT 3744
Query 3799 TTTTGGAATTTTACGGCCTCGGTTCTGAGACTACTT-TTCTCAAAGTAAGTGTTTGTACT 3857
|||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3745 TTTTGGAATTTTACGGCCCCAGTTCTGAGACTA-TTATTCTCAAAGCAAGTGTTTGTACT 3803
Query 3858 CTGCTCAGTGGGATCACTTT 3877
|||||||||||||||| |||
Sbjct 3804 CTGCTCAGTGGGATCAGTTT 3823
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 148082016543
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5