BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11170.1
Length=1715
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487950 jgi|Araly1|487950|fgenesh2_kg.6__1084__AT5G11200.1 2470 0.0
Ahg940592 jgi|Araly1|940592|scaffold_601136.1 1964 0.0
> Ahg487950 jgi|Araly1|487950|fgenesh2_kg.6__1084__AT5G11200.1
Length=1709
Score = 2470 bits (1337), Expect = 0.0
Identities = 1539/1635 (94%), Gaps = 20/1635 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 TTCAGTCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCTTAT 76
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 13 TTCAATCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCATAT 72
Query 77 CTCAGCTTGTTGAATTTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG 136
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 73 CTCAGCTTGTAGAATTTGCCAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG 132
Query 137 GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC 196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 133 GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC 192
Query 197 GGTGAAGCCGTGAAAAAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTT 256
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 193 GGCGAAGCCGTGAAAAAAGGTTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTG 252
Query 257 TTAAAACCGGAGCTTCTCAGAGCTATTGTTGACTCTGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG 316
|| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 253 TTGAAACCAGAGCTTCTCAGAGCAATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG 312
Query 317 CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTCATCTGCCAAGCAAAGTCT 376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 313 CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAGTCT 372
Query 377 GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATTGAACCATCTCCT 436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 373 GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTTCAACAGATTGAACCGTCTCCT 432
Query 437 GGCCAGGTTTCTGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAAT 496
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 433 GGCCAGGTTTCAGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGTAAT 492
Query 497 GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA 556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 493 GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA 552
Query 557 GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT 612
Query 617 ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG 676
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTGGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG 672
Query 677 CATTTTATTCTTGATGAATGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG 736
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 CATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG 732
Query 737 CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACGCTC 796
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 733 CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACTCTC 792
Query 797 AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAAAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTC 856
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTT 852
Query 857 GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGGCTTGTCCAGCACTATATCAAACTGAGCGAG 916
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 853 GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCACTACATCAAACTGAGCGAG 912
Query 917 ATGGAGAAAAACCGGAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTGGACTTCAATCAAGTTGTC 976
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 913 ATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCCTTGGACTTCAATCAAGTTGTC 972
Query 977 ATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCTGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT 1036
|| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 ATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT 1032
Query 1037 TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGAATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA 1096
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGCATGTCCCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA 1092
Query 1097 AGTTTCAAGGAAGGGCACAAAAGGATCCTTGTGGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGGATT 1156
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1093 AGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTCGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGCATT 1152
Query 1157 GACATTGAGCGTGTCAACATTGTCATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACCTAT 1216
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1153 GACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACATAT 1212
Query 1217 CTTCACAGGGTTGGCAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT 1276
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 CTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT 1272
Query 1277 GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAACCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATA 1336
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1273 GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAATCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTCGATATA 1332
Query 1337 AAGGAACTTCCGGAGCAGATTGATACTTCAACCTACATGCCTTCTTAAACAAGTAGCA-C 1395
||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1333 AAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCCACTTACATGCCGTCTTAAACAAGTAGCATC 1392
Query 1396 GTCCCTCAGGAAAGAAGCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCGAAGGG-TGATGGG 1454
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||
Sbjct 1393 ATCTCTCAGGAAAGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCAAAGGGGTCATGGA 1452
Query 1455 GGTTCACAACTATCTCTCGCTCCGTTTGTT--TT--AGT---GT-TTTCTATGACGACAt 1506
||| |||||||||||||| ||| ||||||| || | | || ||||||||| ||||
Sbjct 1453 GGTCCACAACTATCTCTCACTCTGTTTGTTGCTTCTATTTTAGTCTTTCTATGAGGACAA 1512
Query 1507 ttttttCCATATGTTTAGAACGTCTGTTGTA-CTCTTTAAAG---GAGATTCGAGTCACT 1562
|||| ||| || |||||| ||| | | ||| |||||| ||| |||||| ||| ||||
Sbjct 1513 GTTTTCCCAGATATTTAGACCGT-T-TCGTAACTCTTTTAAGAATGAGATT-GAGCCACT 1569
Query 1563 CTCCAAATCGCACAGTTAAAAGCTGTCCAGTTTTTTGTACAAGAGATTAT--T-ATGTTT 1619
|||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| || ||| || | ||||||
Sbjct 1570 CTCCAATTCGCAAAGTTAAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTACTAGTGATGATGGTTATGTTT 1629
Query 1620 GAAATATCAGGATTT 1634
|||||| | |||||
Sbjct 1630 AAAATATTAAGATTT 1644
> Ahg940592 jgi|Araly1|940592|scaffold_601136.1
Length=1327
Score = 1964 bits (1063), Expect = 0.0
Identities = 1218/1295 (94%), Gaps = 2/1295 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 92 TTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTAT 151
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 15 TTGTGAAGTATGGGAGATGCTAGAGACAACGAAGCCTATGAGGAGGAGCTTTTGGACTAC 74
Query 152 GAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAACGGTGAAGCCGTGAAA 211
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 75 GAGGAAGAGGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAGTAAAGTTAATGGCGAAGCCGTGAAA 134
Query 212 AAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTTTTAAAACCGGAGCTT 271
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 135 AAAGGCTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTTTTGAAACCGGAGCTT 194
Query 272 CTCAGAGCTATTGTTGACTCTGGATTTGAACATCCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATC 331
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 CTCAGAGCCATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATC 254
Query 332 CCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTCATCTGCCAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACT 391
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 255 CCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAATCTGGTATGGGAAAGACT 314
Query 392 GCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATTGAACCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCA 451
||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 GCTGTGTTTGTGCTTTCGACTCTACAACAGATCGAGCCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCT 374
Query 452 CTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAATGAGTTTGTGCGATTC 511
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 375 CTTGTCTTGTGTCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAATGAGTTCGTGCGATTC 434
Query 512 AGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATT 571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 AGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATT 494
Query 572 CACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGGGTG 631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 495 CACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGTACACCTGGTCGGGTG 554
Query 632 CTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGAT 691
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 CTTGCACTCGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGAC 614
Query 692 GAATGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAG 751
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 615 GAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGGAGGGATGTGCAGGAGATTTTTAAG 674
Query 752 ATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGC 811
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 675 ATGACTCCTCATGACAAGCAAGTAATGATGTTCTCAGCTACGCTCAGCAAAGAGATACGT 734
Query 812 CCAGTCTGCAAAAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTCGATGATGAAGCCAAG 871
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 735 CCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAG 794
Query 872 TTGACTCTTCATGGGCTTGTCCAGCACTATATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAACCGG 931
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 795 TTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCACTACATCAAACTGAACGAGATGGAGAAAAACCGC 854
Query 932 AAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTGGACTTCAATCAAGTTGTCATTTTTGTGAAGAGC 991
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 855 AAGTTGAATGACCTTCTGGATGCATTGGACTTCAATCAAGTTGTCATATTTGTGAAGAGC 914
Query 992 GTGAGCAGGGCTGCTGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGC 1051
|||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 GTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAGTTGCTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGT 974
Query 1052 ATCCACTCTGGAATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGG 1111
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 975 ATCCACTCTGGCATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGCTACAAGAGTTTCAAGGAAGGG 1034
Query 1112 CACAAAAGGATCCTTGTGGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGGATTGACATTGAGCGTGTC 1171
||||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1035 CACAAGAGAATACTCGTGGCGACTGATTTGGTTGGAAGAGGCATTGACATTGAGCGTGTC 1094
Query 1172 AACATTGTCATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACCTATCTTCACAGGGTTGGC 1231
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1095 AACATTGTTATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCAGATACATATCTTCACAGGGTTGGG 1154
Query 1232 AGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGAT 1291
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1155 AGAGCTGGTAGATTTGGAACAAAGGGTCTAGCAATCACATTTGTTGCATCAGCCTCAGAT 1214
Query 1292 TC-AGAGGTTCTTAACCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATAAAGGAACTTCCGGA 1350
|| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1215 TCTACTG-TTCTTAATCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATAAAGGAACTTCCTGA 1273
Query 1351 GCAGATTGATACTTCAACCTACATGCCTTCTTAAA 1385
|||||||||||| || || |||||||| |||||||
Sbjct 1274 GCAGATTGATACATCTACTTACATGCCGTCTTAAA 1308
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64334423805
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5