BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11240.1
Length=2254
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg325654 jgi|Araly1|325654|fgenesh1_pm.C_scaffold_6000874 2959 0.0
> Ahg325654 jgi|Araly1|325654|fgenesh1_pm.C_scaffold_6000874
Length=1848
Score = 2959 bits (1602), Expect = 0.0
Identities = 1771/1853 (96%), Gaps = 10/1853 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 203 ATGAATTTGGTGAATATTAAAGATGTATTGACTTCTTTCAGTCCTGCACTAGATTATCTC 262
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGAATTTGGTGAATATTAAAGATGTATTGACTTCTTTCAGTCCTGCACTTGATTATCTC 60
Query 263 GCTCTTAGCACCGGAGATGGCCGTATCAAGATTTGGGATACTGTCAAGGGTCAGGTCCAA 322
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCTCTTAGCACCGGAGATGGCCGTATCAAGATTTGGGATACTGTCAAGGGTCAGGTCCAG 120
Query 323 ACAGAGTTTGCTGATATTGCATCTACAGAGGAGACAAACATATATACCAAAGTTGGAAAA 382
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 121 ACAGAGTTTGCTGATATTGCATCTACAGAGGAGACTAACATATATACTAAAGTTGGGAAA 180
Query 383 GGTCACCTTTCAGTCGATTATACTTGCATGAAATGGTTGTCTCTGGAGAAAAAGAAGAAG 442
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGTCACCTCTCGGTCGATTATACTTGCATGAAATGGTTGTCTCTGGAGAAAAAGAAGAAG 240
Query 443 AGGAAACTTGGAACTTCCGTATTGGTATTAGGAACTGGTGGAGGAGATGTTTTAGCACTT 502
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGAAAACTTGGAACTTCCGTATTGGTTTTAGGAACTGGTGGAGGAGATGTTTTAGCACTT 300
Query 503 GATGTGGCTTCTGGTCAGCTGAAATGGAGAATAAGTGACTGTCATCCCGGTGGTGTTAAT 562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GATGTGGCTTCTGGTCAGCTGAAATGGAGAATAAGTGACTGTCATCCCGGTGGTGTTAAT 360
Query 563 GCTGTTTCATCTTCAGCAAAGGCATCTTGCATATACAGCGGTGGGGCAGATGGGATGGTT 622
|||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCTGTTTCATCTTCAGCAAACGCCTCTTGCCTATACAGCGGCGGGGCAGATGGGATGGTT 420
Query 623 TGTCAGATCGATCCCCACAGTGGAAATCTGATCAGAAAGTTCAAAGCTTCAACAAAAACA 682
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 TGTCAGATAGATCCTCACAGTGGAAATCTGATCAGAAAGTTCAAAGCGTCAACAAAAACA 480
Query 683 GTTTCTTCTTTATGTGTTTCACCAGATGGAAAAATATTAGTCACTGCATCTACTCAGTTG 742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 481 GTTTCTTCTTTATGTGTTTCACCAGATGGAAAAATATTAGTCACTGCATCTGCTCAGTTG 540
Query 743 AAGACTTTTAACTGCTCTGATCTCAAGAAGATACAGAAGTTTACTGGTCATCCTGG-GGT 801
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 541 AAGACTTTTAACTGCTCAGATCTCAAGAAGATACAAAAGTTTACTGGTCATCCTGGAGGT 600
Query 802 TGTGCGTTGTGTGGCTTTTACCGAGGATGGGAAGTATGTCCTCTCATCCGCAGTCGGGGA 861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 601 -GTGCGTTGTGTGGCTTTTACCGAGGATGGGAAGTATGTCCTCTCATCTGCAGTCGGTGA 659
Query 862 AAGATATATTGCAGTTTGGAAAACAGATGGTGCAAAGAAGCAGTCAGCTAGCTGTGTTCT 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 AAGATATATTGCAGTTTGGAAAACAGATGGTGCAAAGAAGCAGTCAGCTAGTTGTGTTCT 719
Query 922 TGCCTTAGAGCACCCTCCTGTCTTCGTGGATAGTTGGGGTGAAACAAATGAAAAAGGGTT 981
|||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGCCTTGGAGCACCCTCCCGTCTTCGTGGATAGCTGGGGTGAAACAAATGAAAAAGGGTT 779
Query 982 ATACGTTTTAGCAATTTCAGAAATAGGTGTCTGTTATTTTTGGTATGGGTCAAATGTTGA 1041
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 780 ATACGTTTTAGCAATTTCAGAAATAGGTGTCTGTTATTTTTGGTATGGATCAAATGTTGA 839
Query 1042 GGAACTATGCAATGCAACGCCTACAAAAGTCGCATTAGCAACTGCAGATTCTTCCCTCAA 1101
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGAGCTATGCAATGCAACGCCTACAAAAGTCGCATTAGCAACTGCAGATTCTTCCCTCAA 899
Query 1102 ACCTTACAAGAGCTCATTGCCTTTAATCTTTGCTGCCAAATTACAAGGCATTTTGAAGCC 1161
|||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ACCTCACAAGGGCTCATTGCCTTTGATCTTTGCTGCCAAATTACAAGGCATTTTGAAGCC 959
Query 1162 TGGTTCTGCACATGCATTTATTGCATCCGGATTGCTTGTGAAACCTTCATTCCAGAAAAT 1221
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 960 TGGTTCTGCGCATGCATTTATTGCATCCGGATTGCTTGTGAAACCCTCATTCCAGAAAAT 1019
Query 1222 GGTGTTGCAGTTTGGCAATGACTTGGTGCTGAATGCCTCTAAGGATGGGATCCTTCTCCC 1281
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GGTGTTGCAGTTTGGCACTGACTTGGTGCTCAATGCCTCTAAGGATGGGATCCTTCTCCC 1079
Query 1282 TATCACTCAGTCAGTTTCCAAGTCCAGCAAGAGGCAA-GGCGTGCAGAATAAAGTTACAA 1340
|||||||||||||| ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CATCACTCAGTCAGTGTCCAAGTCCAGCAAG-GGAAAAGGAGTGCAGAATAAAGTTACAA 1138
Query 1341 CATTAGACCGTGCACATGCCGAGGATGCTTTGCTGCCAATCGCAAGAGTTGCTGATCTGC 1400
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CATTAGACCGTGCACATGCGGAGGATGCTTTGCTGCCAATCGCAAGAGTTGCTGATCTGC 1198
Query 1401 ACGAGAAAAAGAGTGTACAACTACACTCATCTGATAAGGATACTTATATGGTTGACCAAA 1460
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1199 ATGAGAAAAAGAGTGTACAACTACACTCATCTGATAAGGATACTGATATGGTTGACCGAA 1258
Query 1461 GTCATGCTGATCATGTAGAAACATTTAGCATGGAGGATAAGTTGAGATCGTTAGGGATAC 1520
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTCAAGCTGATCATGTAGAAACATTTAGCATGGAGGATAAGTTGAGATCGTTAGGGATAC 1318
Query 1521 TGGGAGGTACAGATGAACATAAAAATCTTTCCTATGCTTCAATAATTGATGGAACTGATC 1580
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1319 TTGGAGGTACAGATGAACAAAAAAATCTTTCCTATGCTTCAATAATTGATGGAATTGATC 1378
Query 1581 TCAAGGCTTATCTACCACCAAAGAAGTTAAAGTCTGCTGTTTTGTCAATGGAACCCTCCA 1640
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1379 TCGAGGCTTATCTACCACCAAAGAAGTTAAAATCTGCTGTTTCCTCAATGGAACCCTCCT 1438
Query 1641 CTGCATTCAAGACTCTAGAAGCTTTGGCTGCTATGTGGCAGACAAGGGCTTGTGGTGGGA 1700
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1439 CTGCATTCAAGACTCTAGAAGCTTTGGTTGCTATGTGGCAGACAAGGGCATGTGGTGGGA 1498
Query 1701 GGCATCTTCTTCCATGGATATACAGCATAATGGTGAATCATAGTCATTACATCATGTCCC 1760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GGCATCTTCTTCCATGGATATACAGCATAATGGTGAATCATAGTCATTACATCATGTCCC 1558
Query 1761 AAGAACCAAAAAACCAGCAGCTTCTTAATACATTGGTTAAGATTACCAAGTCCCGAGGAA 1820
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1559 AAGAACCAAAAAACCAGC---TTCTTAATACATTGCTTAAAATTACTAAGTCCCGAGGAA 1615
Query 1821 CGGCTCTTCAACAGTTACTACAGTTATCTGGGCGCTTACAACTTGTTACAGCTCAGATCA 1880
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1616 CGGCTCTTCAACAGTTACTACAGTTATCTGGGCGTTTACAACTTGTTACTGCCCAGATCA 1675
Query 1881 ATAAAGCTGCAGGAAGTCAAACGCAAATAACAGCCCATGATCAAGAGATTGATGAAAGTG 1940
||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ATAAAGCTGCAGGAAATCAAACGCAAACAACAGCTAATGATCAAGAGATTGATGAAAGTG 1735
Query 1941 AGGATGAGGAAGAAGATGTAGAAGACCATTTCTATGGTGAGAA---TGATAATGAATCCG 1997
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1736 AGGATGAGGAGGAAGATGTAGAAGAGCATTTCTATGGTGAGAACAATGATATTGAATCCG 1795
Query 1998 ATTTAAGCAGTGACGATGGAAAGGATAAAGATGATTCCTTGATGGAGACGTAA 2050
| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1796 AATTAAGCAGCGACGATGGAAAGAATAAAGAGGATTCCTTGATGGAGATGTAA 1848
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84865065860
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5