BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11380.1
Length=2468
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940612 jgi|Araly1|940612|scaffold_601156.1 3463 0.0
> Ahg940612 jgi|Araly1|940612|scaffold_601156.1
Length=2146
Score = 3463 bits (1875), Expect = 0.0
Identities = 2053/2140 (96%), Gaps = 8/2140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 152 TTTTCGAGGCtttttttCTCTTAATGGGTTCGGCTTCGATTGGTTACCAATTCGGAATAT 211
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1 TTTTCGAGGC---TTTTCTCTTCATGGGTTCGGCTTCGATTGGTTACCAAATCGGAATCT 57
Query 212 CAGCTCGATTTTACGGCAATTTTAATCTGAGCTCAGATATTACTGTCTCCTCGCTTCCAT 271
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 58 CAGCTCGATTTTACGGGAATTTTAATTTGAGCTCAGATGTTACTGTTTCCTCGCTTCCAT 117
Query 272 GTAAACTTGATGTTTCCATAAAAAGCCTATTCTCAGCTCCAAGCTCCACTCACAAGGAAT 331
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GTAAAGTTGATGTTTCCATAAAGAGCCTATTCTCAGCTCCAAGCTCCACTCACAAGGAAT 177
Query 332 ATTCAAATCGAGCTCGGGTA---TGTTCTTTGCCAAACACTGATGGA-TACTGCGATGAG 387
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||
Sbjct 178 GTTCAAATCGAGCTCGGGTATGTTGTTCTTTGCCAAATACTGAT-GAGTACTGCGATGAG 236
Query 388 AAATTTGAGACGCCAATACTAGACAGCATTGAAACTCCATTGCAGTTGAAGAATTTGAGT 447
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AAATTTGAGACGCCAATACTAGACAGCATTGAGACTCCATTGCAGTTGAAGAATTTGAGT 296
Query 448 GTTAAGGAGTTGAAGTTATTAGCTGATGAAATCCGTACGGAGCTTCATTCTGTATTATGG 507
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GTTAAGGAGTTGAAGCTATTAGCTGATGAAATCCGTACAGAGCTTCATTCTGTATTATGG 356
Query 508 AAGAAGACCCAAAAGTCTATGAATCCTAGCTTTGCTGCAATAGAGCTTACCCTTGCTCTG 567
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 357 AAGAAGACCCAAAAGTCTATGAACCCTAGCTTTGCTGCTATAGAGCTTACCCTTGCTCTG 416
Query 568 CATTATGTTTTTCGTGCCCCGGTTGACAATATATTGTGGGATGCTGTGGAACAAACATAT 627
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 CATTATGTTTTTCGTACCCCGGTTGACAATATATTGTGGGATGCTGTGGAACAAACATAT 476
Query 628 GCACATAAGGTCTTGACACGACGTTGGTCTGCAATACCATCGAGACAAAACAGTGGTATT 687
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |
Sbjct 477 GCACATAAAGTCTTGACACGACGCTGGTCTGCAATACCATCGAGACAAAAGAACGGTACT 536
Query 688 TCTGGGGTCACTTCTCGTTTGGAGAGTGAATATGATTCCTTTGGAACCGGGCATGGCTGC 747
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 537 TCTGGGGTCACTTCTCAATTGGAGAGTGAATATGATTCTTTTGGGACCGGTCATGGCTGC 596
Query 748 AACAGTATTTCTGCTGGGCTCGGATTAGCGGTTGCTCGAGATATGAAAGGAAAGAGGGAC 807
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 597 AACAGTATTTCTGCTGGGCTCGGATTAGCGGTTGCTCGAGATGTAAAAGGAAAGAGGGAC 656
Query 808 CGGGTTGTTGCTGTGATCGACAATGTGACAATAACTGCTGGTCAAGCATATGAGGCAATG 867
| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 AGAGTTGTTGCTGTGATAGACAATGCGACAATAACTGCTGGTCAAGCATATGAGGCAATG 716
Query 868 AGCAATGCTGGTTACTTGGATTCTAATATGATTGTTATACTGAATGATAGCCGTCACTCT 927
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 717 AGCAATGCTGGTTACTTAGATTCTAATATGATTGTTATACTAAATGATAGCCGTCACTCT 776
Query 928 TTACATCCAAATATGGAGGAGGGATCCAAGGCATCCATCAGCGCACTTTCTAGCATCATG 987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TTACATCCAAATATGGAGGAGGGATCCAAGGCATCCATCAGCGCACTTTCTAGCATCATG 836
Query 988 AGCAAAATCCAATCTAGCAAAGTTTTCCGGAAATTTAGAGAATTAGCCAAAGCTATGACG 1047
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 837 AGCAAAATCCAATCTAGCAAAATTTTCCGGAAATTTAGAGAACTGGCAAAAGCTATGACG 896
Query 1048 AAAAGAATTGGAAAGGGAATGTATGAATGGGCAGCCAAAGTCGATGAGTATGCTCGCGGT 1107
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 897 AAAAGAATTGGAAAGGGCATGTATGAATGGGCAGCAAAAGTCGATGAGTATGCACGAGGT 956
Query 1108 ATGGTTGGACCAACAGGATCAACTCTCTTTGAAGAACTTGGTTTGTACTACATTGGTCCT 1167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 ATGGTTGGACCAACAGGATCAACTCTCTTTGAAGAACTTGGTTTGTACTACATTGGTCCT 1016
Query 1168 GTTGATGGACACAACATTGAAGATCTAGTTTGTGTTCTCCGAGAAGTATCTTCTCTAGAT 1227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GTTGATGGACACAACATTGAAGATCTAGTTTGTGTTCTCCGAGAAGTATCTTCTCTAGAT 1076
Query 1228 TCAATGGGTCCTGTGTTGGTCCACGTGATCACAGAGGGAAACCGAGATGCAGAAACCGTA 1287
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1077 TCAATGGGTCCTGTGTTGGTCCACGTGATCACTGAGGAAAATCGAGATGCAGAAACCGGA 1136
Query 1288 AAGAACATCATGGTCAAAGACAGACGCACTTACAGTGATTGCTTTGTTGAGGCTTTGGTG 1347
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AAGAACATCGTGGTCAAAGACAGACGCTCTTACAGTGATTGCTTTGTTGAGGCTTTGGTG 1196
Query 1348 ATGGAGGCAGAAAAGGATAGAGATATTGTTGTAGTTCATGCAGGAATGGAGATGGATCCG 1407
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ATGGAGGCAGAAAAGGATAGAGATATTGTTGTTGTTCATGCAGGAATGGAGATGGATCCA 1256
Query 1408 TCACTTCTTACATTTCAGGAGAGATTTCCAGACAGATTTTTCAATGTCGGAATGGCTGAA 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TCACTTCTTACATTTCAGGAGAGATTTCCAGACAGGTTTTTCAATGTCGGAATGGCTGAA 1316
Query 1468 CAGCATGCTGTCACATTCTCTGCTGGTCTTTCTTCTGGAGGTCTCAAGCCATTTTGTATT 1527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1317 CAGCATGCTGTCACATTCTCTGCTGGTCTTTCTTCTGGAGGCCTCAAGCCCTTTTGTATT 1376
Query 1528 ATTCCCTCTGCTTTTTTACAAAGAGCTTATGACCAGGTGGTCCATGATGTAGATCGGCAG 1587
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ATTCCCTCTGCTTTTCTACAAAGAGCTTATGACCAGGTGGTCCATGATGTAGATCGGCAG 1436
Query 1588 AGAAAGGCGGTGCGATTTGTTATTACAAGCGCAGGGCTTGTTGGATCCGATGGTCCAGTG 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1437 AGAAAGGCGGTGCGATTTGTTATTACAAGCGCAGGGCTTGTTGGATCTGATGGTCCAGTG 1496
Query 1648 CAGTGTGGAGCTTTTGACATAGCTTTCATGTCATCCTTACCAAACATGATAGCCATGGCT 1707
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CAATGTGGAGCTTTTGATATAGCTTTCATGTCATCCTTACCAAACATGATAGCCATGGCT 1556
Query 1708 CCAGCCGATGAGGATGAGCTTGTAAATATGGTTGCAACTGCTGCTTATGTCACTGACCGC 1767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1557 CCAGCCGATGAGGATGAGCTTGTAAATATGGTTGCAACTGCAGCTTATGTCACTGACCGC 1616
Query 1768 CCAGTATGTTTCCGGTTCCCTAGAGGCTCCATCGTCAACATGAATTATCTTGTCCCCACT 1827
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CCAGTTTGTTTCCGGTTCCCTAGAGGCTCCATCGTCAACAGGAATTATCTTGTCCCCACT 1676
Query 1828 GGATTACCAATTGAAATCGGAAGAGGAAGAGTTCTCGTAGAAGGTCAAGATGTGGCTTTA 1887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GGATTACCAATTGAAATCGGAAGAGGAAGAGTTCTCGTAGAAGGTCAAGATGTGGCTTTG 1736
Query 1888 CTTGGTTATGGAGCGATGGTTCAGAATTGTCTTCATGCTCACTCGCTTCTCTCGAAACTC 1947
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1737 CTTGGGTATGGAGCCATGGTTCAGAATTGTCTTCATGCTCACTCGCTTCTCTCAAAACTG 1796
Query 1948 GGTTTGAACGTGACTGTAGCTGATGCAAGATTTTGCAAACCCCTAGACATCAAGCTTGTG 2007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GGTTTGAACGTGACTGTAGCTGATGCAAGATTTTGCAAACCGCTAGACATCAAGCTTGTG 1856
Query 2008 CGTGATCTTTGTCAGAACCACAAATTCCTTATCACTGTCGAAGAAGGCTGTGTTGGAGGG 2067
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CGTGATCTTTGTCAGAACCACAAAATCCTCATCACGGTTGAAGAAGGCTGTGTTGGAGGG 1916
Query 2068 TTTGGTTCTCATGTGGCGCAGTTCATAGCCCTCGATGGCCAGCTCGATGGGAATATCAAG 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TTTGGTTCTCATGTGGCGCAGTTCATAGCCCTCGATGGCCAGCTCGATGGGAATATCAAG 1976
Query 2128 TGGAGACCCATTGTGTTACCGGATGGCTACATAGAAGAAGCATCGCCTAGGGAGCAGCTT 2187
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TGGAGACCGATTGTGTTACCAGATGGCTACATCGAAGAAGCATCGCCTAGGGAGCAGCTT 2036
Query 2188 GCTCTTGCAGGGCTAACTGGACATCACATAGCAGCAACCGCTTTGAGTCTTTTGGGCCGA 2247
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2037 GCTCTTGCCGGGCTAACTGGACATCACATAGCAGCAACCGCTCTGAGTCTTTTGGGACGA 2096
Query 2248 ACTCGTGAAGCATTGCTTCTCATGAGCTAGCTTAACCTTC 2287
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 ACTCGGGAAGCATTGCTTCTCATGAGCTAGCTTAACCTTC 2136
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93016378290
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5