BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11490.2
Length=2918
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487985 jgi|Araly1|487985|fgenesh2_kg.6__1119__AT5G11490.1 4405 0.0
> Ahg487985 jgi|Araly1|487985|fgenesh2_kg.6__1119__AT5G11490.1
Length=2821
Score = 4405 bits (2385), Expect = 0.0
Identities = 2576/2669 (97%), Gaps = 10/2669 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 AGTGAACCAAAATCTCTCTCAAATTTATCACCCCGTGCTTCTGATCACGGTGGGATTCTC 90
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AGTGAACCAAAATCTCTCTCAATTTTATCACCCCGTGCTTCTGATCTCGGTGGGATTCTT 60
Query 91 TCCGATCGGTGACATATCGTGGTTCATACTCCGGTGGATCT---CACGGCGTAATAATTT 147
|||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 61 TCCGATCGGTAACATCTCGCCGTTCATACTCCGGTGGATCTCACCACAGCGTAATAATTT 120
Query 148 ATCATATCTGAATCGCAATCTTATTAACCATGGCTCCTCCGGCCGCTTCACAGCGTTATC 207
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 ATCGTATCTGAATCGCAATCTTATTAGCCATGGCTCCTCCGGCCGCTTCGCAGCGTTATC 180
Query 208 CGTCACCGTCCCAACCTTCAGGGAAAAGCGAAGTGTCAGATCTGAAAACCCAGCTTCGCC 267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGTCACCGTCCCAACCTTCAGGGAAAAGCGAAGTGTCAGATCTGAAAACCCAGCTTCGCC 240
Query 268 AGCTAGCTGGAAGCAGAGCTCCAGGAGTTGATGATTCCAAACGTGACCTCTACAAGAAAG 327
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACTAGCTGGAAGTAGAGCTCCAGGAGTTGATGATTCCAAACGTGACCTCTACAAGAAAG 300
Query 328 TAATATCGTACATGACTATTGGCATTGACGTCTCATCTGTATTTGGAGAGATGGTCATGT 387
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 TAATATCGTACATGACTATTGGTATTGACGTCTCATCTGTATTTGGAGAAATGGTCATGT 360
Query 388 GCTCGGCAACATCAGACATTGTCCTGAAGAAGATGTGTTATCTTTACGTTGGAAACTATG 447
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 361 GCTCTGCAACATCTGACATTGTCCTGAAGAAGATGTGTTATCTTTATGTTGGCAACTATG 420
Query 448 CAAAGGGCAATCCTGATCTTTCTCTTTTGACGATTAATTTTCTGCAAAGGGATTGCAAAG 507
|||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 421 CAAAAGGAAACCCTGATCTTTCTCTTTTGACGATCAATTTTCTCCAAAGAGATTGCAAAG 480
Query 508 ATGAGGACCCTATGATCCGTGGGCTTGCAT-TGAGGAGCTTGTGTTCTTTACGAGTGCCA 566
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 ATGAGGACCCTATGATCCGTGGGCTTGC-TCTGAGGAGCTTGTGTTCCTTACGAGTGCCA 539
Query 567 AACCTTGTGGAGTATCTGGTTGGTCCCTTGGGGAGCGGGCTCAAGGACAATAATAGCTAT 626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 540 AACCTTGTGGAGTATCTGGTTGGTCCCTTGGGGAGCGGGCTCAAGGACAATAACAGCTAT 599
Query 627 GTTAGAACTATCGCTGTTACTGGAGTACTAAAGCTTTATCACATCTCACCCTCAACATGC 686
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 600 GTGAGAACAATCGCTGTTACTGGAGTACTAAAGCTTTATCACATCTCAGCCTCAACATGC 659
Query 687 ATTGATGCCGATTTTCCTGCAACGTTGAAAAGTTTGATGCTTCATGATTCAGATGCTCAG 746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATTGATGCCGATTTTCCTGCAACGTTGAAAAGTTTGATGCTTCATGATTCAGATGCTCAG 719
Query 747 GTAGTTGCCAATTGCCTGTCTGCACTTCAAGAAATTTGGAGTTTAGAAGCAAGCCACTCT 806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 GTAGTTGCCAATTGCCTGTCTGCACTTCAAGAAATTTGGAGCTTAGAAGCAAGCCACTCT 779
Query 807 GAGGAAGCATGCCGGGAAAAGGAGTCCTTGCTCAGCAAGCCAGTTATATATTATTTCTTG 866
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAGGAAGCATGCCGGGAAAAGGAATCCTTGCTTAGCAAGCCAGTTATATATTATTTCTTG 839
Query 867 AATCGGATCAAGGAATTCAATGAATGGGCACAATGTCTTATACTTGAGTTGGCAGTAAAA 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AATCGGATCAAGGAATTCAATGAATGGGCACAATGTCTTATACTTGAGTTGGCAGTAAAA 899
Query 927 TATGTGCCGTCAGATAGTAATGATATTTTTGACATTATGAATCTGTTGGAAGACAGACTG 986
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TATGTGCCCTCAGATAGTAATGATATTTTTGACATTATGAATCTGTTGGAAGACAGACTT 959
Query 987 CAGCATGCCAATGGAGCTGTTGTCTTGGCAACAGTCAAAGTGTTTTTACAATTAACTCTC 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 960 CAGCATGCCAATGGAGCTGTTGTCTTGGCAACAGTCAAAGTTTTTTTACAGTTAACACTC 1019
Query 1047 TCCATGACTGATGTTCATCAACAGGTATATGAGCGTATTAAATCCCCACTTCTAACTCTT 1106
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TCCATGACAGATGTTCATCAACAGGTATATGAACGTATTAAATCCCCACTTCTAACTCTC 1079
Query 1107 GTCAGTTCTGGAAGTCCAGAGCAATCGTATGCAATCTTGAGCCACCTTCATCTTTTGGTT 1166
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GTCAGTTCTGGAAGTCCAGAGCAATCGTATGCAATCCTGAGCCACCTTCATCTTTTGGTT 1139
Query 1167 GTTCGTGCGCCATTCATCTTTGCTGCAGACTATAAGCATTTCTACTGCCAGTACAATGAA 1226
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GTTCGTGCGCCATTCATCTTTGCCGCAGACTATAAGCATTTCTACTGCCAGTACAATGAA 1199
Query 1227 CCATCATATGTCAAAAAGTTGAAGCTTGAGATGTTGACTGCTGTTGCAAACGAGAGCAAC 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CCATCATATGTCAAAAAGTTGAAGCTTGAGATGTTGACTGCTGTTGCAAACGAGAGCAAC 1259
Query 1287 ACTTACGAAATCGTGACGGAACTGTGTGAGTATGCTGCAAACGTTGATATTGCAATTGCG 1346
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ACTTACGAAATTGTGACGGAACTGTGTGAGTATGCTGCAAACGTTGATATTGCAATTGCG 1319
Query 1347 AGAGAGTCAATTCGAGCAGTTGGAAAGATTGCTTTGCAACAGTATGATGTAAATGCGATT 1406
|| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1320 AGGGAGTCAATTCGGGCAGTTGGGAAGATTGCTTTGCAACAGTATGATGTCAATGCGATT 1379
Query 1407 GTTGATAGACTTCTTCAATTTCTGGAGATGGAAAAGGACTATGTGACCGCTGAAACTTTG 1466
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GTTGATAGACTTCTTCAATTCCTGGAGATGGAAAAGGACTATGTGACCGCTGAAACTTTG 1439
Query 1467 GTTCTTGTAAAGGACCTTCTAAGGAAGTATCCACAATGGAGCCATGACTGCATTTCTGTT 1526
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1440 GTTCTTGTGAAGGACCTTCTAAGGAAGTATCCACAATGGAGCCATGATTGCATTTCTGTT 1499
Query 1527 GTTGGGGGTATCAGCAGCAAAAATATCCAGGAACCGAAAGCCAAGGCGGCTCTTATATGG 1586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GTTGGGGGTATCAGCAGCAAAAATATCCAGGAACCGAAAGCCAAGGCGGCTCTTATATGG 1559
Query 1587 ATGTTGGGTGAGTATGCACAGGACATGAGTGATGCTCCTTATGTTTTGGAGAATCTGATA 1646
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ATGTTGGGTGAGTATGCTCAGGACATGAGTGATGCTCCTTATGTTTTGGAGAATCTGATA 1619
Query 1647 GAAAACTGGGAGGAAGAGCATTCAGCCGAGGTTCGGTTACATCTCTTAACTGCGGCAATG 1706
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1620 GAAAACTGGGAGGAAGAGCATTCAGCTGAGGTTCGGTTACATCTCTTAACTGCAGCAATG 1679
Query 1707 AAATGCTTTTTCAAGAGGGCACCTGAGACTCAGAAAGCCCTAGGAACAGCTCTAGCTGCA 1766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1680 AAATGCTTTTTCAAGAGGGCACCTGAGACTCAGAAAGCCCTAGGAATAGCTCTAGCTGCA 1739
Query 1767 GGCATTGCTGATTTTCACCAGGATGTTCATGACCGAGCCTTGTTCTACTATCGGGTTCTG 1826
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GGTATTGCTGATTTTCACCAGGATGTTCATGACCGAGCCTTGTTCTACTATCGGGTTCTG 1799
Query 1827 CAATACGATGTACACGTGGCAGAACGTGTTGTTAGTCCTCCAAAACAGGCGGTTTCAGTC 1886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CAATACGATGTACACGTGGCAGAACGTGTTGTTAGTCCTCCAAAACAGGCGGTTTCAGTC 1859
Query 1887 TTTGCTGACACTCAAAGCAGTGAAATCAAAGACCGTGTATTTGACGAGTTTAACAGCCTT 1946
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TTTGCTGACACTCAAAGCAGTGAAATCAAAGACCGTATATTTGACGAGTTTAACAGCCTT 1919
Query 1947 TCTGTGATATACCAGAAGCCATCTTACATGTTTACGGATAAGGAACACCGAGGACCCTTT 2006
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TCTGTGATATACCAGAAGCCATCTTACATGTTCACGGATAAGGAACACCGAGGACCCTTT 1979
Query 2007 GAGTTTTCTGACGAAGTTGGAAATATTTCCATCACACCTGAAGCCTCCAGCGACATTGTT 2066
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GAGTTTTCAGACGAACTTGGAAATATTTCCATCACACCTGAAGCCTCCAGCGACATTGTT 2039
Query 2067 CCAGCTCAGCAATATGAGGCAAATGACAAGGACCTGCTTCTAGGTATTGACGAGAAGGAT 2126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2040 CCAGCTCAGCAATATGAGGCAAATGACAAGGACCTGCTTCTAGGTGTTGACGAGAAGGAT 2099
Query 2127 GAAAATAAAGGAGTTTCCAATAACAATGGTTCTGCTTACACGGCCCCTTCATTAGAAAGC 2186
|| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2100 GACAATAAAGGACTTTCCAATAACAATGGTTCCGCTTACACGGCTCCTTCATTAGAAAGC 2159
Query 2187 TCCTCTAATATAACCTCACAAATGCAAGAGCTTGCAATCTCCGG-CCCTGCCACATCCGC 2245
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2160 TCCTCTAGTATAAGCTCACAAATGCAAGAGCTTGCAATCTCCGGGCCC-GCCACATCCGC 2218
Query 2246 AACTACCCCACAATCA---TTTGGTTTTGATGATCTCTTTGGTTTGGGTTTATCAACCGC 2302
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2219 AACTACCCCACAATCAAGCTTTGGGTTTGATGATCTATTTGGTTTGGGTTTATCTACAGC 2278
Query 2303 TCCTGCTCCAACACCATCACCGCCTCTTTTGAAACTTAACGCAAGAGCTGCTTTAGATCC 2362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2279 TCCTGCTCCAACACCATCACCGCCTCTTTTGAAACTTAACCCAAGAGCTGCTCTAGATCC 2338
Query 2363 AGGCGCCTTCCAACAAAAATGGCGCCAATTGCCAATATCACTAACACAGGAGTGTTCTGT 2422
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2339 AGGTGCCTTCCAACAAAAATGGCGCCAATTGCCAATATCATTAACACAGGAGTGTTCTGT 2398
Query 2423 GAATCCCCAGGGAATCGCGGCCTTAACAGTTCCACAATCACTTATCAAACACATGCAGAG 2482
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2399 GAATCCCCAGGGAATCGCGGCCTTAACAGTTCCACAGTCACTTATCAGACACATGCAGAG 2458
Query 2483 TCATTCCATTCACTGTATCGCATCGGGCGGTCAATCTCCAAACTTCAAGTTCTTCTTTTT 2542
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TCATTCCATTCACTGTATTGCATCGGGCGGTCAATCTCCAAACTTCAAGTTCTTCTTTTT 2518
Query 2543 CGCTCAAAAGGAATCAGAACCATCGAACTATCTCACTGAGTGTATCATAAACACTTCATC 2602
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2519 CGCTCAAAAGGAATCAGAACCATCGAACTATCTCGCTGAGTGCATCATAAACACTTCATC 2578
Query 2603 AGCCAAAGCTCAGATAAAAGTGAAAGCAGACGAGCAGAGTACGTGTCAAGCATTCACAAC 2662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2579 CGCCAAAGCTCAGATAAAAGTGAAAGCAGACGAGCAGAGTACGTCTCAGGCATTCACAAC 2638
Query 2663 CGTATTTGAAACAGCCTTGTCCAAATTTG 2691
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 CGTATTTGAAACAGCCTTGTCCAAATTTG 2667
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110156988540
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5