BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11560.1
Length=3267
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487993 jgi|Araly1|487993|fgenesh2_kg.6__1127__AT5G11560.1 5395 0.0
> Ahg487993 jgi|Araly1|487993|fgenesh2_kg.6__1127__AT5G11560.1
Length=3257
Score = 5395 bits (2921), Expect = 0.0
Identities = 3151/3262 (97%), Gaps = 16/3262 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 CTCTCTTTCATCTCCAGATCTGCTGCTGA-AGATAAATTAGTCAGCAATCGTCATAGCTA 66
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2 CTCTCTTTCATCTCCAGATCTGCTGCTGATA-ATAAATTAGTAAGCAATCGTCATAGCTA 60
Query 67 TGGCGATTAGGGTTTTTCTTACCCTTCTCCTCTTCTTATCATCTGCAATTCTATC-TTTC 125
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 61 TGGCGATTAGGGTTTTTCTTACCCTTCTCCTCTTCTTATCATCTGCAATTGTATCGTTT- 119
Query 126 TCTCTTTATGAAGATCAAGCCGGCCTCACTGATTGGCACCAAAGGTACATTGGGAAAGTG 185
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCTCTCTATGAAGATCAAGCCGGCCTCACTGATTGGCACCAAAGGTACATTGGGAAAGTG 179
Query 186 AAGCATGCAGTATTCCACACTCAAAAGACTGGAAGAAAGCGTGTTATCGTCTCAACCGAG 245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 180 AAGCATGCAGTATTCCACACTCAAAAGACTGGAAGAAAGCGTGTTATCCTCTCAACCGAG 239
Query 246 GAGAATGTTGTTGCTTCACTTGATCTCAGACATGGGGAGATATTTTGGCGACATGTTCTC 305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 240 GAGAATGTTGTTGCTTCACTTGATCTCAGACATGGGGAGATTTTTTGGCGACATGTTCTC 299
Query 306 GGGACAAAGGACGCTATCGATGGGGTTGGTATTGCCTTGGGAAAATATGTTATCACTCTT 365
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 300 GGGACAAAGGACGCTATCGATGGGGTTGGTATTGCCTTGGGAAAATATGTTATCACCCTT 359
Query 366 TCATCAGAAGGAAGTACTTTAAGAGCCTGGAACCTTCCTGATGGTCAAATGGTGTGGGAA 425
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 360 TCATCAGAAGGAAGTGCTTTAAGAGCCTGGAACCTTCCTGATGGCCAAATGGTGTGGGAA 419
Query 426 ACATCTCTGCATACCGCACAACATTCAAAGTCACTGTTATCAGTACCGATAAATTTGAAG 485
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 420 ACATCTCTGCATACCGCACAACATTCAAAGTCACTGTTATCAGTGCCGATAAATTTGAAG 479
Query 486 GTTGACAAGGACTACCCTATTACTGTTTTCGGTGGTGGGTACCTTCATGCTGTTTCTGCT 545
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTTGACAAGGACTACCCTATTATTGTCTTCGGTGGTGGGTACCTTCATGCTGTTTCTGCT 539
Query 546 ATAGATGGTGAGGTCCTCTGGAAAAAGGATTTCACAGCGGAAGGGTTTGAAGTGCAGCGT 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 ATAGATGGTGAGGTCCTCTGGAAAAAGGATTTCACAGCGGAAGGGTTTGAAGTTCAGCGG 599
Query 606 GTTCTTCAAGCTCCTGGAAGTAGTATAATTTATGTTCTGGGATTCCTTCATTCATCTGAG 665
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 600 GTTCTTCAACCTCCTGGAAGTAGTATAATATATGTTCTGGGATTCATTAATTCATCTGAG 659
Query 666 GCTGTTGTTTATCAGATTGATTCCAAAAGTGGAGAGGTAGTGGCACAAAAAAGTACGGTG 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 660 GCTGTTGTTTATCAGATTGATTCCAAAAGTGGAGAGGTAGTGGCACAAAAAAGTATGGTG 719
Query 726 TTCCCTGGTGGATTCTCTGGCGAGATTTCATCAGTTTCAAGTGATAAAGTTGTTGTTCTT 785
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 720 TTCCCTGGTGGATTCTCTGGCGAAATTTCATCAGTTTCAAGTGACAAAGTTGTTGTTCTT 779
Query 786 GATTCAACGAGGTCAATTTTGGTTACTATTGGCTTCATAGATGGAGATATTAGCTTCCAG 845
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 780 GATTCGACGAGGTCAATTTTGGTTACTATTGGCTTCATAGATGGGGGTATTAGCTTCCAG 839
Query 846 AAGACCCCTATTTCAGATCTTGTTGAGGATT-CTGGAACGGCTGAGATTTTATCACCTCT 904
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| | ||
Sbjct 840 AAGACCCCTATTTCAGATCTTGTTGAGGATTCCGGGAA-GGCTGAGATTTTATCAGCGCT 898
Query 905 TCTTAGCAATATGCTTGCTGTAAAAGTCAATAAACGCACTATATTTGTGAACGTCGGTGA 964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||
Sbjct 899 TCTTAGCAATATGCTTGCTGTAAAAGTCAATAAACGCACTCTATTTGTGAAGGTTGGTGG 958
Query 965 CAAAGGAAAGTTGGAAGTGGTAGACTCATTATCTGATGAAACAGCCATGAGTGATTCACT 1024
| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CGAAGGAAAGTTGGAGGTGGTAGACTCTTTGTCTGATGAAACAGCCATGAGTGATTCACT 1018
Query 1025 TCCAGTTGCAGATGATCAGGAGGCCTTTGCTTCAGTTCATCATGAAGGGAGCAGGATTCA 1084
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1019 TCCAGTTGCAGACGATCAGGAGGCCTTTGCTTCAGTTCACCATGAAGGGAGCAAGATTCA 1078
Query 1085 CCTCATGGTGAAACTTGTTAATGACTTGAATAATGTATTGCTTAGAGAGACCATTCAGAT 1144
|||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CCTCATGGTGAAACTTGTGAATGAATTGGATAATGTATTGCTTAGAGAGACCATTCAGAT 1138
Query 1145 GGACCAAAATAGGGGACGTGTCCATAAAGTTTTTATGAACAACTATATCAGGACAGACAG 1204
||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGACCAACATAGGGGGCGTGTCCATAAAGTTTTCATGAACAACTATATCAGGACAGACAG 1198
Query 1205 GAGTAATGGATTTAGGGCGCTTATTGTGATGGAAGATCACTCACTCTTGTTACTCCAACA 1264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1199 GAGTAATGGATTTAGGGCGCTTATTGTGATGGAAGATCACTCACTCTTGTTACTGCAACA 1258
Query 1265 AGGAGCGATTGTTTGGAGCAGGGAAGAAGGTC-TGGCTTCAGTGACTGATGTTACGACGG 1323
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1259 AGGAGCGATTGTTTGGAGCAGGGAAGAAGG-CTTGGCTTCAGTGACTGATGTTACAACGG 1317
Query 1324 CAGAACTCCCTCT-GGAAAAAGATGGCGTATCAGTGGCAAAAGTGGAGCACACTCTCTTT 1382
||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CAGAACTCCCTCTAGG-AAAAGATGGTGTATCAGTGGCAAAAGTGGAGCACACTCTCTTT 1376
Query 1383 GAGTGGCTTAAGGGGCATGTGCTGAAGCTTAAGGGATCCTTGTTGCTAGCAAGCCCAGAG 1442
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GAGTGGCTTAAGGGCCATGTGCTAAAGCTTAAGGGATCCTTGTTGCTAGCAAGCCCAGAG 1436
Query 1443 GACGTGGTAGCAATTCAAGATTTGAGGGTGAAGAGTTCTGGGAAGAACAAATTGACCCGT 1502
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GACGTGGTAGCAATTCAAGAATTGAGGGTGAAGAGTTCTGGGAAGAACAAATTGACCCGT 1496
Query 1503 GACCATAATGGCTTTCGGAAATTAATCTTAGCACTTACTCGAGCTGGAAAACTTTTTGCT 1562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1497 GACCATAATGGCTTTCGGAAATTAATCTTAGCACTTACTCGACCTGGAAAACTTTTTGCT 1556
Query 1563 CTGCACACTGGAGATGGGAGGATTGTCTGGTCCATGCTGCTAAACTCTCCGAGCCAATCA 1622
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||
Sbjct 1557 CTGCACACTGGAGATGGGAGGATTGTCTGGTCTATGCTACTAAAATCTCCTAGCAAATCA 1616
Query 1623 CAATCCTGTGAACGTCCAAACGGTGTTAGCTTGTACCAATGGCAGGTCCCTCATCATCAC 1682
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CAAGCCTGTGAACGTCCAAACGGTATTAGCTTGTACCAATGGCAGGTCCCTCATCATCAC 1676
Query 1683 GCCATGGACGAAAATCCCTCGGTGCTTGTAGTTGGCAAGTGCGGATCAGATTCAAGTGCA 1742
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GCCATGGACAAAAATCCTTCGGTGCTTGTAGTTGGCAAGTGCGGATCAGATTCAAGTGCG 1736
Query 1743 CCCGGTGTACTTTCATTTGTAGATGTGTACACGGGAAAGGAGATCAGCTCATCAGATATT 1802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1737 CCCGGTGTACTTTCATTTGTAGATGTGTACACGGGAAAGGAGATTAGCTCATCAGATATT 1796
Query 1803 GGTCACTCTGTTGTGCAAGTTATGCCTCTTCCAATTACCGACTCAAAGGAACAACGTTTA 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1797 GGTCACTCTGTTGTGCAAGTTATGCCTCTTCCATTTACCGACTCGACGGAACAACGTTTA 1856
Query 1863 CATCTAATAGCTGATACAGTTGGCCACGTCCACTTGTATCCGAAAACTTCAGAGGCTCTC 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CATCTAATAGCTGATACAGTTGGCCACGTCCACTTGTATCCGAAAACTTCAGAGGCTCTC 1916
Query 1923 AGCATCTTTCAACGCGAGTTTCAAAATGTATATTGGTACACTGTTGAGGCAGATGATGGT 1982
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AGCATCTTTCAACGTGAGTTTCAAAATGTATATTGGTACACTGTTGAGGCAGATGATGGA 1976
Query 1983 ATTATCAGAGGACACGTAATGAAGGGCAGTTGCTCTGGTGAGACTGCAGATGAGTACTGC 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 ATTATCAGAGGACACGTAATGAAGGGCAGTTGCTCTGGTGAGACTGCAGATGAGTACTGC 2036
Query 2043 TTTACAACCCGAGAACTTTGGACTGTTGTGTTTCCTTCGGAATCAGAGAAAATCATTTCA 2102
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TTTACAACCAGAGAACTTTGGACTGTTGTGTTTCCTTCGGAATCAGAGAAAATCATTTCA 2096
Query 2103 ACACTAACACGAAAACCTAATGAGGTTGTTCATACACAAGCCAAAGTCAACACAGACCAA 2162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 ACACTAACACGAAAACCTAATGAGGTTGTTCATACACAAGCCAAAGTCAACACAGACCAA 2156
Query 2163 GACCTATTGTATAAATATGTATCAAGAAACTTACTGTTTGTGGCCACCGTTTCACCAAAA 2222
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GACCTGTTGTATAAATATGTATCAAGAAACTTACTGTTTGTGGCCACCGTTTCACCAAAA 2216
Query 2223 GGTGCTGGTGAGATTGGCTCAGTTACGCCAGAGGAGTCATCACTCGTAGTATACCTCATT 2282
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2217 GGTGCTGGTGAGATTGGCTCAGTTACACCAGAGGAGTCATCACTTGTAGTATACCTCATT 2276
Query 2283 GACACCATCACAGGACGGATACTGCACCGTTTGTCACATCAAGGCTGTCAAGGGCCGGTT 2342
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 GACACCATCACTGGACGGATACTGCACCGTTTGTCACATCAAGGCTGTCAAGGGCCGGTT 2336
Query 2343 CATGCGGTGTTTAGTGAAAATTGGGTTGTTTACCACTATTTCAATCTTCGAGCTCACAAG 2402
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CATGCGGTGTTTAGTGAAAATTGGGTTGTTTACCACTACTTCAATCTTCGAGCTCACAAG 2396
Query 2403 TACGAGGTTACGGTCGTTGAGATCTATGATCAGTCGAGGGCGGAGAACAAAAATGTGTGG 2462
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2397 TACGAGGTTACGGTGGTTGAGATCTATGATCAGTCTAGGGCGGAGAACAAAAATGTCTGG 2456
Query 2463 AAACTCATTCTGGGAAAGCACAATCTAACAGCACCCATCACTTCGTACTCTAGGCCAGAG 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 AAACTCATTCTGGGAAAGCACAATCTAACAGCACCTATCACTTCGTACTCTAGGCCAGAG 2516
Query 2523 GTGTTTACAAAGTCACAGTCATACTTCTTTGCTCAGTCTGTGAAAACCATTGCGGTGACA 2582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GTGTTTACAAAGTCACAGTCATACTTCTTTGCTCAGTCTGTGAAAACCATTGCGGTGACA 2576
Query 2583 TCCACAGCAAAGGGTATAACTTCAAAGCAGCTTCTCATTGGTACCATCGGGGATCAGATA 2642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 TCCACAGCAAAGGGTATAACTTCAAAGCAGCTTCTCATTGGTACCATCGGGGATCAGATA 2636
Query 2643 TTGGCACTTGATAAACGATTTGTGGATCCACGCCGGACACTTAACCCGTCTCAAGCTGAA 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 TTGGCACTTGATAAACGATTTGTGGATCCACGCCGAACACTTAACCCGTCTCAAGCTGAA 2696
Query 2703 AAAGAAGAAGGAATCATCCCTCTCACTGATACATTACCCATCATTCCTCAGGCGTATGTT 2762
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2697 AAAGAAGAAGGAATCATCCCTCTCACGGATACATTACCCATCATTCCTCAGGCGTACGTC 2756
Query 2763 ACACACTCCCACAAAGTAGAAGGTCTAAGAGGCATAGTAACAGCTCCGTCCAAGCTAGAG 2822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 ACACACTCCCACAAAGTAGAAGGTCTAAGAGGCATAGTAACAGCTCCGTCCAAGCTAGAG 2816
Query 2823 TCAACAACACACGTCTTTGCCTATGGAGTGGATCTCTTCTACACAAGGCTTGCTCCTTCA 2882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2817 TCAACAACACACGTCTTTGCCTATGGAGTGGATCTCTTCTACACAAGACTTGCTCCTTCA 2876
Query 2883 AAGACCTACGACTCACTAACCGACGATTTCAGCTACGCTCTTCTCCTGATCACGATTGTA 2942
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 AAGACCTACGACTCACTGACCGACGATTTCAGCTACGCACTTCTCCTGATCACGATTGTA 2936
Query 2943 GCACTTGTTGCAGCCATCTACATCACATGGGTCCTTTCAGAGAAGAAAGAACTAAGCGAA 3002
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 GCACTTGTTGCAGCCATCTACATCACCTGGGTCCTTTCAGAGAAGAAAGAACTAAGCGAA 2996
Query 3003 AAATGGAGGTGATTGGAACCGTAA--GGTTTAAAATCCTTCCTCTCTTTGGGCTTTTT-- 3058
||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 AAATGGAGGTGATTGAAACCTTAAAAGGTTTAAAACCCTTCCTCTCTTTGGGCTTTTTTT 3056
Query 3059 CACA-TTGTAGAATGTTTATGAACCATTTTTCGCACTCTTAGAAGAAAAAACCATTGTCT 3117
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 3057 CACAGTTGTAGAATGTTTATGAACCATTTTTCGCACTCTTAGAA-AAAAAACCATTGGCT 3115
Query 3118 TAGCTAAATTCTTGATGTTAGGCTTTGGAAATCGAGTACACTTTACAGACTCTTGCTTTG 3177
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 TAGCTAAATTCTTGATGTTAGGCTTTGGAAATTGAGTACACTTTACAGACTCTTGCTTTG 3175
Query 3178 TGACCTTTGTCACATTCTAGAGTTGAGCTGCACCTTCTGAATTTAAAGTTTATAGAAGCC 3237
||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3176 TGACCTTTGTCACATTCTAAAGTTGGGCTGAACCTTCTGAATTTAAAGTTTATACAAGCC 3235
Query 3238 TCTGTTTAACCTTTTCATTTTT 3259
||| |||||||||||| |||||
Sbjct 3236 TCTTTTTAACCTTTTCTTTTTT 3257
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123306536520
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5