BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11700.2
Length=5223
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940649 jgi|Araly1|940649|scaffold_601193.1 6244 0.0
> Ahg940649 jgi|Araly1|940649|scaffold_601193.1
Length=4325
Score = 6244 bits (3381), Expect = 0.0
Identities = 3591/3691 (97%), Gaps = 19/3691 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 270 TGTGATGACTCTTGATACTAGTGGATGGCTCGATTTCAATTTTGCTGCGTCTTCGTCTTG 329
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1 TGTGATGACTCTTGATACTAGTGGATGGCTCGATTTCAATTTTGCTGCGTCTTCATCGTG 60
Query 330 GTCGCTCTTGCGGTTTTGGCCGTAAACCCTAGTTCAAGCTATCGATTTACCATTGTGGAA 389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTCGCTCTTGCGGTTTTGGCCGTAAACCCTAGTTCAAGCTATCGATTTACCATTGTGGAA 120
Query 390 CCGAAATCGGGTTCTGATTCCGATTTGGACTCAGATTCAGAGTCGTTACTTTTCCATCAG 449
||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCGAATTCGGGTTTTGATTCGGATTTGGACTCAGATTCAGAGTCGTTACTTTTCCATCAG 180
Query 450 GACTACTCTCCGCCTGCTCCGCCACCGCCACCACCGCATGGACCGTCGGTATCTTGTAGC 509
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATTACTCTCCGCCTGCTCCGCCACCGCCACCACCGCATGGACCGTCGGTATCTTGTAGC 240
Query 510 GAGGATCTCGGCGGCGTTGGGTTTTTGGATACTACTTGTAAGATTGTCGCCGATTTGAAC 569
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGGATCTCGGTGGCGTTGGGTTTTTGGATACTACTTGTAAGATTGTCGCCGATTTGAAT 300
Query 570 CTTACGCACGATGTGTATATAGCTGGGAAGGGGAATTTTATCATCCTGCCTGGTGTTAGG 629
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTTACGCATGATGTGTATATAGCTGGGAAGGGGAATTTTATCATCCTGCCTGGTGTTAGG 360
Query 630 TTTCACTGCCCGATCCCTGGTTGTTCTATAGCTATCAATGTTTCTGGAAACTTCTCTTTG 689
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTTCACTGCCCGATCCCTGGTTGCTCTATAGCTATCAATGTTTCTGGAAACTTCTCTTTG 420
Query 690 GGAGCGGAATCTACAATTGTCGCTGGGACATTGGAGCTTACAGCTGGTAATGCTAGCTTT 749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 421 GGAGCGGAATCTACAATTGTCGCTGGGACATTGGAGCTTTCAGCTGGTAATGCTAGTTTT 480
Query 750 GCTAATGGGTCGGCGGTGAACACGACGGGGTTAGCTGGGAGCCCTCCGCCACAGACCAGT 809
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCCAATGGGTCGGCGGTGAACACGACGGGATTAGCTGGGAATCCTCCGCCACAGACCAGT 540
Query 810 GGGACACCGCAGGGGATTGATGGTGCTGGTGGTGGACATGGTGGTAGAGGCGCTTGTTGT 869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 541 GGGACACCGCAGGGGATTGATGGTGCTGGTGGTGGACATGGTGGTAGAGGCGCTTGCTGT 600
Query 870 TTGACTGACACTAAGAAGCTACCTGAAGATGTGTGGGGAGGTGATGCATACTCTTGGTCG 929
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 601 TTGACTGACACTAGGAAGCTTCCTGAAGATGTGTGGGGAGGTGATGCATACTCGTGGTCG 660
Query 930 ACTCTGCAGAAGCCGTGGAGCTATGGTAGTAAAGGAGGGTCAACTAGTAGAGAGATTGAT 989
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 ACTCTGCAGAGGCCGTGGAGCTATGGTAGTAAAGGAGGGTCAACGAGTAGAGAGATTGAT 720
Query 990 TATGGAGGAGGAGGAGGTGGGAAAGTGAAGATGGATATTCTGCAGCTTCTGGATGTTAAC 1049
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TATGGAGGAGGAGGAGGTGGCAAAGTGAAAATGGATATTCTGCAGCTTCTGGATGTTAAT 780
Query 1050 GGAAGCCTTTTGGCAAACGGAGGCT-ATGGAGGAGCCAAAGGCGGTGGTGGATCTGGTGG 1108
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 781 GGAAGCCTTTTGGCAAACGGAGG-TAATGGAGGAGCCAAAGGTGGTGGTGGCGCTGGTGG 839
Query 1109 CAGCATCTACATCAAGGCATACAAGATGACTGGAATTGGAAAGATCAGTGCATgtggtgg 1168
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CAGCATCTACATCAAAGCATACAAGATGACTGGAATTGGAAAGATCAGTGCATGTGGTGG 899
Query 1169 gagtggttatggtggtgggggtggtggAAGAGTATCTGTCGATATTTTTAGTAGGCATGA 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GAGTGGTTATGGTGGTGGGGGTGGTGGAAGAGTATCTGTCGATATTTTTAGTAGGCATGA 959
Query 1229 TGACCCGAAGATTTTTGTGCATGGCGGATACAGTATCGGATGTCCAGATAACTCGGGTGC 1288
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 960 TGACCCGAAGATTTTTGTGCATGGCGGATACAGTATCGGATGTCCAGACAACTCAGGTGC 1019
Query 1289 TGCTGGAACTCTATATGATGCTGTTCCCCGAAGCCTTTTCGTTAGCAACTACAATCA-GA 1347
|||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1020 TGCTGGGACACTCTATGATGCTGTTCCCCGAAGCCTTTTCGTTAGCAACTACAAT-ATGA 1078
Query 1348 CAACAGACACGTATACGCTTCTCTTAGAATTTCCATTCCAGCCACTTTGGACCAATGTTT 1407
| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CGACAGACACGTATACACTTCTCTTAGAATTTCCCTTCCAGCCACTTTGGACCAATGTTT 1138
Query 1408 ATATTCAGGATAAAGCACGCGCAACTTGTCCTCTGTTATGGAGTCGTGTCCAGGTTCAAG 1467
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATATTCAGGATAAAGCGCGAGCAACTTGTCCTCTGTTATGGAGTCGTGTCCAGGTTCAAG 1198
Query 1468 GACAAATTAGTTTGTTGTGCGGTGGTGTTTTGAGCTTCGGATTAGCTCATTATGGTACAT 1527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1199 GACAAATTAGTTTGTTGTGCGGTGGTGTTTTGAGCTTTGGATTAGCTCATTTTGGCACAT 1258
Query 1528 CAGTATTTGAGTTGTTGGCAGAAGAACTCTTAATGAGTGATTCTACCATCAAGGTTTACG 1587
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1259 CAGTATTTGAGTTGTTTGCAGAAGAACTCTTAATGAGTGATTCTACTATCAAGGTTTATG 1318
Query 1588 GGGCATTACGCATGACTGTCAAGATGTTCTTGATGTGGAACTCAGAATTGCATTTAGATG 1647
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1319 GGGCATTACGCATGACTGTCAAAATGTTCTTGATGTGGAATTCAGAATTGCATATAGATG 1378
Query 1648 GAGGAGGAGGAGATACAACTGTTTCAACTTCCATGCTTGAGGCTAGCAATTTATTCGTTC 1707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GAGGAGGAGGAGATACAACTGTTTCAACTTCCATGCTTGAGGCTAGCAATTTATTCGTTC 1438
Query 1708 TTAGGGGATCATCTGTCATTCGGTCAAATGCAAATCTTGGAGTCCATGGACAAGGTTTCT 1767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TTAGGGGATCATCTGTCATTCGGTCAAATGCAAATCTTGGAGTCCATGGACAAGGTTTCT 1498
Query 1768 TGAATCTAACTGGACCAGGGGATTCAATTGAAGCACAACGGCTTGTTTTGTCACTGTTTT 1827
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1499 TGAATCTAACTGGACCAGGGGATTCGATTGAAGCACAACGGCTTGTTTTGTCACTATTTT 1558
Query 1828 ACCGGATTTATGTTGGGCCTGGGTCTATCTTGCGTGCTCCTCTACTGAATGCGTCCAGAG 1887
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 ACCGGATTTATGTTGGGCCTGGGTCTCTTTTGCGTGCTCCTCTACTGAATGCGTCCAGAG 1618
Query 1888 ATGCTGTTACACCAAAGCTCTATTGTGAACGACAAGATTGCCCTTATGAACTACTGAATC 1947
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ATGCTGTTACACCAAAGCTCTATTGTGAACGGCAAGATTGCCCTTATGAACTACTGAATC 1678
Query 1948 CTCCAGAGGATTGCAATGTGAATGCATCTCTGTCCTTTACTCTACAGATATGCCGAGTTG 2007
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | | || |
Sbjct 1679 CTCCAGAGGATTGCAATGTCAATTCATCTCTGTCCTTTAC-C--C---TA---C------ 1723
Query 2008 AGGATATTCTCGTCGAAGGTTTCATTAAAGGATCAGTAGTTCATTTCCACCGGGCAAAAA 2067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1724 AGGATATTCTCGTCGAAGGTTTCATTAAAGGATCAGTAGTTCATTTCCACCGAGCAAAAA 1783
Query 2068 CTGTAACCCTTGAACCCTCTGGAGAGATTAGTGCCAGTGGAATGGGTTGTAGAGGTGGCG 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 CTGTAACCCTTGAACCCTCTGGAGAGATTAGTGCCAGTGGAATGGGTTGTAGAGGTGGCG 1843
Query 2128 TAGGTGAAGGTAAATTGCTTGGAAATGGCTTTGGCAGTGGTGGTGGACATGGTGGTAAAG 2187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 TAGGTGAAGGTAAATTGCTTGGAAATGGCTTTGGCAGTGGTGGTGGACATGGTGGTAAAG 1903
Query 2188 GGGGGCGTGTTTGTTACAATAACAGCTGTGTTGAAGGTGGAATTACATATGGAAATGCAA 2247
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 GGGGGCGTGTATGTTACAATAACAGCTGTGTTGAAGGTGGAATTACATATGGAAATGCAA 1963
Query 2248 ATCTCCCTTGTGAGCTTGGCAGTGGAAGTGGCGATTTTAGCCCTGGTTATTCATCTGCTG 2307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 ATCTCCCTTGTGAGCTTGGCAGTGGAAGTGGCGATTTTAGCCCTGGTTATTCATCTGCTG 2023
Query 2308 GTGGTGGTATTGTAGTGATTGGTTCAATGGAGCAGCCTCTATCTGGTTTATCGCTTGAAG 2367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2024 GTGGTGGTATTGTAGTGATTGGTTCAATGGAGCAGCCTCTATCTGGTTTATCACTTGAAG 2083
Query 2368 GCTCAATTAGGGTTGATGGAGAAAGTGTCAAACGTTTGAGTAGAGATGAAAACGGTTCTA 2427
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2084 GCTCAATTAGGGTTGATGGAGAAAGTGTCAAACGTTTGAGTAGAGATGAAAATGGTTCTA 2143
Query 2428 TTGTAGCTCCTGGGGGTGGTTCTGGGGGAACAGTCCTTTTGTTCCTGCGTTATCTTATTT 2487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 TTGTAGCTCCTGGGGGTGGTTCTGGGGGAACAGTCCTTTTGTTCCTGCGTTATCTTATTT 2203
Query 2488 TAGGAGAGTCATCTCTTCTCTCAAgtggtggtgggtctggcagtcctggtggtggtggtg 2547
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 TAGGAGAGTCGTCCCTTCTCTCAAGTGGTGGTGGGTCTGGCAGTCCTGGTGGTGGTGGTG 2263
Query 2548 gtggcggaggtggGAGGATTCATTTTCATTGGTCAAACATTCCTACTGGGGACATATACC 2607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2264 GTGGCGGAGGTGGGAGGATTCATTTTCATTGGTCAAACATTCCGACTGGGGACATATACC 2323
Query 2608 AGCCAATTGCTAGTGTAAAAGGAATAATTCATGCACGAGGGGGAGCAGCAGCGGATGATG 2667
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 AGCCCATTGCTAGTGTAAAAGGAATAATTCATGCACGAGGGGGAGCAGCAGCGGATGATG 2383
Query 2668 GTTTTTATGGCAAAAATGGTACAATAACTGGGACGGCTTGTCCGAAGGGACTCCACGGTA 2727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 GTTTTTATGGCAAAAATGGTACAATAACTGGGACGGCTTGTCCGAAGGGACTCCACGGTA 2443
Query 2728 TATTTTGCAAGGAATGCCCATCTGGTACATTCAAGAATGTTACTGGATCCGACCCTTCTC 2787
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 TATTTTGCAAGGAATGTCCATCTGGTACATTCAAGAATGTTACTGGATCCGACCCTTCTC 2503
Query 2788 TTTGTCGTCCTTGTCCGGTTGATGAGCTTCCAACTCGTGCTGTCTATGTCACAGTTCGAG 2847
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 TTTGTCGCCCTTGTCCCGTTGATGAGCTTCCAACTCGTGCTGTCTATGTCACAGTTCGAG 2563
Query 2848 GTGGTGTTTCTGAGACACCATGTCCATATCGATGCATATCGGAAAGGTATCACATGCCAC 2907
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 GTGGCGTTTCTGAGACACCATGTCCATATCGATGCATATCGGAAAGGTATCACATGCCAC 2623
Query 2908 ACTGTTACACCGCACTCGAGGAGTTAATTTACACATTTGGTGGGCCTTGGTTGTTTGGTC 2967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 ACTGTTACACCGCACTCGAGGAGTTAATTTACACATTTGGTGGGCCTTGGTTGTTTGGTC 2683
Query 2968 TTCTTCTGATGGGTCTCCTCATCCTCTTAGCACTTGTACTTAGTGTTGCACGAATGAAAT 3027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 TTCTTCTGATGGGTCTCCTCATCCTCTTAGCACTTGTACTTAGTGTTGCACGAATGAAAT 2743
Query 3028 TTGTTGGAGTTGATGATTTACCTGGCCCAGCTCCCACACAGCATGGCTCTCAAATAGATC 3087
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2744 TTGTTGGAGTTGATGATTTGCCTGGCCCAGCTCCCACACAGCATGGCTCTCAAATAGATC 2803
Query 3088 ATTCGTTCCCTTTCCTGGAATCACTTAATGAGGTGTTGGAAACAAATAGAGCTGAGCAAT 3147
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 ATTCCTTCCCTTTCCTGGAATCACTTAATGAGGTGTTGGAAACAAATAGAGCTGAGCAAT 2863
Query 3148 CTCAGAGTCATGTGCATAGAATGTATTTTATGGGTCCTAATACATTCAGTGAACCGTGGC 3207
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2864 CTCAGAGTCATGTGCATAGAATGTATTTTATGGGTCCTAATACATTCAGTGAGCCGTGGC 2923
Query 3208 ATCTCTCACACATTCCCCCGGAGGAGATTAAAGAGATAGTATATGAGGCTGCATTTAACA 3267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 ATCTCTCACACATTCCCCCGGAGGAGATTAAAGAGATAGTATATGAGGCTGCATTTAACA 2983
Query 3268 CATTTGTCGACGAAATCAACTCTATAGCTGCATATCAATGGTGGGAAGGTGCTATATATA 3327
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2984 CATTTGTCGACGAAATCAACTCTATAGCTGCATATCAATGGTGGGAAGGTGCCATATATA 3043
Query 3328 GTATTCTTTCAGTAGTTGCGTATCCGCTCGCATGGTCATGGCAGCAATGGCGGCGGAAGA 3387
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 GTATTCTTTCAGTAGTTGCATATCCGCTCGCATGGTCATGGCAGCAATGGCGGCGGAAGA 3103
Query 3388 TGAAGTTGCAAAAATTGCGTGAGTTTGTACGTTCAGAATATGATCACTCCTGTTTACGCT 3447
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3104 TGAAGTTGCAAAAACTGCGTGAGTTTGTACGTTCAGAATATGATCACTCCTGTTTACGCT 3163
Query 3448 CCTGTCGCTCCCGAGCTTTATACGAGGGTCTGAAGGTCGCTGCAACCTCCGATTTGATGC 3507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3164 CCTGTCGCTCCCGAGCTTTATACGAGGGTCTGAAGGTCGCTGCAACCTCCGATTTGATGC 3223
Query 3508 TTGCGTATCTGGATTTCTTCCTTGGTGGGGATGAAAAAAGGACAGACCTTCCACCTCGAC 3567
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 TTGCATATCTGGATTTCTTCCTTGGTGGTGATGAAAAAAGGACAGACCTTCCACCTCGAC 3283
Query 3568 TTCACCAAAGGTTTCCAATGCCCATATTGTTTGGTGGTGATGGCAGTTACATGGCTCCTT 3627
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3284 TTCACCAAAGGTTACCAATGCCCATATTGTTTGGTGGTGATGGCAGTTACATGGCTCCTT 3343
Query 3628 TCTCACTTCAAAATGACAACATTCTTACCAGTCTGATGAGTCAGCTTGGTTCGCCTACTA 3687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3344 TCTCACTTCAAAATGACAACATTCTTACCAGTCTGATGAGTCAGCTTGGTTCGCCTACTA 3403
Query 3688 CTTGGTATAGACTGGTGGCTGGTGTAAATGCTCAATTACGTCTTGTTCGCCGTGGGCGTC 3747
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404 CTTGGTACAGACTGGTGGCTGGTGTTAATGCTCAATTACGTCTTGTTCGCCGTGGGCGTC 3463
Query 3748 TGAGATCAACATTTCATTCTGTTCTGAGATGGTTAGAAACTCATGCTAATCCCGCTCTGG 3807
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3464 TGAGATCAACATTTCATTCTGTTCTGAAATGGTTAGAAACTCATGCTAATCCCGCTCTGG 3523
Query 3808 AAACACATGGCATACGGGTTGATCTGGCCTGGTTCCAGACTACAGCTTGTGGTTACTGCC 3867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3524 AAACACATGGCATACGGGTTGATCTGGCCTGGTTCCAGACTACAGCTTGTGGTTACTGCC 3583
Query 3868 AATATGGTCTCTTGATTCATACTGTTGAGGATTGTGAACCAACATCACCTCAGTGTGTCA 3927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3584 AATATGGTCTCTTGATTCATACTGTTGAGGATTGTGAACCAACATCACCTCAGTGTGTCA 3643
Query 3928 GTGAAACAACATGGACTGAAATCCAGCCACG 3958
||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 ATGAAACAGCATGGACTGAAATCCAGCCACG 3674
Score = 1160 bits (628), Expect = 0.0
Identities = 644/652 (99%), Gaps = 0/652 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4129 GAAAGAACTATGGAGGGATAATCGACCTTGACAGCTTACCGAGTCTGAAAGAGAAGAGAG 4188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3674 GAAAGAACTATGGAGGGATAATCGACCTTGACAGCTTACCGAGTCTGAAAGAGAAGAGAG 3733
Query 4189 ATATGTTTTTCCTTCTCTCTTTCTTAGTTCACAACACAAAACCTGTGGGCCACCAGGATA 4248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3734 ATATGTTTTTCCTTCTCTCTTTCTTAGTTCACAACACAAAACCTGTGGGCCACCAGGATA 3793
Query 4249 TGGTTGGCTTAGTTATCTCGATGTTACTTTTAGGAGATTTTAGTCTAGTCTTGCTCACAC 4308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3794 TGGTTGGCTTAGTTATCTCGATGTTACTTTTAGGAGATTTTAGTCTAGTCTTGCTCACAC 3853
Query 4309 TCCTCCAGCTGTATTCGATTTCTTTGCTGGATGTACTTTTGGCTTTGTTTATATTACCTC 4368
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3854 TGCTCCAGCTGTATTCAATTTCTTTGCTGGATGTACTTTTGGCTTTGTTCATATTACCTC 3913
Query 4369 TCGGCTTGCTTCTGCCATTCCCCGCTGGGATTAATGCCTTATTCAGTCATGGACCCAGAC 4428
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3914 TCGGCTTGCTTCTGCCATTCCCCGCCGGGATTAATGCCTTATTCAGTCATGGACCCAGAC 3973
Query 4429 GCTCTGCTGGCTTAGCACGTGTTTACGCATTGTGGAACTTCATGTCCTTAGTCAATGTGT 4488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3974 GCTCTGCTGGCTTAGCACGTGTTTACGCATTGTGGAACTTCATGTCCTTAGTCAATGTGT 4033
Query 4489 TTGTGGCTTTTCTCTGCGGATATGTTCATTATCATAGTGAATCATCAGCTAGCAAGAAAA 4548
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4034 TTGTTGCTTTTCTCTGCGGATATGTTCATTATCACAGTGAATCATCAGCTAGCAAGAAAA 4093
Query 4549 TCCCATTTCAGCCGTGGAATATAAACATGGGTGAAAGTGAATGGTGGATATTCCCAGCAG 4608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4094 TCCCATTTCAGCCGTGGAATATAAACATGGGTGAAAGTGAATGGTGGATATTCCCAGCAG 4153
Query 4609 GACTGGTCGTGTGTAAGATAATGCAATCGCAGCTCATAAATCGACATGTAGCAAACCTGG 4668
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4154 GATTGGTCGTGTGTAAGATAATGCAATCGCAGCTCATAAATCGACATGTAGCAAACCTGG 4213
Query 4669 AGATACAAGACCGCTCGTTGTATAGTAAGGATTATGAGCTGTTTTGGCAGTCGTGACAAA 4728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4214 AGATACAAGACCGCTCGTTGTATAGTAAGGATTATGAGCTGTTTTGGCAGTCGTGACAAA 4273
Query 4729 GTCTTGTCAGGTAATTTTTCTCAGAACAACTAAAAACAGTCCTGCCCCAAGT 4780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4274 GTCTTGTCAGGTAATTTTTCTCAGAACAACTAAAAACAGTCCCGCCCCAAGT 4325
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 197747149308
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5