BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11790.1
Length=1463
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488016 jgi|Araly1|488016|fgenesh2_kg.6__1150__AT5G11790.1 1977 0.0
> Ahg488016 jgi|Araly1|488016|fgenesh2_kg.6__1150__AT5G11790.1
Length=1340
Score = 1977 bits (1070), Expect = 0.0
Identities = 1195/1254 (95%), Gaps = 13/1254 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 127 AAGGAGATGGCGGATTCAAGCGATTCTGTCTCCATTGATATGGAGGCATTGTCTCTTGGA 186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 88 AAGGAGATGGCGGATTCAAGCGATTCTGTCTCCATTGATATGGAGGCATTGTCTCTTGGA 147
Query 187 GGACAGGAACACCTTGTGGAGACTACTTATGGCCCGGTTTGTGTTGCCGTTTGTGGAGAT 246
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 148 GGACAGGAACACCTTGTGGAGACTACTTATGGCCCGGTTTGTGTTGTCGTTTGTGGAGAT 207
Query 247 CCAGATAAACCAGCTCTTATCACTTATCCTGATATAGCTCTTAATTATATGTTCTGTTTT 306
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 208 CCAGATAAACCAGCTCTTATCACATATCCTGATATTGCTCTAAATTATATGTTCTGTTTT 267
Query 307 CAAGGATTATTGTTTTGTCCAGAAGCTAGTTCTTTGTTACTCCACAACTTTTGCATATAT 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 268 CAAGGATTATTGTTTTGTCCAGAAGCTAGTTCTTTGTTACTCCACAACTTTTGCATATAT 327
Query 367 CACATCAGTCCTCTTGGCCATGAGTTGGGAGCTCCAATGATCAGTGTTGATGCTCCTTTG 426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 CACATCAGTCCTCTTGGCCATGAGTTGGGAGCTCCAATGATCAGTGTTGATGCTCCTTTG 387
Query 427 CTCTCAGCTGATGACTTAGCAGACCAGATAGTCGAGGTTCTTAATTATTTCGGACTTGGT 486
||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 388 CTCTCTGCTGATGACTTAGCGGACCAGATAGTTGAGGTTCTTAATTTTTTCGGACTTGGT 447
Query 487 GCAGTAATGTGTATGGGTGTCACAGCAGGAGCATACATTCTGACCTTATTTGCTATGAAG 546
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 GCAGTAATGTGTATGGGTGTCACAGCAGGAGCCTACATTCTGACCTTATTTGCTATGAAG 507
Query 547 TACAGGCAGAGAGTTCTGGGCTTAATTCTCGTCTCTCCACTGTGCCAAGCGCCTTCTTGG 606
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 508 TACAGGCAAAGAGTTCTGGGCTTAATACTCGTCTCTCCCCTGTGCCAAGCGCCTTCTTGG 567
Query 607 TCAGAATGGTTGTGCAATAAGGTCATGTCTAATTTGCTTTACTATTATGGTACATGTGGA 666
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 568 TCAGAATGGTTGTGCAATAAGGTTATGTCTAATTTACTTTACTACTATGGTACGTGTGGA 627
Query 667 GTTGTTAAGGAAATGTTACTAAAACGGTACTTCAGCAAGGAAGTTCGTGGTAATGGTCAT 726
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 628 GTGGTTAAGGAACTGTTACTAAAACGGTACTTCAGCAAGGAAGTTCGTGGTAATGGTCAA 687
Query 727 GTTCCAGAATCAGATATTGTTCAAGAATGCAGAAGATTACTTAGTGAGCGGCAGAGTACA 786
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 688 GTTCCAGAATCAGATATCGTTCAAGAATGCAGAAGATTACTTAGTGAGCGGCAAAGTACA 747
Query 787 AATGTATGGAGATTCCTTGAGGCAATCAACGGGAGAGTGGATCTTAGTGAAGGGTTAAGG 846
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 748 AATGTATGGAGATTCCTTGAGGCAATCAATGGGAGAGTGGATCTTAGTGAAGGATTAAGG 807
Query 847 AAATTGCAATGCAGAACGT-TAATATTCATTGGTGAAAATTCTGCCTACCACTCCGAGGC 905
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 AAATTGCAATGCAGAAC-TCTAATATTCATTGGTGAAAATTCTGCCTACCACTCCGAGGC 866
Query 906 TGTTCACATGACCACCAAACTAGACAGACGATACGGTGCATTAGTCGAGGTGCAGGGAAG 965
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 867 CGTTCACATGACCACCAAACTAGACAGACGATATGGCGCATTAGTCGAGGTGCAGGGTAG 926
Query 966 CGGGTCGTTGGTGAGCGAAGAACAGCCACAGGCGATGATAATACCAATGGAATACTTTTT 1025
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 CGGGTCGTTGGTGAGTGAAGAACAGCCACAGGCGATGGTAATACCAATGGAATACTTTTT 986
Query 1026 GATGGGATATGGCCTGTATCGTCCTACACAGAGCGTAAGTCCAAGAAGTCCTTTGAGCCC 1085
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 987 GATGGGATATGGCTTGTATCGTCCAACACAGAGCGTAAGCCCGAGAAGTCCTTTGAGCCC 1046
Query 1086 AACCCGAATCTCTCCGGAGCTTCTCTCCCCTGAAAACATGGGGTTGAAACTCAAGCCGAT 1145
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1047 AACCCGAATCTCTCCGGAGCTTCTATCCCCTGAAAACATGGGTTTGAAACTCAAGCCGAT 1106
Query 1146 AAAGACACGACTCGCTCTATAGCCCTGCCTCCTCTGCTACACACATTTACATATACG-A- 1203
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1107 TAAGACACGACTCGCCCTATAGCCCTGCCTCCTCTGCTACAGACATTTACATATACACAA 1166
Query 1204 CATGTG--TCA--C-C-ACATCAAAATCACCATTGTTGGA-TTGGAGCTGTTCCTCTGTT 1256
|||||| ||| | | |||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1167 CATGTGAATCATACACCACATAAAAATCGCCATTGCTGGAGTTGGAGCTGTTCCTCTGTT 1226
Query 1257 ATGATTTGAGCTGTAGATATAGACAGAGATATATTGATCATCTATATATAGA-A-AGAGA 1314
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1227 ATGATTTGAGCTGTAGATATAGACAGAGATATATTGATCATCTATATATAGAGAGAGAGA 1286
Query 1315 GGGAGATGAAGAAGAGTaaaaaaaGGGGATGGGGAAGGGATTGATATATGGTAG 1368
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1287 GGGAGATGAAGAAGAGTAAAAAAAAAGGATGGGGGAGGGATTGATTTATGGTAG 1340
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 54735682065
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5