BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G11850.1 Length=2977 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg940670 jgi|Araly1|940670|scaffold_601214.1 4373 0.0 > Ahg940670 jgi|Araly1|940670|scaffold_601214.1 Length=2698 Score = 4373 bits (2368), Expect = 0.0 Identities = 2591/2699 (96%), Gaps = 14/2699 (1%) Strand=Plus/Plus Query 28 TCAGTTCGTCGTTGACGATCGATGTCGAAGATGAAGCATCTTCTACGGAAGCTCCACATC 87 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1 TCAGTTCGTCGTTGACGATCGATGTCGAAGATGAAGCATCTTTTACGGAAGCTCCACATC 60 Query 88 GGCGGAAGTAGTGGCGTCGGCGGCGGATTTGCTGACCATCACAGGTTAGACGACTCGACT 147 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 61 GGCGGGAGTAGTGGCGTCGGCGGCGGATTTGCTGACCATCACAGGTTAGACGACTCTACT 120 Query 148 AGACCTATGATCGATCCTAGCCCTATTCTTAGTACTAGCCCTAGCCCTGCATCGACTTCT 207 ||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 121 AGACCCATGATTGATCATAGCCCTATTCCTAGCACTAGCCCTAGCCCTGCCTCGACTTCT 180 Query 208 TCCGTCTCTTCCTCTGGTTTTGGTAACGCTTCCACGACAATGCCGAGACTGGATACATTT 267 |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 181 TCCGTCTCTTCCTCCGGTTTTGTTAACGCTTCCGCTACAATGCCGAGACTGGAAACATTT 240 Query 268 GAGCCTGTTGGCCGTGATCTGACGGCTGTTGATGGTGTTGATTTCAATTTGATGGAGGAG 327 ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GAGCCTGTTGGCCGTGATCTGGCGGCTGTGGACGGTGTCGATTTCAATTTGATGGAGGAG 300 Query 328 GAGTACCAAGTCCAGTTAGCTATGGCGATCAGCGTCTCTGATCCTGATCCGAGAGAGAAT 387 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GAGTACCAAGTCCAGTTAGCTATGGCGATCAGCGTCTCTGATCCTGATCCGAGAGAGAAT 360 Query 388 GCAGATACAGCTCAGCTTGATGCCGCTAAGAGGATTAGCCTTGGGGTTTCTGCTCCGGTC 447 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 361 GCAGATACGGCTCAGCTTGATGCCGCTAAGAGGATTAGCCTTGGTGTTTCGGCTCCGGTC 420 Query 448 ACCGACGCTGATTCCGCCGTTGACTTTCTCTCGCTTCGTTATTGGGGACATAAGGTCATT 507 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 ACCGACGCTGATTCCGCCGTTGACTTTCTCTCGCTCCGTTATTGGGGACATAAGGTCATT 480 Query 508 AATTATGACCAGAAAGTCAGGGATGGATTTTACGATGTGTATGGGATTACATCTAATTCT 567 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 481 AATTATGACCAAAAAGTCAGGGATGGTTTTTACGATGTGTATGGGATTACTTCCAATTCT 540 Query 568 CTTTCACAGGGGAAGATGCCACTTCTTGTTGATCTTCAAGCGATCTCTATTTCAGATAAT 627 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 541 ATTTCACAGGGGAAGATGCCACTTCTTGTGGATCTTCAAGCAATCTCTATTTCAGACAAT 600 Query 628 GTTGATTATGAGGTCATTCTAGTTAACAGATTGATTGATCCTGAACTACAAGAGCTAGAG 687 |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 601 GTTGATTATGAGGTCATTTTGGTGAACCGATTGATTGATCCTGAACTACAAGAACTAGAG 660 Query 688 AGGAGAGTATTCGCTTTGGCTTCGGAATGTCCAGACTTTGCTCCTGGTCAGGTGTCAAGT 747 ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 661 AGGAGAGCATCCGCTTTGGCTTCGGAATGTCCAGACTTTGCCCCTGGTCAGGTGTCAAGT 720 Query 748 GATTTGACTCAGAAAATTGCAAATATAGTTGTAGAGCAAATGGGTGGCCCCGTTGAAAAT 807 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GATTTGACTCAGAAAATTGCAAATATAGTTGTAGAGCAAATGGGTGGCCCCGTTGAAAAT 780 Query 808 GCTGATGAAGCATTGAGAAGGTGGATGCTTCGGAGCTATGAACTAAGAAATTCTTTGAAC 867 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 781 GCTGATGAAGCATTGAGAAGGTGGATGCTTCGGAGCTATGAACTAAGGAATTCTTTGAAC 840 Query 868 ACTACTATTCTTCCACTTGGTCGAGTTAATGTTGGTCTTGCACGACACAGGGCTTTGCTT 927 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 ACTACTATTCTTCCACTTGGTCGAGTTAATGTTGGTCTTGCACGACACAGGGCTTTGCTT 900 Query 928 TTCAAGGTCCTTGCTGATAGGATTAATCTCCCATGTATGCTGGTAAAAGGCAGTTACTAC 987 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 TTCAAGGTCCTTGCTGATAGGATTAATCTCCCATGTATGCTGGTAAAAGGCAGTTACTAC 960 Query 988 ACTGGAACTGATGATGGGGCTGTGAACTTGATTAAACTAGATGACAAAAGTGAATACATT 1047 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 ACTGGAACTGATGATGGGGCTGTTAACTTGATTAAACTAGATGACAAAAGTGAATACATT 1020 Query 1048 ATTGATTTAATGGGTGCTCCGGGTGCTCTGATCCCTTCTGAGGTTCCAAGCAGTTTTCTT 1107 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 ATTGATTTAATGGGTGCTCCGGGTGCTCTGATCCCTTCTGAGGTTCCAAGCAGTTTTCTT 1080 Query 1108 CCAGTTTCTTGCACAGATACAAGAGTATTTCCTGAGAATTTGGACTCTTTGCAACATTCA 1167 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| Sbjct 1081 CCAGTTTCTTGCACAGATACAAGAGTATTTCCTGAGGATTTGGACTCGTTGCAACATTCA 1140 Query 1168 TCCCCCGTACTTGAGAAAGAAATTGAAACGCCAGCATTTTCAGTTTCGAAGGAAGCAGAT 1227 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| Sbjct 1141 TCCCCCGTACTTGAGAAAGAAATTGAAAAGCCAGCATTTTCAGTTTTGGGGGAAGCAGAT 1200 Query 1228 TCTAGATCTGGTATGGTAGCAAACTTCTTCACTGGAAACCAGGAAGAAAACAGTGACAGA 1287 |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1201 TCTAGATCTGGTGTGGGGGCAAACTTCTTCACTGGAAACCATGAAGAAAACAGTGACAGA 1260 Query 1288 TGTGCTGTTGAAAAACATCAAACAGAGAGATTTGAGCATGATTTTGGGAAGTTAATGCAC 1347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 TATGCTGTTGAAAAACATCAAACAGAGAGATTTGAACATGATTTTGGGAAGTTAATGCAA 1320 Query 1348 TCACAGCAGATATCTGGTGAAAATATGCCACCATTTTCTGGGAAACCGACTTGTGCACAG 1407 |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 TCACAGCAGATATCTGGTGAAAATTTGCCGCCATTTTCTGGGAAACCGACTTGTGCACAG 1380 Query 1408 AAAGTTAAAGTTAAAAATGTCTCAAAGTATGTCATAAGTGCAGCAAAGAACCCTGAATTT 1467 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 AAAGTTAAAGTTAAGAATGTCTCAAAGTATGTCATAAGTGCAGCAAAGAACCCTGAATTT 1440 Query 1468 GCGCAGAAATTACATGCTGTGTTGTTAGAAAGTGGTGCATCACCTCCCCCAGATTTGTTT 1527 || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 GCCCAAAAATTACATGCTGTGTTGTTAGAAAGTGGTGCATCACCTCCCCCAGATTTGTTT 1500 Query 1528 ATGGATATTAACCCACATAACTTGAGGGGGAAGAATTTGCTTCAAGAGCTCCGCCAAGAA 1587 |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 1501 ATGGATATCAATCCACATAACTTGAGGGGGAAGAATTTGCTTCAAGAACTCCGACAAGAA 1560 Query 1588 AGTAGCAATTCTATGGTTTCTGGTATTCCATGCTACCCAGAAAAGGTAGCTGA------A 1641 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | Sbjct 1561 AGTAGCAATTCTATGGTTTCTGGTATTCCTTGCTACCCAGAAAAGGTCGCAGACCCGTTA 1620 Query 1642 ----C--AACTGAGAGAATCTGAAAGGAACCCCACAGCCGAGAGTTACCAACAATCAGTG 1695 | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 1621 GGTGCGCAACTGAGAGAATCTGAAAGGAACCCCATAGCTGAGAGCTACCAACAATCAGTG 1680 Query 1696 GAGGTCGATTTGTCAATGAAGAGGAAC-TTTGATTTGGATAATACTGGTAAAGCTTCTTC 1754 ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1681 GAGGTCGATTTGTCAATGAAGAG-AACCTTTGATGTGGATAATACTGGTAAAGCTTCTCC 1739 Query 1755 ATCCGAAAATATGGAGGTTGGCACTGCTGATGGGGAGTCTGCTGTTTGTGATAGTCATGA 1814 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| Sbjct 1740 ATCCGAAAATATGGAGGTTGGCACTGCTGATGGGGAGCCTGCTGCTTGTGATAGCCATGA 1799 Query 1815 CCAAGGGATTAATCCATTGCTCGGAGAAGCTGCAAAGTGGGAAATTATGTGGGAAGATCT 1874 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 CCAAGGGATTAATCCATTGCTCGGAGAAGCTGCAAAGTGGGAAATTATGTGGGAAGATCT 1859 Query 1875 TCAGATTGGCGAGCGCATTGGTATTGGTTCATATGGAGAAGTTTATCGTGCAGAGTGGAA 1934 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 TCAGATTGGCGAGCGCATTGGTATTGGTTCATATGGAGAAGTTTATCGTGCAGAGTGGAA 1919 Query 1935 TGGAACTGAAGTGGCTGTTAAGAAGTTTCTGGACCAAGATTTCTCTGGTGATGCATTGAC 1994 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 TGGAACTGAAGTAGCTGTTAAGAAGTTTCTGGACCAAGATTTCTCTGGTGATGCATTGAC 1979 Query 1995 ACAGTTCAAATCTGAAATTGAAATAATGTTGAGGTTACGGCATCCAAACGTTGTTCTTTT 2054 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1980 ACAGTTCAAATCTGAAATTGAAATAATGTTGAGGTTACGGCATCCAAACGTTGTTCTTTT 2039 Query 2055 CATGGGAGCAGTTACTCGTCCCCCAAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCCTACCCAGGGG 2114 |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2040 CATGGGAGCAGTTACTCGGCCGCCAAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCCTACCCAGGGG 2099 Query 2115 AAGTTTGTATAGATTACTCCATCGGCCGAACCATCAGCTTGATGAGAAGAGGAGAATGCG 2174 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2100 AAGTTTGTATAGATTACTCCATCGGCCAAACCATCAGCTTGATGAGAAAAGGAGAATGCG 2159 Query 2175 GATGGCTCTTGATGTGGCAAAGGGAATGAACTACTTACACACCAGCCACCCGACTGTTGT 2234 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 GATGGCTCTTGATGTGGCAAAGGGAATGAACTACTTACACACCAGCCACCCGACTGTTGT 2219 Query 2235 ACATAGGGATTTAAAATCTCCAAACCTTCTTGTTGATAAAAATTGGGTTGTGAAGGTTTG 2294 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2220 ACATAGGGATTTAAAATCTCCAAACCTTCTTGTTGATAAAAATTGGGTTGTGAAGGTTTG 2279 Query 2295 TGATTTTGGATTGTCCCGCATGAAACACCACACATATTTGTCCTCGAAATCAACTGCAGG 2354 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 2280 TGATTTTGGATTGTCCCGCATGAAACACCACACTTATTTGTCCTCAAAATCAACGGCAGG 2339 Query 2355 AACGCCTGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCGGCTAATGAGAAATGTGA 2414 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2340 AACGCCTGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCGGCTAATGAGAAATGTGA 2399 Query 2415 CGTGTACAGCTTTGGTGTCATATTGTGGGAATTAGCTACTTCACGCGTCCCCTGGAAAGG 2474 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || Sbjct 2400 CGTGTACAGCTTTGGTGTTATATTGTGGGAATTAGCTACTTCACGCATCCCCTGGAAGGG 2459 Query 2475 TTTGAACCCGATGCAAGTCGTTGGAGCTGTGGGATTCCAGAATCGACGCCTTGAAATCCC 2534 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2460 TTTGAACCCAATGCAAGTCGTTGGAGCAGTGGGATTCCAGAATCGACGCCTTGAAATCCC 2519 Query 2535 AGATGATATCGATCTAACTGTGGCACAGATAATCCGTGAATGTTGGCAAACGGAACCGCA 2594 |||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2520 AGATGATATCGATCCAACCGTTGCACAGATAATCCGTGAATGTTGGCAAACGGAACCGCA 2579 Query 2595 TTTACGGCCATCGTTTACACAGCTGATGCAAAGTTTGAAGCGGCTTCAGGGTCTAAACAT 2654 ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2580 TTTACGGCCATCGTTTACACAACTGATGCGAAGTTTGAAGCGGCTTCAGGGTCTAAACAT 2639 Query 2655 AAGCAACAGAGCGAATACGAGTGAAAGTTTGATGTAAGATACGTTAGACAGAAGATGTT 2713 |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2640 AAGCAACAGATCGAACACGAGTGAAAGTTTGATGTAAGATAAGTTAGACAGAAGATGTT 2698 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 112404312995 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5