BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11850.1
Length=2977
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940670 jgi|Araly1|940670|scaffold_601214.1 4373 0.0
> Ahg940670 jgi|Araly1|940670|scaffold_601214.1
Length=2698
Score = 4373 bits (2368), Expect = 0.0
Identities = 2591/2699 (96%), Gaps = 14/2699 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 TCAGTTCGTCGTTGACGATCGATGTCGAAGATGAAGCATCTTCTACGGAAGCTCCACATC 87
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 TCAGTTCGTCGTTGACGATCGATGTCGAAGATGAAGCATCTTTTACGGAAGCTCCACATC 60
Query 88 GGCGGAAGTAGTGGCGTCGGCGGCGGATTTGCTGACCATCACAGGTTAGACGACTCGACT 147
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 GGCGGGAGTAGTGGCGTCGGCGGCGGATTTGCTGACCATCACAGGTTAGACGACTCTACT 120
Query 148 AGACCTATGATCGATCCTAGCCCTATTCTTAGTACTAGCCCTAGCCCTGCATCGACTTCT 207
||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 AGACCCATGATTGATCATAGCCCTATTCCTAGCACTAGCCCTAGCCCTGCCTCGACTTCT 180
Query 208 TCCGTCTCTTCCTCTGGTTTTGGTAACGCTTCCACGACAATGCCGAGACTGGATACATTT 267
|||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 TCCGTCTCTTCCTCCGGTTTTGTTAACGCTTCCGCTACAATGCCGAGACTGGAAACATTT 240
Query 268 GAGCCTGTTGGCCGTGATCTGACGGCTGTTGATGGTGTTGATTTCAATTTGATGGAGGAG 327
||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGCCTGTTGGCCGTGATCTGGCGGCTGTGGACGGTGTCGATTTCAATTTGATGGAGGAG 300
Query 328 GAGTACCAAGTCCAGTTAGCTATGGCGATCAGCGTCTCTGATCCTGATCCGAGAGAGAAT 387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAGTACCAAGTCCAGTTAGCTATGGCGATCAGCGTCTCTGATCCTGATCCGAGAGAGAAT 360
Query 388 GCAGATACAGCTCAGCTTGATGCCGCTAAGAGGATTAGCCTTGGGGTTTCTGCTCCGGTC 447
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 361 GCAGATACGGCTCAGCTTGATGCCGCTAAGAGGATTAGCCTTGGTGTTTCGGCTCCGGTC 420
Query 448 ACCGACGCTGATTCCGCCGTTGACTTTCTCTCGCTTCGTTATTGGGGACATAAGGTCATT 507
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACCGACGCTGATTCCGCCGTTGACTTTCTCTCGCTCCGTTATTGGGGACATAAGGTCATT 480
Query 508 AATTATGACCAGAAAGTCAGGGATGGATTTTACGATGTGTATGGGATTACATCTAATTCT 567
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 481 AATTATGACCAAAAAGTCAGGGATGGTTTTTACGATGTGTATGGGATTACTTCCAATTCT 540
Query 568 CTTTCACAGGGGAAGATGCCACTTCTTGTTGATCTTCAAGCGATCTCTATTTCAGATAAT 627
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 541 ATTTCACAGGGGAAGATGCCACTTCTTGTGGATCTTCAAGCAATCTCTATTTCAGACAAT 600
Query 628 GTTGATTATGAGGTCATTCTAGTTAACAGATTGATTGATCCTGAACTACAAGAGCTAGAG 687
|||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 601 GTTGATTATGAGGTCATTTTGGTGAACCGATTGATTGATCCTGAACTACAAGAACTAGAG 660
Query 688 AGGAGAGTATTCGCTTTGGCTTCGGAATGTCCAGACTTTGCTCCTGGTCAGGTGTCAAGT 747
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGGAGAGCATCCGCTTTGGCTTCGGAATGTCCAGACTTTGCCCCTGGTCAGGTGTCAAGT 720
Query 748 GATTTGACTCAGAAAATTGCAAATATAGTTGTAGAGCAAATGGGTGGCCCCGTTGAAAAT 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GATTTGACTCAGAAAATTGCAAATATAGTTGTAGAGCAAATGGGTGGCCCCGTTGAAAAT 780
Query 808 GCTGATGAAGCATTGAGAAGGTGGATGCTTCGGAGCTATGAACTAAGAAATTCTTTGAAC 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 781 GCTGATGAAGCATTGAGAAGGTGGATGCTTCGGAGCTATGAACTAAGGAATTCTTTGAAC 840
Query 868 ACTACTATTCTTCCACTTGGTCGAGTTAATGTTGGTCTTGCACGACACAGGGCTTTGCTT 927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACTACTATTCTTCCACTTGGTCGAGTTAATGTTGGTCTTGCACGACACAGGGCTTTGCTT 900
Query 928 TTCAAGGTCCTTGCTGATAGGATTAATCTCCCATGTATGCTGGTAAAAGGCAGTTACTAC 987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTCAAGGTCCTTGCTGATAGGATTAATCTCCCATGTATGCTGGTAAAAGGCAGTTACTAC 960
Query 988 ACTGGAACTGATGATGGGGCTGTGAACTTGATTAAACTAGATGACAAAAGTGAATACATT 1047
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ACTGGAACTGATGATGGGGCTGTTAACTTGATTAAACTAGATGACAAAAGTGAATACATT 1020
Query 1048 ATTGATTTAATGGGTGCTCCGGGTGCTCTGATCCCTTCTGAGGTTCCAAGCAGTTTTCTT 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATTGATTTAATGGGTGCTCCGGGTGCTCTGATCCCTTCTGAGGTTCCAAGCAGTTTTCTT 1080
Query 1108 CCAGTTTCTTGCACAGATACAAGAGTATTTCCTGAGAATTTGGACTCTTTGCAACATTCA 1167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 CCAGTTTCTTGCACAGATACAAGAGTATTTCCTGAGGATTTGGACTCGTTGCAACATTCA 1140
Query 1168 TCCCCCGTACTTGAGAAAGAAATTGAAACGCCAGCATTTTCAGTTTCGAAGGAAGCAGAT 1227
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1141 TCCCCCGTACTTGAGAAAGAAATTGAAAAGCCAGCATTTTCAGTTTTGGGGGAAGCAGAT 1200
Query 1228 TCTAGATCTGGTATGGTAGCAAACTTCTTCACTGGAAACCAGGAAGAAAACAGTGACAGA 1287
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCTAGATCTGGTGTGGGGGCAAACTTCTTCACTGGAAACCATGAAGAAAACAGTGACAGA 1260
Query 1288 TGTGCTGTTGAAAAACATCAAACAGAGAGATTTGAGCATGATTTTGGGAAGTTAATGCAC 1347
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TATGCTGTTGAAAAACATCAAACAGAGAGATTTGAACATGATTTTGGGAAGTTAATGCAA 1320
Query 1348 TCACAGCAGATATCTGGTGAAAATATGCCACCATTTTCTGGGAAACCGACTTGTGCACAG 1407
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCACAGCAGATATCTGGTGAAAATTTGCCGCCATTTTCTGGGAAACCGACTTGTGCACAG 1380
Query 1408 AAAGTTAAAGTTAAAAATGTCTCAAAGTATGTCATAAGTGCAGCAAAGAACCCTGAATTT 1467
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AAAGTTAAAGTTAAGAATGTCTCAAAGTATGTCATAAGTGCAGCAAAGAACCCTGAATTT 1440
Query 1468 GCGCAGAAATTACATGCTGTGTTGTTAGAAAGTGGTGCATCACCTCCCCCAGATTTGTTT 1527
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCCCAAAAATTACATGCTGTGTTGTTAGAAAGTGGTGCATCACCTCCCCCAGATTTGTTT 1500
Query 1528 ATGGATATTAACCCACATAACTTGAGGGGGAAGAATTTGCTTCAAGAGCTCCGCCAAGAA 1587
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1501 ATGGATATCAATCCACATAACTTGAGGGGGAAGAATTTGCTTCAAGAACTCCGACAAGAA 1560
Query 1588 AGTAGCAATTCTATGGTTTCTGGTATTCCATGCTACCCAGAAAAGGTAGCTGA------A 1641
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1561 AGTAGCAATTCTATGGTTTCTGGTATTCCTTGCTACCCAGAAAAGGTCGCAGACCCGTTA 1620
Query 1642 ----C--AACTGAGAGAATCTGAAAGGAACCCCACAGCCGAGAGTTACCAACAATCAGTG 1695
| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1621 GGTGCGCAACTGAGAGAATCTGAAAGGAACCCCATAGCTGAGAGCTACCAACAATCAGTG 1680
Query 1696 GAGGTCGATTTGTCAATGAAGAGGAAC-TTTGATTTGGATAATACTGGTAAAGCTTCTTC 1754
||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1681 GAGGTCGATTTGTCAATGAAGAG-AACCTTTGATGTGGATAATACTGGTAAAGCTTCTCC 1739
Query 1755 ATCCGAAAATATGGAGGTTGGCACTGCTGATGGGGAGTCTGCTGTTTGTGATAGTCATGA 1814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1740 ATCCGAAAATATGGAGGTTGGCACTGCTGATGGGGAGCCTGCTGCTTGTGATAGCCATGA 1799
Query 1815 CCAAGGGATTAATCCATTGCTCGGAGAAGCTGCAAAGTGGGAAATTATGTGGGAAGATCT 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CCAAGGGATTAATCCATTGCTCGGAGAAGCTGCAAAGTGGGAAATTATGTGGGAAGATCT 1859
Query 1875 TCAGATTGGCGAGCGCATTGGTATTGGTTCATATGGAGAAGTTTATCGTGCAGAGTGGAA 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TCAGATTGGCGAGCGCATTGGTATTGGTTCATATGGAGAAGTTTATCGTGCAGAGTGGAA 1919
Query 1935 TGGAACTGAAGTGGCTGTTAAGAAGTTTCTGGACCAAGATTTCTCTGGTGATGCATTGAC 1994
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TGGAACTGAAGTAGCTGTTAAGAAGTTTCTGGACCAAGATTTCTCTGGTGATGCATTGAC 1979
Query 1995 ACAGTTCAAATCTGAAATTGAAATAATGTTGAGGTTACGGCATCCAAACGTTGTTCTTTT 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ACAGTTCAAATCTGAAATTGAAATAATGTTGAGGTTACGGCATCCAAACGTTGTTCTTTT 2039
Query 2055 CATGGGAGCAGTTACTCGTCCCCCAAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCCTACCCAGGGG 2114
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 CATGGGAGCAGTTACTCGGCCGCCAAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCCTACCCAGGGG 2099
Query 2115 AAGTTTGTATAGATTACTCCATCGGCCGAACCATCAGCTTGATGAGAAGAGGAGAATGCG 2174
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2100 AAGTTTGTATAGATTACTCCATCGGCCAAACCATCAGCTTGATGAGAAAAGGAGAATGCG 2159
Query 2175 GATGGCTCTTGATGTGGCAAAGGGAATGAACTACTTACACACCAGCCACCCGACTGTTGT 2234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 GATGGCTCTTGATGTGGCAAAGGGAATGAACTACTTACACACCAGCCACCCGACTGTTGT 2219
Query 2235 ACATAGGGATTTAAAATCTCCAAACCTTCTTGTTGATAAAAATTGGGTTGTGAAGGTTTG 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 ACATAGGGATTTAAAATCTCCAAACCTTCTTGTTGATAAAAATTGGGTTGTGAAGGTTTG 2279
Query 2295 TGATTTTGGATTGTCCCGCATGAAACACCACACATATTTGTCCTCGAAATCAACTGCAGG 2354
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2280 TGATTTTGGATTGTCCCGCATGAAACACCACACTTATTTGTCCTCAAAATCAACGGCAGG 2339
Query 2355 AACGCCTGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCGGCTAATGAGAAATGTGA 2414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 AACGCCTGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCGGCTAATGAGAAATGTGA 2399
Query 2415 CGTGTACAGCTTTGGTGTCATATTGTGGGAATTAGCTACTTCACGCGTCCCCTGGAAAGG 2474
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 2400 CGTGTACAGCTTTGGTGTTATATTGTGGGAATTAGCTACTTCACGCATCCCCTGGAAGGG 2459
Query 2475 TTTGAACCCGATGCAAGTCGTTGGAGCTGTGGGATTCCAGAATCGACGCCTTGAAATCCC 2534
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TTTGAACCCAATGCAAGTCGTTGGAGCAGTGGGATTCCAGAATCGACGCCTTGAAATCCC 2519
Query 2535 AGATGATATCGATCTAACTGTGGCACAGATAATCCGTGAATGTTGGCAAACGGAACCGCA 2594
|||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 AGATGATATCGATCCAACCGTTGCACAGATAATCCGTGAATGTTGGCAAACGGAACCGCA 2579
Query 2595 TTTACGGCCATCGTTTACACAGCTGATGCAAAGTTTGAAGCGGCTTCAGGGTCTAAACAT 2654
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 TTTACGGCCATCGTTTACACAACTGATGCGAAGTTTGAAGCGGCTTCAGGGTCTAAACAT 2639
Query 2655 AAGCAACAGAGCGAATACGAGTGAAAGTTTGATGTAAGATACGTTAGACAGAAGATGTT 2713
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2640 AAGCAACAGATCGAACACGAGTGAAAGTTTGATGTAAGATAAGTTAGACAGAAGATGTT 2698
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112404312995
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5