BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G11880.1
Length=1794
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488028 jgi|Araly1|488028|fgenesh2_kg.6__1162__AT5G11880.1 2494 0.0
Ahg478856 jgi|Araly1|478856|fgenesh2_kg.3__1557__AT3G14390.1 2211 0.0
> Ahg488028 jgi|Araly1|488028|fgenesh2_kg.6__1162__AT5G11880.1
Length=1606
Score = 2494 bits (1350), Expect = 0.0
Identities = 1510/1585 (95%), Gaps = 19/1585 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 CACACCTAAC-AAAAATCCTCCAGCCATGGCGGCAGTTACTCAATTTCTCTCCCAACCTT 78
||||||| || |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 28 CACACCTCACAAAAAATCCTCCAGCCATGGCCGCTGCTACTCAATTTCTCTCCCAACCTT 87
Query 79 CATCAATCCGCGGAACCCTAAATCAGTACCAATTGAATCAGACTTCACTCTCAAGAATCC 138
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||
Sbjct 88 CATCTATCCGCGGAACCCTAAATCAATACCAATTGAACCAAACCTCCCTCTCAAGAATCC 147
Query 139 CATTTTTGTCTCTCAAGTCAACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTCAAAGCCGCCG 198
|| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 148 CAATTCTGTCTCTCAAGTCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTCAAATCCGCCG 207
Query 199 T-T--------TCCCAAAACTCCACCAAAACCCTCACGAAA-GAATCTGCTTCCTCTTTC 248
| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 208 TATCCCAAAACTCCCAAAACTCCACCAAAACCCTCAC-AAAGGAATCTGCTTCCTCTTTC 266
Query 249 GACCACTGTTTCAAGAAATCATCAGATGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACCAAGGTTCAA 308
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 267 GACCACTGTTTCAAGAAATCATCAGATGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACTAAGGTTCAA 326
Query 309 GATATCATGGAAACAGTCGAGA-AACGACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCAC 367
||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 327 GATATCATGGAGTCAGTCGAGAGAA-GACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCAC 385
Query 368 GAGAAACCTTGAGGCTTATAAAGAGGCTTTGGAAGGAGTGAGATCTGTTATTGGTTACGC 427
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 GAGAAACCTTGAGGCGTATAAAGAGGCTTTGGAAGGAGTGAGATCTGTTATTGGTTACGC 445
Query 428 TATTAAAGCTAATAACAATCTCAAGATTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGC 487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 TATTAAAGCTAATAACAATCTCAAGATTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGC 505
Query 488 TGTGTTGGTTAGTGGAAATGAGCTCAGGCTTGCTCTTCTTGCTGGTTTCGATCCCACAAA 547
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 506 TGTGTTGGTTAGTGGAAATGAGCTTAGGCTTGCTCTTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAA 565
Query 548 GTGTATTTTCAATGGAAATGGAAAGTCT-TTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAG 606
||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 GTGCATTTTCAATGGAAATGGGAAGT-TGTTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAG 624
Query 607 GTGTTTTCGTAAATGTTGATAGTGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAA 666
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 GTGTTTTCGTAAATGTTGATAGCGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAA 684
Query 667 TTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTGTTGTTGCGTATCAATCCTGATGTTGATCCTCAGGTGC 726
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 685 TTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTACTGCTGCGTATCAATCCTGATGTCGATCCTCAGGTGC 744
Query 727 ATCCATATGTAGCTACTGGGAACAAGAACTCGAAGTTTGGTATTAGGAACGAGAAGCTTC 786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 745 ATCCATATGTAGCTACTGGGAACAAGAACTCGAAGTTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTC 804
Query 787 AATGGTTTCTGGATGAAGTGAAGGCACATCCCAAAGAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATT 846
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 805 AATGGTTTCTCGATGAAGTGAAGGCACATCCCAAAGAGCTAAAGCTTGTTGGAGCTCATT 864
Query 847 GTCATCTTGGTTCTACCATTACAAAGGTGGATATATTCAGAGATGCTGCGGTTCTCATGA 906
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 GCCATCTTGGCTCTACCATTACAAAGGTGGATATATTCAGAGATGCTGCGGTTCTCATGA 924
Query 907 TTGAATACATTGATGAAATCCGGCGTCAAGGCTTTGAGGTTAGCTACTTGAACATTGGTG 966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 TTGAATACATTGATGAAATCCGGCGTCAAGGCTTTGAGGTTAGCTACTTGAACATTGGTG 984
Query 967 GTGGTTTAGGGATAGATTATTATCATGCCGGCGCTGTCCTTCCTACACCCATGGATCTTA 1026
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 985 GTGGTTTAGGGATAGATTATTATCATGCTGGCGCTGTCCTTCCTACACCCATGGATCTCA 1044
Query 1027 TCAACACCGTAAGAGAGCTGGTTCTTTCACGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGA 1086
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 TCAACACCGTAAGAGAGCTTGTTCTTTCGCGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGA 1104
Query 1087 GATCACTGATTGCAAACACATGTTGTTTCGTCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATG 1146
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 GATCGCTGATTGCAAACACATGTTGTTTCATCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATG 1164
Query 1147 GAACTAAAAACTTCATAGTGATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTT 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 GAACTAAAAACTTCATAGTGATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTT 1224
Query 1207 ATGATGCCTATCAGCATATTGAGTTGGTCTCTCCTACACCGCCTGAAGCAGAGGTTACCA 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 ATGATGCCTATCAGCATATTGAGTTGGTCTCTCCTACACCGCCTGAAGCAGAGGTTACCA 1284
Query 1267 AATTCGATGTAGTGGGTCCTGTTTGTGAATCTGCTGATTTCTTGGGCAAAGACAGAGAGC 1326
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1285 AATTCGACGTAGTGGGTCCTGTTTGTGAATCTGCTGATTTCTTGGGAAAAGACAGAGAGC 1344
Query 1327 TTCCCACTCCTCCACAGGGAGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGA 1386
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 TTCCTACTCCTCCGCAGGGAGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGA 1404
Query 1387 GTATGGCTTCCACTTACAATCTCAAGATGCGTCCCCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATG 1446
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GTATGGCTTCCACTTACAATCTCAAGATGCGACCTCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATG 1464
Query 1447 GGTCGATCACTAAGATCAGGCATGCTGAGACATTCGATGACCATTTACGTTTCTTTGAAG 1506
|||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1465 GGTCGATCACCAAGATCAGGCATGCTGAGACTTTTGACGACCATTTGCGTTTCTTTGAAG 1524
Query 1507 GACTATGAACTCCGAGATTTACTCATCATTGTTGCTATTTTAGATGAATTGTATGATTAC 1566
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1525 GTCTATGAACTCTTTGATTTACTCATCATTGTTGCTATTTTTGTTGAATTGTATGATTA- 1583
Query 1567 GTTTCTATAATGCTATTGCTGTCTT 1591
|| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1584 -TTCC-ATAATGCTATTGCTGTCTT 1606
> Ahg478856 jgi|Araly1|478856|fgenesh2_kg.3__1557__AT3G14390.1
Length=1952
Score = 2211 bits (1197), Expect = 0.0
Identities = 1521/1671 (91%), Gaps = 47/1671 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 ATGGCGGCAGTTACTCAATTTCTCTCCCAACCTTCATCAATCCGCGGAACCCTAAATCAG 104
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || | | || || | | ||
Sbjct 14 ATGGCGGCAGCTACTCAATGTCTCTCCCAACCTTCATC-AT-CTCTAAATCC-ATACCA- 69
Query 105 TAC-CAATTGAATCAGA-CT-TC-ACTCTCAAGAATC--CCAT-TTTTGTCTCTCAAGTC 157
|| || ||| || | || | |||||| |||||| || | | |||||||| || ||
Sbjct 70 -ACTGAA--GAACCAAACCTCACAACTCTCCAGAATCATCCCTATCTTGTCTCTTAAATC 126
Query 158 AACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTCAAAG---CCGCCGTTTCCCAAAACTCCAC 214
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 CACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTGAAAGCCACCGCCGTTTCCCAAAACTCCAC 186
Query 215 CAAAACCCTCACGAAAGAATCTGCTTCCTCTTTCGACCACTGTTTCAAGAAATCATCAGA 274
|||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 CAAAACCCTCAC----GAA---G--------TTCGACCACTGTTTCAAGAAATCATCAGA 231
Query 275 TGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACCAAGGTTCAAGATATCATGGAAACAGTCGAGA-AAC 333
|||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 232 TGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACTAAAGTTGAGGATATCATGGAGTCAGTCGAGAGAA- 290
Query 334 GACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCACGAGAAACCTTGAGGCTTATAAAGAGG 393
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |
Sbjct 291 GACCCTTTTACTTATATAGTAAACCTCAGATCACGAGGAACCTCGAGGCTTATAAACAAG 350
Query 394 CTTTGGAAGGAGTGAGATCTGTTATTGGTTACGCTATTAAAGCTAATAACAATCTCAAGA 453
| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 CATTGGAAGGTGTGACATCTGTCATTGGTTACGCTATCAAAGCTAATAACAATCTCAAGA 410
Query 454 TTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGCTGTGTTGGTTAGTGGAAATGAGCTCA 513
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||||||||||
Sbjct 411 TTTTGGAGCATTTGAGGTCTTTAGGCTGTGGTGCTGTCCTCGTCAGTGGAAATGAGCTCA 470
Query 514 GGCTTGCTCTTCTTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGTATTTTCAATGGAAATGGAAAGT 573
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 471 GACTTGCTCTTCTTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGCATTTTCAATGGAAATGGCAAGT 530
Query 574 CT-TTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTAAATGTTGATAGTGAG 632
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 531 -TGTTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTTAATGTCGATAGTGAG 589
Query 633 TTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTGTTG 692
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 590 TTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTACTG 649
Query 693 TTGCGTATCAATCCTGATGTTGATCCTCAGGTGCATCCATATGTAGCTACTGGGAACAAG 752
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 CTGCGTATCAATCCTGATGTCGATCCTCAGGTGCATCCATATGTAGCTACTGGGAACAAG 709
Query 753 AACTCGAAGTTTGGTATTAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTGGATGAAGTGAAGGCA 812
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 710 AACTCAAAGTTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTGGATCAGGTCAAGGCA 769
Query 813 CATCCCAAAGAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATTGTCATCTTGGTTCTACCATTACAAAG 872
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 770 CATCCCAAAGAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATTGCCATCTAGGCTCTACCATTACTAAG 829
Query 873 GTGGATATATTCAGAGATGCTGCGGTTCTCATGATTGAATACATTGATGAAATCCGGCGT 932
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 830 GTGGATATATTCAGAGATGCTGCAGTTCTCATGATTGAATACATTGATGAGATCCGGCGT 889
Query 933 CAAGGCTTTGAGGTTAGCTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATAGATTATTATCAT 992
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 CAAGGTTTTGAAGTTAGTTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATAGATTATTATCAT 949
Query 993 GCCGGCGCTGTCCTTCCTACACCCATGGATCTTATCAACACCGTAAGAGAGCTGGTTCTT 1052
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 950 GCCGGCGCTGTCCTTCCCACACCCATGGATCTCATCAATACCGTAAGAGAGCTTGTTCTT 1009
Query 1053 TCACGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCACTGATTGCAAACACATGTTGT 1112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||
Sbjct 1010 TCACGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCTCTGATTGCAAACACTTGCTGT 1069
Query 1113 TTCGTCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAAAACTTCATAGTGATTGAT 1172
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 TTCGTCAATCATGTGACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAAAACTTCATAGTGATTGAT 1129
Query 1173 GGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCCTATCAGCATATTGAGTTG 1232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1130 GGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCTTATCAGCATATTGAGTTG 1189
Query 1233 GTCTCTCCTACACCGCCTGAAGCAGAGGTTACCAAATTCGATGTAGTGGGTCCTGTTTGT 1292
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1190 GTCTCTCCTCCACCGCCTGAAGCAGAGGTGACCAAATTCGACGTAGTGGGTCCTGTCTGT 1249
Query 1293 GAATCTGCTGATTTCTTGGGCAAAGACAGAGAGCTTCCCACTCCTCCACAGGGAGCTGGT 1352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 GAATCTGCTGATTTCTTGGGCAAAGACAGAGAGCTTCCCACTCCTCCACAGGGAGCTGGT 1309
Query 1353 CTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGTATGGCTTCCACTTACAATCTCAAG 1412
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 CTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGCATGGCTTCCACTTACAATCTCAAG 1369
Query 1413 ATGCGTCCCCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACTAAGATCAGGCATGCT 1472
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1370 ATGCGTCCTCCGGAGTACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACTAAGATAAGGCATGCT 1429
Query 1473 GAGACATTCGATGACCATTTACGTTTCTTTGAAGGACTATGAACTCCGAGATTTACTCAT 1532
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1430 GAGACGTTCGATGACCATTTGCGTTTCTTTGAAGGTCTATGAACTCTGAGATTTACTCAT 1489
Query 1533 CATTGTTGCTATTTTAGATGAATTGTATGATTA--CGTT-TCT--A---TAATGCTATTG 1584
| |||||||| ||||| ||||||||||||||| || || | |||||||||||
Sbjct 1490 CGTTGTTGCT-TTTTATTTGAATTGTATGATTATTCGGAATCAGGACCATAATGCTATTG 1548
Query 1585 CTGTCTTGGATTTTTCCACATTCTGTGCTATGATTTAAAGTCCTCAATAAAGTGATCATA 1644
|||| || |||||| | |||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||| ||||||
Sbjct 1549 CTGTTTTAGATTTT-C-ACATTCTGTGCTTTGATTCAAAGTCCCCAATGAAGTAATCATA 1606
Query 1645 TGAATAAGAAACAGGTCACAAGTCAAGACCGAAAATAAAAGGTGTATTTGT 1695
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1607 TGAATAAGAAAAAGGTCACAAGTCAAGACAGAAAATAAAAGGTGAATTTGT 1657
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67343553160
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5