BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G12000.1
Length=2485
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940686 jgi|Araly1|940686|scaffold_601230.1 3485 0.0
> Ahg940686 jgi|Araly1|940686|scaffold_601230.1
Length=2143
Score = 3485 bits (1887), Expect = 0.0
Identities = 2062/2148 (96%), Gaps = 6/2148 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 ATTTCAACATAGATCGGTAATAATGGCTCGTCCTCACCCATCGGACGATAGCCACACGCT 172
||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2 ATTTCAATATAAATC-G--ATAATGGCTCGTCCTCACCCATCGGACGATGGCCACACGCT 58
Query 173 AGTGAACTCGACGGTGGTCGCCATTGACAAAGACAAGAACAGTCACTTCGCTGTTCGTTG 232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 59 AGTGAACTCGACGGTGGTCGCCATTGACAAAGACAAGAACAGTCACTACGCTGTTCGTTG 118
Query 233 GGCCGTCGATCATCTCTTCAATATGATCATTAATTCCAAAATGATTCTACTCCATGTTCG 292
||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 119 GGCCGTCGATCATCTCTTCAATATGGTCAATAATGCCAAGATGATTCTTGTCCATGTTCG 178
Query 293 TCTCAAAAATTCTAATCATGGAGGAAACATTGATGATAGTGAATTAAATCAGCTTTTTGT 352
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 179 TCTAAAAAATTCTAATCATGGAGGAAACATTGATGATAATGAATTAAACCAGCTTTTTGT 238
Query 353 TCCATACAGAGGCTATTGTGCACGTAAAGGGATTTCAATGATGGAGGTTATTCTAGACGA 412
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 239 TCCATACAGAGGTTATTGTGCACGGAAAGGGATTTCAATGATTGAGGTTATTCTAGACGA 298
Query 413 TACCGACGTTTCAAAAGCAGTTTTGGATTACGTGAACAATAACCTTGTGACCAACCTTGT 472
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TACCGACGTTGCGAAAGCAGTTTTGGATTACGTGAACAATAACCTTGTGACCAACCTTGT 358
Query 473 GTTGGGATCATCCTCAAAGAGTCCATTTGCAAGATCTCTCAAATTCACCAAGTCACATGA 532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 359 GTTGGGATCATCCTCAAAGAGTCCATTTGCAAGATCTCTCAAATTCACTAAGTCACATGA 418
Query 533 CGTTGCATCTTCCGTTCTCAAATCAACGCCTGAGTTTTGTTCCGTCTATGTCATTTCTAA 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 419 CGTTGCATCTTCCGTTCTCAAATCAACGCCTGAGTTTTGTTCCATTTATGTCATTTCTAA 478
Query 593 AGGCAAAGTTCACTCTTCAAGAACTGCTCAAAGACCTATCACCAATACACTTGTCCCTCC 652
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 479 AGGCAAAGTTCACTCTTCAAGAACAGCTCAAAGGCCTATCACCAATACGCTTGTCCCTCC 538
Query 653 TCGTGTACCTTCTTCTACGTTTCATCTACCTGACCCTGACCATGATCGTTCACCTAGGAG 712
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |
Sbjct 539 TCGTGCACCTTCTTCTACGTTTCATCTACCTGACCCTGACCATGTTCATTCACCTAGGGG 598
Query 713 TCAGCGTAATGGGAGAAACACAGTTCCAGAGAGGTATTCCCATGAAAATAAAGGCTTCAA 772
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 599 TCAGCGTAATGCGAGAAACACAGTTCCAGAGAGGTATTCCCATGATAATAAGGGCTTCAA 658
Query 773 ACCTGTGAGAGAAATGCATAAAATCCCTACAAATGGATCGTTGGACTTCAATTATGAGTT 832
||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 659 ACCAGTGAGAGAGATGCACAAAATCCCTACAAATGGATCATTGGACTTCAATTATGAGTT 718
Query 833 TAGGCAGGGAAAGGGTCAAAGGAACTCTACTGGAAGAAGTTCATTTTCTGATGAATCGTC 892
|||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || | |
Sbjct 719 TAGGCAGGCAAAGGGTCAAAGGAACTCCACCGGAAGAAGTTCATTTTCTGATG-AT-G-C 775
Query 893 TGATGTTGGGTCTATGATGATGATGGGTTCTATTGACCTAAGTGCTGAGAACTTTGATAT 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 776 TGATGTTGGGTCTATGATGATGATGGGTTCTATTGACCTAAGTGCTGAGAATTTTGATAT 835
Query 953 GGTCGGTGGATCAGGTTCTTCTGATGAGTCTGCTTCGCAGTCAACGAGGGATATTGAAGC 1012
||| |||| ||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 836 GGTTGGTGCATCCGGTTCTTCTGATGAGTCAGTTTCGCAATCAACGAGGGATATTGAAGC 895
Query 1013 TGAGATGAAAAGGTTAAAGATTGAACTCAAGCAAACCATGGACATGTATAGCTCAGCCTG 1072
||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGAAATGAAAAGGCTAAAGATTGAACTCAAGCAGACTATGGACATGTATAGCTCAGCCTG 955
Query 1073 CAAAGAAGCACTTAATGCAAAAAAGAAAGCAAATGAGCTTAATCAGTGGAAAATGGAAGA 1132
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 956 CAAAGAAGCTCTTAATGCGAAAAAGAAAGCAAATGAGCTTAATCAGTGGAAATTGGAAGA 1015
Query 1133 AGCTAGAAGATTTGAGGAAGCTAGGAATGCTGAAGAGGCAGCTTTAGCTGTAGCGGAAAT 1192
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1016 AGCTCGAAGATTTGAGGAAGCTAGGCATGCTGAAGAGGCAGCTTTAGCTGTTGCGGAAAT 1075
Query 1193 GGAGAAGGCCAAGTGCAGAGCTGCTTTGGAAGCAGCTGAGAAAGCGCAGAGAATGGCGGA 1252
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1076 GGAGAAGGCCAAGTGCAGAGCTGCGCTGGAAGCAGCTGAGAAAGCGCAGAGAATGGCAGA 1135
Query 1253 GTTGGAAGGACAAAGAAGGAAGCAAGCAGAGATGAAAGCAAGAAGAGAATCACAGGAGAA 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1136 GTTGGAAGGACAAAGAAGGAAGCAAGCAGAGATGAAAGCAAGAAGAGAATCGCAGGAGAA 1195
Query 1313 AGACCGTGCTCTTAGTGCTTTGGTACAGAACGATGTCCGTTACAGAAAATACTCTATAGA 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1196 AGACCGTGCTCTTAGTGCTTTGGTACAGAACGATGTCCGTTACAGAAGATACTCTATTGA 1255
Query 1373 TGAGATTGAAGTGGCTACTGAGAGGTTTGCAAACAACAGAAAAATAGGAGAAGGCGGATA 1432
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1256 CGAGATTGAAGTGGCTACTGAAAGGTTTGCAAACAACAGAAAAATAGGGGAAGGCGGATA 1315
Query 1433 TGGACCAGTCTATCATGGCACACTTGATCACACTCCTGTTGCCATAAAAGTCTTGAGACC 1492
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1316 TGGACCAGTGTATCATGGCACACTTGATCACACTCCTGTTGCCATTAAAGTCTTGAGACC 1375
Query 1493 TGATGCTGCTCAAGGAAAGAAACAGTTTCAACAAGAAGTCGAGGTTCTAAGTAGCATAAG 1552
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TGATGCTGCTCAAGGAAAGAAACAATTTCAACAAGAAGTCGAGGTTCTAAGTAGCATAAG 1435
Query 1553 ACATCCTCACATGGTTCTTCTTCTTGGTGCGTGTCCAGAATATGGGTGTTTGGTGTATGA 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 ACATCCTCACATGGTTCTTCTTCTTGGTGCGTGTCCAGAATATGGGTGTTTGGTGTATGA 1495
Query 1613 GTTCATGGACAATGGGAGCTTAGAGGATAGACTCTTTCGTAGAGGAAACTCGCCTCCACT 1672
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1496 GTTCATGGACAATGGGAGCTTAGAGGATCGACTCTTTCGTAGAGGAAACTCGCCTCCTCT 1555
Query 1673 TTCATGGAGGAAAAGGTTTCAAATAGCTGCAGAGATCGCTACCGCACTCTCCTTCCTTCA 1732
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 CTCATGGAGGAAAAGGTTTCAAATAGCTGCAGAGATCGCTACCGCACTCTCCTTCCTTCA 1615
Query 1733 CCAAGCAAAGCCAGAGCCTCTGGTTCATCGTGACCTAAAACCTGCCAATATACTTCTAGA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CCAAGCAAAGCCAGAGCCTCTGGTTCATCGTGACCTAAAACCTGCCAATATACTTCTAGA 1675
Query 1793 TAAAAACTACGTGAGCAAGATCAGTGACGTTGGATTAGCTCGGTTAGTACCTGCGTCAGT 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TAAAAACTACGTGAGCAAGATCAGTGACGTTGGATTAGCTCGGTTAGTACCTGCGTCAGT 1735
Query 1853 GGCTAACACAGTGACGCAATACCACATGACATCTGCAGCAGGAACGTTCTGTTACATAGA 1912
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GGCTAACACAGTGACACAATACCACATGACATCTGCAGCAGGAACGTTCTGTTACATAGA 1795
Query 1913 CCCCGAGTACCAGCAAACGGGCAAGTTAACCACGAAATCAGACATATTCTCATTAGGGAT 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 CCCCGAGTACCAGCAAACGGGCAAGTTAACCACGAAATCAGACATATTCTCATTAGGGAT 1855
Query 1973 AATGCTGCTTCAGATCATCACTGCCAAGAGTCCAATGGGTTTGGCTCATCATGTGTCGAG 2032
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 AATGCTGCTTCAGATCATCACTGCAAAGAGTCCAATGGGTTTGGCTCATCATGTGTCGAG 1915
Query 2033 GGCAATCGACAAAGGAACTTTCAAGGATATGCTTGACCCGGTCGTGCCAGATTGGCCTGT 2092
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GGCAATCGATAAAGGAACTTTCAAGGATATGCTTGACCCGGTCGTGCCAGATTGGCCTGT 1975
Query 2093 CGAAGAAGCATTAAATTTTGCTAAGTTGTGTCTAAGATGTGCAGAGCTAAGGAAGAGAGA 2152
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1976 CGAAGAAGCTTTAAATTTTGCTAAGTTGTGTCTAAAATGTGCAGAGCTAAGGAAGAAAGA 2035
Query 2153 TAGACCAGATCTTGGAAAAGAAATAGTTCCAGAGCTTCTCCGATTAAGAAACTTGGGGAA 2212
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2036 TCGACCAGATCTTGGAAAAGAAATTGTTCCAGAGCTTCTCCGATTAAGAAGCTTGGGGAA 2095
Query 2213 GGACAATGAACCAGGATGCCATAAATAACAACCGGGTCTGAAGATCAT 2260
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2096 GGACAATGAACCAGGATGCCATAAATAACAATCGGGTCTGAAGATCAT 2143
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93663912455
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5