BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G12000.1 Length=2485 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg940686 jgi|Araly1|940686|scaffold_601230.1 3485 0.0 > Ahg940686 jgi|Araly1|940686|scaffold_601230.1 Length=2143 Score = 3485 bits (1887), Expect = 0.0 Identities = 2062/2148 (96%), Gaps = 6/2148 (0%) Strand=Plus/Plus Query 113 ATTTCAACATAGATCGGTAATAATGGCTCGTCCTCACCCATCGGACGATAGCCACACGCT 172 ||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2 ATTTCAATATAAATC-G--ATAATGGCTCGTCCTCACCCATCGGACGATGGCCACACGCT 58 Query 173 AGTGAACTCGACGGTGGTCGCCATTGACAAAGACAAGAACAGTCACTTCGCTGTTCGTTG 232 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 59 AGTGAACTCGACGGTGGTCGCCATTGACAAAGACAAGAACAGTCACTACGCTGTTCGTTG 118 Query 233 GGCCGTCGATCATCTCTTCAATATGATCATTAATTCCAAAATGATTCTACTCCATGTTCG 292 ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||| |||||||||| Sbjct 119 GGCCGTCGATCATCTCTTCAATATGGTCAATAATGCCAAGATGATTCTTGTCCATGTTCG 178 Query 293 TCTCAAAAATTCTAATCATGGAGGAAACATTGATGATAGTGAATTAAATCAGCTTTTTGT 352 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| Sbjct 179 TCTAAAAAATTCTAATCATGGAGGAAACATTGATGATAATGAATTAAACCAGCTTTTTGT 238 Query 353 TCCATACAGAGGCTATTGTGCACGTAAAGGGATTTCAATGATGGAGGTTATTCTAGACGA 412 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 239 TCCATACAGAGGTTATTGTGCACGGAAAGGGATTTCAATGATTGAGGTTATTCTAGACGA 298 Query 413 TACCGACGTTTCAAAAGCAGTTTTGGATTACGTGAACAATAACCTTGTGACCAACCTTGT 472 |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 TACCGACGTTGCGAAAGCAGTTTTGGATTACGTGAACAATAACCTTGTGACCAACCTTGT 358 Query 473 GTTGGGATCATCCTCAAAGAGTCCATTTGCAAGATCTCTCAAATTCACCAAGTCACATGA 532 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 359 GTTGGGATCATCCTCAAAGAGTCCATTTGCAAGATCTCTCAAATTCACTAAGTCACATGA 418 Query 533 CGTTGCATCTTCCGTTCTCAAATCAACGCCTGAGTTTTGTTCCGTCTATGTCATTTCTAA 592 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 419 CGTTGCATCTTCCGTTCTCAAATCAACGCCTGAGTTTTGTTCCATTTATGTCATTTCTAA 478 Query 593 AGGCAAAGTTCACTCTTCAAGAACTGCTCAAAGACCTATCACCAATACACTTGTCCCTCC 652 |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 479 AGGCAAAGTTCACTCTTCAAGAACAGCTCAAAGGCCTATCACCAATACGCTTGTCCCTCC 538 Query 653 TCGTGTACCTTCTTCTACGTTTCATCTACCTGACCCTGACCATGATCGTTCACCTAGGAG 712 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | Sbjct 539 TCGTGCACCTTCTTCTACGTTTCATCTACCTGACCCTGACCATGTTCATTCACCTAGGGG 598 Query 713 TCAGCGTAATGGGAGAAACACAGTTCCAGAGAGGTATTCCCATGAAAATAAAGGCTTCAA 772 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 599 TCAGCGTAATGCGAGAAACACAGTTCCAGAGAGGTATTCCCATGATAATAAGGGCTTCAA 658 Query 773 ACCTGTGAGAGAAATGCATAAAATCCCTACAAATGGATCGTTGGACTTCAATTATGAGTT 832 ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 659 ACCAGTGAGAGAGATGCACAAAATCCCTACAAATGGATCATTGGACTTCAATTATGAGTT 718 Query 833 TAGGCAGGGAAAGGGTCAAAGGAACTCTACTGGAAGAAGTTCATTTTCTGATGAATCGTC 892 |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || | | Sbjct 719 TAGGCAGGCAAAGGGTCAAAGGAACTCCACCGGAAGAAGTTCATTTTCTGATG-AT-G-C 775 Query 893 TGATGTTGGGTCTATGATGATGATGGGTTCTATTGACCTAAGTGCTGAGAACTTTGATAT 952 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 776 TGATGTTGGGTCTATGATGATGATGGGTTCTATTGACCTAAGTGCTGAGAATTTTGATAT 835 Query 953 GGTCGGTGGATCAGGTTCTTCTGATGAGTCTGCTTCGCAGTCAACGAGGGATATTGAAGC 1012 ||| |||| ||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 836 GGTTGGTGCATCCGGTTCTTCTGATGAGTCAGTTTCGCAATCAACGAGGGATATTGAAGC 895 Query 1013 TGAGATGAAAAGGTTAAAGATTGAACTCAAGCAAACCATGGACATGTATAGCTCAGCCTG 1072 ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 TGAAATGAAAAGGCTAAAGATTGAACTCAAGCAGACTATGGACATGTATAGCTCAGCCTG 955 Query 1073 CAAAGAAGCACTTAATGCAAAAAAGAAAGCAAATGAGCTTAATCAGTGGAAAATGGAAGA 1132 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 956 CAAAGAAGCTCTTAATGCGAAAAAGAAAGCAAATGAGCTTAATCAGTGGAAATTGGAAGA 1015 Query 1133 AGCTAGAAGATTTGAGGAAGCTAGGAATGCTGAAGAGGCAGCTTTAGCTGTAGCGGAAAT 1192 |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1016 AGCTCGAAGATTTGAGGAAGCTAGGCATGCTGAAGAGGCAGCTTTAGCTGTTGCGGAAAT 1075 Query 1193 GGAGAAGGCCAAGTGCAGAGCTGCTTTGGAAGCAGCTGAGAAAGCGCAGAGAATGGCGGA 1252 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1076 GGAGAAGGCCAAGTGCAGAGCTGCGCTGGAAGCAGCTGAGAAAGCGCAGAGAATGGCAGA 1135 Query 1253 GTTGGAAGGACAAAGAAGGAAGCAAGCAGAGATGAAAGCAAGAAGAGAATCACAGGAGAA 1312 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1136 GTTGGAAGGACAAAGAAGGAAGCAAGCAGAGATGAAAGCAAGAAGAGAATCGCAGGAGAA 1195 Query 1313 AGACCGTGCTCTTAGTGCTTTGGTACAGAACGATGTCCGTTACAGAAAATACTCTATAGA 1372 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || Sbjct 1196 AGACCGTGCTCTTAGTGCTTTGGTACAGAACGATGTCCGTTACAGAAGATACTCTATTGA 1255 Query 1373 TGAGATTGAAGTGGCTACTGAGAGGTTTGCAAACAACAGAAAAATAGGAGAAGGCGGATA 1432 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1256 CGAGATTGAAGTGGCTACTGAAAGGTTTGCAAACAACAGAAAAATAGGGGAAGGCGGATA 1315 Query 1433 TGGACCAGTCTATCATGGCACACTTGATCACACTCCTGTTGCCATAAAAGTCTTGAGACC 1492 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1316 TGGACCAGTGTATCATGGCACACTTGATCACACTCCTGTTGCCATTAAAGTCTTGAGACC 1375 Query 1493 TGATGCTGCTCAAGGAAAGAAACAGTTTCAACAAGAAGTCGAGGTTCTAAGTAGCATAAG 1552 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 TGATGCTGCTCAAGGAAAGAAACAATTTCAACAAGAAGTCGAGGTTCTAAGTAGCATAAG 1435 Query 1553 ACATCCTCACATGGTTCTTCTTCTTGGTGCGTGTCCAGAATATGGGTGTTTGGTGTATGA 1612 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 ACATCCTCACATGGTTCTTCTTCTTGGTGCGTGTCCAGAATATGGGTGTTTGGTGTATGA 1495 Query 1613 GTTCATGGACAATGGGAGCTTAGAGGATAGACTCTTTCGTAGAGGAAACTCGCCTCCACT 1672 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1496 GTTCATGGACAATGGGAGCTTAGAGGATCGACTCTTTCGTAGAGGAAACTCGCCTCCTCT 1555 Query 1673 TTCATGGAGGAAAAGGTTTCAAATAGCTGCAGAGATCGCTACCGCACTCTCCTTCCTTCA 1732 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 CTCATGGAGGAAAAGGTTTCAAATAGCTGCAGAGATCGCTACCGCACTCTCCTTCCTTCA 1615 Query 1733 CCAAGCAAAGCCAGAGCCTCTGGTTCATCGTGACCTAAAACCTGCCAATATACTTCTAGA 1792 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 CCAAGCAAAGCCAGAGCCTCTGGTTCATCGTGACCTAAAACCTGCCAATATACTTCTAGA 1675 Query 1793 TAAAAACTACGTGAGCAAGATCAGTGACGTTGGATTAGCTCGGTTAGTACCTGCGTCAGT 1852 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 TAAAAACTACGTGAGCAAGATCAGTGACGTTGGATTAGCTCGGTTAGTACCTGCGTCAGT 1735 Query 1853 GGCTAACACAGTGACGCAATACCACATGACATCTGCAGCAGGAACGTTCTGTTACATAGA 1912 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 GGCTAACACAGTGACACAATACCACATGACATCTGCAGCAGGAACGTTCTGTTACATAGA 1795 Query 1913 CCCCGAGTACCAGCAAACGGGCAAGTTAACCACGAAATCAGACATATTCTCATTAGGGAT 1972 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1796 CCCCGAGTACCAGCAAACGGGCAAGTTAACCACGAAATCAGACATATTCTCATTAGGGAT 1855 Query 1973 AATGCTGCTTCAGATCATCACTGCCAAGAGTCCAATGGGTTTGGCTCATCATGTGTCGAG 2032 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1856 AATGCTGCTTCAGATCATCACTGCAAAGAGTCCAATGGGTTTGGCTCATCATGTGTCGAG 1915 Query 2033 GGCAATCGACAAAGGAACTTTCAAGGATATGCTTGACCCGGTCGTGCCAGATTGGCCTGT 2092 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1916 GGCAATCGATAAAGGAACTTTCAAGGATATGCTTGACCCGGTCGTGCCAGATTGGCCTGT 1975 Query 2093 CGAAGAAGCATTAAATTTTGCTAAGTTGTGTCTAAGATGTGCAGAGCTAAGGAAGAGAGA 2152 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1976 CGAAGAAGCTTTAAATTTTGCTAAGTTGTGTCTAAAATGTGCAGAGCTAAGGAAGAAAGA 2035 Query 2153 TAGACCAGATCTTGGAAAAGAAATAGTTCCAGAGCTTCTCCGATTAAGAAACTTGGGGAA 2212 | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2036 TCGACCAGATCTTGGAAAAGAAATTGTTCCAGAGCTTCTCCGATTAAGAAGCTTGGGGAA 2095 Query 2213 GGACAATGAACCAGGATGCCATAAATAACAACCGGGTCTGAAGATCAT 2260 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2096 GGACAATGAACCAGGATGCCATAAATAACAATCGGGTCTGAAGATCAT 2143 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 93663912455 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5