BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G12150.1
Length=2956
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488058 jgi|Araly1|488058|fgenesh2_kg.6__1192__AT5G12150.1 4621 0.0
> Ahg488058 jgi|Araly1|488058|fgenesh2_kg.6__1192__AT5G12150.1
Length=2847
Score = 4621 bits (2502), Expect = 0.0
Identities = 2750/2867 (96%), Gaps = 27/2867 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TGCAGTAGGTCAGACTCTTGTAGTGAATTCACTGCAAAGTAAGGGAAA-GC-TTGGCTTG 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1 TGCAGTAGGTCAGACTCTTGTAGTGAATTCGCTGGAAAGTAAGGGAAAGGCTTTGGCTTG 60
Query 60 GAAATGGGAGTTGAACAAGCCATCGATTCGGGCTAATGTGTAT-AGTTTGATTCGTCTGG 118
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||
Sbjct 61 GAAATGGGAGTTGATCAAGCCATCGATTCGGGCTAATGTGCATCA-TTTGATTCGTCTGG 119
Query 119 GGAGCTTTTGAGAGATAGCAATTTAGTTTTCCGCTTACGAATGATCTTTTTCT-GATGCG 177
||||||||||||||||||| | | | || ||||||| |||||| ||||||
Sbjct 120 GGAGCTTTTGAGAGATAGC-A---A----T----TT---AATGATC-TTTTCTGGATGCG 163
Query 178 TCATTTTGATTAAGTGTGTACTTCTGCAATGGAGGCTTCTCTAGCTGTTATACAGAGGCC 237
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||| | ||
Sbjct 164 TCATTTTGATTAAGTGTGTACTTCTGCAATGGCGGCTTCTTTAGCTGCTATGCAGCGACC 223
Query 238 TCAAGCTGGAGCTTCGAATACGGTTTATAAGAGTGGCCCTCTCTTCATATCATCAAAAGG 297
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 224 TCAAGCTGGAGCTTTGAATACGGTTTATAAGAGTGGTCCTCTTTTCATTTCATCAAAAGG 283
Query 298 ACTAGGTTGGACATCCTGGAAGAAGCGTTGGTTTATCCTTACCCGAACTTCTTTGGTCTT 357
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 ACTAGGTTGGACATCTTGGAAGAAGCGTTGGTTTATCCTTACCCGAACTTCTTTGGTCTT 343
Query 358 TTTCAAAAATGATCCAAGTGCATTACCACAAAAGGGAGGTGAAGTAAATTTGACCCTTGG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 344 CTTCAAAAATGATCCAAGTGCATTACCACAAAAGGGAGGTGAAGTAAATTTGACTCTTGG 403
Query 418 AGGCATTGACTTGAACAGTTCGGGGAGTGTCGTGGTGAGAGAAGATAAGAAGTTGCTGAC 477
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 404 AGGCATTGACTTAAACAGTTCGGGGAGTGTCGTGGTGAGAGAAGATAAGAAGTTGTTGAC 463
Query 478 TGTACTATTCCCAGATGGGCGTGATGGACGAGCCTTCACCCTTAAGGCTGAGACATTGGA 537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 464 TGTACTATTCCCAGATGGGCGTGATGGACGAGCCTTCACCCTCAAGGCTGAGACATTGGA 523
Query 538 CGACTTGTATGAATGGAAGGCTGCCCTTGAGCAAGCCCTTGCACAAGCTCCCAATGCAGC 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 CGACTTGTATGAATGGAAGGCTGCCCTTGAGCAAGCCCTTGCACAAGCTCCCAATGCAGC 583
Query 598 ACTTGTAATTGGTCAAAATGGAATATTCCGAACAGAAGCAAACAATACTATTGAAGCATC 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 584 ACTTGTAATTGGTCAAAATGGAATATTCCGAACAGAAGCAAACAATACTATTGAAGCTTC 643
Query 658 TTTCAATTCATGGAGGGATCAGCGCCCGTTGAAGTCTTCGGTTGTTGGAAGACCAATTTT 717
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 CTTCAATTCATGGAGGGACCAGCGCCCGTTGAAGTCTTCGGTTGTTGGAAGACCAATTTT 703
Query 718 GCTAGCTTTAGAAGAAATCGATGGAAGTCCATCTTTTCTTGAGAAAGCACTTCAATTTCT 777
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 GCTAGCTTTAGAAGAAATTGATGGAAGTCCATCTTTTCTTGAGAAAGCACTTCAATTTCT 763
Query 778 TGAGACATATGGAACCAAAGTAGAAGGAATTTTAAGACAGTCTGCAGATGTTGAGGAGGT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 764 TGAGACATATGGAACCAAAGTAGAAGGAATTTTAAGACAGTCTGCAGATGTTGAGGAAGT 823
Query 838 AGAACGCAGAGTTCAAGAATACGAACAAGGCAAGACAGAATTCAGTCCTGAAGAGGATCC 897
||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 AGAACGCAGAGTTCACGAGTACGAAGAAGGCAAGACAGAATTCAGTCCTGAAGAGGATCC 883
Query 898 GCATGTTGTTGGAGACTGTGTTAAGCATGTTCTGCGGCAATTGCCTTCTTCTCCAGTCCC 957
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 884 ACATGTTGTTGGAGACTGTGTTAAGCATGTCCTGCGGCAGTTGCCTTCTTCTCCAGTTCC 943
Query 958 AGCGTCGTGCTGCACTGCTTTGCTTGAAGCTTATAAAATTGATCAGAACGAAGCTCGGGT 1017
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 944 AGCGTCGTGCTGCACTGCTTTGCTGGAAGCTTATAAAATTGATCATAACGAAGCTAGGGT 1003
Query 1018 TAACTCACTGCGCTCTGCTATAATTGAAACATTTCCAGAACCAAACAGGCGACTACTACT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 TAACTCACTGCGCTCTGCTATAATTGAAACATTTCCAGAACCAAACAGGCGACTACTACT 1063
Query 1078 GCGGATGCTAAAGATGATGCATACTATCACCTCTCATTCCAGTGAGAATCGCATGACTTC 1137
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 ACGGATTCTAAAGATGATGCATACTATCACCTCTCATTCCAGTGAGAATCGCATGACTTC 1123
Query 1138 ATCTGCTGTTGCTGCATGCATGTCCCCATTGCTCTTACGTCCTCTATTGGCTGGAGAATG 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 ATCTGCTGTTGCTGCATGCATGTCCCCATTGCTCTTACGCCCTCTATTGGCTGGAGAATG 1183
Query 1198 TGATCTAGAAGGTTTTGACACTCTAGGAGATAACTCTGCCCAGCTTCTTGCTGCCGCCAA 1257
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1184 TGATCTAGAAGGTTTTGACTCTCTAGGAGATAACTCTGCCCAGCTTCTTGCTGCCGCTAA 1243
Query 1258 TGCTGCCAATAATGCTCAAGCCATTGTCACAGCCCTTTTGGAAGACTATGGGAATATGAT 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1244 TGCTGCCAATAATGCTCAAGCCATTGTCACAGCCCTTTTGGAGGACTATGGGAATATGAT 1303
Query 1318 CAATGATGAAGGTCTTGGGAGATGCTCCACTTCTACTGATTCTCATATTGGCGACAGTGG 1377
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 CAATGATAAAGGTCTTGAAAGATGCTCCACTTCTACGGATTCTCATATTGGCGACAGTGG 1363
Query 1378 GCCTGAGAACTCAAGTGATGAAGAGGAAATAGTGGTTAAACATCCTGACTTGCATACTCT 1437
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 GCCTGAGAACTCAAGTGATGAAGAGGACATAGAGGTTAAACATCCTGACTTGCATACTCT 1423
Query 1438 GGATATAGAAGAAGGGGAAACAGATGATGATAATGATGTTCTGCTAAGCAGAAAACCAAG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1424 GGATATAGAAGAAGGGGAAACAGATGATGATAATGATGTTCTGCTGAGCAGAAAACCAAG 1483
Query 1498 CGAGAGCAGTGATTATGCTGGCAGTGATCTGTATGACTACAAGGGTTTTGGTGTTGAAGA 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 CGAGAGCAGTGATTATGCTGGCAGTGATCTGTATGACTACAAGGGTTTTGGTGTTGAAGA 1543
Query 1558 TTCAGATGCTGAGTCTCCTAGAGATATCCATTGTTCAGTCGAGAGTACAGACTTTTCCG- 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1544 TTCAGATGCTGAGTCTCCTAGAGATATCCATTGTTCAGTCGAGAGTACTGACTTT-CCGA 1602
Query 1617 CTAGAGTGAAAAAACATATTGAAGAACCTATTAAAGATATAGAAGTTTCTAGCGTTTCAC 1676
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 CTAGAGTGAAAAAACATATTGAAGAGCCTATTAAAGATATAGAAGTTTCTAGCGTTTCAC 1662
Query 1677 CTACTGAAAACTGTTATCAATCAGGGAGAGAGGCTATACCCTCAGTTACTCCCAGTACTC 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 CTACTGAAAACTGTTATCAATCAGGGAGAGAGGCTATACCCTCAGTTACTCCCAGTACTC 1722
Query 1737 CTCTCACGGCCCTTAGATACACAACATCAGCTGAGAAACCTGCAAGTAAAACTACTGGCT 1796
||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 CTCCCACTGCCCTCAGATACACAACATCAGCTGAGAAACCTGCAAGTAAAACTACTGGCT 1782
Query 1797 CATCAACAGTAAATTCGAAGCGTTCTTCGTCCTGGGGAAGAGGCAACGGCAAGAAAACAC 1856
|||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 CATCAACAGTCAATTCGAAGAGATCTTCATCCTGGGGAAGAGGCAACGGCAAGAAAACAC 1842
Query 1857 CTGCTAAAGGATCATTTGATTCCTCAGGAAATGACGAGCTTCTTATACAGAGGCTCGAGC 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1843 CTGCTAAAGGATCATTTGATTCCTCAGGAAATGACGAGCTCCTTATACAGAGGCTCGAGC 1902
Query 1917 ACATGAAAGATGAACTGCGACAACGAATCGCTAAGGAGGCTAAAGGAAATGCGGCTCTAC 1976
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 ACATGAAAGATGAGCTGCGGCAACGAATCGCTAAGGAGGCTAAAGGAAATGCGGCTCTAC 1962
Query 1977 AAGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAGCAGGCTTTGCACGAACGACGGTTGGCACTTGAACAAG 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1963 AAGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAGCAGGCTTTGCACGAACGTCGGTTGGCACTTGAACAAG 2022
Query 2037 ATGTGGGTAGATTACAAGAGCAACTGCAAGCTGAGAGAGACCTACGATCTGCTCTTGAAG 2096
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 ATGTGGGCAGATTACAAGAGCAACTGCAAGCTGAGAGAGACCTACGATCTGCTCTTGAAG 2082
Query 2097 TTGGTCTAAGCATTTCTTGTGGACAATTTAGCTCACAAGCTGCGGATTCCAAAACAAGGG 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2083 TTGGTCTAAGCATTTCTTGTGGACAATTTAGCTCACAAGCTTCGGATTCCAAAACAAGGG 2142
Query 2157 CAGAGCTTGAGGAGATTGCTCTTGCTGAAGCTGATGTCGCAAGGTTGAAGCAGAAAGTCG 2216
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2143 CTGAGCTTGAGGAGATTGCTCTTGCTGAAGCTGATGTCGCAAGATTGAAGCAGAAAGTCG 2202
Query 2217 CCGAATTACATCATCAGCT-AAGTCAGCAGCGACAGCATCACTTAAGTTCACTCCCAGAT 2275
| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 CAGAATTACATCATCAGCTTAA-TCAGCAGCGACAGCATCACTTAAGTTCACTCCCAGAT 2261
Query 2276 GCTCAAAGCCATCACCAGTTTCTCCATAATCACAATACTCAACTGAAGTCTTTTCAACAG 2335
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2262 GCTCAAAGCCATCACCAATTTCTCCATAATCACAATACTCAACTGAAGTCTTTTCAGCAG 2321
Query 2336 GACTTTGATTCCATTCTTGCTTTCGTTAATCACGAAAGAAATCAGAGAACGGATGAAACT 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 GACTTTGATTCCATTCTTGCTTTCGTTAATCACGAAAGAAATCAGAGAACGGATGAAACT 2381
Query 2396 AGCCTAAGAGCAGACTGGAGGAATGGCAGAGGAAACAACAGACAAGTACCAGGCTCACCA 2455
||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 AGCCTAAGAGCAGACTGGAGGAACGGTAGAGGAAACACCAGACAAGTACCAGGCTCACCA 2441
Query 2456 AGCTTGAATGCAGCATCCTTAGGCATCCCAATGGAAGAGTATTCTCCGGTAATGGACTAC 2515
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2442 AGCTTGAATGCAGCATCCTTAGGCATCCCAATGGAAGAGTTTTCTCCGGTAATGGACTAC 2501
Query 2516 GGAAGACATCATCATCCTCCTGCAACATCTGCAGCTCTCATGGAGCTAACCACTCGTCTG 2575
|||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 GGAAGAAATCACCATCCTCCTGCAGCATCTGCAGCTCTCATGGAGCTAACCACTCGTCTA 2561
Query 2576 GATTTCTTCAAGGAACGACGGTCACAACTTATGGAACAGATTCAGAATCTTGACCTCAAC 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 GATTTCTTCAAGGAACGACGGTCACAACTTATGGAACAGATTCAGAATCTTGACCTCAAC 2621
Query 2636 TATGGTTCCTCTTCTTCTTCTCTGCACCGATCCTCTTCTCCACCATGGAATTAGGCTCTT 2695
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2622 TATGGTTCCTCTTCTTCTTCTCTACACCGATCCTCTTCTCCACCGTGGAATTAGGCTCTG 2681
Query 2696 TGAGAAGCTCTTGTCCaaaaaaaT-AGAAAAATGTAAAGAAAGTCTCGTCTGTGCAGACT 2754
|| | |||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2682 TGTGGAGCTTTTGTCCAAAAACTTTAGAAAAATGTAAAAAAA-TCTCGTCTGTGCAGACT 2740
Query 2755 CTTCATGCTTGTAAAACCGGTTCAAGGTTAAACCAACTATATATTTACCACGAAATTGAT 2814
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2741 CTTCATGCTTGTAAAACCGGTTCAAGATCAAACCAACTATATATTTACCACGAGATTGAT 2800
Query 2815 GAGAAATTGTTTGCTCTTGCTTCGTTGTTAGTGTGATTTATGTGAGT 2861
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2801 AAGAAATTGTTTGCTCTTGCTTCTTTGTTAGTGTGATTTATGTGAGT 2847
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111604417850
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5