BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G12180.1
Length=1972
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488060 jgi|Araly1|488060|fgenesh2_kg.6__1194__AT5G12180.1 2996 0.0
Ahg326334 jgi|Araly1|326334|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001554 1707 0.0
> Ahg488060 jgi|Araly1|488060|fgenesh2_kg.6__1194__AT5G12180.1
Length=1940
Score = 2996 bits (1622), Expect = 0.0
Identities = 1789/1867 (96%), Gaps = 21/1867 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 aaaaaaagtaagagaagaaaaacacaaaaaaaaataaaaCCTTTCTATTTCTCTTCCTCC 65
||||||| ||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAAAA-TAAGAGAAG--AAAGAC---AAAATCTAAAACCTTTCTATTTCTCTTCCTCC 54
Query 66 TTTGAG-CTTTGACCTCTCCTCCATCTCCCCCACCCTTTTATGCAACAATGGGAAATTGT 124
|||||| |||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 TTTGAGCCTTT-A-C-CTCCTCCATCT-CCCCACCCTTTTATGCAACAATGGGAAATTGT 110
Query 125 TGCTCTCACGGACGGGACTCAGCCGATAAC-G-GA--G--ACGCATTGGAAAACGGAGCT 178
|||||||||||||||||||||||||||||| | || | || || ||||||||||||||
Sbjct 111 TGCTCTCACGGACGGGACTCAGCCGATAACGGAGATGGACACACACTGGAAAACGGAGCT 170
Query 179 TCCGCTTCAAATGCTGCCAATTCGACTGGTCCAACCGCGGAAGCTTCTGTACCACAATCA 238
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 171 ACCGCTTCAAATGCTGCCAATTCCACTGGTCCAACCGCGGAAGCTTCGGTACCACAATCG 230
Query 239 AAACATGCACCTCCTTCTCCTCCTCCTGCAACCAAACAAGGCCCTATAGGCCCTGTCTTA 298
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 231 AAACATGCGCCTCCTTCTCCTCCTCCGGCAACCAAACAAGGCCCTATAGGACCTGTCCTA 290
Query 299 GGTCGACCCATGGAAGATGTAAAAGCTTCATATTCTTTAGGGAAAGAGCTCGGGCGAGGC 358
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 GGTCGACCCATGGAAGATGTAAAATCTTCATATTCTTTAGGGAAAGAGCTCGGGCGAGGC 350
Query 359 CAATTTGGTGTCACACACCTCTGCACACAGAAGGCAACAGGTCATCAATTTGCTTGCAAG 418
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 CAATTCGGTGTCACACACCTCTGCACACAGAAGGCAACAGGTCATCAATTTGCTTGCAAG 410
Query 419 ACGATTGCAAAAAGAAAGCTTGTAAACAAGGAAGACATTGAGGATGTAAGAAGAGAAGTG 478
|| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 ACCATTGCGAAAAGGAAGCTTGTGAACAAGGAAGACATTGAGGATGTAAGAAGAGAAGTG 470
Query 479 CAGATAATGCATCACTTGACTGGTCAACCAAACATTGTGGAGCTTAAAGGGGCTTATGAG 538
||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 471 CAGATAATGCATCACCTGACTGGTCAGCCAAACATTGTGGAGCTTAAAGGAGCTTATGAG 530
Query 539 GATAAGCATTCCGTGCATTTGGTTATGGAGCTTTGCGCAGGTGGAGAGTTGTTCGATAGG 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 531 GATAAGCATTCCGTGCATTTGGTTATGGAGCTTTGCGCAGGTGGAGAGTTGTTCGATAGG 590
Query 599 ATTATTGCTAAAGGACATTACTCGGAGAGAGCAGCTGCTTCGTTGCTAAGAACGATTGTT 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 ATTATTGCTAAAGGACATTACTCGGAGAGAGCAGCTGCTTCGTTGCTAAGAACGATTGTT 650
Query 659 CAGATTGTGCATACTTGCCATTCCATGGGGGTGATTCACAGGGATTTGAAGCCAGAGAAC 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 651 CAGATTGTGCATACTTGCCATTCCATGGGGGTGATTCACAGGGATTTGAAACCAGAGAAC 710
Query 719 TTTCTCTTGCTCAACAAAGATGAGAATTCTCCTCTCAAAGCTACTGACTTTGGGTTGTCG 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 TTTCTCTTGCTCAACAAAGATGAGAATTCTCCTCTCAAAGCTACTGACTTTGGGTTGTCG 770
Query 779 GTTTTCTACAAGCCAGGAGAGGTATTCAAGGATATTGTGGGGAGTGCTTATTACATCGCA 838
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 GTTTTTTACAAGCCAGGAGAGGTGTTCAAGGATATTGTGGGGAGTGCTTATTACATCGCA 830
Query 839 CCTGAGGTTTTGAAAAGAAAGTATGGACCAGAGGCAGATATTTGGAGTATTGGTGTCATG 898
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 CCAGAGGTTTTAAAAAGAAAGTATGGACCAGAGGCAGATATTTGGAGTATTGGTGTCATG 890
Query 899 TTGTATATCCTCTTATGTGGTGTCCCGCCATTCTGGGCTGAGTCGGAGAACGGGATATTC 958
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 TTGTATATCCTCTTATGTGGTGTCCCACCATTCTGGGCTGAGTCGGAGAACGGGATATTC 950
Query 959 AACGCAATCCTTAGGGGACATGTTGATTTCTCAAGTGATCCATGGCCATCCATCTCGCCT 1018
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 951 AACGCCATCCTAAGGGGACATGTTGATTTCTCAAGTGATCCATGGCCATCTATCTCGCCT 1010
Query 1019 CAGGCAAAGGATCTTGTTAAGAAGATGCTCAACTCTGATCCAAAGCAAAGACTAACTGCT 1078
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1011 CAGGCGAAGGATCTTGTTAAGAAGATGCTCAACTCTGATCCCAAGCAAAGATTAACTGCT 1070
Query 1079 GCTCAAGTTCTCAACCATCCATGGATCAAGGAGGATGGAGAGGCACCAGATGTTCCTCTT 1138
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 GCCCAAGTTCTCAACCATCCATGGATCAAGGAGGATGGAGAGGCACCAGATGTTCCTCTT 1130
Query 1139 GATAATGCGGTGATGTCCAGGCTCAAACAATTCAAAGCAATGAACAATTTCAAGAAAGTT 1198
|| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 GACAATGCGGTGATGTCAAGGCTCAAGCAGTTCAAAGCAATGAACAATTTCAAGAAAGTT 1190
Query 1199 GCATTACGGGTGATAGCAGGCTGCTTATCAGAGGAAGAGATCATGGGGTTGAAGGAGATG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 GCATTACGGGTGATAGCAGGCTGCTTATCAGAGGAAGAGATCATGGGGTTGAAGGAGATG 1250
Query 1259 TTTAAAGGTATGGATACTGATAGTAGTGGAACAATTACACTCGAGGAGTTAAGACAAGGA 1318
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1251 TTTAAAGGTATGGACACTGATAGCAGTGGAACAATTACACTCGAGGAGTTAAGACAGGGA 1310
Query 1319 CTTGCTAAGCAAGGTACAAGGTTGTCAGAATATGAAGTTCAGCAGTTAATGGAAGCTGCT 1378
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1311 CTTGCCAAGCAAGGTACAAGGTTGTCAGAATATGAAGTTCAGCAGCTAATGGAAGCTGCT 1370
Query 1379 GATGCTGATGGTAATGGAACAATAGACTATGGCGAGTTTATCGCAGCCACAATGCATATC 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1371 GATGCTGATGGTAATGGAACAATAGACTATGGTGAGTTTATCGCAGCAACAATGCACATC 1430
Query 1439 AACAGACTTGACAGAGAAGAACATCTTTACTCAGCCTTCCAACACTTTGACAAAGACAAC 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 AACAGACTTGACAGAGAAGAACATCTTTACTCAGCCTTCCAACACTTTGACAAAGACAAC 1490
Query 1499 AGTGGATATATCACAATGGAAGAGCTAGAGCAAGCCCTACGGGAGTTTGGCATGAATGAT 1558
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 AGTGGATATATCACAATGGAAGAGCTGGAGCAAGCCCTCCGGGAGTTTGGCATGAATGAT 1550
Query 1559 GGCAGAGACATTAAGGAGATCATTTCCGAGGTTGATGGAGACAATGATGGTCGGATAAAC 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 GGCAGAGACATTAAGGAGATCATTTCCGAGGTTGATGGAGACAATGATGGTCGGATAAAC 1610
Query 1619 TATGATGAATTTGTGGCAATGATGAGAAAAGGAAACCCGGATCCAATCCCAAAGAAGCGG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1611 TATGATGAATTTGTGGCAATGATGAGAAAAGGAAACCCGGATCCAATCCCAAAAAAGCGG 1670
Query 1679 CGTGAACTTTCATTCAAATGAACACAATTGTTGAAGTAGAGGAAGAGAGGAGATAGAAAG 1738
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 CGTGAACTTTCATTCAAATGAACA-AATTGTTGAAGTAGAGGAAGAGAGGAGATAGAAAG 1729
Query 1739 AGAGTTACACACAGGGGTCGAGAAACTCATCTTCCTTT-CAAAATGAGAAATAAGGCAAA 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||
Sbjct 1730 AGAGTTACACACAGGGGTCGAGAAACTCATCTTCCTTTTCACAATGAGAGATAAGGCAAA 1789
Query 1798 GCAAATATCAAAGAAAAT-TATTCTAAAGTGGAGGAGATCTTTAAGGGAGGAGAAGGCTC 1856
|||||||||||| ||| | ||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1790 GCAAATATCAAA-AAAGTATATGCTCAACTGGAGGAGATCTTTAAGGGAGGAGAAGGATC 1848
Query 1857 AAGAAGG 1863
|||||||
Sbjct 1849 AAGAAGG 1855
> Ahg326334 jgi|Araly1|326334|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001554
Length=1578
Score = 1707 bits (924), Expect = 0.0
Identities = 1281/1455 (88%), Gaps = 18/1455 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 254 TCTCCTCCTCCTGCAACCAAACAAGGCCCTATAGGCCCTGTCTTAGGTCGACCCATGGAA 313
|||||||||||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 133 TCTCCTCCTCCTGCAACCAAACAAGGGCCAATTGGACCAGTCTTAGGGCGACCAATGGAA 192
Query 314 GATGT-AAAAGCTTCATATTCTTTAGGG-AAAGAGCTCGGG-CGAGGCCAATTTGGTGTC 370
||||| |||||| |||||| | || ||| || ||||| ||| || || || ||||| ||
Sbjct 193 GATGTAAAAAGC-TCATATACATT-GGGTAAGGAGCT-GGGTCGCGGACAGTTTGGGGTG 249
Query 371 ACACACCTCTGCACACAGAAGGCAACAGGTCAT-CAATTTGCTTGCAAGACGATTGCAAA 429
|| || |||||||| || ||||| ||||| | | ||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 250 ACCCATCTCTGCACCCAAAAGGCCACAGGGC-TGCAATTCGCTTGCAAGACCATTGCTAA 308
Query 430 AAGAAAGCTTGTAAACAAGGAAGACATTGAGGATGTAAGAAGAGAAGTGCAGATAATGCA 489
|| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 309 GAGGAAGCTGGTGAACAAAGAAGACATTGAGGATGTGAGAAGGGAGGTGCAGATAATGCA 368
Query 490 TCACTTGACTGGTCAACCAAACATTGTGGAGCTTAAAGGGGCTTATGAGGATAAGCATTC 549
||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 369 TCATTTGACCGGTCAGCCAAACATTGTGGAGCTTAAAGGAGCGTATGAGGATAAGCATTC 428
Query 550 CGTGCATTTGGTTATGGAGCTTTGCGCAGGTGGAGAGTTGTTCGATAGGATTATTGCTAA 609
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 429 TGTGCATTTGGTTATGGAGCTTTGCGCAGGCGGAGAGTTGTTTGATAGGATCATTGC-AA 487
Query 610 A-GGACATTACTCGGAGAGAGCAGCTGCTTCGTTGCTAAGAACGATTGTTCAGATTGTGC 668
| || |||||||| |||||||| || |||||||||||| | |||||||| |||||| | |
Sbjct 488 AGGGGCATTACTCTGAGAGAGCCGCGGCTTCGTTGCTACGGACGATTGTGCAGATTATCC 547
Query 669 ATACTTGCCATTCCATGGGGGTGATTCACAGGGATTTGAAGCCAGAGAACTTTCTCTTGC 728
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 548 ATACTTGCCATTCCATGGGGGTTATCCACAGGGATTTGAAGCCTGAGAACTTTTTGTTGC 607
Query 729 TCAACAAAGATGAGAATTCTCCTCTCAAAGCTACTGACTTTGGGTTGTCGGTTTTCTACA 788
| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||
Sbjct 608 TAAACAAGGATGAGAATTCTCCTCTGAAAGCCACCGACTTCGGGTTATCCGTGTTCTACA 667
Query 789 AGCCAGGAGAGGTATTCAAGGATATTGTGGGGAGTGCTTATTACATCGCACCTGAGGTTT 848
||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 668 AGCCAGGAGAGGTGTTCAAAGACATTGTAGGAAGTGCCTATTACATTGCACCAGAGGTGT 727
Query 849 TGAAAAGAAAGTATGGACCAGAGGCAGATATTTGGAGTATTGGTGTCATGTTGTATATCC 908
||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 728 TGAGGAGGAAGTATGGACCAGAGGCTGATATTTGGAGCATCGGTGTCATGTTGTATATCC 787
Query 909 TCTTATGTGGTGTCCCGCCATTCTGGGCTGAGTCGGAGAACGGGATATTCAACGCAATCC 968
|||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 788 TCTTGTGTGGTGTTCCACCTTTCTGGGCTGAGTCGGAGAATGGGATATTCAACGCCATCC 847
Query 969 TTAGGGGACATGTTGATTTCTCAAGTGATCCATGGCCA-TCCATCTCGCCTCAGGCAAAG 1027
| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| | ||| || || |||||||||
Sbjct 848 TAAGTGGACAGGTTGATTTTTCAAGCGATCCATGGCCAGT-CATTTCACCACAGGCAAAG 906
Query 1028 GATCTTGTTAAGAAGATGCTCAACTCTGAT-CCAAAGCAAAGACTAACTGCTGCTCAAGT 1086
|| || |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 907 GACCTCGTTAGGAAGATGCTCAACTCTGATCCCAAA-CAAAGATTAACCGCTGCTCAAGT 965
Query 1087 TCTCAACCATCCATGGATCAAGGAGGATGGAGAGGCACCAGATGTTCCTCTTGATAATGC 1146
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 966 TCTCAACCATCCATGGATCAAGGAAGATGGAGAAGCACCAGATGTTCCTCTTGACAATGC 1025
Query 1147 GGTGATGTCCAGGCTCAAACAATTCAAAGCAATGAACAA-TTTCAAGAAAGTTGCATTAC 1205
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1026 AGTGATGTCTAGGCTCAAGCAATTCAAAGCAATGAACAACTTT-AAGAAAGTTGCTTTAC 1084
Query 1206 GGGTGATAGCAGGCTGCTTATCAGAGGAAGAGATCATGGGGTTGAAGGAGATGTTTAAAG 1265
|||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1085 GGGTGATAGCCGGGTGCTTATCAGAGGAAGAAATCATGGGGTTAAAGGAGATGTTCAAAG 1144
Query 1266 GTATGGATACTGATAGTAGTGGAACAATTACACTCGAGGAGTTAAGACAAGGACTTGCTA 1325
| ||||| || || | || ||||| || || || || ||| ||||||| |||||||| |
Sbjct 1145 GAATGGACACCGACAACAGCGGAACCATAACTCTTGAAGAGCTAAGACAGGGACTTGCCA 1204
Query 1326 AGCAAGGTACAAGGTTGTCAGAATATGAAGTTCAGCAGTTAATGGAAGCTGCTGATGCTG 1385
|||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1205 AGCAAGGTACAAGGTTATCCGAATACGAAGTCCAGCAATTAATGGAAGCTGCTGATGCAG 1264
Query 1386 ATGGTAATGGAACAATAGACTATGGCGAGTTTATCGCAGCCACAATGCATATCAACAGAC 1445
| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 1265 ACGGTAATGGAACAATAGACTATGGGGAGTTCATTGCAGCTACAATGCACATCAACAGGC 1324
Query 1446 TTGACAGAGAAGAACATCTTTACTCAGCCTTCCAACACTTTGACAAAGACAACAGTGGAT 1505
| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1325 TCGACAGAGAAGAGCATCTCTACTCAGCCTTCCAACACTTTGACAAAGACAACAGCGGAT 1384
Query 1506 ATATCACAATGGAAGAGCTAGAGCAAGCCCTACGGGAGTTTGGCATGAATGATGGCAGAG 1565
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1385 ATATCACAATGGAAGAGCTAGAGCAAGCCCTTCGGGAGTTTGGCATGAACGATGGCAGAG 1444
Query 1566 ACATTAAGGAGATCATTTCCGAGGTTGATGGAGACAATGATGGTCGGATAAACTATGATG 1625
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |
Sbjct 1445 ACATTAAGGAAATCATTTCTGAGGTTGATGGAGACAACGATGGGAGGATAAACTACGAGG 1504
Query 1626 AATTTGTGGCAATGATGAGAAAAGGAAACCCGGATCC-AATCCCAAAGAAGCGGCGTGAA 1684
|||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||| |||||||||||||||
Sbjct 1505 AATTTGTGGCGATGATGAGAAAAGGTAACCCAGATCCTAA-CCCGAAGAAGCGGCGTGAA 1563
Query 1685 CTTTCATTCAAATGA 1699
|| ||||||||||||
Sbjct 1564 CTGTCATTCAAATGA 1578
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74123616770
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5