BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G12370.1
Length=2815
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488085 jgi|Araly1|488085|fgenesh2_kg.6__1219__AT5G12370.1 4466 0.0
> Ahg488085 jgi|Araly1|488085|fgenesh2_kg.6__1219__AT5G12370.1
Length=2730
Score = 4466 bits (2418), Expect = 0.0
Identities = 2555/2622 (97%), Gaps = 5/2622 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGAGCTCATAGTTGTGAAAAGTCCGCCATTGAAGACCGTCTCTCTTTTCTCCGTCTTTTT 60
||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1 GGAGCTCGTAGTTGTGAAAACTCCGCCATTGTAGACCGTCTCT-ATTTCTCCGTCTTTCT 59
Query 61 CTCCCTGCAGTTACCGGATTCCTCCGGCTAGATCTCTCCGTTCATCGCCGATGACAGAAG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 60 CTCCCTGCAGTTACCGGATTCCTCCGGCTAGATCTCTCCGTTCACCGCCGATGACAGAAG 119
Query 121 GAATCAGAGCAAGAGGACCCAGATCATCCTCTGTTAACTCTGTTCCTCTGATTCTTGACA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GAATCAGAGCAAGAGGACCCAGATCATCCTCTGTTAACTCTGTTCCTCTGATTCTTGACA 179
Query 181 TTGAAGACTTTAAGGGTGATTTTTCATTTGATGCATTATTTGGGAACCTGGTAAACGACC 240
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTGAAGACTTCAAGGGTGATTTTTCATTTGATGCATTATTTGGGAACCTGGTAAACGACC 239
Query 241 TCTTGCCGTCTTTCCTAGACGAAGAAGCAGATTCTGGGGATGGCCATGGCAACATTGCTG 300
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCTTACCGTCTTTCCTAGACGAAGAAGCAGATTCTGGGGATGGCCATGGCAACATTGCTG 299
Query 301 GAGTTGATGGTTTGACAAATGGGCATTTACGTGGACAGTCTGCTCCTTTGTCCTCTGCTC 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GAGTTGATGGTTTGACAAATGGGCATTTACGTGGGCAATCTGCTCCTTTGTCCTCTGCTC 359
Query 361 CtttttttCCTGAAGTAGATGGTCTTTTGTCTCTGTTCAAAGATGCTTGCAAGGAGTTAG 420
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTTTTTTCCCTGAAGTAGATGGTCTTTTGTCTCTGTTCAAAGATGCTTGCAAGGAGTTAG 419
Query 421 TTGATCTTCGGAAGCAGGTTGATGGAAGGCTCAATACACTAAAGAAGGAAGTTTCAACCC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTGATCTTCGGAAGCAGGTTGATGGAAGGCTCAATACACTAAAGAAGGAAGTTTCAACCC 479
Query 481 AAGATTCTAAACACCGGAAGACACTGACTGAGATAGAGAAGGGTGTGGACGGTCTGTTTG 540
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 AAGATGCTAAACACCGGAAGACACTGACTGAGATAGAGAAGGGTGTGGACGGTTTGTTTG 539
Query 541 AGAGCTTTGCAAGGTTGGACGGTCGTATTTCAAGTGTTGGACAGACCGCTGCAAAAATAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGAGCTTTGCAAGGTTGGACGGTCGTATTTCAAGTGTTGGACAGACCGCTGCAAAAATAG 599
Query 601 GAGATCATTTGCAGAGTGCAGATGCTCAGCGGGAAACTGCTAGCCAGACGATAGATCTTA 660
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 600 GAGATCATCTGCAGAGTGCAGATGCTCAGCGGGAAACTGCTAGCCAGACAATAGATCTTA 659
Query 661 TAAAGTACCTAATGGAGTTCAACGGCAGCCCAGGGGATCTTATGGAGCTTTCCGCTTTGT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAAAGTACCTAATGGAGTTCAACGGCAGCCCAGGGGATCTGATGGAGCTTTCCGCTTTGT 719
Query 721 TTTCTGATGATAGCCGCGTAGCTGAGGCTGCTTCTATCGCTCAGAAATTACGATCCTTTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTTCTGATGATAGCCGCGTAGCTGAGGCTGCTTCTATTGCTCAGAAATTACGATCCTTTG 779
Query 781 CTGAGGAAGACATTGGAAGGCAAGGTG-CGAGTGCAGCTGCAGGAAATGCTACCCCTGGC 839
||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CTGAGGAAGACATTGGAAGGCAAGGTGCCG-GTACAGCTGCAGGAAATGCTACCCCTGGC 838
Query 840 CGAGGACTGGAAGTTGCAGTTGCTAATCTTCAGGATTACTGTAATGAATTGGAGAACAGG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CGAGGACTGGAAGTTGCAGTTGCTAATCTTCAGGATTACTGTAATGAATTGGAGAACAGG 898
Query 900 CTTTTATCTCGTTTTGATGCTGCATCACAGCGGAGAGATTTATCAACCATGTCAGAATGC 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 899 CTTTTATCTCGTTTTGATGCTGCATCACAGCGGAGAGATTTATCCACCATGTCAGAATGT 958
Query 960 GCTAAGATTTTGTCACAGTTTAACAGGGGTACAAGTGCTATGCAACATTATGTGGCTACA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GCTAAGATTTTGTCACAGTTTAACAGGGGTACAAGTGCTATGCAACATTATGTGGCTACA 1018
Query 1020 CGTCCAATGTTTATTGATGTGGAAGTCATGAATTCAGACATTAGGTTGGTTCTTGGTGAC 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CGTCCAATGTTTATTGATGTGGAAGTCATGAATTCAGACATTAGGTTGGTTCTTGGTGAC 1078
Query 1080 CATGGTTCTCAGCCTAGTCCTAGCAATGTTGCCCGTGGACTTTCTGCTTTATTCAAGGAA 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1079 CATGGTTCTCAGCCTAGTCCTAGCAATGTTGCCCGTGGACTTTCAGCTTTATACAAGGAA 1138
Query 1140 ATTACAGACACCGTACGCAAAGAAGCAGCGACCATTACAGCTGTTTTCCCGACTCCAAAT 1199
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1139 ATTACAGACACTGTACGCAAAGAAGCAGCGACCATTACAGCCGTTTTCCCTACTCCAAAT 1198
Query 1200 GAAGTTATGGCGATCTTAGTTCAGAGAGTTCTGGAGCAGCGTGTCACAGGTATTCTAGAC 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1199 GAAGTTATGGCGATCTTAGTTCAGAGAGTTCTGGAGCAGCGTGTCACAGGTATTCTTGAC 1258
Query 1260 AAAATTTTGGCGAAGCCCTCTCTTATGAGTCCACCACCTGTGCAAGAAGGCGGACTGTTA 1319
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAAATTTTGGCGAAGCCCTCTCTTATGACTCCACCACCTGTGCAAGAAGGCGGACTGTTA 1318
Query 1320 CTATACCTTAGAATGTTAGCAGTTGCATATGAGAGAACACAAGAACTTGCTAAAGACCTC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CTATACCTTAGAATGTTAGCAGTTGCATATGAGAGAACACAAGAACTTGCTAAAGACCTC 1378
Query 1380 CGAGCTGTTGGATGTGGTGACCTGGATGTTGAAGATTTGACAGAGTCCTTGTTTTCCTCG 1439
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CGAGCTGTTGGATGCGGTGACCTGGATGTTGAAGATTTGACAGAGTCCTTGTTTTCCTCG 1438
Query 1440 CACAAGGATGAATACCCTGAGCATGAGCGGGCCTCCTTAAAACAACTATATCAAGCAAAG 1499
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CACAAGGATGAATACCCTGAGCATGAGCAGGCCTCCTTAAAACAACTATATCAAGCAAAG 1498
Query 1500 ATGGAAGAATTGCGTGCTGAGAGTCAGCAAGTCTCAGAGTCATCTGGGACAATAGGACGC 1559
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATGGAAGAATTACGTGCTGAGAGTCAGCAAGTCTCAGAATCATCTGGGACAATAGGACGC 1558
Query 1560 TCTAAGGGTGCTTCAATATCATCATCTCTGCAGCAGATATCAGTCACCGTTGTCACAGAT 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 1559 TCTAAGGGTGCTTCAATATCATCATCTCTGCAGCAGATATCAGTCACTGTTGTGACGGAG 1618
Query 1620 TTTGTTCGATGGAATGAAGAAGCAATAACCAGATGCACATTGTTTTCATCTCAGCCAGCC 1679
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTTGTTCGATGGAATGAAGAAGCAATAACTAGATGCACACTATTTTCATCTCAGCCAGCC 1678
Query 1680 ACACTTGCAGCCAATGTTAAAGCTATATTTACTTGCCTGCTAGACCAGGTGAGCGTATAC 1739
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1679 ACACTTGCTGCCAATGTTAAAGCTATATTTACTTGCCTGCTAGACCAGGTGAGCATATAC 1738
Query 1740 ATAACTGAGGGACTTGAACGGGCAAGGGATAGCCTGTCTGAAGCTGCAGCATTGAGGGAG 1799
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1739 ATAACTGAAGGACTTGAACGGGCAAGGGATAGCCTGTCTGAAGCTGCAGCGTTGAGGGAG 1798
Query 1800 AGATTTGTTTTGGGCAGAAGAGTAgctgctgcagctgcttctgctgcagaagctgctgct 1859
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AGATTTGTTTTGGGCAGAAGAGTGGCTGCTGCAGCTGCTTCTGCTGCAGAAGCTGCTGCT 1858
Query 1860 gctgctgGTGAAAGTAGCTTTAAATCCTTCATGGTTGCTGTGCAACGTTGCGGTAGCAGT 1919
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GCCGCTGGTGAAAGTAGCTTTAAATCCTTCATGGTTGCTGTGCAACGTTGCGGTAGCAGT 1918
Query 1920 GTTGCTATAGTTCAGCAGTATTTTGCAAATTCTATATCTCGGCTTCTCCTACCAGTGGAT 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GTTGCTATAGTTCAGCAGTATTTTGCAAATTCTATATCTCGGCTTCTCCTACCAGTGGAT 1978
Query 1980 GGTGCACATGCTGCTTCATGTGAAGAAATGTCAACTGCTCTGTCCAAAGCAGAGGCAGCT 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 GGTGCACATGCTGCTTCATGTGAAGAAATGTCAACTGCTCTGTCCAAAGCAGAGGCAGCT 2038
Query 2040 GCTTATAAAGGACTTCAGCAGTGCATTGAAACTGTGATGGCTGAGGTTGATAGGCTACTT 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 GCTTATAAAGGACTTCAGCAGTGCATTGAAACTGTGATGGCTGAGGTTGATAGGCTACTT 2098
Query 2100 TCATCTGAGCAGAAGTCTACTGATTATAGATCAACTGATGATGGAATTGCTTCTGACCAC 2159
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCATCTGAGCAGAAGTCTACCGATTATAGATCACCTGATGATGGAATTGCTTCTGACCAC 2158
Query 2160 CGTCCAACAAATGCCTGCATAAGGGTCGTGGCTTATCTTTCCCGGGTACTTGAGTCTGCT 2219
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CGCCCAACAAATGCCTGCATAAGGGTTGTGGCTTATCTTTCCCGGGTACTTGAGTCTGCC 2218
Query 2220 TTCACTGCCTTGGAAGGTCTTAATAAGCAAGCCTTCCTGACTGAACTGGGAAATAGGTTA 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2219 TTCACTGCCTTGGAAGGTCTTAATAAGCAAGCCTTCCTGACTGAACTGGGAAATAGGCTA 2278
Query 2280 GAAAAACTGCTACTAACACACTGGCAGAAGTTCACTTTCAATCCCAGTGGAGGACTGCGG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 GAAAAACTGCTACTAACACACTGGCAGAAGTTCACTTTCAATCCCAGTGGAGGACTGCGG 2338
Query 2340 CTGAAGCGTGACTTAAACGAGTATGTAGGATTTGTTAAAAGCTTCGGTGCTCCATCTGTG 2399
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2339 CTGAAACGTGACTTAAACGAGTATGTAGGATTTGTTAAAAGCTTTGGTGCTCCATCTGTG 2398
Query 2400 GATGAGAAATTTGAGCTTCTGGGAATAATAGCGAATGTTTTCATAGTTGCTCCAGATAGT 2459
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2399 GATGAGAAATTTGAGCTTCTGGGAATAATCGCCAATGTTTTCATCGTCGCTCCAGATAGT 2458
Query 2460 CTGCCAACATTGTTCGAGGGAAGTCCAAGCATTCGCAAAGACGCACAAAGGTTTATTCAA 2519
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2459 CTGCCGACTTTGTTCGAGGGAAGTCCAAGCATTCGCAAAGACGCGCAAAGGTTTATTCAA 2518
Query 2520 CTGAGGGAGGACTATAAGAGTGCGAAGCTGGCAACAAAACTCAGCTCCTTGTGGCCAAGC 2579
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 CTTCGGGAGGACTATAAGAGTGCGAAGCTGGCAACAAAACTCAGCTCCTTGTGGCCAAGC 2578
Query 2580 TTGAGCTGATCTC-TCAATGTTTAAAGAACACACTTGAACCA 2620
||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2579 TTGAGCTGATCTCATCAATGTTTAAAGA-CACTCTTGAACCA 2619
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106233693305
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5