BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G12400.1
Length=5334
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488087 jgi|Araly1|488087|fgenesh2_kg.6__1221__AT5G12400.1 7350 0.0
> Ahg488087 jgi|Araly1|488087|fgenesh2_kg.6__1221__AT5G12400.1
Length=4746
Score = 7350 bits (3980), Expect = 0.0
Identities = 4446/4674 (95%), Gaps = 19/4674 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGCTGGTTGGTAAAGTCGTTAGGAAGGAGATCCAAGGGATTGGGTTTTGCTCCGGG 60
|||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGTTGGTGGGTAAAGTCGTTCGGAAGGAGATCCAAGGGATTGGGTTTTGCTCCGGG 60
Query 61 ACGGTTCGATCTCGCGATTCGTCTGGATTTTTCGAGATCGTTTATGAGAACGGTGTTACG 120
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 61 ACGGTTCGATCTCGCGATTCGTCTGGAGTTTTCGAGATCGTTTACGAGAACGGAGTCACG 120
Query 121 GAGATTTCGGAATTGGATGAGGTTGTTGCTCTCGTGATGGGAGATGGTAAATCTCAGGAG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGATTTCGGAATTGGATGAGGTTGTTGCTCTCGTCATGGGAGATGGTAAATCTCAGGAG 180
Query 181 AATTCGGTTCCAGTGAAGAAGAAGAGAGTTGGTAGGAAGCCGAAGAAACGGTCTCGTGTT 240
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AATTCGGTTCCAGT---GAAGAAGAGAGTTGGTAGGAAGCCGAAGAAACGGTCTCGTGTC 237
Query 241 GCGAGGGTGGTTGAGATCAAGCGAGAGAGCTCTGGGTTGAATGAGGTAAATGTCGATTTA 300
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GCGAGGATGGTTGAGATCAAGCGAGAAAGCTCTGAGTTGGATGAGGTAAATGTCGATTTA 297
Query 301 AATGATGGAGTTGCGGAGAATTCGGGAGTTAGTGAGGAGAATTTGAGAGGGAATGTTGAT 360
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 AATGATGGAGTTACGGAGATTTCGGGAGTTAGTGATGTGAATTTGAGAGGGAATGTTGAT 357
Query 361 TTGAATTGTGGTCCTGTGGAAACCCTAGGTAGGACATGGGACTCCTCTGTCACGGATTTG 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||
Sbjct 358 TTGAATTGTGGTCCTGTGGAAACCCTAGGTAGGACATGTGA---CTCTGTGACGGATTTG 414
Query 421 AATAGGACGGTGTCGGAATCGGAAACTGGATTTGATTTGACTACTGGGTTGGATTGGAAT 480
|||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 415 AATAGGACGGTGCCGCAATCGGAAACTGGGTTTGATCTGACTACCGGGTTGGATTGGAAT 474
Query 481 TCGAATGAAAATCTAGGTTTGGTTAATGTAAATATCGATTATGAAGAAAATTGTAGTGAC 540
|| |||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 475 TCCAATGAAGGTTTAGGTTTGATTAATGTGAATATCGATTATGAAGACAATTGTAGTGAC 534
Query 541 AAACGGAAGTGGGATATTGATCTGAACATGGATGCGAGCTGTGATTTGGACAATGCTGCT 600
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 AAAAGGAGGTGGGATATTGATCTGAACATGGATGCGAGCTGTGATTTGGACAATGCTGCT 594
Query 601 ATCTGTGATTTCAGTGGGCAGAAGAGGGAGGTAGGATTTGATTTGAACGTGGAGGTTGAT 660
||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GTCTGTAATTTCAATGGGCAGAAGAGGGAGGGAGGATTTGATTTGAACGTGGAGGTTGAT 654
Query 661 GTAGAGAACAGCAAGGATGAG-GAGTACAGTCAAATGAATGGAAATGACATTGTTCAAGA 719
||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 655 GTAGAGAACAGCAAGGATG-GCGAGTACATTCAAATGAATGGAAATGACATTGTTCAGGA 713
Query 720 AATCAACATGCAGGACGGAAATGGTGCCCAGGATAATATTGAGACTGGGGAATATAAAGA 779
|||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 AATCAACATGCAAGACGGAAATGTTGTCCATGATAATATTGAGACTGGGGAATATAAAGA 773
Query 780 AGTTCATGTTGCTGAAGTGTCCAGCGCTGAGCTTTTGGAGGAGATACAGAAGCAGAACAT 839
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 AGTTCATGTTGCTGAAGTGTCCAGCGCTCAGCTTTTGGAGGAGATACAGAAGCAGAACAT 833
Query 840 TGTTTCACCGCAAGATCTCAAGAATCTTAATTCTAATGGGGTTGAG-AAGGATCCTGATC 898
||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| || |||| ||| |
Sbjct 834 TGTTTCACCGCAAGATCCCAATAATCCTAATTCTAATGGGGTTGAGCAA-GATCATGAGC 892
Query 899 TACCTCATCATGATGCTAAGACTGTTGATGAGACTCTCTCTGATAGGGGAAATTCAGGTG 958
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 893 TACCTCAGCATGATGCTAAGACTGTTGATGAGTCTCTATCTGATAGGGGAAATTCAGATG 952
Query 959 AATATACAAGTGGTAGGAGGAAAAGAAGAAAAGCTTCTGACAATCCAAAATTCATGAGTG 1018
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 AATATGGAAGTGGTAGGAGGAAAAGAAGAAAACCTTCTGACAATCCAAAATTCATGAGTG 1012
Query 1019 AACCTCAGTTGAGAAGAAGCGCTCGTAGAAGGTTAGCTCGATCGCCTGTCAGTAGTACTG 1078
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1013 AACCTCGGTTGAGAAGAAGCGCTCGTAGAAGGTTAGCTCGATCTCCTGTCAGTAGTACTG 1072
Query 1079 TAACAGCTTGCTTTGTTGAGGAAGTATCCCCTTCTCCTTCAATTAGTAGTCTGACAGAGG 1138
||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TAACAGCGTGCTTAGTTGATGAAGTATCCCCTTCTCCTTCAATTAGTAGTCTGACAGAGG 1132
Query 1139 AGAAAACTTGGATTGTTGATGGAAAAGCTGATAATATTTCTGCACTCCCGCCAAAGCCAC 1198
||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1133 AGAAAACTTGG---GTCGATGGAAAAGCTGAGAATATTTCTGCCCTCCCGCCAAAGCCAC 1189
Query 1199 AATTACCTCCATCCTCCCCTATTTTGGATTTAGACGGTCTTCCTGTACTTGATGTCTTTA 1258
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1190 AATTACCTCCATCCTCCCATATTTTGGATTTAGATGGTCTTCCCGTACTTGATGTCTTTA 1249
Query 1259 CTGCTTACTCTTGTCTGAGGTCCTTCAGTACTTTGCTGTTTTTGAGTCCTTTTGAGCTGA 1318
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1250 CTACTTACTCTTGTCTGCGGTCCTTCAGTACTTTGCTGTTTTTGAGTCCCTTTGAGCTGA 1309
Query 1319 AGGATTTTGTGGAAGCATTGAGGTGCATGTCTCCTAGTCTATTATTTGATAGCATCCATG 1378
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 AAGATTTTGTGGAAGCATTGAGGTGCATGTCTCCTAGTCTATTATTTGATAGCATCCATG 1369
Query 1379 TTTCTGTCTTGCAAATATTAAGAAAACATTTGAAACAACTCGCTGCTGAAGGTGACCTAT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1370 TTTCTGTCTTGCAAATATTAAGAAAACATTTGAAACAACTCGCTGCTGAAGGTGAACTAT 1429
Query 1439 CTGCGTCTGCTTGTCTGAGGAGTCTTGATTGGGATACGTTGGATGTGGTTACATATCCCC 1498
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1430 CTGCGTCTGCTTGCCTGAGGAGTCTTGATTGGGATACGTTGGATGTGGTCACATACCCCC 1489
Query 1499 TTTTTGTGGTTGAATACCTACTATGTTCTGGGTCCAAAGACAACCCTGGATTGGATCTTA 1558
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 TTTTTGTGGTTGAATACCTACTATTTTCTGGGTACAAAGACAACCCTGGATTGGATCTTA 1549
Query 1559 CTCGGCTGAACTTTTTCAGAAACGATTATTTCAGACAACCCGTGAATCTGAAAATTGAGA 1618
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1550 CTCGGTTGAACTTTTTCAGAAACGAGTATTTCAGACAACCCATGAATCTGAAAATTGAGA 1609
Query 1619 TACTTAGTCGTTTGTGCGATGATATGACAGATGCTGAAGTCGTGAGGGCAGAGCTTAATA 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1610 TACTTAGTCGTTTGTGCGATGATATGACAGATGCTGAAGTTGTGAGGTCAGAGCTTAATA 1669
Query 1679 AAAGATCTTTTGCAGCTGAGTTTGAAATGGAACTTGATAGGAAGACGAACACAGAAGTGC 1738
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1670 AAAGATCTTTTGCAGCTGAGTTTGAAACGGAACTTGATAGGAAGACAAACACAGAAGTTC 1729
Query 1739 GACGTAGAAAGCGAACTATGATGGAGCTGGCTGATGATTTTTCTTTAAATAACGAGGTCA 1798
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1730 GACGCAGAAAGCGAACTATGATGGAGCTGGCAGATGATTTATCTTTTAATAACGAGGTCA 1789
Query 1799 TTGATACTTCATTTGACCGGAACAGTGACGACTGCTGTTTCTGTAAAATGGATGGGAGCT 1858
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1790 TTGATACCTCATTTGACCGGAACAGTGACGACTGCTGTTTTTGTAAAATGGATGGGAGCT 1849
Query 1859 TACTGTGCTGTGATGGTTGTCCGGCTGCATATCATTCTAAGTGTGTCGGTCTTGCCAGTC 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 TACTGTGCTGTGATGGTTGTCCGGCTGCATATCATTCTAAGTGTGTCGGTCTTGCCAGTC 1909
Query 1919 ACCTTTTGCCTGAGGGGGACTGGTACTGTCCTGAATGTGCATTTGATCGGCGTGCACCAG 1978
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1910 ACCTTTTGCCTGAGGGTGACTGGTACTGTCCTGAATGTGCATTTGATCGGCGTGTACCAG 1969
Query 1979 GATTGAAGCCTGATAAGCAAATTCGAGGCGCAGAGTTTATAGAGATTGATCCGCATGGTC 2038
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1970 GATTGAAGCCTGAAAAGCAAATTCGAGGCGCAGAGTTTATAGAGATTGATCCCCATGGTC 2029
Query 2039 GAAAATACTACAGCAGTTGTGGCTACTTATTGGTGATAGATACAGATGGCACAGGCTCAT 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 GAAAATACTACAGCAGTTGTGGCTACTTATTGGTGATAGATACAGATGGCACAGGCTCAT 2089
Query 2099 TGAACTACTATCATGTGACTGATGTGAACCTTGTGCTGGAGCAGCTAAAGTCATGCAGTA 2158
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2090 TTAACTACTATCATGTGAATGATGTGAACCTTGTGCTGGAACAGCTAAAGTCATGCAGTA 2149
Query 2159 GTTTCTAT-GCTGGCGTAGTAAGTGCAATTAGAAAACACTTGGATATCCCTGTTAGGCCA 2217
|||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||
Sbjct 2150 GTTTCTATAG-TGGCGTAGTAAGGGCAATTAAAAAACACTGGGATATCACTGTTGGGCCA 2208
Query 2218 GTAAGGACAATCAGCGGTCTGAATTCCCAAATGTCTGTATGCATGGATAAGTCAGTCAAA 2277
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2209 ATAAGGACAATCAGCGGTGTGAATTCCCAAATGTCTGTATGCCTGGATAAGTCTGTCAAA 2268
Query 2278 GGAATGATTCCTTCGATTGATGGGTTTGGGGCTCCTCTACCAGCTTCAGAGAAACAGTCA 2337
| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2269 GAAATGATTCCTTCTATTGATGGGTTTAAGGCTCCTCTACCAGCTTCAGAAAAACAGTCA 2328
Query 2338 ACATCTGGTGCTaaaaaaaaGCTGAACAAAGCAACCAGCAATGGATGGTCACATAATCAT 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 ACATCTGGTGCTAAAAAAAAGCTGAACAAAGCATCCAGCAATGGATGGTCACATAATCAT 2388
Query 2398 GGTCCTAGGACTCGCCGGAAGATATCAGATTCAGCTACTGCGCTAGATATCCTTAATATG 2457
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2389 GGTCCTAGGACTCGTCGGAAGATATTAGATTCAGCTACTGGGCTAGATATCCTTAATATG 2448
Query 2458 AGTTCTGAAGGATCTGCTGAAACTGTACAAAATGGTTCAGATGTCCAGAGACTTCATGAG 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2449 AGTTCTGAAGGATCTGCTGAAACTGTACAAAATGGATCAGACGTCCAGAGACTTCATGAG 2508
Query 2518 CCAGCATCATCAAGCATGTTGGATATCATGAAAGAGCCAAATATGAATTCCCAAAATTTG 2577
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2509 CCAGCATCATCAAGCATTTTGGATATCATGGAAGAGCCAAATATGAATTCCCATAATTTG 2568
Query 2578 GCTAAAATAAACACACGGAAAGGAACTAAACCAAATGTGCAGACTGAAACAGGCTACAGA 2637
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2569 GCTAGAATAAACACACGGAAAGGAATTAAACCAAATGTGCAGAGTGAAACAGGCTACAGA 2628
Query 2638 AACCAATACATATTTGCTCAGATGACTAGATCAGTTTATGAAGAGATGATACGTAAGTCA 2697
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 AACCATTACATATTTGCTCAGATGACTAGATCAGTTTATGAAGAGATGATACGTAAGTCA 2688
Query 2698 CCAATCCGTACCAATGATATGAGATCTGATGAAGAAATAGCTTCTACCCAGGTGAGGACT 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2689 CCAATCCGTACCAATGATATGAGATCTGATGAAGAAATAGCTTCTACCCAGGTGAAGACT 2748
Query 2758 ATATTGATGAAAACCACCAAATTTCAATGGCGAAACATCCAAAGTCTCTACCTAGATGCA 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2749 ATATTGATGAAAACCACCAAATTTCAATGGCGAAACATCCAAAGCCTCTACCTAGATGCG 2808
Query 2818 TGGAAAGAAAATTGTGGATGGTGTCATTCCTGCAAAAATTCTTCTGAGGATGCCGGTACT 2877
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2809 TGGAAAGAAAAATGTGGATGGTGTCATTCCTGCAAAAGTTCTTCTGAGGATGCTGGTAGT 2868
Query 2878 GAGATAAATTGTTTGTTTAATATGAGTCTCGGGGCTTTACGAGGTCTTTCGGAAAGTGAA 2937
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 GAGATAAATTGTTTGTTTAATATGAGTCTTGGGGCTTTACGAGGTCTTTCGGAAAGTGAA 2928
Query 2938 GTAGCTAACATTCAATCCTTTGAGAAGAACAGTCATCTTCTGGCCATCATATGCCAGATT 2997
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2929 GTAGCTAACATTCAATCCATTGAGAAGAACAGTCATCTTTTGGCCATCATATGCCAGATA 2988
Query 2998 CTTTCCTTGGAAAGTCGACTACAAGGACTTTTGGTTGGTCCATGGTTGAATCCACAGCAC 3057
|||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2989 CTTTCCATGGAAAGTCGACTGCAAGGACTCTTGGTTGGTCCATGGTTGAATCCGCAGCAC 3048
Query 3058 TCCAGCTTTTGGCGTGAACACATTCTGAAGGCATCAAATATCTCAAGCTTGAAACATTTA 3117
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 TCCGGCATTTGGCGTGAACACATTCTGAAGGCATCAAATATCTCAAGCTTGAAACATTTA 3108
Query 3118 TTGGTTG-ATCTAGAGGCAAATTTGCATCATCGTGTACTTTCACTTGAGTGGCTAAGCCA 3176
||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 TTGGTTGAAT-TAGAGGCAAGTTTGCATCATCGTGTACTTTCACTTGAGTGGCTAAGCCA 3167
Query 3177 TGTCGATGCTGCCGTAGTGATGGGCTCAGCTATACATATTCTAATTGCTTCGACACGATC 3236
||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3168 TGTCGATGCTGCCGTGGTAATGGGATCAGCAATACATATTCTCATTGCTTCGACACGATC 3227
Query 3237 ATGGTCAAAGACTGCTATTGGTAAAAGAAGGGGGACATTGTTGGATTCTGGGGTTAACCC 3296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3228 ATGGTCAAAGACTGCTATTGGTAAAAGAAGGGGGACATTGTTGGAGTCTGGGGTTAACCC 3287
Query 3297 TACTGCAAAGAAAAATGGTGGATTGACCATGTGCTGGTGGAGAGGCGGGCAACTTTCACG 3356
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 3288 TACTGCAAAGAAAAATGGTGGATTGACCATGTGTTGGTGGAGAGGTGGGCAGCTCTCACG 3347
Query 3357 ACGGTTATTCAATTGGAAGGTTTTACCTCGCGCTTTAATCTCGAAGGCTGCTAGACAAGG 3416
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3348 GCGGTTATTCAATTGGAAGGTTTTACCTCGCTCTTTAATCTCGAAGGCTGCTAGACAAGG 3407
Query 3417 TGGAAGTATGAATATTCCAGGAATATTTTATCCGGAGAATTCAGAGTCTGCTAAGAGAAG 3476
||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3408 TGGAAGTATGAGTATTCCAGGAATATTGTATCCTGAGAATTCAGAGTCTGCTAAGAGAAG 3467
Query 3477 CCGACGTGTTGCCTGGGAAGCAGCGGTGGAGTCATCTACGACTTCAGAGCAGCTCGGTTT 3536
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3468 CCGACGTGTTGCCTGGGAAGCAGCTGTTGAGTCATCTACGACTTCAGAGCAGCTCGGTTT 3527
Query 3537 GCAGATTAGGACACTCCAATCTTACATAAAGTGGGATGATATTGAAAACAGTCATCTTCT 3596
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3528 GCAGGTGAGGACACTCCAATCTTACATAAAGTGGGATGATATTGAAAACAGTCATCTTCT 3587
Query 3597 TCCTACATTAGACAAAGAATCCAGAAAATCTGCCAGGCTATTCAAAAAAGCAATTGTCCG 3656
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3588 TCCTACATTGGACAAAGAATCCAGAAAATCTACCAGGCTATTCAAAAAAGCGATTGTCCG 3647
Query 3657 TAGGAAGTGCACGGAGGAAGAGACTGTGAAATATCTCCTTGACTTTGGTAAGAGGAGAAA 3716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3648 TAGGAAGTGCACGGAGGAAGAGACTGTGAAATATCTCCTTGACTTTGGTAAGAGGAGAAA 3707
Query 3717 TATTCCGGATGTTGTGTCGAAGAATGGTTGCATGGTTGAAGAATCCTCGAGTGGAAGAAA 3776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3708 TATTCCGGATGTTGTGTCGAAGAATGGTTGCATGGTTGAAGAATCCTCGAGTGGAAGAAA 3767
Query 3777 AAGGTTCTGGCTGAATGAATCACATGTGCCTTTACATCTTGTGAAAGGATTTGAAGAGAA 3836
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3768 AAAGTTCTGGCTGAATGAATCACATGTGCCTTTACATCTTATGAAAGGATTTGAAGAGAA 3827
Query 3837 AAAAGCTGTACGGAAAACTAGCAAGCCAGGAGGCTCTTTCAGACACTCTGAGATAGGA-A 3895
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3828 AAAAGCTGTACGGAAAACTAGCAAGTCAGGAGGCTCTTTCAGACACTCTGAGATAC-ACA 3886
Query 3896 AATTACGGAAAAGGTCCTCAGAGGGAAAAGGATTCTCATACCTATTTGAAAGGGCAGAAA 3955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3887 AATTACGGAAAAGGTCCTCAGAGGGAAAAGGATTCTCATACCTATTTGAAAGGGCAGAAA 3946
Query 3956 GATCTGAATCCTCCTTGTGTGAGCAATGTAAGAAAGTTGTGCCTTTGAGTGAAGCTGCAA 4015
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3947 GATCTGAATCCTCTTTGTGTGAGCAATGTAAGAAAGATGTGCCTTTGAGTGAAGCTGCAA 4006
Query 4016 GCTGCCACATCTGCAAAGGAGTATTTCACAAAAAGCATATCAGGAGGGGAGAGAAGGAAG 4075
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |
Sbjct 4007 GCTGCCACATCTGCAAAGGAGTATTTCACAAAAAGCATATAAAGAGGGCAGAGAAGGAGG 4066
Query 4076 GCATGTACATATGTGTTCCATGCAAAAGTGAAGTGCTATCAAAAGAACAACCCACCGTAC 4135
|||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 4067 GCATGTACATCTGTCTTCCATGCAGAAGTGAAGTGATAGCAAAAGAACAACCCACCGTAC 4126
Query 4136 GAAAAAGAGGGCGGCCCCCTGGGAGTTTCCGGaaaaaaaTTGGAGTTCAGACGCAAAAGC 4195
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4127 GAAAAAGAGGGCGGCCGCCAGGGAGTTTCCGGAAAAAAATTGGAGTTCAGACACAAAAGC 4186
Query 4196 GTAAAAAAGTCATAGCTGCTCGCAAATCACCTCGGTTAAAGAAGACTAAGACTTCAATGG 4255
||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4187 GTAAAAAGGTCATACCTGCTCGCAAATCACCTCGGCTAAAGAAGACTAAGACCTCAATGG 4246
Query 4256 CAGAGAGAATTGCCATAAGGTTAAAGAATCATAAAAAGGTTGTTGCAAGCAAACCATTGC 4315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4247 CAGAGAGAATTGCCATAAGGTTAAAGAATCATAAAAAGGTTGTTGCAAGCAAACCATTGC 4306
Query 4316 GACGTTCTGGCAGGCAATTGAAGCATGTTATTCGGCTGCAGGATGAAAGTAAAGTCCCTG 4375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4307 GACGTTCTGGCAGGCAATTGAAGCATGTTATTCGGCTGCAGGATGAAAGTAAAGTTCCTG 4366
Query 4376 AAGGGAGTAAGAAACGGAAACTGGAAACCAAAAGAGGCAGAGGTAGACCTAAGAAAGTAA 4435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4367 AAGGGAGTAAGAAACGGAAACTGGAAACCAAAAGAGGTAGAGGCAGACCTAAGAAAGTAA 4426
Query 4436 AACAAGAGATCTCCATTAGAAAGGCGAGAACAGATAGGTGCTTGAACTATTGGTTAAATG 4495
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||
Sbjct 4427 AACAAGAGATCTCCATTAGAAAGGAGAGAACAGATAGGTGTTTGAGCTATTGGTTGAATG 4486
Query 4496 GCCTCCTTTTGTCCCGAAAGGCTGGCAATGAACGGGTCCATCAGTTCCACAGAGAGAGAT 4555
|||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| |||||| | ||| ||||
Sbjct 4487 GCCTCCTTTTGTCCAGAAAGGCTGACGATGAACGGGTTCATAAGTTCCGGAAAGATAGAT 4546
Query 4556 ATTATGTTCCCTTGGAGAACTCTGATTCTGATCATGATCAACCTAAGTGTCACTTATGTG 4615
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4547 ATTATATTCCCTTGGAGAACTCTGATTCTGATCATGATCAACCTAAGTGTCACTTATGTG 4606
Query 4616 GCTCAATTGAATCTAAATCTGGATCAACTTTCATTTCTTGCGAATTATGTGGAG 4669
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||
Sbjct 4607 GCCCAATTGAATCTGAATCTGGATCAACTTTCATTGCTTGCGAAATCTGTGGAG 4660
Score = 58.4 bits (31), Expect = 5e-07
Identities = 31/31 (100%), Gaps = 0/31 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4670 AATGGTACCACGGAGATGCTTATGGGCTTAA 4700
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4716 AATGGTACCACGGAGATGCTTATGGGCTTAA 4746
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 201971539911
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5