BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G12430.1
Length=3994
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488090 jgi|Araly1|488090|fgenesh2_kg.6__1224__AT5G12430.1 6192 0.0
> Ahg488090 jgi|Araly1|488090|fgenesh2_kg.6__1224__AT5G12430.1
Length=3963
Score = 6192 bits (3353), Expect = 0.0
Identities = 3782/3986 (95%), Gaps = 41/3986 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCAAGTTCGGCGAATTGAATCCCGCCTTCTCTGGTGCGGGTCGAAGCAGCAGCAAT 60
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCAAGTTCGGCGACTTGAATCCCGCCTTCTCTGGTGTGGGTCGAAGCAGCAGC--- 57
Query 61 AATAACCCTGACGCGAGTTTCAATTCTGCGCCTTTTCCACGGTCGTCTTCTGGTCTCTCT 120
|||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 58 AATAACCCCGACGCGAGTTTCAATTCAGCGCCGTTTCCGCGGTCATCTTCTGGTCTCTCT 117
Query 121 AAGCCTAGATTCTCTAAGGTGAGAAGGCAAGTAAAGTCTCAGAATTTGAAGCCCTCGGGG 180
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 AAGCCCAGATTCTCCAAGGTGAGAAGGCAAGTAAAGTCTCAGAATTTGAAGCCCTCGGGG 177
Query 181 ACTTCTGATTCCTTACCGGGTCAGAGTTTTAACCCGTTTCACTTCCGTGGATCTTTTTCC 240
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||
Sbjct 178 ACTTCTGATTCTTTACCGGGTCAGAGTTTCAACCCGTTTCACTCCCGTGGGTCTTTTGCC 237
Query 241 GGTGATCCAACTCCTAGTGAGATCGGATTTGGACGGAGCAGCAATGAGGGTTTTGTATTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 238 GGTGATCCAACTCCTAGTGAGATCGGATTTGGACGGAGCAGCAATGAGGGTTTTGTA-TT 296
Query 301 GGTGGATCATCTCATGTTGATAAATTGCAATCTGATGAAAAAATTGGGATAAGAGTTATG 360
||||||| || |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 297 --TGGATCAACTGATGTTGGGAAATTGCACTCTGATGATGAAATTGGGAAAAGAGTTATG 354
Query 361 GAAGAGATGGAAAGGTTGAAAATTGAGAGTGAAGGAAAGGCTTCAAGGCTTCCTGAAGAT 420
|| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 355 GAGGAGATGGAAAAGTTGAAAATTGAGAGTGAAGGAAAGGCTTCAAAGCTTCCTGAAGAT 414
Query 421 ATGCAGAATTTGAATTCTAGCTTCAGTTTTGGTGTAAAGAAGGGAAGCAATAACTCCGTT 480
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 415 ATGAAGAATTTGAATTCTAGCTTTAGTTTTGGTGTAAAGAAGGGAAGCAAT---TCAGTT 471
Query 481 TTTGCA---ACTG-TGGAACTTCCAACTCTGTTAAGTAATAAACTGATTATTGATTCATC 536
|||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 472 TTTGCAGCGAAAGAT-GAACTTCCAACTTTGTTAAGTAATAAACTGACTATTGATTCTTC 530
Query 537 TTCGAGGAGTACAGGACACGTGATCCAGGAAAGTATGGAGAAGTTGAATATTTCGGAGAG 596
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 531 TTCGAGGAGTACAGGACATGTGATCCAGGAAAGTATGGAGAAGTTGAATATTTCAGAGAG 590
Query 597 GGGGACTGATCAGAAACAGAATAATAACGTCAAATCCAAAGTGTCTATGGATTATGTTGG 656
|| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 GGTGACTGATCAGAGACATAGTAATAACGTCAAATCCAAAGTGTCTATGGATTATGTTGG 650
Query 657 GGAGAAGATACTATCTGATGATTTGAGTAGAAAGTTAAGTGTTGGAAGTATGACTACTGA 716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 651 GGAGAAGATACTATCTGATGATTTGAGTAGAAAGTTAAGTGTTGCAAGTATGACTACTGA 710
Query 717 TGGGAATCATTCTGGAGATTCATTTCAGGGAAGTGTAAATGAGAAGAAAGTCCATGATTT 776
|||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||
Sbjct 711 TGGGAACCTTTCTGGAGATTCAGTTCAGGGAAGTGTGAATGGGAAGAACGTCCATGATTT 770
Query 777 TAACAGTTCATGTCCGATGAACTATAGTTTTGTAGGTACAGAGCCAAGTCAAAATCTGAA 836
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 TAATAGTTCATGTCCGATGAACTATAGTTTTGTAGGTACAGAGCCAAGTCAAAATCTGAA 830
Query 837 TGCTAGAAATGTCCATGATGTGTCCTCTACAGTAAATACTTCAGATTTTAATTTTGTGAG 896
|||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||
Sbjct 831 TGCTAGAAGTGTTCATGATGTTTCCTCTACAGTAAATACTTCCGAGTTTAATTTTTTGAG 890
Query 897 TAATCAAGACAGTGTGAAG-ACAGGTTTTATGGAATTCAAGACCCCTAATTCGAAAGTAA 955
||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 TAATCAAGACAGT-CGGGGTACAGGTTTTATGGAATTCAAGACCCCTAATTCGAAAGTAA 949
Query 956 ACCCATTTTCTAGTTTGGACCAGAAATTGGGGTTCAATGCGAAGAAGGACAGTGTTGGGG 1015
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 950 ACCCATTTTCTAGTTTGGACCAGAAATTGGGGTTCAATGCGAAGAAGGACAGTGTTGGTG 1009
Query 1016 CTACTACGAGAGCGAGAAGGAAAGGGGGTAAGCAGCCTGTGAAAGTGCAGCTAAATATTG 1075
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 C--C-ACGAGAGCGAGAAGGAAAGGGGGTAAGCAGCCTGTGAAAGTGCAGCTAAATATTG 1066
Query 1076 GACGTGAGTTTGCTTTTGCAGAAAGTGCTATTCCAAATGGAAGCAATGAGGCTCCTGAGG 1135
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 GACGTGAGTTTGCTTTTGCAGAAAGTGCTACTCCAAATGGAAGCAATGAGGCTCCTGAGG 1126
Query 1136 CGTATTCACCGATGGATATTTCTCCATATGAGGAGACAGAAGTTTGTAGAGAATTTTCTG 1195
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||
Sbjct 1127 CGTATTCACCTATGGATATTTCTCCATATGAGGTGACAGAAGATTGTGGAGACTTTTCTG 1186
Query 1196 CTGATATACCACCTACTGCTCCAAATTATTTGTTTGATGCAGAGCTAGTTGCTGCAACCG 1255
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 CTGATATACCACCTACTGCTCCAAATGATTTGTTTGATGCAGAGCTAGTTGCTGCAACCG 1246
Query 1256 AGAGGATGGAAATTAATGAGGGGGATGAAGTTAATAACTATCAAGCTGAAGAATTTAATA 1315
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1247 AGCGGATGGAAATTAATGAGGGGGATGAAGTTAATAACTATCAAGCTAAAGAATTTAATA 1306
Query 1316 CTGGGAATTGTGCTGATCATGAAGACCTTGCTGGAGATTCTATATCTGGAGCTGAAACTG 1375
|||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1307 CTGGAAAATGTGCTGATCATGAAGACCTTGCTGAAGGTTCTAGATCTGGAGCTGAAACTG 1366
Query 1376 AAAGTTTTAAATCAGCAGCCGAAGAGATGGAAACTAGTAGTGAAACTTTTGCTACAGCTT 1435
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 AAAGTTTTAAATCAGCAGCGGAAGAGATGGAAACTAGTAGTGAAACTTTTGCTACAGCTT 1426
Query 1436 CAGAAAGTGAGGTTACTTCACGATATAAGTCTGATAGGAAAGAAAATGATGACCATTCCC 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 CAGAAAGTGAGGTTACTTCACGATATAAGTCTGATAGGCAAGAAAATGATGACCATTCCC 1486
Query 1496 TTTCTAATACAGATGCTGCTAGCTCCAGCTTTACCTTTTCTGCTTCATCATTTTCGGGAG 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 TTTCTAATACAGATGCTGCTAGCTCCAGCTTTACCTTTTCTGCTTCATCATTTTCGGGAG 1546
Query 1556 TGCAGGGGCCACTATCAACTTCGAAGCGTATCAATAGGAAGAAAAACCCGATTAAACTTG 1615
||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1547 TGCAGGGGCAACTATTAACTTCAAAGCGTATCAATAGGAAGAAAAACCCAATTAAACTTG 1606
Query 1616 GGCAGGATCCATATATCCTAATTCCAAATGCTACACTACCATTAAAATCTTCACAACATT 1675
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1607 GGCAGGATCCATATATCCTAATTCCAAATGCAACACTACCATTAAAGTCTTCACAACATT 1666
Query 1676 CTCCGTTAACTGGTGTGCAGTCACATTTTTCCACAGGGAAACCCAGTGAAAGGGATCCGC 1735
||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1667 CTCCGTTAACTGGTGTGCAGTCACACTTGCCCACTGGGAAACCCAGTGAAAGGGATCCAC 1726
Query 1736 TTACTCGTCTACACAAGCCTATTAATAATTCTGTGATGGAAAAAGCACGAATCGAAAAAG 1795
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1727 TTACTCGTCTACACAAGCCTATTAATAGTTCTGTGATGGACAAAGCACGAATCGAAAAAG 1786
Query 1796 ATGTGTCTAATGCAGCGCAAGAAGCATGTGAAAAGTGGCGATTAAGAGGAAACAATGCTT 1855
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 ATGTGTCTAATGTAGCGCAAGAAGCATGTGAAAAGTGGCGATTAAGAGGAAACAATGCTT 1846
Query 1856 ATAAAATTGGAGATCTTTCCAGAGCTGAGGAATCTTACACTCAAGGGATTGATTCAGTGC 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 ATAAAATTGGAGATCTTTCCAGAGCTGAGGAATCTTACACTCAAGGGATTGATTCAGTGC 1906
Query 1916 CTAGAATCGAAACTTCTAGAAACTGTCTCAGGGCATTAATGCTTTGCTATAGCAACCGTG 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1907 CTAGAATCGAAACTTCTAGAAACTGTCTCAGGGCATTGATGCTTTGCTACAGCAACCGTG 1966
Query 1976 CTGCAACACGCATGGCCCTTGGAAGAATGAGAGAAGCAATAGCAGATTGTACGATGGCTT 2035
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 CTGCGACACGCATGGCCCTTGGAAGAATGAGAGAAGCAATAGCAGATTGTACGATGGCTT 2026
Query 2036 CTTCAATAGACTCCAACTTCCTTAAAGTTCAAGTCAGAGCTGCAAATTGTTACCTTTCAC 2095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2027 CTTCAATAGACTCCAACTTCCTTAAAGTTCAAGTCAGAGCTGGAAATTGTTACCTTTCAC 2086
Query 2096 TTGGGGAGATTGAAGATGCATCCAGGTATTTCAAAAAATGCTTGCAATCAGGAAGTGACA 2155
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2087 TTGGGGAGATTGAAGATGCTTCCAGGTATTTCAAAAAATGCTTACAATCCGGAAGTGACA 2146
Query 2156 TCTGTGTGGACCGTAAAATTATTGTCGAGGCTTCTGAAGGTCTACAAAAGGCGCAGAGAG 2215
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2147 TTTGTGTGGACCGTAAAATTATTGTAGAGGCTTCTGAAGGTCTACAAAAGGCACAGAGAG 2206
Query 2216 TTTCTGAATGCATGCATGAAGCTGGCCGTCGTTTGCAACTTAGAACATTAACTGATGCTG 2275
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2207 TTTCCGAATGCATGCATGAAGCTGGTCGTCGTTTGCAACTTAGAACATCAACTGATGCTG 2266
Query 2276 AAAAAGCTTTGGAAATATTGGAAGATTCTCTTTTGATAAGTACATACTCTGAAAAGTTAC 2335
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2267 AAAAAGCTTTGGAAATACTGGAAGAATCTCTTTTGATAAGTTCATACTCTGAAAAGTTAC 2326
Query 2336 TCACTATGAAGGGAGAGGCGCTCTTGATGCTTGAGAAGTATGACGCAGCAATAAAGCTTT 2395
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2327 TCACCATGAAAGGAGAGGCGCTCTTGATGCTTGAGAAGTATGAAGCAGCAATAAAGCTTT 2386
Query 2396 GTGAGCAGACAGTTGATTTGGCTGGAAAGAATTCTCCTCCAGATTCTCATGACACTCCCA 2455
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 GTGAGCAGACAGTTGATTTGGCTGGAAAGAATTCTCTTCCAGATTCTCATGACACTCCCA 2446
Query 2456 AGGACATAAACTTTAGAATTTGGCAGTGTCATCTCATGCTTAAATCA-AGTTTCTATATG 2514
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||
Sbjct 2447 AGGACACAAACTTTAGAATTTGGCAGTGTCATGTCATGCTTAAATCATA-TTTCCATATG 2505
Query 2515 GGAAAGCTTGAGGAGGCGATTGCGTCTCTAGAGAAGCAAGAACAACTACTATCTGCTACA 2574
||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 GGAAAGCTTGAGGAGGCAAGTGCTTCTCTAGAGAAGCAAGAACAACTACTATCTGCTACA 2565
Query 2575 AAAAGAGAAGGAAACAAAACTCTTGAATCCTCCATTCCGTTGGCTGCTACTATACGTGAG 2634
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2566 AAAAGAGACGGAAACAAAACTCTTGAATCCTCCATTCCATTGGCTGCTACTATACGTGAG 2625
Query 2635 TTGTTGCGCCTTAAGGCGGCAGGGAATGAAGCCTTTCAGTCTGGACGACACACTGAAGCA 2694
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 TTGTTGCGCCTTAAGTCGGCAGGGAATGAAGCCTTTCAGTCTGGACGACACACTGAAGCA 2685
Query 2695 GTTGAACATTACACAGCAGCCCTGGCTTGCAATGTGGAATCACGTCCTTTTACAGCTGTG 2754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2686 GTTGAACATTACACAGCAGCCCTGGCTTGCAATGTGGAATCACGTCCTTTTACAGCTGTG 2745
Query 2755 TGTTTCTGTAATCGTGCAGCTGCATATAAGGCTCTTGGTCAATTTTCTGACGCTATTGCA 2814
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2746 TGTTTCTGTAATCGTGCTGCTGCATATAAGGCTCTTGGTCAATATTCTGACGCTATTGCA 2805
Query 2815 GACTGCAGCCTTGCTATTGCTCTTGACCAAAATTACTCAAAGGCTATTTCTAGACGGGCC 2874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2806 GACTGCAGCCTTGCTATTGCTCTTGACCAAAATTACTCAAAGGCTATTTCTAGACGGGCC 2865
Query 2875 ACGTTGTTCGAGATGATTAGGGATTATGGGCAGGCAGCAAGTGATATGGAGAGATATGTT 2934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2866 ACGTTGTTCGAGATGATTAGGGATTATGGGCAGGCAGCAAGTGATATGGAGAGATATGTT 2925
Query 2935 AATATTCTAACCAAGCAAATGGAAGAGAAGACCTCTGGAACCCTTGACAGATCTACTAGT 2994
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2926 AATATTCTAACCAAGCAACTGGAAGAGAAGACCTCTGGAATTATTGACAGATCCACTAGT 2985
Query 2995 ATGTCCAATGACATAAGACAAGCTCGTATACGACTTTCTGAACTGGAAGAGAAATCAAGG 3054
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2986 ATGGCCAATGACATAAGACAAGCTCGTATACGACTTTCTGAACTGGAAGAGAAATCAAGG 3045
Query 3055 AAAGAAAATTCATTGGATATGTACCTCGTCTTGGGTGTTGTACCATCATGCTCGGCTTCA 3114
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3046 AAAGAAAGTTCATTGGATATGTACCTCGTCTTGGGTGTTGTACCATCATGCTCGGCTTCA 3105
Query 3115 GATATCAGAAAGGCATATAGGAAGGCCGCACTCAAACATCATCCCGACAAGGCTGGTCAG 3174
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3106 GATATCAGAAAGGCGTATAGGAAGGCCGCACTCAAACATCATCCCGACAAGGCTGGTCAG 3165
Query 3175 TCTTTGACAAGAAACGAGACTAAAGATGAGAGGTTATGGAAGGAGATAGGGGAAGAAGTG 3234
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3166 TCTTTGACAAGAAACGAGACTAAAGATGAGAGGTTATGGAAGGAGATAGGAGAAGAAGTG 3225
Query 3235 CGCAAAGATACCGATAAATTATTTAAAATGATTGGGGAAGCGTATGCTGTGCTTTCAGAC 3294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 CGCAAAGATACCGATAAATTATTTAAAATGATTGGGGAAGCGTATGCTGTGCTTTCAGAC 3285
Query 3295 CCTGCAAAGCGTTCTCAGTATGATCTTGAAGAAGAGATGCATAATTCGCAAAAGAGACGT 3354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3286 CCTGCAAAGCGTTCTCAGTATGATCTTGAAGAAGAGATGCATAATTCGCAAAAGAGGCGT 3345
Query 3355 GATGGAAGCAGCACATCTGGAGCAGACACAGATAATTATCCTTTCCACAGCAGTAGAAGA 3414
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3346 GATGGAAGCAGCACATCTGGAGCAGACACGGATAATTATCCTTTCCAAAGCAGTAGAAGA 3405
Query 3415 AACTGGAGGGAAGGATGGAGTTCACGTAAAGACCCATCAACTCCGAGGTGGTTTGATCCA 3474
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3406 AACTGGAGGGAGGGATGGAGTTCACGTAAAGACCCATCAACTCCGAGGTGGTTTGATCCA 3465
Query 3475 AACCGATCAAACAGATACCCGT---AACTGTAATCATCTCGAAGGTATCGTTTACCAAAT 3531
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 3466 AACCGATCAAACAGATACCCGTTGTAACTGTAATCATCTGGTAGGTATCGTTTACCAAAT 3525
Query 3532 TCCTCAGCAG-TAAAGTTGATTCCTCCTGCAAATACACAGGCCGGTAAGGCACTG-ATAG 3589
|||||||||| || ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||
Sbjct 3526 TCCTCAGCAGCTAC-GTTGAGTACTCCTGCAAATACTCAGGCTGGTAAGGCA-TGGATAG 3583
Query 3590 TATTATCTTCATGGAAGAAGATACACATTACACGATTGAGATGCCGGAAATCTACGCAAG 3649
|||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3584 TATTATATTCGTGGAAGAAGATACACATCACACGATTGAGATGCCGGAAATTTACGCAAG 3643
Query 3650 TAATGGAGAAAAGGAAGAATTCTCTCTATTGTATACTCGTTTTGTTCATGAGGTAGAGAC 3709
|||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 3644 TAATGGAGAAAAAGAAGGAGTCTCTGTATTGTATACTCGTTTTGTTCGTGAGGTATAGAC 3703
Query 3710 TTC-A--TTGTTCCCCATGTGAAGAAACATTGTACAGGGTCACAGGGAACGTAGAGTGGG 3766
||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3704 TTCGACGTTGTTCTCCATATGAAGAAACATTGTACAGG-TCACAGGGAACGTAGAGTGGG 3762
Query 3767 CGATTGAAGGAGACATACATATAAAGT-TATGttttttttGTTATGTT-CTTTGGGTCGT 3824
|||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||| ||||||| ||| |||||||
Sbjct 3763 TGATTGAAGGAGACATACATATAGAGTGTTTTTTTTTTTT-TTATGTTTCTTGGGGTCGT 3821
Query 3825 GAAGAAAGACAATGTGTGGTCTCTCTTGTT-TTAACCCTTTTGATTGTAGATTGTCTCAA 3883
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3822 GAAGAAAGACAATGTGTGATCTCTCTTGTTGTTAACCCTTTTGATTGTAGATTGTCTCAA 3881
Query 3884 TTCATTGATTTCTGCAAAAGAGTCAT-TAAGCTATTTGATTTTGCATTTATGAAAAATAT 3942
|||||||||||||| |||| | || | ||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3882 TTCATTGATTTCTGGAAAA-ATTCTTCTAA---ATTTGTTTTTGCATTTATGAAAAATAT 3937
Query 3943 ATGTTGTTTGAATGTTTGTAGAAATT 3968
||| |||||| ||||||||| |||||
Sbjct 3938 ATGATGTTTGCATGTTTGTAAAAATT 3963
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150974392091
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5