BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13010.1
Length=4306
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488117 jgi|Araly1|488117|fgenesh2_kg.6__1251__AT5G13010.1 5193 0.0
Ahg912828 jgi|Araly1|912828|Al_scaffold_0001_3082 130 9e-29
> Ahg488117 jgi|Araly1|488117|fgenesh2_kg.6__1251__AT5G13010.1
Length=3983
Score = 5193 bits (2812), Expect = 0.0
Identities = 3029/3133 (97%), Gaps = 18/3133 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 976 TAGTCCTCACGGAGACAGAGGCTCTAGTTACAGCAGGCGACCTCAACCTTCTCCATCACC 1035
||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 866 TAGTCCTCACGGAGATAGAGACTCTAGTTACAGCAAGCGACATCAGCCTTCTCCATCACC 925
Query 1036 CATGTTAGCTGCAGCTTCACCTGATGCTCGTTTAGCCTCCCCGTGGCTGGATACACCACG 1095
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 CATGTTAGCTGCAGCTTCACCTGATGCTCGTTTGGCCTCCCCGTGGCTGGATACACCACG 985
Query 1096 TTCAACTATGTCTTCTGCTTCTCCATGGGATATGGGTGCACCTTCTCCTATTCCAATTCG 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 986 TTCAACTATGTCTTCTGCTTCTCCATGGGATATTGGTGCACCTTCTCCTGTTCCAATTCG 1045
Query 1156 GGCTTCTGGATCATCTATCAGATCCTCAAGCTCTAGGTATGGTGGAAGATCCAATCAGCT 1215
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1046 GGCTTCTGGATCATCTATCAGATCCTCAAGTTCTAGGTATGGTGGAAGATCCAATCAACT 1105
Query 1216 TGCATATTCTAGGGAAGGTGATCTGACAAATGAGGGGCATTCAGATGAGGATAGATCGCA 1275
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 GGCATACTCTAGGGAAGGTGATCTGACAAATGAGGGGCATTCAGATGAGGATAGATCGCA 1165
Query 1276 AGGAGCTGAAGAATTTAAACATGAGATCACAGAAACAATGCGTGT-GGAAATGGAATATC 1334
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |
Sbjct 1166 AGGAGCTGAAGAATTTAAACATGAGATCACAGAAGCAATGCGT-TCGGAAATGGAATACC 1224
Query 1335 A-GTCAGATCGTGCATGGTATGATACAGACGAAGGGAACTCACTGTTTGATGCGGACAGT 1393
| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 ACG-CAGATCTTGCATGGTATGATACAGACGAAGGGAACTCACTGTTTGATGCGGACAGT 1283
Query 1394 GCATCCTTTTTTCTTGGAGATGATGCTTCTCTACAGAAGAAGGAAACTGAACTGGCAAAG 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1284 GCATCCTTTTTTCTTGGAGATGATGCTTCTCTACAAAAGAAGGAAGCTGAGCTGGCAAAG 1343
Query 1454 AGACTGGTTAGAAGAGACGGTAGCAAAATGTCACTCGCTCAGAGTAAAAAATATTCTCAG 1513
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 AGACTGGTTAGAAGGGACGGTAGCAAAATGTCACTCGCTCAGAGTAAAAAATATTCTCAG 1403
Query 1514 CTCAATGCGGATAATGCTCAATGGGAAGACCGCCAGCTTCTCAGATCTGGAGCTGTTAGA 1573
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 CTTAATGCGGATAATGCTCAATGGGAAGACCGCCAGCTTCTCAGATCTGGAGCTGTTAGA 1463
Query 1574 GGCACAGAAGTGCAGACTGAGTTTGATAGCGAAGAAGAACGGAAAGCAATTCTTCTTGTA 1633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1464 GGCACAGAAGTGCAGACTGAGTTTGATAGCGAAGAAGAACGAAAAGCAATTCTTCTTGTA 1523
Query 1634 CATGATACGAAGCCTCCTTTCCTTGATGGAAGAGTCGTTTACACAAAGCAAGCAGAGCCA 1693
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1524 CATGATACGAAGCCTCCTTTCCTTGACGGAAGAGTCGTTTTCACAAAGCAAGCGGAGCCA 1583
Query 1694 GTAATGCCTGTAAAGGATCCCACATCAGACATGGCTATAATTTCACGAAAAGGCTCAGGT 1753
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1584 GTAATGCCTGTAAAGGATCCCACATCAGATATGGCTATAATTTCACGAAAAGGATCAGGT 1643
Query 1754 CTTGTCAAAGAAATTCGGGAGAAACAAAGTGCGAATAAGTCACGACAGCGATTCTGGGAG 1813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 CTTGTCAAAGAAATTCGGGAGAAACAAAGTGCGAATAAGTCACGACAGCGATTCTGGGAG 1703
Query 1814 CTTGCAGGTTCTAATCTTGGTAATATCCTTGGTATTGAAAAATCAGCCGAGCAGATTGAT 1873
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 CTTGCAGGTTCTAATCTTGGTAATATCCTTGGTGTTGAAAAATCAGCCGAGCAGATTGAT 1763
Query 1874 GCCGATACTGCTGTAGTTGGTGACGACGGTGAAGTAGATTTTAAAGGTGAGGCTAAATTT 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1764 GCCGATACTGCTGTAGTTGGTGACGACGGTGAAGTAGATTTTAAAGGCGAGGCTAAATTT 1823
Query 1934 GCACAACATATGAAGAAGGGAGAAGCTGTGAGTGAATTTGCCATGTCAAAGACCATGGCA 1993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1824 GCACAACATATGAAGAAGGGAGAAGCTGTGAGTGAATTTGCCATGTCAAAGACCATGGCA 1883
Query 1994 GAGCAACGGCAGTATCTTCCCATATTTTCTGTTAGAGATGAACTATTGCAGGTAATAAGA 2053
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 GAGCAACGGCAATATCTTCCCATATTTTCTGTTAGAGATGAACTATTGCAGGTAATAAGA 1943
Query 2054 GAAAACCAGGTGATAGTGGTGGTTGGCGAAACTGGTTCGGGAAAGACCACTCAACTTACA 2113
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1944 GAAAACCAGGTGATTGTGGTGGTTGGCGAAACTGGTTCGGGAAAGACCACTCAACTT--A 2001
Query 2114 CAGTATCTTCATGAGGATGGTTACACTATAAATGGTATAGTTGGTTGCACCCAACCAAGG 2173
| | | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2002 C---A----C---AGGATGGGTACACTATAAATGGTATAGTAGGTTGCACCCAACCAAGG 2051
Query 2174 CGTGTAGCAGCCATGAGTGTTGCAAAGAGAGTTAGTGAAGAGATGGAAACAGAGTTGGGC 2233
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2052 CGTGTAGCAGCCATGAGTGTTGCAAAGAGAGTTAGTGAAGAGATGGAAACAGAGTTAGGC 2111
Query 2234 GATAAAATTGGTTATGCAATTCGTTTTGAAGATGTAACTGGTCCAAACACTGTTATCAAG 2293
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 GATAAAATTGGCTATGCAATTCGTTTTGAAGATGTAACTGGTCCAAACACTGTTATCAAG 2171
Query 2294 TACATGACCGATGGAGTACTACTGAGAGAGACCCTCAAAGATTCTGACCTGGATAAGTAT 2353
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172 TACATGACCGATGGAGTGCTACTGAGAGAGACCCTCAAAGATTCTGACCTGGATAAGTAT 2231
Query 2354 CGTGTGGTGGTGATGGATGAAGCGCATGAAAGGTCACTCAACACAGACGTCCTTTTTGGA 2413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232 CGTGTGGTGGTGATGGATGAAGCGCATGAAAGGTCACTCAACACAGACGTCCTTTTTGGA 2291
Query 2414 ATACTGAAAAAAGTTGTGGCTCGGCGTCGTGATTTCAAGCTGATAGTCACGTCAGCAACC 2473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 ATACTGAAAAAAGTTGTGGCTCGGCGTCGTGATTTCAAGTTGATAGTCACGTCAGCAACC 2351
Query 2474 CTTAATGCTCAAAAGTTTTCCAATTTCTTTGGGAGTGTTCCTATCTTCAACATTCCTGGA 2533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 CTTAATGCTCAAAAGTTTTCCAATTTCTTTGGGAGTGTTCCTATCTTCAACATTCCTGGA 2411
Query 2534 AGGACTTTCCCTGTCAATATTCTCTACTCTAAAACTCCTTGTGAAGACTATGTTGAAGCT 2593
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2412 AGAACTTTCCCTGTCAATATTCTCTACTCTAAAACTCCTTGTGAAGACTATGTCGAAGCT 2471
Query 2594 GCTGTTAAACAGGCAATGACGATTCACATAACAAGCCCACCTGGGGACATTCTCATTTTT 2653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 GCTGTTAAACAGGCAATGACGATTCACATAACAAGCCCACCTGGGGACATTCTCATTTTT 2531
Query 2654 ATGACCGGGCAAGATGAGATTGAGGCAGCGTGCTTTTCACTAAAGGAGAGAATGGAACAG 2713
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2532 ATGACCGGGCAAGATGAGATTGAGGCAGCATGCTTTTCACTAAAGGAAAGAATGGAACAG 2591
Query 2714 CTCGTATCATCTTCCAGTAGAGAAATAACGAACCTACTCATTCTCCCAATATACTCTCAG 2773
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 CTCGTATCATCTTCCAGTAGAGAAATAACGAACCTACTGATTCTCCCAATATACTCTCAG 2651
Query 2774 TTACCTGCTGACTTGCAAGCAAAGATATTCCAGAAACCAGAAGATGGAGCCCGTAAATGC 2833
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2652 TTACCCGCTGACTTGCAAGCAAAGATATTCCAGAAACCAGAAGATGGAGCTCGTAAATGC 2711
Query 2834 ATTGTTGCCACCAATATTGCTGAAACATCATTGACAGTCGATGGAATATATTATGTGATT 2893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 ATTGTTGCCACCAATATTGCTGAAACATCATTGACAGTCGATGGAATATATTATGTGATT 2771
Query 2894 GACACTGGGTATGGAAAGATGAAGGTTTTCAATCCTAGAATGGGTATGGATGCTCTTCAA 2953
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 GACACGGGGTATGGAAAGATGAAGGTTTTCAATCCTAGAATGGGTATGGATGCTCTTCAA 2831
Query 2954 GTTTTCCCCATAAGTCGTGCAGCCTCTGATCAGCGTGCTGGAAGAGCTGGAAGGACAGGG 3013
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2832 GTTTTCCCCATAAGTCGTGCAGCCTCTGATCAGCGTGCAGGTAGAGCTGGAAGGACAGGG 2891
Query 3014 CCAGGAACATGTTACAGGTTGTATACTGAGAGTGCTTATTTGAATGAGATGTTGCCAAGT 3073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2892 CCAGGAACATGTTACAGGTTGTATACTGAGAGTGCTTATTTGAATGAGATGTTGCCAAGT 2951
Query 3074 CCTGTGCCAGAGATTCAGCGGACGAATCTGGGTAATGTTGTGTTGTTGTTGAAGTCATTG 3133
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2952 CCTGTGCCAGAGATTCAGCGAACGAATCTGGGTAACGTTGTGTTGTTGTTGAAGTCACTG 3011
Query 3134 AAAATAGACAACTTGCTAGATTTTGATTTCATGGATCCACCTCCGCAAGAGAACATCCTT 3193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 AAAATAGACAACTTGCTAGATTTTGATTTCATGGATCCACCTCCGCAAGAGAACATCCTT 3071
Query 3194 AACTCTATGTACCAGCTTTGGGTGTTGGGTGCTCTCAACAATGTTGGAGGATTAACCGAC 3253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3072 AACTCTATGTACCAGCTTTGGGTGTTGGGTGCTCTCAACAATGTTGGAGGATTAACCGAT 3131
Query 3254 CTGGGGTGGAAGATGGTGGAGTTCCCATTGGATCCTCCTCTTGCAAAGATGCTTTTAATG 3313
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3132 CTCGGGTGGAAGATGGTGGAGTTCCCATTGGATCCACCTCTTGCAAAGATGCTGTTAATG 3191
Query 3314 GGTGAACGGCTTGATTGCATAGATGAGGTTCTGACGATCGTGTCAATGCTTTCAGTACCT 3373
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3192 GGTGAACGGCTTGATTGCATAAACGAGGTTCTGACGATTGTGTCAATGCTTTCAGTACCT 3251
Query 3374 TCAGTGTTCTTCAGACCTAAAGAAAGAGCAGAAGAGAGCGACGCTGCAAGGGAGAAGTTT 3433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 3252 TCAGTGTTCTTCAGACCTAAAGAAAGAGCAGAAGAGAGCGATGCCGCAAGGGAGAAGTTT 3311
Query 3434 TTTGTGCCGGAATCGGATCATCTGACGCTGCTGAACGTATATCAGCAGTGGAAAGAGCAT 3493
||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3312 TTTGTGCCGGAATCGGATCATCTAACACTGCTAAATGTATATCAGCAGTGGAAAGAGCAT 3371
Query 3494 GACTATAGAGGAGACTGGTGCAATGACCATTACCTACAAGTGAAAGGTTTGAGAAAAGCT 3553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3372 GACTATAGAGGAGACTGGTGCAATGACCATTACCTACAAGTGAAAGGTTTGAGAAAAGCT 3431
Query 3554 AGAGAGGTAAGATCCCAGCTTCTGGATATCCTCAAGCAACTGAAAATTGAACTCAGGTCG 3613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 3432 CGAGAGGTAAGATCCCAGCTTCTGGATATCCTCAAGCAACTGAAAATACCACTAAAGTCG 3491
Query 3614 TGTGGACCGGATTGGGATATTGTGAGAAAAGCCATCTGTTCAGCGTATTTCCACAACTCA 3673
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3492 TGTGGACCAGATTGGGATATTGTGAGAAAAGCCATCTGTTCAGCGTATTTCCACAACTCA 3551
Query 3674 GCTAGATTAAAAGGTGTTGGGGAGTATGTGAACTGCAGAACCGGGATGCCTTGCCATTTG 3733
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3552 GCTAGATTAAAAGGTGTTGGGGAGTATGTGAACTGTAGAACCGGGATGCCTTGCCATTTA 3611
Query 3734 CACCCTAGCAGTGCACTGTACGGTCTGGGATACACACCGGACTATGTGGTGTACCATGAA 3793
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3612 CACCCGAGCAGTGCACTGTACGGTCTGGGATACACACCGGACTATGTGGTGTACCATGAA 3671
Query 3794 CTGATCTTGACCACAAAGGAGTACATGCAGTGTGCGACATCGGTTGAGCCGCATTGGCTG 3853
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3672 CTGATATTGACCACTAAGGAGTACATGCAGTGTGCTACATCGGTTGAGCCTCATTGGCTG 3731
Query 3854 GCTGAGTTAGGGCCTATGTTCTTCTCGGTCAAGGACTCGGATACATCGATGTTGGAGCAT 3913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3732 GCTGAGTTAGGGCCTATGTTCTTCTCGGTCAAGGACTCGGATACATCGATGTTGGAGCAT 3791
Query 3914 aaaaaaaaGCAGAAGGAAGAGAAATCAGGAATggaggaagagatggagaaactgagaaga 3973
||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3792 AAAAAGAAGCAGAAGGAAGAGAAAACAGCAATGGAGGAAGAGATGGAGAAACTGAGAAGA 3851
Query 3974 gatcaggtggagtcagagctgagaagcaaagagagagagagaaaa-aaaaGGGCAAAGCA 4032
||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 3852 GATCAGGCGGAGTCAGAGGTAAGAAGAAAAGAGAGAGAGA-AAAAGAAAAGGGCAAAGCA 3910
Query 4033 GCAGCAACAGATTTCAGGCCCTGGCTTGAAAAAGGGCACCACTTTCCTCAGGCCTAAGAA 4092
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3911 GCAGCAACAGATTTCAGGTCCTGGCTTGAAAAAGGGCACCACTTACCTCAGGCCTAAGAA 3970
Query 4093 GCTTGGACTGTGA 4105
| |||||||||||
Sbjct 3971 GTTTGGACTGTGA 3983
Score = 885 bits (479), Expect = 0.0
Identities = 629/698 (90%), Gaps = 23/698 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 AAGCGTGTGTAACCTAACCGGCGGTGATCCTTTGTTCCGATCGTGTTGCTAACTTTCTCA 73
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | ||| ||
Sbjct 1 AAGCGTGTGTAACCTAACCGGCGGTGATCCTTTGTTCCGATCGT-CT-C-AGC-TTC-CA 55
Query 74 GCTTCCAGATATCTCTCTCTCTGAGGAGATATCAAA---GGTTGATCCAAAGAAGGTGTT 130
| |||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 56 G-TTCC-----TCTCTCACTCTGGGGAGATATCAAAGGTGGTTGATCCAAAGAAGCTGTT 109
Query 131 TCACGTTGTTGAAATTGGATAA-TTCAGAAAAAAGCACCTGGAATCAATCACTCAAGAGG 189
||||||| | |||||||| || ||| ||||||||| |||| |||||||| ||||
Sbjct 110 TCACGTTCTCAAAATTGGA-AATTTCGGAAAAAAGCTTCTGG----AATCACTC-GGAGG 163
Query 190 AGTTGAAGGAACCAAAGCCCTAATAAACTAGGGAAAGTAATCTATCCTCGCCGGAGTCGT 249
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || || ||||||
Sbjct 164 AGTTGAAGGAACCAAAGCCCTAAGAAACTAGGGAAAGTAATTTATCTTCACCATAGTCGT 223
Query 250 TGTCTCGCCGATAAGGAACGAAGGACGAAGCTGTCTTCGATTTCCGGGATTGAAGATTC- 308
||||||| || | ||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 224 TGTCTCGACGCTGAGGAACGGAGGACGAAACTGTGTTCGATTTCC-GGATCGAAGATTCG 282
Query 309 GGTTTTGAGCTCAAATCGTCGACTGAGTAATGGGGGTTGATCCATTCAAAACTACGGAAA 368
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 283 GGTTTTGAGCTGAAATCGTCCACTGAGTAATGGGGGTTGATCCATTCAAAACTACGGACA 342
Query 369 CGTTAGAAGCCGACAAGGAAACCAATGGTGGTGTCCCTGTGAAGGATAAATTGACTTTTA 428
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 CATTAGAAGCCGACAAGGAAACCAATGGTGGTATCCCTGTGAAGGATAAATTGACTTTTA 402
Query 429 AAGCTCCTGAGAGAAAGTCCCGTTTAGGTTTGGATGCAAGGGCAATTGAGAAAAAGGATA 488
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |
Sbjct 403 CAGCTCCTGAGAGAAAGTCCCGTTTAGCTTTGGATGTAAGGGCAATTGAGAAACGGGAGA 462
Query 489 ATGCCAAGACTGAGGGCGAGTTTAAGGTTCCGAAGAAGTCAGCAATATCTGTTACATCAT 548
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 ATGCCAAGACCGAGGGCGAGTTTAAGGTCCCGAAGAAGTCAGCAATATCTGTTACATCAT 522
Query 549 CGTTGGATGAAGAAGATAAATCTGATGTATCAGGATTAGATTTTGGAACAGAAAACACTC 608
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 523 CTTTGGATGAAGAAGATAAATCTGATGTTTCAGGATTAGATTATGGAACAGAAAACACTC 582
Query 609 GACCTGTCCATTCCAGCAGGCGATATAGAGAGAAGTCTTCAAGATCTCAGTCTGCACAAG 668
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 583 GACCTGACCATTCCAGCAGGCGATATAGAGACAAGTCTTCAAGATCTGAGACTGCACAAG 642
Query 669 AAAGTACCGTGACTACAGAGAATGCTGGAACTTCAGAT 706
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 AAAGTATCGTGACTACAGAGAATGCTGGAACTTCAGAT 680
Score = 270 bits (146), Expect = 5e-71
Identities = 175/189 (93%), Gaps = 2/189 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 752 AGAGGTGGTAGCAATAGGCATCGAGAAGAACATAGGCGTGACAGAAGTGAAACTCCGCGG 811
||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 AGATGTGATAGCAACAGGCATCGAGAAGAACATAGGCGTGACAGAAGTGAAACTCCGCGG 736
Query 812 TCAAGACAGAGAAACACTTATGATGAGATGGATCACTACCGACGGAGGGAATCTTATCGC 871
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 737 TCAAGACAGAGAAACACTTATGGTGAGATGGATCACTACCGAGGGAGGGAGTCTTATCGC 796
Query 872 CAATCTGACCGAGACTATCACGGAGAAAAGCGTAGGA-GATACAATAGCGATTGGAGGAC 930
|||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| ||| |||| ||
Sbjct 797 CAATCTAACCGAGACTATCATGGAGAAAAGCGT-GGAAGATACGATAGTGATAGGAGAAC 855
Query 931 TCCAGGTAG 939
|||||||||
Sbjct 856 TCCAGGTAG 864
> Ahg912828 jgi|Araly1|912828|Al_scaffold_0001_3082
Length=372
Score = 130 bits (70), Expect = 9e-29
Identities = 80/85 (94%), Gaps = 0/85 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1165 ATCATCTATCAGATCCTCAAGCTCTAGGTATGGTGGAAGATCCAATCAGCTTGCATATTC 1224
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 240 ATCATCTATCAGATCCTCAAGCTCTAGGTATGGTGGAAGATCCAATCAACCTACATATTC 299
Query 1225 TAGGGAAGGTGATCTGACAAATGAG 1249
|| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 300 TATGGAAGGTGATCTGAAAAATGAG 324
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162848354867
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5