BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13060.1
Length=2353
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940771 jgi|Araly1|940771|scaffold_601315.1 3350 0.0
> Ahg940771 jgi|Araly1|940771|scaffold_601315.1
Length=2182
Score = 3350 bits (1814), Expect = 0.0
Identities = 2071/2191 (95%), Gaps = 33/2191 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 65 TGATATCAAACCATCCGCCAATGGAGAACCATCCCAAGCGCCAGCGAACAACACGCCTCG 124
|||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 TGATCTCAAACCATCCGCCAATGGAGAA-C--CCCAAGCGCCAGCGAACAACGTGCCTCG 57
Query 125 CCGCCAGAAACTTGAAGCGAAAACTCAGTCAC-AACACAGATGGAGCGCCAATCGTCACA 183
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 58 CCGCCAGAAACTTGAAGCGAAAACTCAGTC-CGAACACAGATGTAGCGCCAATCGTCACG 116
Query 184 CAACTTATTGATATTGACGACGAAC-CCATAGATCTCGTCGTCGCGATTCGCCGTCACGT 242
||| |||||||| |||| ||||||| || |||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 117 CAATTTATTGATGTTGATGACGAACACC-TAGATCTCGTTGTCGCCATCCGCCGTCACGT 175
Query 243 CGAGGTTCTTAACTCCAGCTTCTCAGATCCTGATTTTGATCACGAAGCTGTCAAAGAAGC 302
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||
Sbjct 176 CGAGGTTCTTAACTCCTGCTTCTCAGATCCTGATTTTGATCGCGAGGCTGTCAACGAAGC 235
Query 303 TGCTGCTGATATCGCCGATTTGGCTAAAATCGATGAAAATGTTGAAATCATCGTGGAAAA 362
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 236 TGCTGCTGATATCGCCGATTTAGCTAAAATCGACGAAAATGTGGAAATCATCGTGGAAAA 295
Query 363 TGGAGCGATCCCTGCTTTGGTGAGATATCTGGAAT--CC----CCTTTGGTAGTTTGTGG 416
|||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||| |||| | ||
Sbjct 296 TGGAGCAATCCCTGCTCTGGTGAAATATCTGGAATGCCCGTGGCCTTTGGAAGTTGGCGG 355
Query 417 CAATGTTCCCAAATCTTGCGAGCACAAGCTAGAGAAAGATTGTGCTCTTGCTCTTGGACT 476
| |||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 356 CGATGTTCCCAACTCTTGCGATCATAAGCTAGAGAGAGATTGTGCTATTGCTCTTGGACT 415
Query 477 TATTGCTGCGATTCAGCCTGGTTACCAGCAGCTTATTGTGGATGCTGGAGCCATAGTTCC 536
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 TATTGCTGCGATTCAGCCTGGTTACCAGCAGCTCATTGTGGATGCTGGAGCCATAGTTCC 475
Query 537 CACCGTGAAGTTGTTGAAGAGAC--GTG----G-GG-AAT-GTGGTGAATGCATGTTTGC 587
||||||||||||||||||||||| ||| | || | ||||| |||||||||||
Sbjct 476 CACCGTGAAGTTGTTGAAGAGACGGGTGATATGTGGTGGTCCTGGTGGATGCATGTTTGT 535
Query 588 TAATGCTGTTATTAGGAGAGCCGCTGATATAATTACTAACATTGCTCATGACAATCCAAG 647
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TAATGCTGCTATTAGGAGAGCCGCTGATATAATCACTAACATTGCTCATGACAATCCAAG 595
Query 648 GATTAAAACAAATATAAGGGTTGAAGGTGGCATTGCACCACTTGTTGAGCTTCTCAATTT 707
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 596 GATTAAAACAAATATAAGGGTTGAAGGTGGCATTCCACCACTTGTTGAGCTTCTAAATTT 655
Query 708 TCCGGATGTTAAAGTACAGAGGGCTGCGGCAGGGGCCTTGCGAACAGTTTCATTTAGAAA 767
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 656 TCCGGATGTTAAAGTACAGAGGGCTGCAGCAGGGGCCTTGCGAACAATTTCATTTAGAAA 715
Query 768 CGACGAGAACAAGAGTCAAATTGTGGAGTTGAATGCTTTACCCACACTTGTATTGATGCT 827
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 716 CGACGAGAACAAGACCCAAATTGTGGAGTTGAATGCTTTACCCACGCTTGTATTGATGCT 775
Query 828 TCAATCACAAGATTCTACCGTTCACGGGGAAGCGATTGGGGCAATTGGAAATCTTGTCCA 887
||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TCAATCAAAAGATTCTTCTGTGCACGGGGAAGCGATTGGGGCAATTGGAAATCTTGTCCA 835
Query 888 CTCATCTCCTGACATCAAGAAAGAGGTTATCCGTGCTGGTGCCTTACAACCAGTAATTGG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 CTCATCTCCTGACATCAAGAAAGAGGTTATCCGTGCTGGTGCCTTACAACCAGTAATTGG 895
Query 948 TCTACTTAGCTCCACTTGTTTGGAAACACAGAGAGAAGCAGCATTATTAATAGGTCAATT 1007
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 896 TCTACTTAGCTCCACTTGTTTGGAAACACAGAGAGAAGCAGCCTTATTAATAGGTCAATT 955
Query 1008 TGCTGCGCCTGATTCAGATTGCAAGGTGCACATTGCCCAGAGAGGTGCCATTACACCACT 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TGCTGCGCCTGATTCAGATTGCAAGGTGCACATTGCCCAGAGAGGTGCCATTACACCACT 1015
Query 1068 GATTAAGATGCTTGAATCATCAGATGAGCAGGTCGTGGAAATGTCAGCTTTTGCTCTTGG 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GATTAAGATGCTTGAATCATCAGATGAGCAGGTCGTGGAAATGTCAGCTTTTGCTCTTGG 1075
Query 1128 TCGTTTGGCTCAGGACGCACACAATCAAGCTGGCATTGCACATAGAGGAGGCATCATCTC 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TCGTTTGGCTCAGGACGCACACAATCAAGCTGGCATTGCACATAGAGGAGGCATCATCTC 1135
Query 1188 ACTACTAAATCTTCTTGATGTGAAAACGGGGTCTGTGCAACACAATGCTGCCTTTGCTTT 1247
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1136 ATTACTAAATCTTCTTGATGTGAAAACGGGGTCTGTGCAACACAATGCTGCATTTGCTTT 1195
Query 1248 GTATGGCCTTGCAGATAACGAGGAAAACGTAGCAGATTTCATAAAGGCTGGAGGTATTCA 1307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1196 GTATGGCCTTGCAGATAACGAGGAAAACGTAGCAGATTTCGTAAAGGCTGGAGGTATTCA 1255
Query 1308 AAAGCTTCAAGATGACAACTTTACTGTCCAACCGACTAGAGATTGTGTGGTTCGGACATT 1367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AAAGCTTCAAGATGACAACTTTACTGTCCAACCGACTAGAGATTGTGTGGTTCGGACATT 1315
Query 1368 GAAGAGGCTGCAGAACAAGATTCACGGACCTGTACTAAACCAATTATTGTACCTAATGAG 1427
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GAAGAGGCTACAGAACAAGATTCACGGACCTGTACTAAACCAATTATTGTACCTAATGAG 1375
Query 1428 AACCGCTGAGAAGAC-AGTACAAATACGAATTGCTCTGGCTCTTGCACATCTTTGTGACC 1486
|||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 AACCGCAGAGAAGACTA-TACAAATACGAATTGCTCTGGCTCTTGCACATCTTTGTGACC 1434
Query 1487 CTAAAGATGGAAAATTAATCTTT-ATTGATAACAATGGAGTAGAGTTTTTGTTGGAACTT 1545
|||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1435 CTAAAGATGGAAAACTAAT-TTTCATTGATAACAATGGAGTAGAGTTTTTGTTGGAGCTT 1493
Query 1546 CTCTATTTCTCAAGCAAT-AAGCAGCAGAGATATAGTTCAAGTGCTTTATACGAGTTAGC 1604
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1494 CTCTATTTCTCAAGCA-TCAAGCAGCAGAGATATAGTTCATGTGCTTTATACGAATTAGC 1552
Query 1605 TAAAAAAGCTACATCCTTTGCACCAGAGGATTCAGCTCCTTGTTCACCCACACAACAGGT 1664
|||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1553 TAAAAAGGCTACATCTTTTGCACCGGAGGATTCAGCTCCTTCTTCACCCACCCAACAGGT 1612
Query 1665 GTTTCTGGGTGAAAAATTCGTGAACAACCCCACTATGTCCGATGTCACATTCCTAATTGA 1724
|||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1613 GTTTTTGGGTGAAGAATTCGTGAACAACCCTACTCTGTCTGATGTCACATTCCTAATTGG 1672
Query 1725 TGGTAAACAATTCTATGCACACAAGATTGGCTTGGTAGCTTCCTCTGATATATTTCGTGC 1784
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TGGTAAACAATTCTATGCTCACAAGATTTGCTTGGTAGCTTCCTCTGATATATTTCGTGC 1732
Query 1785 AATGTTTGATGGTCTTTACAAGGAACGCAATGCTCAAAATGTGGAGATACCAAATATAAG 1844
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1733 AATGTTTGATGGTCTTTACAAGGAACGCAATGCTCAAAATGTGGAGATCCCAAATATAAG 1792
Query 1845 ATGGGAAGTGTTTGAGCTTATGATGAAGTTCATTTACTCAGGAAGAATTAACATCGCCAA 1904
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1793 ATGGGAAGTGTTTGAGCTTATGATGAGGTTCATTTACTCAGGAAGAATTAACATCACCAA 1852
Query 1905 ACATTTGGCAAAAGATCTGCTTGTAGCAGCTGATCAATATCTTCTCGAAGGTCTCAAACG 1964
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1853 ACATTTGGCTAAAGATCTGCTTGTAGCAGCTGATCAATATCTTCTCCAAGGTCTCAAACG 1912
Query 1965 TCAATGTGAATACACCATTGCACAGGAAATCTGTCTGGATAACATACCAGAGATGTATGA 2024
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1913 TCAATGTGAATACACAATTTCACAGGAAATCTGTCTGGATAACATACCAGAAATGTATGA 1972
Query 2025 GTTAGCAGATACATTCAATGCTTCAGCCTTAAGAAGAGCTTGCACGCTCTTTGTTCTTGA 2084
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 GTTAGCAGATACATTCAATGCTACAGCCTTAAGAAGAGCTTGCACGCTCTTTGTTCTTGA 2032
Query 2085 GCATTTCACTAAGCTCAGCTCTCAATTATGGTTTGCAAAGTTTGTCAAGCAAATTATACC 2144
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2033 GCATTTCACTAAGCTCAGTTCTCAATTATGGTTTGCAAAGTTTGTGAAGCAAATTATACC 2092
Query 2145 TGAAATTCGGAGTTACATGACTGATATTCTCACACGGCCGGTCGAAGCTAGTCCC-CCAA 2203
|||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2093 TGAAATCCGGAGTTACATCACTGATATTCTCACCCGGCCGGTCGAAGCTA-TCCCACCAA 2151
Query 2204 CCGTCGTATAAAACATATA---GGATTCCGG 2231
||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2152 CCGTCGTATAAAACATAAAACTGGATTCCGG 2182
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88636000115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5