BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13230.1
Length=2469
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940789 jgi|Araly1|940789|scaffold_601333.1 3895 0.0
> Ahg940789 jgi|Araly1|940789|scaffold_601333.1
Length=2598
Score = 3895 bits (2109), Expect = 0.0
Identities = 2352/2472 (95%), Gaps = 6/2472 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATCGTGTTCATGAGAATAATTCATGTTGCGCAGACTCGCAGATTGATGATCCGATGC 60
||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 110 ATGATCGGGTTCTTGAGAATAATTCATGTTGCGGAGAGTCGTAGATTGATGATCCAATGC 169
Query 61 AATCGCATTCGACAATGTGGGTTTTCTGTGAAAACTGCGGCATTGGATTTAG-AATCGTC 119
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | || | | | | ||| |||
Sbjct 170 AATCGCATTCGACAATGTGGGTTTTCTGTGCAAACAGCCGAATCGTCTGT-GCAATGGTC 228
Query 120 GGATTCGATAATCCCAGGCTTAGACTCTCATGCTTACGGTGCAATGCTCCGTCGCTGCAT 179
||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 229 GGATTCGGTAGTCCCATGCTTAGACTCTCATGCTTATGGTACAATGCTCCGTCGCTGCAT 288
Query 180 TCAGAAGAACGACCCAATTTCAGCAAAGGCTATTCATTGCGACATCTTGAAGAAAGGAAG 239
|| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 289 TCGGAAAAACGACTCAGTTTCAGCAAAGGCTATTCATTGCGATATCTTGAAGAAAGGAAG 348
Query 240 CTGCTTAGACCTTTTCGCCACAAACATTCTACTCAACGCTTATGTGAAAGCTGGCTTTGA 299
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 349 CTGCTTGGACCTTTTCGCCACAAACATTCTACTCAACGCTTATGTGAAAGCTGGGTTTGA 408
Query 300 CAAAGATGCGTTAAACCTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAATAATGTCTCTTTTGTTAC 359
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 409 CAAAGATGCGTTGAACCTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAATAATGTCTCTTATGTTAC 468
Query 360 TCTTGCGCAAGGGTATGCGTGTCAAGATCCCATTGGTTTGTATTCCAGGTTGCATCGAGA 419
|||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 469 TCTTACTCAAGGGTATGCGTGTCAAGATCCCGTTGGTTTGTATTCCAGGTTGCATCGAGA 528
Query 420 GGGTCATGAGCTTAATCCACACGTCTTCACTTCTTTCTTGAAGTTGTTTGTTAGTTTGGA 479
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 GGGTCATGAGCTTAATCCACACGTCTTCACATCTTTCTTGAAGTTGTTTGTTAGTTTGGA 588
Query 480 CAAAGCTGAGATTTGTCCATGGTTGCATTCTCCTATCGTTAAGCTCGGTTATGATTCTAA 539
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 589 CAAAGCTGAGATTTGTTGGTGGTTGCATTCTCCTATCGTTAAGCTTGGTTATGATTCCAA 648
Query 540 TGCTTTTGTTGGAGCTGCGCTTATTAATGCTTACTCTGTCTGTGGTTCTGTTGATAGTGC 599
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||
Sbjct 649 TGCTTTTGTCGGAGCTGCGCTTATTAATGCTTACTCCGTTTGTTGTTCTGTTGATACTGC 708
Query 600 AAGAACTGTTTTTGAAGGGATTTTGTGCAAAGACATTGTTGTTTGGGCAGGAATTGTATC 659
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 709 AAGATCTGTTTTTGAGGGGATTTTGTGCAAAGACATTGTTGTTTGGGCAGGAATTGTGTC 768
Query 660 TTGCTATGTAGAAAATGGATATTTCGAGGATTCTCTTAAGCTGCTATCTTGTATGAGGAT 719
|||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||
Sbjct 769 TTGCTATGTAGAGAATGGATGTTTCGAAGATTCTCTTCAGCTGCTGTCTCGTATGGGGAT 828
Query 720 GGCTGGTTTCATGCCCAACAACTACACCTTTGACACGGCGCTTAAGGCTAGTATTGGGCT 779
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 GGATGGTTTCATGCCCAACAACTACACCTTTGACACAGCGCTTAAGGCTAGTATTGGGCT 888
Query 780 AGGCGCATTTGATTTCGCGAAAG-GTGTTCATGGCCAAATCTTAAAAACATGTTATGTGT 838
||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 889 AGGTGCATTTCATTTCGC-CAAGAGTGTTCATGGCCAAATCTTAAAAACATGTTATGAGT 947
Query 839 TGGATCCTCGTGTGGGTGTTGGTTTGCTTCAGTTGTATACACAACTCGGAGACATGTCTG 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 948 TGGATCCTCGTGTGGGTGTTGGTTTGCTTCAGTTGTATACACAACTCGGAGATATGTCTG 1007
Query 899 ATGCTTTCAAAGTGTTTAATGAGATGCCAAAGAATGATGTGGTACCTTGGAGTTTTATGA 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 ATGCTTTCAAAGTGTTTAATGAGATGCCAAAGAATGATGTGGTACCTTGGAGTTTTATGA 1067
Query 959 TTGCTCGTTTTTGTCAAAACGGTTTCTGCAACGAGGCGGTTGATCTTTTTATTCGAATGA 1018
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1068 TTGCTCGTTTTTGTCAAAACGGTTTCTGCAACGAGGCGGTTGATATTTTTATTCGCATGA 1127
Query 1019 GGGAAGCTTTTGTTGTCCCTAACGAGTTTACTTTAAGCAGTATTTTGAATGGCTGTGCCA 1078
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 GAGAAGGTTTTGTTGTCCCTAACGAGTTTACTTTAAGCAGTATTTTGAATGGCTGTGCCA 1187
Query 1079 TCGGAAAGTGTTCTGGCTTAGGTGAGCAACTCCATGGTCTTGTAGTCAAAGTTGGCTTTG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1188 TCGGAAAGTGTTCTGGCTTAGGTGAGCAACTCCATGGCCTTGTGGTCAAGGTTGGCTTTG 1247
Query 1139 ATTTGGATATCTATGTCTCAAATGCTCTTATTGATGTATATGCCAAATGTGAGAAAATGG 1198
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 ATTTGGATGTCTATGTCTCAAATGCTCTTATTGATGTATATGCCAAATGTGAGAAAATGG 1307
Query 1199 ATACCGCTGTGAAGTTATTTGCTGAGTTATCAAGTAAAAATGAGGTAAGCTGGAACACAG 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1308 ATACCGCTGTGAAGTTATTTGCTGAGTTATCAAGTAAAAATGTGGTAAGCTGGAACACAG 1367
Query 1259 TCATTGTCGGGTATGAGAATCTAGGCGAAGGAGGAAAAGCGTTCAGCATGTTTCGTGAAG 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1368 TCATTGTCGGGTATGAGAATCTAGGCGAAGGAGGAAAAGCGTTAAGCATGTTTCGTGAAG 1427
Query 1319 CGCTCAGAAATCAGGTGTCGGTAACTGAAGTAACTTTCTCAAGTGCTCTTGGAGCTTGTG 1378
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 CGCTCAGAAATCAGGTGTCAGTAACTGAGGTAACTTTCTCAAGTGCTCTTGGAGCTTGTG 1487
Query 1379 CTTCATTGGCGAGCATGGACCTCGGTGTCCAAGTTCATGGACTGGCGATAAAAACCAATA 1438
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 CTTCTTTGGCGAGCATGGAGCTCGGTGTCCAAGTTCATGGACTGGCGATAAAAACCAATA 1547
Query 1439 ATGCCAAAAAAGTTGCAGTGAGTAACTCATTGATAGATATGTATGCAAAATGTGGTGATA 1498
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 ATGCCAAAAGGGTTGCAGTGAGTAACTCATTGATAGATATGTATGCAAAATGTGGTGATA 1607
Query 1499 TCAAATTCGCACAATCGGTGTTCAACGAGATGGAAACGATAGATGTCGCTTCATGGAATG 1558
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1608 TCAAAGTCGCACAATCGGTGTTCAACGAGATGGAAACGATAGATGTAGCTTCATGGAATG 1667
Query 1559 CGTTGATCTCAGGCTATTCCACACATGGACTGGGTAGACAGGCATTGAGAATCCTCGACA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1668 CGTTGATCTCAGGCTATTCCACACATGGACTGGGTAGACAGGCATTGAGAATCTTTGACA 1727
Query 1619 TTATGAAGGATAGAGATTGCAAGCCAAATGGTTTAACATTTCTTGGTGTTCTTTCTGGAT 1678
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1728 TTATGAAGGATAGCGATTGCAAGCCAAATGGTTTAACATTTCTTGGTGTTCTGTCTGGAT 1787
Query 1679 GCAGCAATGCAGGATTAATAGATCAAGGTCAAGAATGTTTTGAATCAATGATTCGTGATC 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||
Sbjct 1788 GCAGCAATGCAGGATTAATAGATCAAGGTCAAGATTGTTTTGAGTCGATGATTTGTGATC 1847
Query 1739 ATGGTATTGAACCATGTTTGGAACATTATACGTGTATGGTCAGGCTTTTGGGAAGATCAG 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1848 ATGGTATTGAACCATGTTTGGAACATTATACGTGTATGGTCAGGCTTTTTGGAAGATCAG 1907
Query 1799 GGCAGCTTGACAAAGCAATGAAGCTGATTGAAGGGATTCCATATGAGCCTAGCGTTATGA 1858
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 GGCAGCTTGACAAAGCAATGAATCTGATTGAAGGGATTCCATATGAGCCTAGCGTTATGA 1967
Query 1859 TCTGGAGGGCAATGCTTAGTGCCTCTATGAATCAGAACAATGAAGAGTTTGCAAGGAGAT 1918
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TCTGGAGGGCAATGCTTAGTGCCTCAATGAACCAGTACAATGAAGAGTTTGCAAGGAGAT 2027
Query 1919 CGGCAGAGGAAATACTAAAGATCAATCCAAAGGACGAGGCGACATATGTTCTGGTATCAA 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2028 CGGCAGAGGAAATACTAAAGATCAATCCAAAGGACGAGGCAACATATGTTCTACTATCAA 2087
Query 1979 ACATGTACGCAGGTGCAAAACAATGGGCAAACGTAGCTTCCATTAGGAAAAGCATGAAGG 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 ACATGTACGCAGGTGCAAAACAATGGGCAAACGTTGCTTCCATTAGGAAAAGCATGAAGG 2147
Query 2039 AAATGGGTGTCAAGAAGGAACCTGGTTTAAGTTGGATAGAACATCAAGGTGATGTGCATT 2098
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 AAAAGGGTGTCAAGAAGGAACCTGGTTTAAGTTGGATAGAACATCAAGGTGATGTGCATT 2207
Query 2099 ACTTCAGTGTGGGGTT-ATCAGATCATCCGGATATGAAGCTCATAAATGGAATGTTGGAA 2157
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2208 TCTTCAGTGTGGG-TTCATCAGATCATCCGGATATGAAGCTCATAAATGGAATGCTGGAA 2266
Query 2158 TGGCTTAACATGAAAGCAACTCGAGCTGGTTACGTTCCTGATCGGAATGCGGTCCTGCTC 2217
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 TGGCTTAACATGAAAGCAACACGAGCCGGTTATGTTCCTGATCGGAATGCGGTCCTGCTC 2326
Query 2218 GATATGGATGATGAAGAAAAGGATAAGAGATTGTGGGTTCATAGCGAGAGGTTGGCTTTG 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2327 GATATGGATGATGAAGAAAAGGATAAGAGATTGTGGGTTCACAGCGAGAGATTGGCTTTG 2386
Query 2278 GCGTATGGGCTTGTTCGAATGCCATCATCAAGAAATCGCATACTGATCATGAAGAATCTA 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2387 GCGTATGGGCTTGTTCGAATGCCATCATCAAGAAATCGCATACTGATAATGAAAAATCTA 2446
Query 2338 CGGATATGTTCAGATTGCCACAGTGCTATGAAAGTGATTTCAAGTATCGTACAGCGAGAT 2397
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2447 CGGATATGTTCGGATTGCCATAGTGCTATGAAAGTGATATCAAGTATCGTGCAGCGAGAT 2506
Query 2398 CTGGTTATAAGAGATATGAACCGGTTCCATCATTTTCATGCAGGAGTCTGCTCTTGCGGC 2457
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 CTTGTTATCCGAGATATGAACCGGTTCCATCATTTTCATGCAGGAGTCTGCTCTTGCGAT 2566
Query 2458 GACCACTGGTGA 2469
||||||||||||
Sbjct 2567 GACCACTGGTGA 2578
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93054468535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5