BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13270.1
Length=2259
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940793 jgi|Araly1|940793|scaffold_601337.1 3635 0.0
> Ahg940793 jgi|Araly1|940793|scaffold_601337.1
Length=2297
Score = 3635 bits (1968), Expect = 0.0
Identities = 2168/2264 (96%), Gaps = 16/2264 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGATTCTCACTGTACAGTCTTCGTTTAGCT-CTTCTCGAGTTCCGGTTATAAAGAA 59
||||||||| ||||||||||||| |||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 25 ATGACGATTATCACTGTACAGTCCTCGTATAG-TCCTTCTCGGGTTCCGGTTATAAAGAC 83
Query 60 CGCGAATTTCGATCAAATTCCGTCGTGGGTTTCTCTGAAGTCGAGCACTTCTTCTCCGTC 119
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||
Sbjct 84 CGCGAATTTCAATCAAATTCCGTCGTGGGTTTCTCTGAAATCGAG---TACTTCT---TC 137
Query 120 TGTTAAAATCTCGCATAAGCAAGGACAAGTAGAGAATCTTCATTTGGTTTCGTTGTCGAA 179
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 138 TGTTAAAATCTCGCATAAGCAAGGACAAGTGGAGAATCTTCATTTGGTTTCGTTGTCGAA 197
Query 180 GCATAGGAAGCTCAACGAAGCATTTGAGTTTTTGCAAGAAATGGATAAGGCTGGTGTCTC 239
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 198 GCATGGGAAGCTCAACGAAGCATTTGAGTTTTTCCAAGAAATGGATAAGGCTGGTGTCTC 257
Query 240 CGTTAGCTCGTATTCTTACCAATGTCTCTTTGAGGCTTGCAGAGAATTGAGGTCTTTATC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 258 CGTTAGCTCGTATTCTTACCAATGTCTCTTTGAGGCTTGCAGAGAATTGAGGTCTTTATC 317
Query 300 TCATGGGAGACTCTTGCACGATCGCATGCGGATGGGTATCGAGAATCCTTCTGTGCTTCT 359
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 318 TCATGGGAGACTCTTGCACAATCGCATGCGCATGGGTATCGAGAATCCTTCTGTGCTTCT 377
Query 360 TCAGAACTGTGTGCTTCAAATGTACTGTGAGTGTC-GGAGCTTGGAAGATGCAGATAAGC 418
||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 378 TCAGAACTGTGTGCTACAAATGTACTGTGAGTG-CGGGAGCTTGGAAGACGCAGATAAGC 436
Query 419 TGTTCGATGAAATGTCTGAGTTAAATGCAGTTTCTCGTACAACGATGATATCTGCTTACG 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 TGTTCGATGAAATGTCTGAGTTAAATGCAGTTTCTCGCACAACGATGATATCTGCTTACG 496
Query 479 CCGAACAAGGAATTTTGGATAAAGCTGTTGGTTTGTTCTCG-GGAATGCTAGCGTCAGGC 537
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 497 CCGAACAAGGTCTTTTGAATAAAGCTGTTGGTTTGTTCTCGAGG-ATGCTAGAGTCAGGC 555
Query 538 GACAAGCCTCCTTCTTCCATGTATACGACACTCTTGAAATCTTTGGTAAACCCCAGGGCT 597
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 556 GACAAGCCTCCTTCTTCCATGTATACTACACTCTTGAAATCTTTGGTAAACCCTAGGGCT 615
Query 598 TTAGACTTTGGTAGACAGATTCATGCTCATGTTATACGTGCTGGGTTATGTAGCAACACA 657
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 616 TTAGACGTTGGTAGACAGATTCATGCTCATGTTATACGTGCTGGGTTATGTAGCAACGCA 675
Query 658 TCTATAGAGACCGGGATCGTGAACATGTACGTGAAATGTGGTTGGTTAGTGGGTGCTAAG 717
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 676 TCTATAGAGACCGGGATCGTGAACATGTACGTTAAATGTGGTTGGTTAGTGGGTGCTATG 735
Query 718 CGAGTGTTCGATCAGATGGCAGTGAAGAAACCAGTGGCTTGTACGGGATTGATGGTAGGT 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 736 AGAGTGTTCGATCAGATGGCAGTGAAGAAACCAGTGGCTTGGACGGGTTTGATGGTAGGT 795
Query 778 TATACTCAAGCTGGAAGAGCAAGAGATGCTTTGAAACTATTTGTGGATTTGGTAACGGAA 837
|| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 796 TACACTCAAGCTGGTAGAGCAAGAGAGGCTTTGAAACTATTTGTGGATTTGGTCACGGAA 855
Query 838 GGTGTTGAATGGGACAGTTTTGTGTTTTCAGTTGTTCTTAAAGCGTGTGCTTCTCTTGAA 897
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 GGTGTCGAATGGGACAGTTTTGTGTTTTCAGTTGTTCTTAAAGCGTGTGCTTCTCTTGAG 915
Query 898 GAGCTTA-ATCTTGGCAAGCAAATTCATGCCTGTGTCGCTAAGCTTGGATTGGAATCTGA 956
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 916 GAGCTTAGAT-TTGGCAAGCAAATTCATGCCTGTGTCGCTAAGCTTGGACTGGAATCTGA 974
Query 957 AGTCTCGGTTGGAACTCCACTTGTTGATTTTTACATCAAATGTTCCAGCTTCGAGTCTGC 1016
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 AGTCTCGGTTGGAACTCCACTCGTTGATTTTTACATCAAATGTTCCAGCTTCGAGTCTGC 1034
Query 1017 TTGTCGTGCATTTCAAGAAATCCGTGAGCCAAACGATGTTTCCTGGAGCGCAATCATCTC 1076
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1035 TTGTCGTGCATTTCAAGAAATCCGAGAGCCAAACGATGTTTCCTGGAGCGCAATCATTTC 1094
Query 1077 CGGATACTGTCAAATGAGTCAATTTGAGGAGGCTGTTAAAACCTTCAAGTCTTTGAGAAG 1136
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 CGGTTACTGTCAAATGAGCCAATTTGAGGAGGCTGTTAAAACCTTCAAGTCTTTGAGAAG 1154
Query 1137 CAAAAACGC-ATCGATTCTAAATTCATTCACATATACTAGCATATTCCAAGCATGCTCGG 1195
|||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 1155 CAAAAATGCGGT-GGTTCTAAATTCATTCACATATACTAGCATATTTCAAGCATGTTCAG 1213
Query 1196 TACTTGCAGATTGCAACATTGGTGGCCAAGTCCATGCAGATGCTATAAAAAGAAGTCTGA 1255
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 TACTTGCAGATTGCAACATCGGTGGCCAAGTCCATGCAGATGCTATAAAAAGAAGTCTGA 1273
Query 1256 TTGGATCTCAGTATGGAGAAAGCGCTCTTATTACGATGTATTCAAAATGTGGATGCTTAG 1315
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 TTGGATCTCAGTATGGAGAAAGCGCTCTGATTACGATGTATTCAAAATGTGGATGCTTAA 1333
Query 1316 ATGATGCAAATGAAGTCTTTGAGTCCATGGACAACCCCGATATTGTTGCATGGACTGCTT 1375
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1334 ATGATGCACATGAAGTCTTTGAGTCAATGGACAACCCCGACATTGTTGCATGGACGGCTT 1393
Query 1376 TTATATCAGGTCATGCTTACTATGGAAATGCCTCTGAAGCTTTGAGATTGTTTGAGAAAA 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 TTATATCAGGTCATGCTTACTATGGAAATGCCTCTGAAGCTTTGAGATTGTTTGAGAAAA 1453
Query 1436 TGGTGAGTTGTGGTATGAAGCCAAACTCAGTTACATTTATTGCGGTTTTAACCGCGTGCA 1495
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1454 TGGTGAGTTGTGGTATGAAGCCAAACTCCGTTACATTTATTGCGGTTTTAACCGCCTGCA 1513
Query 1496 GCCATGCAGGCCTAGTTGAACAGGGAAAGCATTGCTTGGACACGATGCTTCGAAAATATA 1555
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1514 GCCACGCAGGCCTAGTTGAACAGGGAAAGCATTACTTGGACATGATGCTTCGAAAATATA 1573
Query 1556 ATGTGGCTCCGACTATTGATCATTATGATTGTATGATCGACATTTATGCCCGTTCGGGAC 1615
| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1574 ACGTGGCTCCAACAATTGATCATTATGATTGTATGATCGACATTTATGCCCGTTCAGGAC 1633
Query 1616 TATTAGACGAAGCTCTCAAATTTATGAAGAATATGCCTTTTGAACCTGATGCAATGAGCT 1675
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634 TATTAGAAGAAGCTCTCAGATTTATGAAGAATATGCCTTTTGAACCTGATGCAATGAGCT 1693
Query 1676 GGAAATGCTTTCTAAGTGGATGTTGGACTCATAAGAATCTTGAACTGGGCGAAATTGCTG 1735
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1694 GGAAATGCTTTCTAAGTGGCTGTTGGACTCATAAGAATCTTGAACTGGGAAAAATTGCTG 1753
Query 1736 GTGAGGAACTTCGCCAACTCGATCCAGAAGATACAGCTGGATATGTGCTACCGTTTAATC 1795
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1754 GTGAAGAACTTCGCCAACTCGATCCAGAAGATACAGCTGGATATGTGCTACCCTTTAATC 1813
Query 1796 TGTACACCTGGGCTGGAAAATGGGAAGAAGCTGCTGAAATGATGAAACTAATGAATGAGA 1855
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 TGTATACCTGGGCTGGAAAATGGGAAGAGGCTGCTGAGGTGATGAAACTAATGAATGAGA 1873
Query 1856 GGATGTTAAAGAAGGAACTGAGCTGCAGCTGGATCCAAGAAAAGGGTAAGATTCATCGGT 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 GGATGTTAAAGAAGGAACTGAGCTGCAGCTGGATCCAAGAAAAGGGTAAGATTCATCGGT 1933
Query 1916 TTATAGTGGGTGATAAACACCATCCACAAACTCAGGAGATCTATGAGAAGCTTAAGGAGT 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 TTATAGTGGGTGATAAACACCATCCACAAACTCAGGAGATCTATGAGAAGCTTAAGGAGT 1993
Query 1976 TTGATGGTTTCATGGAAGGTGATATGTTTCAGTGTAATATGACAGAGAGAAGAGAACAGC 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1994 TTGATGGTTTCATGGAAGGTGATATGTTTCAGTGTAGTATGACAGAGAGAAGAGAACAGC 2053
Query 2036 TTCTTGATCATAGTGAGAGACTTGCCATTGCATTTGGGCTGATATCGGTGCATGGCAATG 2095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2054 TTCTTGATCATAGTGAGAGACTTGCCATTGCATTTGGGCTGATATCTGTGAATGGCAATG 2113
Query 2096 CCCCTGCACCTATTAAGGTGTTCAAGAATCTTCGGGCATGCCCAGATTGTCATGAGTTTG 2155
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114 CCCGTGCACCTATTAAGGTGTTCAAGAATCTTCGGGCATGCCCAGATTGTCATGAGTTTG 2173
Query 2156 CAAAGCATGTATCTTTGGTTACAGGACATGAAATCGTCATCCGAGATTCCAGGAGGTTTC 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2174 CAAAGCATGTATCTTTGGTTACAGGACATGAAATCGTCATCCGAGATTCTAGAAGGTTTC 2233
Query 2216 ACCATTTCAAGGAGGGAAAGTGTTCTTGCAACGATTACTGGTGA 2259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234 ACCATTTCAAGGAGGGAAAGTGTTCTTGCAACGATTACTGGTGA 2277
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85055517085
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5