BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13300.1
Length=3102
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488148 jgi|Araly1|488148|fgenesh2_kg.6__1282__AT5G13300.1 4759 0.0
> Ahg488148 jgi|Araly1|488148|fgenesh2_kg.6__1282__AT5G13300.1
Length=3039
Score = 4759 bits (2577), Expect = 0.0
Identities = 2918/3075 (95%), Gaps = 53/3075 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 CCCCCACTGTTTTCTTGTTTTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAGaaaaaaaCACCAGCTCAA 79
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 CCCCCACTGTTTTCTTGTTCTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAG--AAAAACACCAGCTCAA 58
Query 80 AATTACGCTTGGCTCGAGACTTTGAAGATCATCGGTTTCTGTTTCTGTTGGATATTTCGG 139
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || | |||
Sbjct 59 AATTACGCTTGGCTCGAGACTCTGAAGATCATCGGGTTCTGTTT-TTTTTTTTCTTTTTT 117
Query 140 GGAAGCT-TTGGGAGGAGAGGATCTCACGTTTTTGTTCGTTTATGGCGTCTGTGTGAG-A 197
| || | || ||||||||||||||| ||| || | ||||||||||| |
Sbjct 118 TGTAGATATTTTGAGGAGAGGATCTCA---------TCG-TT-T---GTCTGTGTGAGAA 163
Query 198 CATAGTGGTGGTTCTAGC-TTTTAGGTTTTTG---GTGTGTG-T-GT-TCGTGTTATGTT 250
|||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||
Sbjct 164 AATAGTGGTGGTTTTAGCTTTTTAGGTTTTTGTTAGTGTGTGTTCGTGTCGTGTGATGTT 223
Query 251 AATTGCTGTTTGTGTCGAAGAAGAGGAAGTAATAAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 310
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 224 AATTGCTGTTTGTGTCGAAGAAGAGGAAGTAA-GAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 282
Query 311 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGCGCAGAAAT 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 283 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGTGCAGAAAT 342
Query 371 ATTGCGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 430
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 ATTGAGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 402
Query 431 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTTGAAACATTTGGTGGAGGCCA 490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 403 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTGGAAACATTTGGTGGAGGCCA 462
Query 491 TAATGATCCAATAAGTGTGGCTTTTGGAGGACCGGTAATGACGAAATTTACAATTGCGTT 550
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 463 TAATGATCCAATAAGTGTTGCTTTTGGAGGACCTGTAATGACGAAATTTACAATTGCCTT 522
Query 551 GAGGGAAATTGGGACTTATAAGGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 610
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 523 GAGGGAAATTGGGACTTATAAAGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 582
Query 611 CAGATTACTTCAGTTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 670
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 CAGATTACTTCAATTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 642
Query 671 TGACAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 730
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 TGATAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 702
Query 731 TACAAAAAGTGACGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCATACTTCGAGGTCTATGTT 790
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 703 TACAAAAAGTGATGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCACACTTCAAGGTCTATGTT 762
Query 791 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTATCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 850
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTTTCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 822
Query 851 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGTGGAACAATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 910
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGCGGAACGATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 882
Query 911 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACATATGCGCAACA 970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 883 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACCTATGCACAACA 942
Query 971 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1002
Query 1031 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1062
Query 1091 AGATGGCATACAAGCAATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1150
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 AGATGGCATACAAGCGATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1122
Query 1151 TGCTGCAAGAGGAAAGGTGCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1210
||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 TGCTGCAAGGGGGAAGGTTCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1182
Query 1211 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTCTATTA 1270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1183 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTGTATTA 1242
Query 1271 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGAAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1330
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGCAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1302
Query 1331 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTGCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAATCATGGACA 1390
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1303 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTTCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAGTCATGGACA 1362
Query 1391 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1422
Query 1451 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATATCACCTAC 1510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1423 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATTTCACCTAC 1482
Query 1511 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1542
Query 1571 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1602
Query 1631 TCCCATGGGAAGTGGCCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1690
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 TCCCATGGGAAGTGGTCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1662
Query 1691 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTTGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACAATGA 1750
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1663 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTCGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACCATGA 1722
Query 1751 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAACGGTCCATTAGAAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1810
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAAAGGTCCATTAGGAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1782
Query 1811 TGCTCTTCGAAAGGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1870
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 TGCTCTACGAAAAGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1842
Query 1871 CTGGGCTTCTTTAAATCTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1930
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 TTGGGCTTCTTTAAATTTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1902
Query 1931 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1962
Query 1991 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTCGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTTGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2022
Query 2051 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCATCCATTTTGACCCCGGCTTAACAGTGTCTGATAAATC 2110
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2023 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCTTCCATGTTGACCCAGGCTTAACTGGGTCTGATAAATC 2082
Query 2111 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAACCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2170
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAGCCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2142
Query 2171 TATACAAGCTAAGTATGCGGAGAAGTTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACAGCGATTTCCC 2230
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2143 TATTCAAGCTAAGTATGCGGAGAAGCTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACTGTGATTTCCC 2202
Query 2231 ACAATCAGCTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2290
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 ACAATCAGTTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2262
Query 2291 CCGGCTCATTGTCAATGGTGATGCGGATGTGAATTATGTGTATGACCAA--A-CTTCCAG 2347
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2263 CCGGCTTATTGTCAATGGTGATGCGGATGTAAATTCTGTGTATGACCAATCATCTTCCAG 2322
Query 2348 TTCTTCGTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAGCGTGAGGATGT 2407
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2323 TTCTTCTTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAACGTGAGGATGT 2382
Query 2408 TCTACTCAGATTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATATCTCC 2467
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2383 TCTACTCAGGTTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATTTCTCC 2442
Query 2468 TGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACCTTGGGAT 2527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2443 CGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACATTGGGAT 2502
Query 2528 GGTAGAGCTTTTGCTGCAGTATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2587
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 GGTAGAGCTTTTGCTGCAATATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2562
Query 2588 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTCAGAGGAAAAGTGACAATAGCAAGATTGCTTCTCACTAG 2647
||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2563 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTAAGAGGCAAAGCGACAATAGCAAGATTGCTACTCACTAG 2622
Query 2648 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACAGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATTGCTGCAGA 2707
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2623 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACGGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATCGCTGCAGA 2682
Query 2708 GTC-AAATTTTACTGATCCAGAAGTTCTTGCTCTCCTTTCAGACACAAATGGATACAATC 2766
||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2683 GTCGAAATTT-ACTGATCCAGAAGTCCTCGCTCTCCTTTCAGACCCAAACGGATACAATA 2741
Query 2767 ACAGACAGTGCTGATAAAGATGCATAGGCTTGCGGACATAAAAATTCCGGAGCTATGTTT 2826
|||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2742 ACAGACAGTGCTGA-AAA-A-GC---GG-------ACATAAAAATTTCGGAGCTATGTTT 2788
Query 2827 CATCGTTGCTTTCACGGTCTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGAAGGAC--CTCTAATGGT 2884
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 2789 CATCGTTGCTTTCACGGTTTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGGACCTCTACTCTAATGGT 2848
Query 2885 CTCTAGCAAGTTTAGCCCCCAATTAAGTATTGTATT-GATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2943
||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2849 CTCGAGCAAGCTTAGCCCCCAATTATGTAATGTATTTGATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2908
Query 2944 TAGGCTGCATATTGGGAAATT-ATAgtgtattgtattgtgtcgtgttgtgtgtatgtgGG 3002
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2909 TAGGCTGCATATTGGGAAATTTATAGTGTATTGTGTTGTGTCGTGTTGTGTGTATGTGGG 2968
Query 3003 ACTATAGCATCCTGAGTTTGTCATGTCCAGACGTTGTAACTTGTAAGCAATTACTTATGG 3062
||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2969 ACTGTAGCATCCTAAGTTTGTCATGTC-AT---TTGTAACTTGTAAGCAATTATTTAAGG 3024
Query 3063 TTTTGTTCACTTCGT 3077
|||||||||||||||
Sbjct 3025 TTTTGTTCACTTCGT 3039
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117165593620
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5