BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G13300.1 Length=3102 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg488148 jgi|Araly1|488148|fgenesh2_kg.6__1282__AT5G13300.1 4759 0.0 > Ahg488148 jgi|Araly1|488148|fgenesh2_kg.6__1282__AT5G13300.1 Length=3039 Score = 4759 bits (2577), Expect = 0.0 Identities = 2918/3075 (95%), Gaps = 53/3075 (2%) Strand=Plus/Plus Query 20 CCCCCACTGTTTTCTTGTTTTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAGaaaaaaaCACCAGCTCAA 79 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 CCCCCACTGTTTTCTTGTTCTGTTCTCTCTCGATTTCGCGAG--AAAAACACCAGCTCAA 58 Query 80 AATTACGCTTGGCTCGAGACTTTGAAGATCATCGGTTTCTGTTTCTGTTGGATATTTCGG 139 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || | ||| Sbjct 59 AATTACGCTTGGCTCGAGACTCTGAAGATCATCGGGTTCTGTTT-TTTTTTTTCTTTTTT 117 Query 140 GGAAGCT-TTGGGAGGAGAGGATCTCACGTTTTTGTTCGTTTATGGCGTCTGTGTGAG-A 197 | || | || ||||||||||||||| ||| || | ||||||||||| | Sbjct 118 TGTAGATATTTTGAGGAGAGGATCTCA---------TCG-TT-T---GTCTGTGTGAGAA 163 Query 198 CATAGTGGTGGTTCTAGC-TTTTAGGTTTTTG---GTGTGTG-T-GT-TCGTGTTATGTT 250 |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| | || |||||| ||||| Sbjct 164 AATAGTGGTGGTTTTAGCTTTTTAGGTTTTTGTTAGTGTGTGTTCGTGTCGTGTGATGTT 223 Query 251 AATTGCTGTTTGTGTCGAAGAAGAGGAAGTAATAAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 310 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 224 AATTGCTGTTTGTGTCGAAGAAGAGGAAGTAA-GAATTAGCTCAAAATGCATTTCACTAA 282 Query 311 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGCGCAGAAAT 370 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 283 GCTTGATGACTCTCCCATGTTCCGCAAACAGTTACAAAGCATGGAGGAGAGTGCAGAAAT 342 Query 371 ATTGCGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 430 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 343 ATTGAGGGAAAGAAGTCTCAAGTTTTACAAAGGATGCCGGAAATACACTGAAGGACTAGG 402 Query 431 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTTGAAACATTTGGTGGAGGCCA 490 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 403 CGAGGCATACGATGGGGACATTGCTTTCGCAAGTGCACTGGAAACATTTGGTGGAGGCCA 462 Query 491 TAATGATCCAATAAGTGTGGCTTTTGGAGGACCGGTAATGACGAAATTTACAATTGCGTT 550 |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 463 TAATGATCCAATAAGTGTTGCTTTTGGAGGACCTGTAATGACGAAATTTACAATTGCCTT 522 Query 551 GAGGGAAATTGGGACTTATAAGGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 610 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 523 GAGGGAAATTGGGACTTATAAAGAAGTTCTTCGGTCACAGGTGGAACATATACTGAATGA 582 Query 611 CAGATTACTTCAGTTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 670 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 583 CAGATTACTTCAATTTGCCAATATGGACTTGCATGAAGTTAAGGAAGCTCGGAAGCGCTT 642 Query 671 TGACAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 730 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 643 TGATAAGGCTAGCCTTACCTACGATCAGGCCCGTGAGAAGTTTTTATCTTTGAGGAAAGG 702 Query 731 TACAAAAAGTGACGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCATACTTCGAGGTCTATGTT 790 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 703 TACAAAAAGTGATGTTGCTGCTGCTTTAGAACAGGAACTTCACACTTCAAGGTCTATGTT 762 Query 791 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTATCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 850 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 763 TGAGCAAGCTCGGTTCAACCTTGTGACTGCTCTTTCAAATGTTGAAGCTAAGAAAAGGTT 822 Query 851 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGTGGAACAATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 910 ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 823 TGAATTTTTGGAAGCAGTCAGCGGAACGATGGATGCACATCTTCGGTACTTCAAACAGGG 882 Query 911 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACATATGCGCAACA 970 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 883 TTACGAATTACTGCATCAGATGGAACCATATATCAATCAGGTCTTGACCTATGCACAACA 942 Query 971 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1030 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 943 ATCCAGAGAAAGATCAAATTATGAACAAGCAGCACTTAATGAAAAGATGCAGGAGTACAA 1002 Query 1031 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1090 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1003 AAGACAGGTTGATCGAGAGAGCAGGTGGGGTTCAAATGGTTCTAATGGATCACCAAATGG 1062 Query 1091 AGATGGCATACAAGCAATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1150 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1063 AGATGGCATACAAGCGATCGGTAGAAGCTCTCACAAAATGATAGACGCCGTAATGCAATC 1122 Query 1151 TGCTGCAAGAGGAAAGGTGCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1210 ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1123 TGCTGCAAGGGGGAAGGTTCAAACAATAAGGCAAGGTTATCTCTCTAAACGATCTTCAAA 1182 Query 1211 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTCTATTA 1270 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1183 CCTGAGAGGAGACTGGAAAAGAAGGTTTTTTGTTCTTGACAGCCGGGGAATGCTGTATTA 1242 Query 1271 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGAAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1330 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1243 TTACCGAAAACAGTGTAGCAAACCATCTGGGTCTGGCAGCCAGCTTTCTGGACAGAGAAA 1302 Query 1331 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTGCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAATCATGGACA 1390 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1303 TAGCTCCGAGCTTGGGTCTGGACTTCTTAGTAGGTGGCTTTCTTCGAATAGTCATGGACA 1362 Query 1391 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1363 TGGTGGTGTCCATGATGAGAAGTCTGTAGCTCGTCATACAGTGAACTTACTCACCTCAAC 1422 Query 1451 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATATCACCTAC 1510 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1423 AATTAAAGTCGACGCTGATCAATCAGATCTGAGGTTTTGCTTTAGGATCATTTCACCTAC 1482 Query 1511 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1570 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1483 AAAAAACTACACGTTGCAGGCTGAGAGTGCACTCGATCAAATGGATTGGATAGAAAAGAT 1542 Query 1571 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1630 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1543 CACTGGGGTTATTGCATCACTACTTAGTTCTCAGGTCCCTGAACAGCGTCTTCCTGGTAG 1602 Query 1631 TCCCATGGGAAGTGGCCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1690 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1603 TCCCATGGGAAGTGGTCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCTCATATGAAAGTTCTGA 1662 Query 1691 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTTGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACAATGA 1750 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1663 ATATGATCATCCTACTACTGAAGAATTCGTATGTGAGAGGAGCTTTTTGGGGTACCATGA 1722 Query 1751 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAACGGTCCATTAGAAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1810 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1723 AAGGCCATCAAGAAGTTTTCAGCCGCAAAGGTCCATTAGGAAGGGTGAGAAGCCCATTGA 1782 Query 1811 TGCTCTTCGAAAGGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1870 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1783 TGCTCTACGAAAAGTCTGTGGGAATGACAAATGTGCGGATTGTGGAGCTCCAGAACCAGA 1842 Query 1871 CTGGGCTTCTTTAAATCTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1930 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1843 TTGGGCTTCTTTAAATTTGGGGGTTCTTGTCTGTATCGAATGTTCTGGTGTTCACCGTAA 1902 Query 1931 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1990 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1903 TCTTGGTGTGCATATATCTAAGGTTAGGTCACTCACTCTCGACGTGAAAGTATGGGAGCC 1962 Query 1991 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTCGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2050 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1963 ATCTGTTATAAGTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAATACTTTTGCAAACACAGTTTGGGAGGA 2022 Query 2051 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCATCCATTTTGACCCCGGCTTAACAGTGTCTGATAAATC 2110 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||| Sbjct 2023 ATTGCTTCATTCAAGGAGCGCCTTCCATGTTGACCCAGGCTTAACTGGGTCTGATAAATC 2082 Query 2111 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAACCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2170 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2083 CAGGGTGATGGTCACTGGAAAGCCCAGCTATGCTGATATGATATCTATCAAGGAGAAGTA 2142 Query 2171 TATACAAGCTAAGTATGCGGAGAAGTTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACAGCGATTTCCC 2230 ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 2143 TATTCAAGCTAAGTATGCGGAGAAGCTATTTGTTCGGAGATCAAGAGACTGTGATTTCCC 2202 Query 2231 ACAATCAGCTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2290 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2203 ACAATCAGTTGCACAACAAATGTGGGACGCAGTGAGTGGCAATGATAAAAAAGCTGTTTA 2262 Query 2291 CCGGCTCATTGTCAATGGTGATGCGGATGTGAATTATGTGTATGACCAA--A-CTTCCAG 2347 |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||| Sbjct 2263 CCGGCTTATTGTCAATGGTGATGCGGATGTAAATTCTGTGTATGACCAATCATCTTCCAG 2322 Query 2348 TTCTTCGTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAGCGTGAGGATGT 2407 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2323 TTCTTCTTTAACACTTTCCAGAGTAATATTAGTACCAGAAAGGCCAAAACGTGAGGATGT 2382 Query 2408 TCTACTCAGATTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATATCTCC 2467 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2383 TCTACTCAGGTTAAGAAATGAGTTACTTGATAGAACAGGTAGTTCTTCAAATATTTCTCC 2442 Query 2468 TGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACCTTGGGAT 2527 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2443 CGAGGGAAGCGGAGGTTCCTCTCTGCTTCACTGTGCTTGTGAGAAGGCAGACATTGGGAT 2502 Query 2528 GGTAGAGCTTTTGCTGCAGTATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2587 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2503 GGTAGAGCTTTTGCTGCAATATGGTGCAAATGTAAACGCCTCAGATTCAAGTGGTCAAAC 2562 Query 2588 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTCAGAGGAAAAGTGACAATAGCAAGATTGCTTCTCACTAG 2647 ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2563 GCCGCTGCACTGTTGTCTTCTAAGAGGCAAAGCGACAATAGCAAGATTGCTACTCACTAG 2622 Query 2648 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACAGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATTGCTGCAGA 2707 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2623 GGGAGCAGACCCGGAAGCTATGAACGGAGAAGGCAAAACCGCTCTTGATATCGCTGCAGA 2682 Query 2708 GTC-AAATTTTACTGATCCAGAAGTTCTTGCTCTCCTTTCAGACACAAATGGATACAATC 2766 ||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||| Sbjct 2683 GTCGAAATTT-ACTGATCCAGAAGTCCTCGCTCTCCTTTCAGACCCAAACGGATACAATA 2741 Query 2767 ACAGACAGTGCTGATAAAGATGCATAGGCTTGCGGACATAAAAATTCCGGAGCTATGTTT 2826 |||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2742 ACAGACAGTGCTGA-AAA-A-GC---GG-------ACATAAAAATTTCGGAGCTATGTTT 2788 Query 2827 CATCGTTGCTTTCACGGTCTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGAAGGAC--CTCTAATGGT 2884 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| Sbjct 2789 CATCGTTGCTTTCACGGTTTGAAGAGCCAATCAACACTAAAGGACCTCTACTCTAATGGT 2848 Query 2885 CTCTAGCAAGTTTAGCCCCCAATTAAGTATTGTATT-GATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2943 ||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2849 CTCGAGCAAGCTTAGCCCCCAATTATGTAATGTATTTGATGTTTTTGTGATGGATGGATA 2908 Query 2944 TAGGCTGCATATTGGGAAATT-ATAgtgtattgtattgtgtcgtgttgtgtgtatgtgGG 3002 ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2909 TAGGCTGCATATTGGGAAATTTATAGTGTATTGTGTTGTGTCGTGTTGTGTGTATGTGGG 2968 Query 3003 ACTATAGCATCCTGAGTTTGTCATGTCCAGACGTTGTAACTTGTAAGCAATTACTTATGG 3062 ||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 2969 ACTGTAGCATCCTAAGTTTGTCATGTC-AT---TTGTAACTTGTAAGCAATTATTTAAGG 3024 Query 3063 TTTTGTTCACTTCGT 3077 ||||||||||||||| Sbjct 3025 TTTTGTTCACTTCGT 3039 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 117165593620 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5