BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13390.1
Length=3587
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488158 jgi|Araly1|488158|fgenesh2_kg.6__1292__AT5G13390.1 5890 0.0
> Ahg488158 jgi|Araly1|488158|fgenesh2_kg.6__1292__AT5G13390.1
Length=3554
Score = 5890 bits (3189), Expect = 0.0
Identities = 3451/3576 (97%), Gaps = 23/3576 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTCATCAGTAAACGGCGAGATTCGCCATCAATCTGAATTCCAAACAAAAATTCCGGCGA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTCATCAGTAAACGGCGAGATTCGCCATCAATCTGTATTCCAAACAAAAATTCCGGCGA 60
Query 61 CCATGATGCCACCGGAGCTACAGCCGCGGCTGTTCCGGCCCCATATAACCGCCT-CCACC 119
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 61 CGATGATGCCACCGGAGCTGCAGCCGCGGCTGTTCCGGCCGCATATAACC-TCTCCCACC 119
Query 120 AGTGAACCTACTCAATCTTCCTCCTCTTACTCACCTCACATGAGCCCTGCATCAACCAGA 179
||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 120 AGTGATCCTACTCAGTCTTCATCCTCTTACTCCCCGCACATGAGCCCTGCCTCAACCAGA 179
Query 180 AACTTCATCGATCGAGCTACTCCTACTTCGAGATCCAACAACTCTCGATTCTCTCCATCT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 180 AACTTCATCGATCGAGCTACTCCTACTTCGAGATCCAACCACTCTCGATTCTCTCCGTCT 239
Query 240 TCCTTCGCCTACAATGGACGGATCGCAATTGCTCTTGTCCCTTGCGCCGCCTTCCTCCTC 299
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCCTTCGCATACAATGGACGGATCGCAATTGCTCTTGTCCCTTGCGCCGCCTTCCTCCTC 299
Query 300 GACCTCGGCGGCACTCCGGTTGTCGCTACACTCACAATCGGCCTCCTCATATCTTACATC 359
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 300 GACCTCGGCGGCGCTCCGGTTGTCGCTACACTCACAATCGGCCTCCTCATATCCTATATC 359
Query 360 GTCGATTCTCTCAATGTCAAATTCGGAGGCTTCCTCGGTATATGGATGTCACTGCTCGCT 419
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 GTCGATTCTCTCAATGTTAAATTCGGAGGCTTCCTCGGTATATGGATGTCACTGATCGCT 419
Query 420 GCTCAGAtctctttcttcttctcatcttctctcttttcctccttcaattccgttcctctc 479
||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 420 GCTCAGATCTCTTTCTTCTTCTCCTCTTCTCTCCTTTCCTCCTTCAATTCCGTCCCTCTC 479
Query 480 GGCTTGCTCGCGGCTTTTCTCTGCGCTCAGACTACTTTCCTCATCGGCTGCTGGACTTCG 539
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 480 GGCTTGCTCGCGGCTTTTCTCTGCGCTAAGACTACTTTCCTCATCGGTTGCTGGACTTCG 539
Query 540 CTCCAATTCAAATGGCTTCAGCTGGAGAATCCTTCCATTGTTGTCGCTTTGGAGCGTCTC 599
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 540 CTCCAATTCAAATGGCTTCAGCTGGAAAATCCTTCCATTGTTGTTGCTCTGGAGCGTCTC 599
Query 600 TTGTTCGCATGTGTCCCTTTCACTGCCTCTTCTTTTTTCGCATGGGCAACTATCTCTGCC 659
|||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 600 TTGTTCGCTTGTGTCCCTTTCACCGCCTCTTCGTTATTCGCATGGGCTACTATCTCTGCC 659
Query 660 GTTGGGATGAACAACTCTTCTTACTATTTCCTCTTGTTCGCCTGCGTCTTCTACTGGATT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GTTGGGATGAACAACTCTTCTTACTATTTCCTCTTGTTCGCCTGCGTCTTCTACTGGATC 719
Query 720 TTCGCTATTCCTAGAGTTTCTTCTTTCAAGACCAAGCAGGAAGTTAAGTACCATGGAGGA 779
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTCGCTATTCCTAGAGTTTCTTCATTCAAGACCAAGCAGGAAGTTAAGTACCATGGAGGA 779
Query 780 GAGATCCCTGATGATAGCTTTATCCTTGGACAGCTGGAGAGCTGTTTCCTTTCACTGAAT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 780 GAGATCCCTGATGATAGCTTTATCCTTGGACAGCTCGAGAGCTGTTTCCTTTCACTCAAT 839
Query 840 TTGATGTTTATGCCGCTTCTCTTTCACGTGGCGTCACATTACTCTGTGATATTCTCATCT 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTGATGTTTATGCCGCTTCTCTTTCACGTGGCGTCACATTACTCTGTGATATTCTCATCA 899
Query 900 GCTGCTTCAGTTTGTGATTTGCTGCTCCTGTTCTTTATCCCTTTCCTGTTCCAGCTCTAT 959
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GCTGCTTCAGTTTGCGATTTGCTGCTTCTGTTCTTTATCCCTTTCCTGTTCCAGCTCTAT 959
Query 960 GCTTCGACAAGAGGTGGTCTATGGTGGGTTACCAAGGATTCACATCAGCTGCAGAGCATT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 960 GCTTCGACAAGAGGTGGTCTATGGTGGGTTACCAAGGATTCCCATCAGCTGCAGAGTATT 1019
Query 1020 CGGATTGTGAATGGGGCTATTGCCATGGTCATTATTGTGATCTGTTTGGAGATTAGAGTT 1079
|||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1020 CGGATTGTTAATGGGGCCATTGCCTTGGTCATTATTGTGATCTGTTTGGAAATTAGAGTT 1079
Query 1080 GTTTTCCGCTCTTTTGGAAAGTATATTCAAGTGCCGCCTCCATTGAACTACCTTCTGGTG 1139
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GTTTTCCGCTCCTTTGGGAAGTATATTCAAGTGCCCCCTCCATTGAACTACCTTCTGGTG 1139
Query 1140 ACTACAACATTGCTTGGAGGTGCTGCTGGTGCTGGTGCTTCTGTTCTTGGAATGATCTCG 1199
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ACTACAACAATGCTTGGAGGTGCTGCTGGCGCTGGTGCTTCTGTTCTTGGAATGATCTCG 1199
Query 1200 AGTGCTCTGAGCTCAGCCTTTTTCACAGCTTTGTCTGTGATTGTGAGTTCTGCTGGAGCT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1200 AGTGCTCTGAGCTCAGCCTTTTTCACAGCTTTGTCTGTGATTGTGAGTTCTGCAGGAGCT 1259
Query 1260 ATCGTTGTAGGATTTCCAGTTCTGTTTACTCCGCTTCCTGCAGTTGCTGGGCTTTATTTT 1319
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATCGTTGTAGGGTTTCCAGTTCTGTTTACTCCGCTTCCTGCAGTTGCTGGGCTTTATTTT 1319
Query 1320 GCTCGGTTTTTTACAAAGAAAAGTGTGCCCTCTTACTTTGCATTTGTAGCTCTTGGAAGC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1320 GCTCGGTTTTTTACAAAGAAAAGTGTGCCCTCTTACTTTGCATTTGTTGCTCTTGGAAGC 1379
Query 1380 TTAATGGTTATATGGTTTGTAATGCATAATTACTGGGATTTAAACATATGGTTAGCCGGC 1439
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TTAATGGTTATATGGTTCGTAATGCATAATTACTGGGATTTAAACATATGGTTAGCCGGC 1439
Query 1440 ATGTTCCTCAAATCATTCTGTAAGCTTATAGTGGCCAACATTATTATAGCCATGGTGATC 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1440 ATGTTCCTCAAATCATTCTGTAAGCTTATAGTGGCCAACATTATCATAGCCATGGTGATC 1499
Query 1500 CCGGGTCTTGTTCTTCTCCCTTCAAAATTTCACTTCCTGACTGAAGCTGGTATGGTGACC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CCGGGTCTTGTTCTTCTCCCTTCAAAATTTCACTTCCTGACTGAAGCTGGTATGGTGACC 1559
Query 1560 CACGCATTATTACTGTGTTACATCGAGGACCGCTTTTTCAATTACTCAAGCATATACTAT 1619
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CATGCATTATTGCTGTGTTACATCGAGGACCGCTTTTTCAATTACTCAAGCATATACTAT 1619
Query 1620 TATGGAATGGAAGACGATGTGATGTACCCTAGCTACATGGTTATCTTGACGTCGCTAATA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1620 TATGGAATGGAAGACGATGTGATGTACCCTAGCTACATGGTTATCTTGACGACGCTAATA 1679
Query 1680 GGATTGGCTGTGGTGAGAAGACTGTTTGCTGACCACCGAATTGGACAAAAGGCAGTCTGG 1739
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GGATTGGCTGTAGTGAGAAGACTGTTTGCTGACCACCGAATTGGACAAAAGGCAGTCTGG 1739
Query 1740 ATCTTGACCTGTCTGTATTCAGCAAAGTTGGCTATGCTCTTCCTATCATCGAAATCAATT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ATCTTGACCTGTCTGTATTCAGCAAAGTTGGCTATGCTCCTCCTATCATCGAAATCAATT 1799
Query 1800 GTATGGGTGTCTGCAGCTCTATTACTGGCTGTTTCCCCTCCCTTACTTCTATACAAGGAG 1859
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1800 GTATGGGTGTCTGCAGCTCTATTACTCGCGGTTTCCCCTCCCTTACTGCTATACAAGGAG 1859
Query 1860 AAGTCGAAATCTGCCTCTAAAATGAAGCCATGGCAAGGTTATGCTCATGCCGTAGTGGTT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AAGTCGAAATCTGCCTCTAAAATGAAGCCATGGCAAGGTTATGCTCATGCCGTAGTGGTT 1919
Query 1920 GCTGTCTCTGTCTGGTTTTGCCGGGAAACAATATTTGATGCTCTACAGTGGTGGCATGGA 1979
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1920 GCTGTCTCTGTTTGGTTTTGCCGGGAAACAATATTTGATGCTCTACAGTGGTGGAATGGA 1979
Query 1980 AGACCTCCGTCTGATGGTTTGCTTCTTGGTTCCTGCATCGTTTTAATTGGTCTGGCCTGT 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AGACCTCCGTCTGATGGTTTGCTTCTTGGTTCCTGCATCGTTTTAATTGGTCTGGCCTGT 2039
Query 2040 ATACCAATTGTTGCCTTCCACTTTTCGCATGTCCTGTCAGCTAAGAGAAGCTTGGTATTA 2099
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 ATACCAATTGTTGCCCTCCACTTTTCGCATGTCTTGTCAGCTAAGAGAAGCTTGGTATTA 2099
Query 2100 GTAGTGGCAACTGGATGCATGTTTATTCTGATGCAGCCACCGATGCCTATGACGTGGAGT 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GTAGTGGCAACTGGATGCATGTTTATTCTGATGCAGCCACCAATGCCTATGACGTGGAGT 2159
Query 2160 TACCATTCAGATATGATCAAGGCCGCTCGCCAGTCAGCTGATGACATTTCCATCTATGGA 2219
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TACCATTCAGACATGATCAAGGCCGCTCGCCAGTCAGCTGATGACATTTCCATCTATGGA 2219
Query 2220 TTCATGGCATCCAAACCGACTTGGCCGTCTTGGTTGCTTATTGTGTCACTCCTCTTGATT 2279
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2220 TTCATGGCATCCAAACCGACTTGGCCGTCGTGGTTGCTCATTGTGTCACTCCTGTTGATT 2279
Query 2280 CTTGCTGCTGCCACATCTCTTATCCCAATCAAATACGTAGTAGAACTGAGAGCATTTTAC 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CTTGCTGCTGCCACATCTCTTATCCCAATCAAATACGTAGTAGAACTGAGAGCATTTTAC 2339
Query 2340 TCCATTGCCATGGGTTTAGCTCTCGGTGTTTATATATCAGCAGAGTTCTTTCTACAAGCT 2399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 TCCATTGCCATGGGTTTAGCTCTCGGTGTTTATATATCTGCAGAGTTCTTTCTACAAGCT 2399
Query 2400 GCTGTTCTACATGCCCTGATCGTTGTAACACTGGTGTGTGCCTCAGTTTTTGTCATCTTC 2459
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2400 GCTGTTTTACATGCCCTGATCGTTGTAACAATGGTGTGTGCGTCAGTTTTTGTCATCTTC 2459
Query 2460 ACCCATTTTCCATCTGCCTCAAGCACAAAGCTGCTTCCCTGGGTGTTTGCTCTTCTCGTG 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 ACCCATTTTCCATCTGCCTCAAGCACAAAGCTGCTTCCCTGGGTGTTTGCTCTTCTCGTG 2519
Query 2520 GCTCTATTTCCTGTGACATATTTGTTAGAAGGGCAAGTCAGAATTAAAAACGATCTCAAC 2579
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2520 GCTCTTTTTCCTGTGACATATTTGTTAGAAGGGCAAGTCAGAATTAAAAACGATTTCAAC 2579
Query 2580 GAAAATGTTACCTGGGGTTGGGACACAAGGGAGGAGGATAAGAAAGTCACAACCATGTTG 2639
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 GAAAATGTTGCCTGGGGTTGGGACGCAAGGGAGGAGGATAAGAAAGTCACAACCATGTTG 2639
Query 2640 GCCATTGAAGGTGCAAGAACATCTCTTCTAGGTCTCTATGCAGCGATATTTATGCTTATA 2699
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 GCCATCGAAGGTGCAAGAACATCTCTTCTAGGTCTCTATGCAGCGATATTTATGCTTATA 2699
Query 2700 GCTCTCCTGATTAAATTTGAGCTCACTTCGCTTTTGCGTGAGAAATTCTCTGAGAGGAGT 2759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 GCTCTCCTGATTAAATTTGAGCTCACTTCGCTTTTGCGAGAGAAATTCTCTGAGAGGAGT 2759
Query 2760 GGTCAGTCAAAAACCCAAGGAGGCGCAAGAGGGATTTTCCCGACACGAATGAGGTTGATG 2819
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 GGTCAGTCAAAAACCCAAGGCGGCGCAAGAGGGATTTTCCCGACACGAATGAGGTTGATG 2819
Query 2820 CAGCAACGCCGAGCCACCTCGATCCAAAGCTTTGCAGTAGAGAAAATGTCAGAAGAGGGA 2879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 CAGCAACGCCGAGCCACCTCGATCCAAAGCTTTGCAGTAGAGAAAATGTCAGAAGAGGGA 2879
Query 2880 GCAGCATGGATGCCTTCTGTTGGTAATGTCGCCACCATCATGTGCTTTGCCATATGCTTA 2939
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2880 GCGGCATGGATGCCTTCTGTTGGTAATGTCGCTACCATCATGTGCTTTGCCATATGCTTA 2939
Query 2940 ATCCTCAACATCCACCTCTCAGGCGGCTCAAGCCAAGCGATATTCTTCCTGGCTCCAATC 2999
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2940 ATCCTCAACATCCACCTCTCCGGCGGCTCAAGCCAAGCGATATTCTTCCTGGCTCCGATC 2999
Query 3000 TTACTTCTCCTGAACCAAGACTCTGATCTCTTATCCGGGTTTGGTGATAAACAGAGATAC 3059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 TTACTTCTCCTGAACCAAGACTCTGATCTCTTATCCGGGTTTGGTGATAAACAGAGATAC 3059
Query 3060 TTCCCGGTTACAGTAGCCATATCAACATATTTGGCATTATCCTCGCTCTACACTGTATGG 3119
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3060 TTCCCGGTTACAGTAGCAATATCAACATATTTGGCATTATCCTCTCTCTACACTGTATGG 3119
Query 3120 GAAGAAGTTTGGTTTGGTGGAAACACAGGTTGGGGAGTCGAAATTGGAGGCCGTGAATGG 3179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3120 GAAGAAGTTTGGTTTGGTGGAAACACAGGTTGGGGAGTAGAAATTGGAGGCCGAGAATGG 3179
Query 3180 TTTTTTGCGGTGAAGAACCTGGCTCTCCTAATACTCACAGCACCAGGTCACATCATATTC 3239
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3180 TTTTTTGCTGTGAAGAACCTGGCTCTCCTAATACTCACAGCACCAGGTCACATAATATTC 3239
Query 3240 AACAGGTACGTTTGGAGTTACACCACCAAACACACAGACGCGTCGCCGATGCTGACCGTG 3299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3240 AACAGGTACGTTTGGAGTTACACCACCAAACACACAGACGCGTCGCCGATGCTGACAGTG 3299
Query 3300 CCACTTAGCTTTGCAGCCGTAATAATAACAGACGTGTTTCAAGTTAGGGTTCTGGGAGTT 3359
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3300 CCACTTAGCTTTGCAGCCGTAATAATAACAGATGTGTTTCAAGTTCGGGTTCTGGGAGTT 3359
Query 3360 TTAGGCATTGTTTACTCTGCGGCTCAGTATGTGATATCTAGGCAACAATATATGAAAGGG 3419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3360 TTAGGCATTGTTTACTCTGCGGCTCAGTATGTGATATCTAGGCAACAATATATGAAAGGG 3419
Query 3420 CTGAGGTATATTTAGACAGTCGTAGGATTGATTAGTAATGTTTTCGACCCTTTTTGTAAC 3479
||||||||||||||||||||||||||||| || | | | | | |||
Sbjct 3420 CTGAGGTATATTTAGACAGTCGTAGGATT--TT--T--T-T----G----T------AAC 3458
Query 3480 AGAATTTGTGAAACAGTGTTTTCATTTCCCAGCTTTGTTTCTCAGTGGATGCATTGGAAA 3539
|||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3459 AGAATTTGTGGAACAGTGTTTTCATTTTCCTGCTTTGTTTCTCAGTGGATGCATTGGAAA 3518
Query 3540 TTGCCAATATACGACGTTTGAACAACTTAATTTTAT 3575
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3519 TTGCCAAGATACGACGTTTGAAGGACTTAATTTTAT 3554
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135484959880
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5