BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13480.2
Length=2496
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488168 jgi|Araly1|488168|fgenesh2_kg.6__1302__AT5G13480.1 2924 0.0
> Ahg488168 jgi|Araly1|488168|fgenesh2_kg.6__1302__AT5G13480.1
Length=2096
Score = 2924 bits (1583), Expect = 0.0
Identities = 1703/1761 (97%), Gaps = 8/1761 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 599 TTCAGGCTCGAACATGGCAGCGAGACTCAAGGGATAGGACCACTCTGCAACCAACCCCAG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 337 TTCAGGCTCGAACATGGCAGCGAGACTCAAGGGATAGGACCTCTTTGCAACCAACCCCAG 396
Query 659 CTGCAGCAGTTGATATGCTTCCCACAGTTGCCTATTCGGATAATCCTTCAACAAGCTTTG 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 397 CTGCAGCAGTTGATATGCTTCCCACAGTTGCCTATTCAGATAATCCTTCAACAAGCTTTG 456
Query 719 CTGCAAAGTTTGTTCACGCATCTCTAAACAAGAACCGTTGTTCAATCAACCGTGTATTGT 778
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 CTGCAAAGTTTGTTCACACATCTCTAAACAAGAACCGTTGTTCAATCAACCGTGTATTGT 516
Query 779 GGACACCTTCAGGAAGACGTCTTATCACGGGCTCCCAAAGTGGGGAGTTTACTCTTTGGA 838
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 GGACACCTTCAGGACGACGTCTTATCACTGGCTCCCAAAGTGGGGAGTTTACTCTTTGGA 576
Query 839 ATGGGCAATCTTTTAATTTTGAAATGATTCTTCAGGCACATGATCAACCTATTAGGTCGA 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 577 ATGGGCAATCTTTTAATTTTGAAATGATTCTTCAGGCACATGATCAACCTATAAGGTCGA 636
Query 899 TGGTATGGAGCCACAATGAAAATTATATGGTTTCTGGTGATGATGGAGGCACATTAAAGT 958
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 637 TGGTATGGAGCCACAATGACAATTATATGGTTTCTGGTGATGATGGAGGCACAATAAAGT 696
Query 959 ATTGGCAGAACAATATGAACAATGTGAAAGCCAATAAAACTGCTCACAAGGAATCAATTC 1018
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 697 ATTGGCAGAACAATATGAACAATGTGAAAGCCAACAAAACTGCTCACAAGGAATCAATTC 756
Query 1019 GCGATTTAAGTTTTTGTAAAACAGATTTGAAGTTCTGTTCGTGTTCTGATGATACGACTG 1078
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 GCGATTTAAGTTTCTGTAAAACAGATTTAAAGTTCTGCTCGTGTTCTGATGATACGACTG 816
Query 1079 TTAAAGTCTGGGATTTTACCAAGTGCGTAGATGAAAGCTCATTAACCGGCCATGGTTGGG 1138
||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 TTAAAGTCTGGGATTTTGCCAAGTGCCAAGAAGAATGCTCATTAACCGGCCATGGTTGGG 876
Query 1139 ATGTCAAGAGCGTTGACTGGCACCCCACAAAGTCCCTACTAGTTTCTGGTGGAAAAGACC 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 ATGTCAAGAGCGTTGACTGGCACCCCACAAAGTCCCTACTAGTTTCTGGTGGAAAAGACC 936
Query 1199 AACTTGTCAAACTCTGGGATACTAGATCTGGGAGAGAGCTTTGCTCACTCCATGGTCACA 1258
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 937 AACTTGTCAAACTCTGGGATACTAGAACTGAGAGAGAGCTTTGCTCACTTCATGGTCACA 996
Query 1259 AAAACATAGTACTTAGCGTGAAGTGGAACCAAAATGGCAATTGGCTTTTAACGGCCTCGA 1318
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 997 AAAACATAGTGCTTAGCGTGAAGTGGAACCAAAATGGCAATTGGCTTTTAACGGCCTCGA 1056
Query 1319 AAGATCAGATAATTAAGCTGTATGATATAAGGACTATGAAGGAGCTTCAATCCTTTCGTG 1378
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1057 AAGATCAGATAATTAAGCTGTACGATATAAGGACTATGAAAGAGCTTCAATCCTTTCGTG 1116
Query 1379 GGCACACGAAAGATGTAACATCTTTGGCGTGGCATCCCTGCCATGAAGAATATTTTGTCA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 GGCACACGAAAGATGTAACATCTTTGGCGTGGCATCCCTTCCATGAAGAATATTTTGTCA 1176
Query 1439 GTGGGAGCTCTGACGGCTCCATTTGTCATTGGATTGTGGGGCATGAAAACCCGCAGATTG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 GTGGGAGCTCTGACGGCTCCATTTGTCATTGGATTGTGGGGCATGAAAACCCGCAGATTG 1236
Query 1499 AAATCCCAAATGCTCATGATAACAGTGTTTGGGATCTTGCATGGCATCCTATTGGATATC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 AAATCCCAAATGCTCATGATAACAGTGTTTGGGATCTTGCATGGCATCCTATTGGATATC 1296
Query 1559 TTCTTTGCAGTGGTAGCAATGATCACACAACCAAGTTTTGGTGCAGAAACAGGCCTGCAG 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 TTCTTTGCAGTGGTAGCAATGATCACACAACCAAGTTTTGGTGCAGAAACAGGCCTGCAG 1356
Query 1619 ATAATCCCCGAGATGTTCTTATGCAGAACCAAGGCTATAATGAACAAGGTTTTGGT---C 1675
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1357 ATAATCCCCGAGATGTCCTTATGCAGAACCAAGGCTATAATGAACAAGGTTTTGGTAATC 1416
Query 1676 GCCA-ACCTGATAATTTCCAACCATCTGAGGCATCGCCAATCCCTGGAGCATTTGTGCCT 1734
|| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||
Sbjct 1417 GCGAGAC-TGATAATTTCCAACCATCTGAGGCATCGCCATTTCCTGGATCATTTGTGCCT 1475
Query 1735 GGGTTGACACGGAACGAGGGGACTATCCCAGGAATAGGAATAGCAATGCCATTTGATGCA 1794
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 GGGCTGACACGGAACGAGGGGACCATCCCAGGAATTGGAATAGCAATGCCATTTGATGCA 1535
Query 1795 TCCTCTCAAGGGGATCATAAACAGCCTCTTCCAGGTTCCATGGCACTGGGGGCTCCTCCT 1854
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1536 TCCTCTCAAGGGGAACATAAACAGCCTCTTCCAGGTTCCATGGCACTGGGAGCTCCTCCT 1595
Query 1855 TTGCCACCTGGTCCCCACCCATCGCTTCTTGGAAGTGGCCAGCAGCAAGGGTATCAGCAA 1914
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 TTGCCACCTGGTCCCCACCCATCACTTCTTGGAAGTGGCCAGCAGCAAGGGTATCAGCAA 1655
Query 1915 CAACAACA--AC-ACCAAGGTCATCCCCAGCAAATGCTTCCAATGCCCAATATGCCTCAC 1971
|||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 CAACAACACCACCACCAAGGTCATCCCCAGCAAATGCCTCCAATGCCCAATATGCCTCAC 1715
Query 1972 CATCAGCTACCACCATCATCTCATATGCCATTGCACCCTCATCATCTTCCCCGGCCTATG 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 CATCAGCTACCACCATCATCTCATATGCCATTGCACCCTCATCATCTTCCCCGGCCTATG 1775
Query 2032 CAAATGCCTCCTCACGGTCACATGCCACCTCCCTCAATGCCTATGTCTCATCAGATGCCT 2091
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 CAAATGCTTCCTCACGGTCACATGCCACCTTCCTCAATGCCTATGTCTCATCAGATGCCT 1835
Query 2092 GGATCAATGGGAATGCAAGGTGGCATGAATCCTCAGATGTCGCAAAGTCATTTTATGGGT 2151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836 GGATCAATGGGAATGCAAGGTGGCATGAATCCTCAGATGTCGCAAAGTCATTTTATGGGT 1895
Query 2152 GCTCCTTCAGGAGTATTTCAAGGACAACCAAACAGTGGCGGACCCCAAATGTATCCCCAA 2211
||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1896 GCTCCTTCAGGAGTATTTCAAGGACCACCAAGCAATGGTGGACCCCAAATGTATCCCCAG 1955
Query 2212 GGACGTGGTGGTTTCAACCGTCCACAGATGATTCCAGGCTACAACAACCCTTTCCAACAG 2271
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 GGACGTGGTGGTTTCAACCGTCCACAAATGATTCCAGGCTACAACAACCCTTTCCAACAG 2015
Query 2272 CAGCAGCAGCCACCTTTACCTCCTGGCCCTCCACCAAACAACAATCAGCAACATCAGTAG 2331
|||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2016 CAGCCGCAGCCGCCTTTACCTCCCGGCCCTCCACCAAACACCAATCAGCAACATCAGTAG 2075
Query 2332 GCAGCCGTTGTATTAGTACAT 2352
||| |||||||||||||||||
Sbjct 2076 GCAACCGTTGTATTAGTACAT 2096
Score = 305 bits (165), Expect = 8e-82
Identities = 183/192 (95%), Gaps = 0/192 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 343 AGGGGTTCACAGATGCCACAACCACCGATGATGCGGCAGTCGTCAGCTTCTTCCACTAAC 402
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 150 AGGGGTTCACAGATGCCACCACCACCGATGATGCGGCAGTCGTCAGCTTCTTCCTCTAAC 209
Query 403 ATCAATCCCGACTACCACCACCCATCTGGCCCCTTCGACCCCAATGTAGACAGTTTTGGG 462
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 210 ATCAATCCCGACTACCACCACCCCTCTGGCCCCTTCGACCACAATGTAGACAGTTTTGGG 269
Query 463 GCGAAACGAATGAGAAAGCATACACAGAGAAGAGCTGTTGATTACACCAGCACCGTTGTT 522
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 270 GCGAAACGTATGAGAAAGCATACACAGAGAAGAGCTGTTGACTACACCAGCACCGTTGTC 329
Query 523 AGATATATTCAG 534
| ||| ||||||
Sbjct 330 AAATACATTCAG 341
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94082905150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5