BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13640.1
Length=2811
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488184 jgi|Araly1|488184|fgenesh2_kg.6__1318__AT5G13640.1 3866 0.0
> Ahg488184 jgi|Araly1|488184|fgenesh2_kg.6__1318__AT5G13640.1
Length=2585
Score = 3866 bits (2093), Expect = 0.0
Identities = 2467/2636 (94%), Gaps = 71/2636 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 196 CATGAACCGCAACCTGAACCAGGAGCAAAGTGGTCAAGTTTTGCCATCCGGTCCGAGTCC 255
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1 CATGAACCGCAACCTGAATCAGGAGCAAAGTGGTCAAGTTTCGCCATTCGGTCCGAGTCC 60
Query 256 CTTGGAGGAATAATACCAGAACAGaaaaaaaCAGAAAAGTCGACAATAAACA-AAAGAGA 314
||| | | | |||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 61 CTT----G----------G---A-AAAAAAACAGAAAAGT-----AT---CAGAAAGAGA 94
Query 315 CAAATTTGATTTGATTGGTTCCAGAAATTCGCAGAGAAACAGCTCTTTGTCTCTCTCGAC 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |
Sbjct 95 CAAATTTGATTTGATTGGTTCCAGAAATTCGCAGCGAAACAGCTCTTTG------T---C 145
Query 375 TGATCTAACAATCCCTAATCTGTGTTCTAAATTCCTGGACGAGATTTGACAAAGTCCGTA 434
||| | | | |||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 146 ---TCT--C--T--C-AATCTGGGTTCTGAATTCCTGGAAGAGATTAGACAAAGTCCG-- 193
Query 435 TAGC---TTAACCTGGTTTAATTTCAAGTGACAGATATGCCCCTTATTCATCGGAAAAAG 491
|||| |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 194 TAGCTTATTAATCTGG-TTAATTTCAAGTGACAGAGATGCCCCTTATTCATCGGAAAAAG 252
Query 492 CCGACGGAGAAACCATCGACGCCGCCATCTGAAGAGGTGGT-G--CACGATGAGGATTCG 548
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||
Sbjct 253 CCGACGGAGAAACCATCGTCGCCGCCATCTGAAGAGGTGGTGGTACCCGATGAGGATTCC 312
Query 549 CAAAAGAAACCACACGAATCTTCCAAATCCCACCATAAGAAATCGAACGGAGGAGGGAAG 608
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 313 CAAAAGAAACCACACGAATCTTCCAAATCCCACCATAAGAAATCCAACGGAGGAGGGAAG 372
Query 609 TGGTCGTGCATCGATTCTTGTTGTTGGTTCATTGGgtgtgtgtgtgtAACCTGGTGGTTT 668
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 373 TGGTCGTGCATCGACTCTTGTTGTTGGTTCATTGGGTGTGTGTGCGTCACATGGTGGTTT 432
Query 669 CTTCTCTTCCTTTACAACGCAATGCCTGCGAGCTTCCCTCAGTATGTAACGGAGCGAATC 728
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 CTTCTCTTCCTTTACAACGCAATGCCTGCCAGCTTCCCTCAGTATGTAACGGAGCGAATC 492
Query 729 ACGGGTCCTTTGCCTGACCCGCCCGGTGTTAAGCTCAAAAAAGAAGGTCTTAAGGCGAAA 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 493 ACGGGTCCTTTGCCTGACCCGCCCGGTGTTAAGCTTAAGAAAGAAGGTCTTAAGGCGAAA 552
Query 789 CATCCTGTTGTCTTCATTCCTGGGATTGTCACCGGTGGGCTCGAGCTTTGGGAAGGCAAA 848
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 553 CATCCCGTTGTCTTCATTCCTGGGATTGTCACTGGTGGGCTTGAGCTTTGGGAAGGCAAA 612
Query 849 CAATGCGCTGATGGTTTATTTAGAAAACGTTTGTGGGGTGGAACTTTTGGTGAAGTCTAC 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 CAATGCGCTGATGGTTTATTTAGAAAACGTTTGTGGGGTGGAACTTTTGGTGAAGTCTAC 672
Query 909 AAAAGGCCTCTATGTTGGGTGGAACACATGTCACTTGACAATGAAACTGGGTTGGATCCA 968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 673 AAAAGGCCTCTATGTTGGGTGGAACACATGTCACTTGACAATGTAACTGGGTTGGATCCT 732
Query 969 GCTGGTATTAGAGTTCGAGCTGTATCAGGACTCGTGGCTGCTGACTACTTTGCTCCTGGC 1028
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 733 GCTGGTATTAGAGTTAGAGCTGTATCAGGACTCGTGGCTGCCGACTACTTTGCTCCTGGC 792
Query 1029 TACTTTGTCTGGGCAGTGCTGATTGCTAACCTTGCACATATTGGATATGAAGAGAAAAAT 1088
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 TACTTTGTCTGGGCAGTGCTGATTGCTAACCTTGCACATATTGGATATGAAGAGAAAAAC 852
Query 1089 ATGTACATGGCTGCATATGACTGGCGGCTTTCGTTTCAGAACACAGAGGTACGTGATCAG 1148
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 853 ATGTACATGGCTGCTTATGACTGGAGGCTTTCGTTTCAGAACACAGAGGTACGTGACCAG 912
Query 1149 ACTCTTAGCCGTATGAAAAGTAATATAGAGTTGATGGTTTCTACCAACGGTGGaaaaaaa 1208
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 ACGCTTAGCCGTATGAAAAGTAATATAGAGTTGATGGTTTCTACCAACGGTGGAAAAAAG 972
Query 1209 GCAGTTATAGTTCCGCATTCCATGGGGGTCTTGTATTTTCTACATTTTATGAAGTGGGTT 1268
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 GCAGTTATAGTTCCCCATTCCATGGGAGTCTTGTATTTTCTACATTTTATGAAGTGGGTT 1032
Query 1269 GAGGCACCAGCTCCTCTGGGTGGCGGGGGTGGGCCAGATTGGTGTGCAAAGTATATTAAG 1328
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1033 GAGGCACCAGCTCCTATGGGTGGCGGGGGTGGGCCAGATTGGTGTGCAAAGTATATAAAG 1092
Query 1329 GCGGTGATGAACATTGGTGGACCATTTCTTGGTGTTCCAAAAGCTGTTGCAGGGCTTTTC 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093 GCGGTGATGAACATTGGTGGACCATTTCTTGGTGTTCCAAAAGCTGTTGCAGGGCTTTTC 1152
Query 1389 TCTGCTGAAGCAAAGGATGTTGCAGTTGCCAGAGCGATTGCCCCAGGATTCTTAGACACC 1448
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1153 TCTGCAGAAGCAAAGGATGTTGCAGTTGCCAGAGCGATTGCCCCAGGGTTCTTAGACACC 1212
Query 1449 GATATATTTAGACTTCAGACCTTGCAGCATGTAATGAGAATGACACGCACATGGGACTCA 1508
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 GACATATTCAGACTTCAGACCTTGCAGCATGTAATGAGAATGACACGCACATGGGACTCA 1272
Query 1509 ACAATGTCTATGTTACCGAAGGGAGGTGACACGATATGGGGCGGGCTTGATTGGTCACCG 1568
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1273 ACAATGTCTATGTTACCAAAGGGAGGTGACACAATATGGGGCGGTCTTGATTGGTCGCCG 1332
Query 1569 GAGAAAGGCCACACCTGTTGTGGGAAAAAGCAAAAGAACAACGAAACTTGTGGTGAAGCA 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||
Sbjct 1333 GAGAAAGGCCACACCTGTTGTGGGAAAAAGCAAAAGAGCAATGAGACTTGTGGTGAAGCA 1392
Query 1629 GGTGAAAACGGAGTTTCCAAGA-AAAGTCCTGTTAACTATGGAAGGATGATATCTTTTGG 1687
|||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1393 GGTGAAAATGGAGTTTCCAAGACAAAG-CCTGTTAACTATGGAAGGATTATATCTTTTGG 1451
Query 1688 GAAAGAAGTAGCAGAGGCTGCGCCATCTGAGATTAATAATATTGATTTTCGAGGTGCTGT 1747
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1452 GAAAGAAGTAGCAGAGGCTGCGCCGTCTGAGATTAATAATATTGATTTTCGAGGTGCAGT 1511
Query 1748 CAAAGGTCAGAGTATCCCAAATCACACCTGTCGTGACGTGTGGACAGAGTACCATGACAT 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1512 CAAAGGTCAGAGTATCCCAAATCACACCTGTCGTGACGTGTGGACAGAGTACCATGATAT 1571
Query 1808 GGGAATTGCTGGGATCAAAGCTATCGCTGAGTATAAGGTCTACACTGCTGGTGAAGCTAT 1867
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1572 GGGAATTGCAGGGGTCAAAGCTATCGCTGAGTATAAGGTCTACACTGCTGATGAAGCTAT 1631
Query 1868 AGATCTACTACATTATGTTGCTCCTAAGATGATGGCGCGTGGTGCCGCTCATTTCTCTTA 1927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1632 AGATCTACTACATTATGTTGCTCCTAAGATGATGGCGCGTGGTTCCGCTCATTTCTCTTA 1691
Query 1928 TGGAATTGCTGATGATTTGGATGACACCAAGTATCAAGATCCCAAATACTGGTCAAATCC 1987
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 TGGAATTGCTGATGATTTGGATGACCCCAAGTATCAACAGCCCAAATACTGGTCAAATCC 1751
Query 1988 GTTAGAGACAAAATTACCGAATGCTCCTGAGATGGAAATCTACTCATTATACGGAGTGGG 2047
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 GCTAGAGACAAAATTACCCAATGCTCCTGAGATGGAAATCTACTCATTATACGGAGTGGG 1811
Query 2048 GATACCAACGGAACGAGCATACGTATACAAGCTTAACCAGTCTCCCGACAGTTGCATCCC 2107
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1812 GATACCAACGGAACGAGCATATGTCTATAAGCTTAACCAGTCTCCTGACAGTTGCATCCC 1871
Query 2108 CTTTCAGATATTCACTTCTGCTCACGAGGAGGACGAAGATAGCTGTCTGAAAGCAGGAGT 2167
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 CTTTCAGATCTTCACTTCTGCTCACGAGGAGGACGAAGATAGCTGTCTGAAAGCAGGAGT 1931
Query 2168 TTACAATGTGGATGGGGATGAAACAGTACCCGTCCTAAGTGCCGGGTACATGTGTGCAAA 2227
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1932 TTACAATGTGGATGGGGATGAAACAGTACCGGTCCTAAGTGCCGGGTTCATGTGTGCTAA 1991
Query 2228 AGCGTGGCGTGGCAAGACAAGATTCAACCCTTCCGGAATCAAGACTTATATAAGAGAATA 2287
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1992 AGCGTGGCGTGGCAAGACAAGATTTAACCCTTCCGGAATCAAGACTTACATTAGAGAATA 2051
Query 2288 CAATCACTCTCCGCCGGCTAACCTGTTGGAAGGGCGCGGGACGCAGAGTGGTGCCCATGT 2347
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2052 CAATCACTCTCCGCCGGCTAACCTGCTGGAAGGGCGAGGGACGCAGAGTGGAGCCCATGT 2111
Query 2348 TGATATCATGGGAAACTTTGCTTTGATCGAAGATATCATGAGGGTTGCCGCCGGAGGTAA 2407
||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2112 TGATATCATGGGAAACTTTGCGTTGATAGAGGATATCATGAGGGTTGCCGCGGGAGGTAA 2171
Query 2408 CGGGTCTGATATAGGACATGACCAGGTCCACTCTGGCATATTTGAATGGTCGGAGCGTAT 2467
||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172 CGGATCCGATATAGGACATGACCAGGTCTACTCAGGCATATTTGAATGGTCGGAGCGTAT 2231
Query 2468 TGACCTGAAGCTGTGAATATCATGATCTCTTTAAGCTGTCCTGTCAGCTTATGTGAATCC 2527
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2232 TGACCTGAAGCTGTGAATATCATGATCTCTTTAAGCTGTC-TGTCAGCTTCTGTGAATCC 2290
Query 2528 AATACTTTGAAAGAGAGatcatcatcaattcatcatcatcgtcatcatcatGATGCTCA- 2586
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2291 AATACTTTGCAAGAGAGATCATCAACAATTCATCATCATAGTCATCATCATGATGCTCAC 2350
Query 2587 AC-TCACAAAGAAGCCTGAGAATGATACTTTGGTGCGAAATTCTCAATACCTCTTTAA-T 2644
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2351 AAGTCACAAAGAAGCCTGAGAATGATACTTTGGTGCAAAATTCTCAATACCT-TTTAAAT 2409
Query 2645 ATTCTTATTGAATGTAAATTATACAATCCTATCTAAT-GTT---T-GAACGATAACACAA 2699
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | | |||||||||| |||
Sbjct 2410 ATTCTTATTGAATGTAAATTATACGATCCTATCTAATTGATCCCTAGAACGATAACGCAA 2469
Query 2700 AACTTGCTGCGCCATGTTTGTTTGTCTTGTCAAAAGCATCAATTTGTGGGTTATA--CGT 2757
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2470 AACTTGCTGCGCCATGTTTATTTGTCTTGTCGAAAGCATCAATTTGTGGGTTATATACGT 2529
Query 2758 AGTGTAGAGGATGATTCAAATTT-G-TGATAAATTTGGTAATCAAAGTTAATTCTG 2811
|||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 AGTGTAGAGGATGACTCAAATTTTGGTTATAAATTTGGTAATCAAAGTTAATTCTG 2585
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106081332325
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5