BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13650.2
Length=2432
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940830 jgi|Araly1|940830|scaffold_601374.1 3522 0.0
> Ahg940830 jgi|Araly1|940830|scaffold_601374.1
Length=2068
Score = 3522 bits (1907), Expect = 0.0
Identities = 2019/2073 (97%), Gaps = 7/2073 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 TCGCGGCGGAGAAAATTGAAATGGAGCTCAGCTTGAGCACTTCCTCCGCTTCTCCTGCGG 113
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCGCGGCGGAGAGAATTGAAATGGAGCTCAGCTTGAGCACTTCCTCCGCTTCTCCTGCGG 60
Query 114 TTTTGAGGAGACAAGCTTCTCCTCTGCTTCACAAGCAGCAAGTGCTCGGCGTCAGCTTTG 173
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTTGAGGAGACAAGCTTCTCCTCTCCTTTACAAGCAACAAGTGCTCGGCGTCAGCTTTG 120
Query 174 CTTCCGCGCTCAAACCTGGAGGAGGAGCTCTTCGATTTCCTTCCCGCCGTCCGCTTCCTC 233
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTTCCGCGCTTAAACCAAGAGGAGGAGCTCTTCGATTTCCTTCCCGCCGTCCGCTTCCTC 180
Query 234 GTCCCATCACTTGCTCCGCCTCTCCATCAACTGCCGAACCAGCCTCCGTAGAGGTGAAGA 293
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 181 GTCCCATCTCTTGCTCCGCCTCTCCATCAACCGCCGAACCTTCCTCC---GAGGTGAAGA 237
Query 294 AGAAGCAGTTGGATAGGAGGGATAACGTGAGGAATATCGCAATCGTTGCACATGTTGATC 353
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 238 AGAAGCAGTTGGATAGGAGGAATGACGTGAGGAATATAGCAATCGTAGCACATGTTGATC 297
Query 354 ATGGCAAAACTACTTTGGTTGATTCTATGCTTAGGCAAGCTAAGGTTTTCCGAGATAACC 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 ATGGCAAAACTACTTTGGTTGATTCTATGCTTAGGCAAGCTAAGGTTTTCCGAGATAACC 357
Query 414 AAGTCATGCAAGAGAGGATCATGGACTCAAATGACCTTGAGCGTGAAAGAGGAATCACTA 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AAGTCATGCAAGAGAGGATCATGGACTCAAATGACCTTGAGCGTGAAAGAGGAATCACTA 417
Query 474 TTCTTAGCAAAAATACCTCCATCACTTACAAAAACACTAAAGTAAATATTATAGATACTC 533
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 418 TACTTAGCAAAAATACCTCCATCACTTACAAAAACACTAAAGTAAATATTATTGATACTC 477
Query 534 CTGGCCATTCTGACTTTGGGGGTGAAGTGGAGCGTGTCTTGAACATGGTTGATGGAGTGC 593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CTGGCCATTCTGACTTTGGGGGTGAAGTGGAGCGTGTCTTGAACATGGTTGATGGAGTGC 537
Query 594 TTCTTGTGGTGGACTCTGTTGAGGGACCAATGCCCCAGACAAGGTTTGTTTTAAAGAAGG 653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TTCTTGTGGTGGACTCTGTTGAGGGACCAATGCCCCAGACAAGGTTTGTTTTAAAGAAGG 597
Query 654 CTCTTGAGTTTGGACATGCAGTGGTCGTGGTCGTAAACAAGATTGACAGGCCTTCTGCTC 713
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CTCTTGAGTTTGGACATGCAGTTGTCGTGGTCGTTAACAAGATTGACAGGCCTTCTGCTC 657
Query 714 GTCCTGAATTTGTTGTCAATTCCACTTTTGAACTATTTATTGAACTAAATGCAACAGATG 773
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 658 GTCCTGAATTTGTTGTCAATTCCACATTTGAACTATTTATTGAACTAAATGCTACAGATG 717
Query 774 AACAGTGTGATTTCCAAGCGATATATGCTAGTGGGATTAAAGGAAAGGCGGGGCTTTCTC 833
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AACAGTGTGATTTCCAAGCAATATATGCTAGCGGGATTAAAGGAAAGGCGGGGCTTTCTC 777
Query 834 CGGATGACCTTGCAGAAGACCTGGGACCCCTGTTCGAAGCTATAATCAGATGCGTACCTG 893
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 778 CGGATGACCTTGCAGAAGACCTGGGACCCCTATTCGAAGCCATAATCAGATGTGTACCTG 837
Query 894 GGCCAAATATTGAAAAAGATGGTGCACTTCAGATGCTTGCCACAAATATTGAGTATGATG 953
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GGCCAAATATTGAAAAAGACGGTGCACTTCAGATGCTTGCCACAAATATTGAGTATGATG 897
Query 954 AGCATAAAGGACGCATTGCTATTGGACGACTACACGCAGGGGTACTGCGCAAAGGAATGG 1013
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AGCATAAAGGACGCATTGCTATTGGACGACTGCACGCAGGGGTACTGCGCAAAGGAATGG 957
Query 1014 ATGTCAGGGTGTGCACTTCTGAAGATTCCTGTAGATTTGCAAGAGTTAGTGAGCTTTTTG 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ATGTCAGGGTGTGCACTTCTGAAGATTCCTGTAGATTTGCAAGAGTTAGTGAGCTTTTTG 1017
Query 1074 TATATGAGAAATTCTACAGAGTACCTACTGATTCAGTGGAAGCTGGAGATATTTGCGCTG 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TATATGAGAAATTCTACAGAGTACCTACTGATTCAGTGGAAGCTGGAGATATTTGCGCTG 1077
Query 1134 TATGTGGCATAGACAACATTCAGATTGGGGAGACTATTGCTGATAAAGTACATGGGAAGC 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TATGTGGCATAGACAACATTCAGATTGGGGAGACTATTGCTGATAAAGTACATGGGAAGC 1137
Query 1194 CTCTACCTACAATCAAAGTAGAAGAGCCAACTGTGAAAATGTCCTTCTCTGTAAACACCT 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CTCTACCTACAATCAAAGTAGAAGAGCCAACTGTGAAAATGTCCTTCTCTGTAAACACCT 1197
Query 1254 CTCCATTTTCTGGTCGTGAGGGGAAGTATGTAACAAGCAGGAACTTACGAGATCGTTTAA 1313
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1198 CTCCATTTTCTGGTCGTGAGGGGAAGTATGTAACGAGCAGGAACTTACGAGATCGCTTAA 1257
Query 1314 ACCGTGAACTTGAAAGAAATCTAGCTATGAAAGTGGAAGATGGTGAGACAGCAGACACAT 1373
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 ACCGTGAACTTGAGAGAAATCTAGCTATGAAAGTGGAAGATGGTGAGACAGCAGACACAT 1317
Query 1374 TCATTGTTAGTGGGCGTGGTACATTACACATTACCATCCTGATAGAAAACATGCGAAGAG 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TCATTGTTAGTGGGCGTGGTACATTACACATTACCATCCTGATAGAAAACATGCGAAGAG 1377
Query 1434 AAGGATATGAATTTATGGTTGGCCCCCCGAAAGTTATCAACAAAAGGGTTAACGATAAAT 1493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1378 AAGGATATGAATTTATGGTTGGCCCCCCGAAAGTTATCAATAAAAGGGTTAACGACAAAT 1437
Query 1494 TGCTGGAGCCATATGAGATAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGGCTCACATGGGGCCTGTTG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TGCTGGAGCCATATGAGATAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGGCTCACATGGGGCCTGTTG 1497
Query 1554 TTGAACTTCTTGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGGTCGGAAG 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1498 TTGAACTTCTTGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGATCGGAAG 1557
Query 1614 GAACAACCTTTCTGCGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAACGCAA 1673
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GAACAACCTTTCTACGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAACGCAA 1617
Query 1674 TTTTAACAGCTTCTCGCGGGACAGCTATCCTTAACACTGTATTTGACAGTTATGGACCTT 1733
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TCTTAACAGCTTCTCGCGGGACAGCTATCCTTAACACTGTATTTGACAGTTATGGACCTT 1677
Query 1734 GGGCCGGTGATATTAGCACCCGCGATCTAGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACAT 1793
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GGGCCGGTGATATTAGCACTCGCGATCTGGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACAT 1737
Query 1794 CAACATCATATGCCCTGGCGAGTGCGCAGGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTTCTGGAG 1853
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1738 CAACATCATATGCTCTGGCGAGTGCGCAGGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGGTTCAGGAG 1797
Query 1854 TGGATGTATACAAAGGTCAGATAGTTGGGATCCACCAGAGACCCGGCGACTTGGGTCTTA 1913
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1798 TGGATGTATACAAAGGTCAGATAGTTGGGATCCATCAGAGACCCGGGGACTTGGGTCTTA 1857
Query 1914 ATATCTGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATAAGATCCAACAAAGATGTAACAGTGATTC 1973
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ATATATGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATAAGGTCCAACAAAGATGTAACAGTGATTC 1917
Query 1974 TTGACACTCCCTTAACATATAGTCTGGACGACTGCATCGAATACATTGAAGAGGATGAGT 2033
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TTGACACTCCCTTGACATATAGTCTGGACGACTGCATCGAATACATTGAAGAGGATGAGT 1977
Query 2034 TGGTGGAGGTTACACCTTCTAGTATTAGGATGTGCAAGAATC-AGAAAATGGCAAAGAAA 2092
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1978 TGGTGGAGGTTACACCTTCAAGTATAAGGATGTGCAAGAATCCA-AAAATGGCAAAGAAA 2036
Query 2093 GGCAGGCAGTAAAACCCATTTTTGCAAGCTGGG 2125
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2037 GGCAGGCAGTAAAACCCATTTT-GCA-GCTGGG 2067
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91645129470
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5