BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13690.1
Length=2687
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488189 jgi|Araly1|488189|fgenesh2_kg.6__1323__AT5G13690.1 4311 0.0
> Ahg488189 jgi|Araly1|488189|fgenesh2_kg.6__1323__AT5G13690.1
Length=2681
Score = 4311 bits (2334), Expect = 0.0
Identities = 2568/2683 (96%), Gaps = 7/2683 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 TGCCTTTCCTTGCTGA-T-TCT--CTCACTAGTGAGGAAAAGCATCATCATGCATTCCAT 65
|||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 TGCCTTTCCTTGCTGACTCTCTCACTCACTAGTGACGAAGAGCATCAGCATGCATTCCAT 60
Query 66 CAAATTGGTTTTGTTGGTTTTGTTGATAATTTCTTTTCACTCTCAAACTGTGTCAAAACA 125
||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 61 CAAATTGGTTTTGTTGGTTCTGTTGGTTCTTTCTTTTCACTCTCAATCTTTGTCAAAACA 120
Query 126 TCATCCAACTATTGATGGTCTGCTTGACCGTTTGGATTCTTTATTACCAACTTCTTCTGT 185
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||
Sbjct 121 TCATCCAACTATTGATCGTCTGCTTAACCGTTTGGATTCTCTACTACCAACTTCGTCTGT 180
Query 186 ACAAGAATCAGCAGCAAAGGGTTTATTGCAGAGACTGCTTCCCACCCATTCTCAGAGCTT 245
|||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| |||||
Sbjct 181 ACAAGAATCAGCTGCAAAGGGTTTACTACAGAGACTGCTTCCGACCCATTTTCACAGCTT 240
Query 246 TGAGCTCAGAATTATCTCAAAGGATGCTTGTGGTGGTACCAGCTGCTTTGTAATTGAAAA 305
|||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 TGAGTTCAGAATTTTCTCAAAGGATGTTTGTGGTGGCACCAGCTGCTTTCTAATTGAAAA 300
Query 306 CTATGATGGCCCGGGACGAATTGGACCTGAAATTCTGATTAAAGGCACAACTGGAGTTGA 365
||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTATGATGGCCCGGGACAAATTGGACCTCAAATTGGGATTAAAGGCACAACTGGAGTTGA 360
Query 366 GATTGCTTCTGGGCTCCATTGGTATTTGAAGTATAAATGTAATGCTCATGTTTCTTGGGA 425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATTGCTTCTGGGCTCCATTGGTATTTGAAGTATAAATGTAATGCTCATGTTTCTTGGGA 420
Query 426 CAAAACTGGTGGAATTCAGGTTGCCTCTGTTCCACAACCTGGACATCTACCTCGTATAGA 485
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 421 CAAAACTGGTGGAATTCAGATTGCCTCTGTTCCACAGCCTGGACATCTACCTCGTCTAGA 480
Query 486 TTCTAAACGCATCTTTATCCGGCGTCCTGTCCCTTGGAACTATTACCAAAATGTTGTTAC 545
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTCTAAACGCATCTTGATCCGGCGTCCTGTCCCTTGGAACTATTACCAAAATGTTGTTAC 540
Query 546 ATCTAGCTATTCATATGTTTGGTGGGGATGGGAGAGATGGGAGAGAGAGATTGACTGGAT 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATCTAGCTATTCATATGTTTGGTGGGGATGGGAGAGATGGGAGAGAGAGATTGACTGGAT 600
Query 606 GGCATTGCAAGGAATTAACCTGCCTCTAGCATTCACTGGACAAGAAGCTATTTGGCAAAA 665
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGCATTGCAAGGAATTAACTTGCCTCTAGCATTCACTGGACAAGAAGCTATTTGGCAAAA 660
Query 666 GGTTTTCAAGAGGTTCAATATCAGCAAAGAAGATCTGGATGATTATTTTGGTGGACCAGC 725
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGTTTTCAAGAGGTTCAACATCACCAAAGAAGATCTGGATGATTATTTTGGTGGACCAGC 720
Query 726 GTTTCTTGCTTGGGCTCGCATGGGAAATCTTCACGCTTGGGGTGGTCCATTATCGAAAAA 785
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTTCCTTGCTTGGGCTCGCATGGGAAATCTTCACGCTTGGGGTGGTCCATTATCGAAAAA 780
Query 786 CTGGTTAGATGACCAGTTGCTTTTGCAGAAACAGATACTTTCTCGGATGTTGAAGTTTGG 845
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 781 CTGGTTAAATGACCAGTTGCTTTTGCAGAAACAGATACTTTCTCAGATGTTGAAGCTTGG 840
Query 846 CATGACTCCAGTACTCCCATCATTCTCAGGCAATGTTCCATCAGCTTTGAGAAAGATATA 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CATGACTCCAGTACTCCCATCATTCTCAGGCAATGTTCCATCAGCTTTGAGAAAGATATA 900
Query 906 TCCTGAGGCAAATATAACTCGACTTGATAACTGGAACACGGTGGATGGTGATTCTCGCTG 965
||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCCCGGGGCAAATATTACACGACTTGATAACTGGAACACAGTGGATGGTGATTCTCGCTG 960
Query 966 GTGCTGCACTTACCTTCTGAATCCCTCTGACCCTCTCTTCATTGAAATTGGAGAGGCTTT 1025
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 961 GTGCTGCACTTACCTTCTAAATCCTTCTGACCCTCTCTTCATTGACATTGGAGAGGCATT 1020
Query 1026 TATTAAACAACAAACTGAAGAATATGGAGAGATTACAAACATATATAACTGTGATACATT 1085
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TATTAAACAACAACCTGAAGAATATGGAGAGATTACAAACATATATAACTGTGATACATT 1080
Query 1086 CAATGAGAATACTCCTCCCACAAGTGAACCTGAATATATATCTTCACTAGGAGCTGCAGT 1145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CAATGAGAATACTCCTCCCACAAGTGAACCTGAATATATATCTTCACTAGGAGCTGCAGT 1140
Query 1146 GTACAAAGCTATGTCAAAAGGAAACAAGAATGCTGTATGGTTAATGCAAGGTTGGCTTTT 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GTACAAAGCTATGTCAAAAGGAAACAAGAATGCTGTATGGTTAATGCAAGGTTGGCTTTT 1200
Query 1206 TAGTTCAGACTCCAAATTCTGGAAGCCGCCTCAGTTGAAAGCACTCTTACATTCAGTTCC 1265
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1201 TAGTTCAGACTCAAAATTCTGGAAGCCGCCTCAGATGAAAGTACTCTTACACTCAGTTCC 1260
Query 1266 CTTTGGCAAAATGATAGTTCTTGACCTATATGCTGAAGTCAAACCGATATGGAACAAGTC 1325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 CTTTGGCAAAATGATAGTTCTTGACCTATATGCTGAAGTCAAACCGATATGGAACACGTC 1320
Query 1326 CGCCCAATTTTATGGAACTCCTTATATCTGGTGCATGCTTCACAATTTTGGAGGCAACAT 1385
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CGCCCAGTTTTATGGAACTCCTTATATCTGGTGCATGCTTCACAATTTTGGAGGCAACAT 1380
Query 1386 TGAAATGTATGGTGCTCTTGATTCAATTTCTTCAGGACCAGTTGATGCTCGTGTTAGCAA 1445
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1381 TGAAATGTATGGAGCTCTTGATTCAATTTCTTCAGGACCAGTTGATGCTCGTGTCAGCAA 1440
Query 1446 AAATTCAACCATGGTCGGTGTAGGAATGTGCATGGAAGGAATAGAGCAGAACCCGGTGGT 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AAATTCAACCATGGTCGGTGTAGGAATGTGCATGGAAGGGATAGAGCAGAACCCGGTGGT 1500
Query 1506 TTACGAACTAACTTCTGAAATGGCATTTCGAGATGAGAAAGTTGATGTACAGAAATGGTT 1565
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1501 TTACGAGCTAACTTCTGAAATGGCTTTTCGAGATGAGAAAGTTGAAGTACAGAAATGGTT 1560
Query 1566 GAAGAGCTATGCACGCAGAAGATACATGAAAGAAAATCATCAAATCGAGGCCGCTTGGGA 1625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1561 GAAGAGCTATGCACGCAGAAGATACATGAAAGAAAATCATCAAATTGAGGCCGCTTGGGA 1620
Query 1626 GATTCTGTATCACACTGTCTACAATTGCACTGATGGAATCGCAGACCATAACACAGATTT 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GATTCTGTATCACACTGTCTACAATTGCACTGATGGAATTTCAGACCATAACACAGATTT 1680
Query 1686 CATAGTCAAGCTTCCGGACTGGGATCCATCTAGTTCTGTACAAGACGACTTGAAACAAAA 1745
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 1681 CATAGTCAAACTTCCGGACTGGGATCCATCTAGTTCTGTACAAGACAAATCAAAACAAAC 1740
Query 1746 AGATTCATATATGATCTCCACTGGCCCATATGAAACAAAAAGAAGAGTCTTGTTTCAAGA 1805
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AGATTCATATATGATCTCCACTGGCCCATACGAAACAAAAAGAAGAGTCTTGTTTCAAGA 1800
Query 1806 TAAGACCGCTGATTTGCCTAAGGCCCATTTATGGTATTCTACAAAGGAGGTGATCCAAGC 1865
||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TAAGAGCTCTGATTTGCCTATGGCCCATTTATGGTATTCTACAAAGGAGGTGATCCAAGC 1860
Query 1866 TCTCAAACTTTTCCTGGAAGCTGGGGATGATCTGTCAAGGAGCTTAACATATAGGTATGA 1925
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TCTCAAACTTTTCCTGGATGCTGGGGATGAGCTGTCAAGGAGCTTAACATATAGGTATGA 1920
Query 1926 CATGGTTGATTTGACGCGTCAAGTTTTATCGAAGCTAGCAAACCAGGTGTACACCGAAGC 1985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1921 CATGGTTGATTTGACGCGTCAAGTTTTATCGAAGCTAGCAAACCAGGTGTACATCGAAGC 1980
Query 1986 AGTGACAGCTTTTGTAAAGAAAGATATCGGAAGCTTAGGACAATTGAGTGAGAAGTTTCT 2045
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1981 AGTGACTGCTTTTGTAAAGAAAGATATTGGAAGCTTAGGACAATTAAGTGAGAAGTTTCT 2040
Query 2046 GGAGCTTATAAAGGACATGGACGTTCTACTTGCTTCGGATGATAATTGCCTTCTGGGGAC 2105
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2041 TGAGCTTATAAAGGACATGGACGTTCTGCTTGCTTCGGATGATAATTTCCTTCTGGGGAC 2100
Query 2106 ATGGCTGGAGAGTGCAAAGAAGTTGGCCAAAAACGGTGATGAAAGGAAACAGTACGAGTG 2165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 ATGGCTGGAGAGTGCAAAGAAGTTGGCCAAAAACGGTGATGAAAGGAAACAGTACGAGTG 2160
Query 2166 GAACGCGAGAACGCAAGTGACAATGTGGTATGACTCGAACGATGTGAACCAAAGCAAGCT 2225
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GAACGCAAGAACACAAGTGACAATGTGGTATGACTCGAAAGATGTGAACCAAAGCAAGCT 2220
Query 2226 TCATGATTACGCAAACAAGTTCTGGAGTGGGTTACTTGAAGACTACTACTTACCCCGAGC 2285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TCATGATTACGCAAACAAGTTCTGGAGTGGGTTACTTGAAGACTACTACTTACCCCGAGC 2280
Query 2286 GAGGTTGTATTTTAATGAAATGCTGAAAAGTTTAAGAGATAAGAAGATATTCAAGGTAGA 2345
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||| ||
Sbjct 2281 GAGGTTGTATTTCAATGAAATGCTGAAAAGCTTACGAGATCAGAAGAAATTCAAGGTCGA 2340
Query 2346 GAAATGGCGAAGAGAATGGATAATGATGTCACACAAATGGCAACAAAGTTCATCAGAGGT 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 GAAATGGCGAAGAGAATGGATAATGATGTCACACAAATGGCAACAAAGTTCATCAGAGGT 2400
Query 2406 CTATCCAGTTAAGGCAAAAGGAGACGCGTTAGCTATTTCAAGGCATCTGTTGAGTAAATA 2465
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2401 TTATCCAGTTAAGGCAAAAGGAGACGCTTTAGCTATTTCAAAGCATCTGTTTCTTAAATA 2460
Query 2466 CTTCCCATGAGTTTACTCAAGAGTAGCTCAAACGAATAAATAAAATAAACAAAAGGGTTG 2525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2461 CTTCCCATGAGTTTACTCAAGAGTAGCTCAAACGAATAAATAAAATAAATAAA-GGGTTA 2519
Query 2526 GGTTTCTACTTTCTAGCTTGTGCCTGAGATAAATTTAACATTTGTGTAAATTTGAGAGTT 2585
|||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2520 GGTTTCTACTCTCTAGCTTGTACCTGAGATAAAATTGACATTTGTGTAGATTTGAGAGTT 2579
Query 2586 ATTAGGCTTCTGATGTGTTAGTGTAAGAGACTCGGTGAAGGCCAA-TAAAGGTTGTAACA 2644
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2580 ATTAGGCTTCTGGTGCGTTAGTGTAAGAGACTCGGTGAAGGC-AAGTAAAGGTTGTAACA 2638
Query 2645 ACAAACTCTGCTTCATCTCTTCCAACAAAGATTTACTTGTGTC 2687
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 ACAAACTCTGCTTCATCTCTTCCAACAAAGATTTACTTGTGTC 2681
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101358141945
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5