BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13950.3
Length=3114
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488220 jgi|Araly1|488220|fgenesh2_kg.6__1354__AT5G13950.1 3483 0.0
> Ahg488220 jgi|Araly1|488220|fgenesh2_kg.6__1354__AT5G13950.1
Length=3177
Score = 3483 bits (1886), Expect = 0.0
Identities = 2112/2222 (95%), Gaps = 12/2222 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 903 GAGATCAAGAGGGGGCAATGCACAAGTGAACGGTAGCTGCCAGGGTCTGACTGCTGCCTC 962
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| || ||||||||
Sbjct 775 GAGATCAAGAGGGGGCAATGCACAAGTAAATGGTAGCTGCCAGGATCTAACAGCTGCCTC 834
Query 963 GGGGTCGAGTTCCTGGAATGAAGATGATAAACCAGACAGTAGTGATAATATGATTTCTCC 1022
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 835 GGGGTCGAGTTCCTGGAATGCAGATGATAAACCAGACAGTAGTGATAATAAGATTTCTTC 894
Query 1023 TGTTGTGAGGTGTGGAGAGGTTCAGAGAAGGTCCAAGCGCTCTGGTTTAGAGAAAGAAAA 1082
|||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TGTTGTAAGGAGTGGAGAGGTTCAGAGAAGGCCCAAGAACTCTGGTTTAGAGAAAGAAAA 954
Query 1083 AACTCAAAATAATGGTGTAAACGTGGGTGGAAAAGTTAGAAAGAAGAACGTGTTGCCGAA 1142
| |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 955 ATCTCAAACTAATGGTGTCAACGTGGGCGGAAAAGTTAGAAAGAAGGATGTGTTGCCGAA 1014
Query 1143 AGATAGCATTCAGCAAACTGATGGTGCTAAATACATGTCCTATCTTAAGATAAGCAAGAA 1202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 AGATAGCATTCAGCAAACTGATGGTGCTAAATACATGTCCTATCTTAAGATAAGCAAGAA 1074
Query 1203 GCAGCATCAAATTGTCACAAGCATGAAGCAGTCTGGTAAAAGCATTCAGTCGAGAGCACT 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GCAGCATCAAATTGTCACAAGCATGAAGCAGTCTGGTAAAAGCATTCAGTCGAGAGCACT 1134
Query 1263 TAATCGAATCTTCGGTAACATCGATAGTTTAGATGTTCAACCATACGGAGTTTTTGTGGA 1322
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 1135 TAATCGAATCTTGGGTAACATCGATAGTTTAGATGTTCAGCCATACGGAGTGTTCGTGGA 1194
Query 1323 AGAAGAACAGAAGAAACTGAACGCTCACTGGCTGCATCTTGTTAAAGATCTTCCTGCAGC 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 AGAAGAACAGAAGAAACTGAACGCTCACTGGCTGCATCTTGTTAAAGATCTTCCTGCAGC 1254
Query 1383 ATATGCAATATGGAAAAGGCTACAGTTACAGAAACGAGATATAATCAGCTCTATGGGAAG 1442
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ATATGCAATATGGAAAAAGCTACAGTTACAGAAACGAGATATAATCAGCTCTATGGGAAG 1314
Query 1443 GGAACTGAAGGAAAAATGCAATCTGTGGATGGAGGATAAACAACAACAGTATGCTGCAGA 1502
||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 AGAACTGAAGGACAAACGCAATCCGTGGATGGAGGATAAACAACAACAGTATGCTGCAGA 1374
Query 1503 AAACCCTCTGCAGAAGCATGATGTTCAATACAATAATGGAGAAAGTTTGAATCCTAATCA 1562
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 AAACCCCCTGCAGAAGCATGATGTTCAATACAATAATCGAGAAAGTTTGAATCCTAATCA 1434
Query 1563 GAGTGGTGATATGGCACCAGATGGTGAAGATTCTGGAATTTTCAGTCAAATTTCTGGCAA 1622
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 GAGTGGTGATATGGCACAAGATGATGAAGATTCTGGAATTTTCAGTCAAATTTCTGGCAA 1494
Query 1623 GAATCACTCCCCTTCAAAGGATTCTTCGTCTTATGGTGACCAAATCACAGATTCAGGTCG 1682
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GAATCACTCCCCTGCAAAGGATTCTTCGTCTTATGGTGACCAAATCACAGATTCAGGTCG 1554
Query 1683 CTGCTTGCTAGTTGGTACACACTCCTCACAGGTTTCATCACCAGATTGTGGAAATAACAT 1742
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1555 CTGCTTGCTAGTTGGCACACACTCCTCACAGGTTTCATCACCAGATTGTGGCAATAACAT 1614
Query 1743 CAATCACGAGGATAGAGAAGAGAAACAATATTCTTCTCCTTGTTCTCCCAGCAGGTGTCA 1802
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CAATCTGGAGGATAGAGAAGAGAAACAATATTCGTCTCCTTGTTCTCCCAGCAGGTGTCA 1674
Query 1803 CAGCTTTAACCGAACAGATGTTGAAGTAAATAATTATTCCAGCTCTATACAAGGTCAGTC 1862
|| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1675 TGGCCTTAACCGAACAGATGTTGAGGTAAATGATTATTCCAGCTCTATTCAAGGTCAGTC 1734
Query 1863 TCTCCCACAGGCTTCATTTCCTAATGAGCCCCATGCTTCAGATCTCGAAGATGCAGATCA 1922
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TCTCCCACAGGCTTCATTTCCTAATGAGCCCCGCGCTTCAAATCTCGAAGATGCAGATCA 1794
Query 1923 TGTAGGCAAGCACTGTGCACCAGAACTAGAGAATGCTTCGTTAGACGAGAGGATTCCGTG 1982
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1795 TGTAGGCAAGCACTGTGCACCAGAACTAGAAAATGCTTCGTTAGACGAGAGGATTCCTTT 1854
Query 1983 TATTGCTACAAGCCTTGGAGAAGGGTCGCAGTTTTGTTCTGGTGGAGATGTGTGGCAGCC 2042
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TATTGCTGCAAGCCATGGAGAAGGGTCGCAGTTTTGTTCTGGTGGAGATGTGTGGCAGCC 1914
Query 2043 AGTGGGAGGGATTAGGCAGTCCTACATTAGCCGTCAAGCTTACACCCCCAGTGGTGGATT 2102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AGTGGGAGGGATTAGGCAGTCCTACATTAGCCGTCAAGCTTACACCCCCAGTGGTGGATT 1974
Query 2103 GTCAATCATACACCATCCTGAAGGTGATGAAGTAGCTAAAAACTGTTTCATAGACCTGGA 2162
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 GTCAATCATACACCATCCTGAAGGTGATGAAGTAGGTAAAAACTGTTTCATAGACCTGGA 2034
Query 2163 ATCGAACATGCCTGAAGAAGTTGATAGGAGGAAGATGTTGCAGCGAAATGCAAACAACAG 2222
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2035 ATCGAACATGCCTGGAGAAGTTGATAGGAGGAAGATGTCACAGCGAAAAGCAAACAACAG 2094
Query 2223 TTTTGGTTCTTTCCCTAACAACAACCAAAATGAAATACTACAGTCTTTGTTTAATGGCCA 2282
|||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 TTTTGGTTCTATCCCTAACAACGATCAAAATGAACTACTACAGTCTTTGTTTAATGGCCA 2154
Query 2283 GGGTATGGTATCTCGCACCACTGAGCAGCTTCATCCTCTTCTCAAAGTCCCACTTAACGA 2342
|| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2155 TGGCGTGGCATCTCGCACCACTGAGCAGCTTCATTCTCTTCTCAAAGTCCCGCTTAACGA 2214
Query 2343 GGAGCATAAACAAATTATGGGCATTGGTTTTCAGCAGGAAGGAAACAACAATATGATGGT 2402
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 2215 GGAGCATAAACAAATTATGGGCATTGGTTTTCAGCAGGAAGGAAGCAACAATCTGATGGT 2274
Query 2403 GGGCAATCAATTTTCTGGTCAGTTCCAGGATCAGATTCCTGCATCTCATGCATTTCCCCA 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||
Sbjct 2275 GGGCAATCAATTTTCTGGTCAGTTCCAGGATCAGATTCCTGTATCTCATGCACTGCCCCA 2334
Query 2463 GGACCAGCAGAGACAGGTTGACGCCTTTGGCCAAGGAAGCATGTCAGACAACATTTAC-- 2520
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GGACCAGCAGAGACAGGTTGACGCTTTTGGCCAAGGAAGTATGTCAGACAACATTTACTG 2394
Query 2521 C---G----TGGATTCTTGATGCAGCGGCCAGACTGGAACCCCAATTGTACTCAGATAGG 2573
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2395 CAATGGACGTGGATTCTTGATGCAGCGGCCAGACTGGAACCCCAATTGTACTCAGGTAGG 2454
Query 2574 AGTTACCGCACAGCCCCTGTTGAGCACCGGGCCTTTGTTAAATCAGAATTGGCAATTTAG 2633
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 AGTTACCACACAGCCCCTGTTGAGCACCGGGCCTTTGTTAAATCAGAATTGGCAATTTAG 2514
Query 2634 GAGCATGTGGGCAAACACAAACGGTGTCGGATGTACAAGCCAAGGCAGTCAAACCGGGAC 2693
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 GAGCATGTGGGCAAACACAAACGGTGTCGGATGTACAAACCAAGGCAGTCAAACCGGGAC 2574
Query 2694 CGAGAGAGATCCGAGCCTTCTCAGAGTTGCTAATAACGCAGAGCAAATAATTCATAGGGG 2753
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2575 TGAGAGAGATCTGAGCCTTCTCAGAGTTGCTAATAACGCGGAGCAGATAATTCATAGGGG 2634
Query 2754 AAGTAGTTCAGATCAAAGCTTATTCTCTGTTCTCTCTCAATGCAGTCAACTGCGCCCATC 2813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2635 AAGTAGTTCAGATCAAAGCTTATTCTCTGTTCTCTCTCAATGCAGTCAATTGCGCCGTTC 2694
Query 2814 CAGATCTGCTTTCGAGCCAGAAAGTTCAAGTCATCAAATGGTTGCGTCTGGTAACTACGG 2873
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2695 CAGATCTGATTTCGAGCCAGAAAGTTCGAGTCATCAAATGGTTGCATCTGGTAACTACGG 2754
Query 2874 AATGCTGATGGGGGGAGGT--T-CAACTCAAGTAAGCAGCAATTTGGTTCAGCCTGCGAA 2930
|||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 AATGATGATGGGGGGAGGAGGTACAACTCAGGTAAGCAGCAATTTGGTTCAGCCTGCGAA 2814
Query 2931 CCCGCTTGATTACTTGAGCGGTAGCAACCCTACAACATCTTTGATGCCAGATGATGTAGT 2990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2815 CCCGCTTGATTACTTGAGCGGTAGCAACCCTACAACATCCTTGATGCCAGACGATGTAGC 2874
Query 2991 GTGGATGAACCAGAGCCGCCAGAACTCTGGTCTCCATGACCCACTAGGCAAGTTGTATCC 3050
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2875 GTGGATGAACCAGAGCCATCAGAACTCTGGTCTCCATGACCCACTAGGCAAGCTGTATCC 2934
Query 3051 AAGGTCATGGAATCCGTAACCATGTTTCTAAAGTTTTGTGTTGCAGAAGCATCTGGTCAT 3110
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2935 AAGGTCATGGAATCCGTAACCATGTTTCTGAAGTTTTGTGTTGCAAAAGCATCTGGTCAT 2994
Query 3111 CT 3112
||
Sbjct 2995 CT 2996
Score = 1199 bits (649), Expect = 0.0
Identities = 735/777 (95%), Gaps = 4/777 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 84 tcttctcttctcttctctGCGGTCG--TCTTGTCTCCAGATAGAAACAAAAGATTGGATA 141
||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTCTCTTCTCTTCTCTGCGGTCGTTTTTTGTGT-CAGATAG-AACAAAAGATTGGATA 58
Query 142 TTTCAGACACAATCGATCAAAGAATAAACTATTCGTCGCTCTCTTCTCAATCAGCCGTAA 201
|||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 CTTCAGACACAATCGATCACCGAATTAACTATTCGCCGCTCTCTTCTCAATCAGCCGTAA 118
Query 202 AAAATGGCAGCTGATCAGAGGAGAAAGCGGATGAACAGTGCCAATGTTATTGGTACCAGT 261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 119 AAAATGGCAGCTGATCAGAGGAGAAAGCGGATGAACAGTGCAAATGTTATTGGTTTCAGT 178
Query 262 TCTCGGGAGCATTACAGAGCAAAAAGGAAAAAGAATGCTTCACCAGATGGTGCTTTGCGT 321
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TCTCGGGAGCATTACAGAGCAAAAAGGAAAAAGATTGGTTCACCAGATGGTGCTTTGCGT 238
Query 322 TCCGGTGATCACATCACTCTTGAATGGGATCGCAACCGAAGTAAAGTAGTCTCTAAGAAG 381
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 239 TCCGGTGATCACATCAGTCTTGAATGGGACCGCAACCGAAGTAAAGTAGTCTCTAAGAGG 298
Query 382 GAACAAGTTGGTCTAAGTTTTAGGCATCTTCGTGAATTTGTTGATGTCGTTCCTCCTAGG 441
|| |||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 299 GAGCAAGTTGGCCTTAGTTGGAGACATCTTCGTGAATTTGTTGATGTTGTTCCTCCTAGG 358
Query 442 CGTAATGTCTTGGCACAAGTATGCCCTGTCCCGCATGAAACTTTCCAGTTGGAAAATCTG 501
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CGGAATGTCTTGGCACAAGTCTGCCCTGTCCCGCATGAAACTTTCCAGTTGGAAAATCTG 418
Query 502 TCGGAGGTGCTTTCTAATGAGGTTTGGCGATCTTGTCTGTCTGATGGTGAAAGAAATTAT 561
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 419 TCAGAGGTGCTTTCTAATGAGGTTTGGCGTTCTTGTCTATCTGATGGTGAAAGGAATTAT 478
Query 562 CTGCGGCAATTTCTCCCTGAGGGAGTTGATGTGGAGCAAGTTGTACAAGCATTGCTTGAT 621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTGCGGCAATTTCTCCCTGAGGGAGTTGATGTGGAGCAAGTTGTACAAGCATTGCTTGAT 538
Query 622 GGCGAGAATTTTCATTTTGGAAATCCTTCTCTTGATTGGGGAACAGCTGTCTGCTCCGGT 681
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 539 GGGGAGAATTTTCATTTTGGAAATCCTTCTCTTGATTGGGGAACAGCTGTCTGCTCCAGC 598
Query 682 AAAGCTCATCCAGATCAAATCGTTTCACGGGAGGAATGCCTGAGGGCTGATAAAAGGAGA 741
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAAGCTCATCCAGATCAAATCGTTTCTTGGGAGGAACGCCTGAGGGCTGATAAAAGGAGA 658
Query 742 TATTACTCGAATTTAGAGAAATATCATCAAGATATTATAGATTATTTGCAGACATTGAAG 801
|| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TACTACTCGGATTTAGAGAAATACCATCATGATATTATAGATTATTTGCAGACATTGAAG 718
Query 802 GAGAAATGGGAAAGCTGCAAAGATCCAGAGAAGGATATTGTCAAAATGATGTGGGGG 858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GAGAAATGGGAAAGCTGCAAAGATCCAGAGAAGGATATTGTCAAAATGATGTGGGGG 775
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117622676560
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5