BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G13980.1
Length=3296
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488225 jgi|Araly1|488225|fgenesh2_kg.6__1359__AT5G13980.1 5192 0.0
> Ahg488225 jgi|Araly1|488225|fgenesh2_kg.6__1359__AT5G13980.1
Length=3172
Score = 5192 bits (2811), Expect = 0.0
Identities = 3056/3176 (96%), Gaps = 9/3176 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 126 AGACAATGGATCTTGCTAAGTTTCTGTGTTGGATTGTTTTGCTACTGGGAATCTCACTCG 185
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1 AGACAATGGATCTTGCGAAGTTTCTGTGTTGGGTTGTTTTGCTTTTGGGAATCTCATTCG 60
Query 186 TAGAATCAAGGTACATGGTCTACAATACTTCACATACCATTGTTCCTGGAAAACTTAATG 245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 61 TAGAATCAAGGTACATGGTCTACAATACTTCACATACCATGGTTCCTGGAAAGCTTAATG 120
Query 246 TCCATGTGGTTCCTCATTCTCACGATGATGTTGGTTGGCTCAAGACCGTTGACCAGTACT 305
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 TCCATGTGGTTCCTCATTCCCACGATGATGTTGGTTGGCTCAAGACTGTTGACCAGTACT 180
Query 306 ATGTTGGCTCCAACAACTCTATCCAGGTTGCTTGTGTTCAAAATGTACTGGATTCAATTG 365
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 181 ATGTTGGCTCTAACAACTCTATCCAGGTTGCTTGTGTTCAAAATGTGCTGGATTCAATTG 240
Query 366 TTCCTGCGCTGTTGGCTGATAAGAATCGCAAATTCATTTATGTTGAACAGGCGTTTTTTC 425
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCCCTGCGCTGTTGGCTGATAAGAATCGCAAATTCATTTATGTTGAACAGGCGTTTTTTC 300
Query 426 AGCGGTGGTGGAATGAACAAAGTGAGGA-GATTAAGCGTATTGTGAAAGAACTTATACAC 484
|||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 AGCGATGGTGGAATGAACAAAGTGA-GACAATTAAGCGTATTGTGAAAGAGCTTATACAC 359
Query 485 TCAGGCCAACTAGAGCTCATAAATGGTGGTATGTGTATGCATGATGAAGCAGCACCACAC 544
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 360 TCAGGCCAACTGGAGCTCATAAATGGTGGTATGTGCATGCATGATGAAGCAGCACCGCAC 419
Query 545 TATATAGATATGATTGATCAGACAACCCTCGGGCATCGATTCATTATCAGAGAGTTCAAT 604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TATATAGATATGATTGATCAGACAACCCTCGGGCATCGATTCATTATCAGAGAGTTCAAT 479
Query 605 GTGACTCCAAGAATCGGTTGGCAGATTGATCCCTTTGGACATTCTGCAGTGCAGGCTTAC 664
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTGACTCCAAGAATCGGTTGGCAGATTGATCCTTTTGGACATTCTGCAGTGCAGGCTTAC 539
Query 665 TTGCTAGGCGCAGAAGTTGGCTTCGACTCAGTCTTTTTTGGCCGGATAGATTACCAGGAC 724
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 540 TTGCTAGGCGCAGAAGTTGGGTTCGACTCAGTCTTTTTCGGTCGGATAGATTACCAAGAT 599
Query 725 AGGGAGAAGCGTTATAAA-GAGAAGACTCTTGAAGTTATCTGGCGGGGCTCTAAGAGTCT 783
||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGGGAGAAGCG-TAAAAATGAGAAGAGTCTTGAAGTTATCTGGCGGGGCTCTAAGAGTCT 658
Query 784 CGGTTCTTCTTCACAGATTTTTGCCGGTGCTTTCCCTACGAACTACGAACCTCCACCTGG 843
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CGGTTCTTCTTCACAGATTTTTGCTGGTGCTTTCCCTAAGAACTACGAACCTCCACCTGG 718
Query 844 TGGCTTCTACTATGAAATCACCGATGATTCCCCCGTTGTCCAAGATGATCCTGACCTGTT 903
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 719 TGGTTTCTACTATGAAATCAACGATGATTCCCCCGTTGTCCAGGATGATCCTGACCTGTT 778
Query 904 TGATTACAATGTTCAAGAGCGAGTGAATGCCTTTGTAGCTGCAGCTTTGGATCAGGCCAA 963
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGATTACAATGTTCAAGAACGAGTGAATGCCTTTGTAGCTGCAGCTTTGGATCAGGCCAA 838
Query 964 CATTACTCGAATAAATCACATCATGTTTACCATGGGAACAGATTTCAGGTACCAATATGC 1023
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CATTACTCGAACAAATCACATTATGTTTACCATGGGAACAGATTTCAGGTACCAATATGC 898
Query 1024 CCACACCTGGTATCGACAAATGGACAAGCTTATTCATTATGTTAACCTCGATGGGCGTGT 1083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CCACACCTGGTATCGACAAATGGACAAGCTTATTCATTATGTTAACCTCGATGGGCGTGT 958
Query 1084 CAATGCTTTCTACTCTACCCCTTCCATATATACAGATGCAAAACACGCGGCAAATGAGGC 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CAATGCTTTCTACTCTACCCCTTCCATATATACAGATTCAAAACACGCGGCAAATGAGGC 1018
Query 1144 TTGGCCCCTGAAAACAGAGGACTATTTCCCTTATGCAGACCGTATAAATGCTTATTGGAC 1203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TTGGCCCCTGAAAACAGAGGACTATTTCCCTTATGCAGACCGTATAAATGCTTATTGGAC 1078
Query 1204 TGGATATTTTACAAGTAGGCCAGCACTTAAGCGTTATGTCAGAGTGATGAGTGCCTACTA 1263
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TGGATATTTTACAAGTAGGCCAGCACTAAAGCGTTATGTCAGAGTGATGAGTGCCTACTA 1138
Query 1264 CTTGGCGGCAAGGCAACTTGAGTTTTTCAAAGGGAGAAGTCAGAAGGGTCCGAATACAGA 1323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTTGGCGGCAAGGCAACTTGAGTTTTTCAAAGGGAGAAGTCAGAAGGGTCCGAATACAGA 1198
Query 1324 TTCGTTAGCAGATGCACTAGCAATTGCTCAACATCACGACGCTGTTTCTGGTACGTCGAA 1383
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1199 TTCGTTAGCAGATGCGCTAGCAATTGCTCAACATCACGACGCTGTTTCTGGTACATCGAA 1258
Query 1384 ACAGCATGTGGCTAATGATTATGCAAAACGACTAGCAATAGGCTATGTGGAGGCTGAGAG 1443
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1259 ACAGCATGTGGCTAATGATTATGCAAAAAGACTAGCAATAGGCTATGTGGAGGCTGAAAG 1318
Query 1444 TGTGGTTGCTACTTCTCTTGCTCATCTGACTAAAGTAGATCCCACCCTGAATCCAACCTT 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1319 TGTGGTTGCTACTTCTCTTGCTCATCTGACTAAAGTAGATCCCACCCTGAAACCAACCTT 1378
Query 1504 CCAACAGTGTTTGTTACTTAACATAAGTTACTGTCCCTCAAGCGAAGTCAACTTATCCGA 1563
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1379 CCAACAGTGTTTGTTACTAAACATAAGTTACTGTCCCTCAAGCGAAATAAACTTATCCGA 1438
Query 1564 TGGGAAAAGTTTGATCGTATTGGCTTATAACCCACTAGGATGGAAGCGAGTGGACATTGT 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1439 CGGGAAAAGTTTGATCGTATTGGCTTATAACCCACTAGGATGGAAGCGAGTGGATATTGT 1498
Query 1624 CCGGCTTCCTGTTGTGGGCGGAGACGTTT-CGGTACATGACTCTGAGGGACACGAAGTTG 1682
|||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CCGGCTTCCTGTTGTGGGCGGAGA-GATTGCGGTACATGACTCTGAGGGACACGAAGTTG 1557
Query 1683 AGTCTCAACTTGTTCCATTTACTGATGAATATGTGGCCTTAAGGAAATATCATGTAGAGG 1742
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1558 AGTCTCAACTCGTTCCATTTACTGATGAATATGTGGCCTTGAGGAACTATCATGTAGAGG 1617
Query 1743 CATACTTAGGTCAAAGCCCTACACAGGTGCCAAAGTATTGGCTTGTGTTTTCAGTAACTG 1802
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1618 CATATTTAGGTCAAAGCCCTACACAGGTGCCAAAGTATTGGCTTGTGTTTTCAGTTACTG 1677
Query 1803 TGCCTCCTCTTGGCTTCACTACTTACACTATCTCCACTGCTAAGAAAACAGATGGATATT 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TGCCTCCTCTTGGCTTCACTACTTACACTATCTCCACTGCTAAGAAAACAGATGGATATT 1737
Query 1863 CTAGCAAATCATACGTCTCCA-ATATCCTAAAAGGCGAACAGTCAATAATTAACATTGGT 1921
||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 1738 CTAGCAAATCATATGTCTCCAGA-ATCCAAAAAGGCGAACAATCAATAATTGACTTTGGT 1796
Query 1922 CATGGGCATCTGAAGCTTAGTTTTTCCACTGATCAAGGGACAGCAATCAATTATGTTAAC 1981
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CATGGGAATCTGAAGCTTAGTTTTTCCACTGATCAAGGGACAGCAATCAATTATGTTAAC 1856
Query 1982 GGCAGAACCTCGATGACAGAACCAGTCAAACAGACATTTAGCTACTACTCTGCATACAAT 2041
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 AGCAGAACCTCGATGACAGAACCAGTCAAACAGACGTTTAGCTACTACTCTGCATACAAT 1916
Query 2042 GGATCAAATGACAAAGAACCTCTTATACCTCAAAACTCGGGTGCGTATGTTTTCCGTCCA 2101
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GGATCAAATGACAAAGAACCTCTTATACCTCAGAACTCGGGTGCGTATGTTTTCCGTCCG 1976
Query 2102 AATGGTACATTCCCCATCAATCCGGAAGGACAGGTTCCTTTGACTGTTATACATGGGCCG 2161
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1977 AATGGCACATTCCCCATCAACCCGGAAGGACAGGTTCCTTTGACTGTTATACGTGGGCCG 2036
Query 2162 CTAGTGGACGAAGTACACCAACAGATTAATCCATGGATATCTCAGATCACTAGAGTTTAT 2221
|| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CTGGTGGACGAAGTACATCAACAGATAAATCCATGGATATCTCAGATCACTAGAGTTTAT 2096
Query 2222 AAGGGCAAGGAGCATGTGGAAGTTGAATTTATTGTTGGTAATATACCAATTGATGATGGA 2281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2097 AAGGGCAAGGAGCATGTGGAAGTTGAATTTATTGTTGGTAATATACCGATTGACGATGGA 2156
Query 2282 ATTGGCAAAGAAGTAGTAACCCAGATCTCAAGTTCCCTGAAAAGCAATAAAACTTTCTAC 2341
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 ATTGGCAAAGAGGTCGTAACCCAGATCTCAAGTTCCCTGAAAAGCAATAAAACTTTCTAC 2216
Query 2342 ACGGATTCAAGTGGACGTGATTATATCAAAAGGATCCGTGATTACAGGTCAGACTGGAAA 2401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2217 ACGGATTCAAGTGGACGTGATTATATCAAAAGGATCCGTGATTATAGGTCAGACTGGAAA 2276
Query 2402 CTAGATGTCAACCAACCTATTGCAGGAAATTATTACCCGATAAATCATGGAATTTACTTG 2461
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 CTAGAAGTCAACCAACCTGTTGCAGGAAATTATTACCCGATAAATCATGGAATTTACTTG 2336
Query 2462 CAAGACAGTAAGAAGGAATTCTCAGTGATGGTGGACAGAGCCTTCGGGGGGTCGAGCATA 2521
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2337 CAAGACAGTGAGAAGGAATTCTCAGTGATGGTGGACAGAGCTTTCGGAGGGTCGAGCATA 2396
Query 2522 GTGGACGGACAAGTTGAGCTAATGCTTCATAGGAGACTGCTCCTCGATGACTCCAGGGGT 2581
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2397 GTGGACGGACAAGTTGAGCTTATGCTTCATAGGAGACTGCTCCTCGATGACTCCAGAGGT 2456
Query 2582 GTAGCAGAAAATCTAAATGAGACAGTGTGCGTTCAAGACAAGTGTACTGGGCTAACTATC 2641
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2457 GTAGCAGAAAATCTAAATGAGACAGTGTGTGTTCAAGACAAGTGTACTGGACTAACTATC 2516
Query 2642 CAAGGAAAATATTACTATAGAATTGATCCATATGGAGAAGGTGCAAAATGGAGACGTACA 2701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2517 CAAGGAAAATATTACTATAGAATTGATCCATATGGAGAAGGTGCAAAATGGAGACGAACA 2576
Query 2702 TTCGGACAAGAAATCTACTCGCCACTCCTCTTGGCTTTTGCTCAACAGGATGATGGAAAG 2761
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2577 TTCGGACAAGAAATCTACTCGCCACTCCTCTTGGCCTTTGCTCAACAGGATGCTGGAAAG 2636
Query 2762 CCGATGAGTTTTGGTGCAGCATCATTCTCCGGGATTGATCCATCGTACAGTCTGCCTGAC 2821
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2637 CCGATGAGTTTTGGTGCAGCATCATTCTCCGGGATTGATCCATCTTACAGTCTGCCTGGC 2696
Query 2822 AATGTGGCACTTCTGACTCTGCAGGAACTGGATGATGGAAACGTGCTCCTGCGTCTAGCT 2881
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2697 AATGTGGCACTTCTGACTCTACAGGAACTGGATGATGGAAATGTGCTCCTGCGTCTAGCT 2756
Query 2882 CATCTTTATGAGGTGGAAGAGGACAAGGAACTATCAGGAGTAGCAAGCGTGGAACTCAAA 2941
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |
Sbjct 2757 CATCTTTATGAGGTGGGAGAGGACAAGGAACTTTCAGGAGTAGCAAGGGTGGAACTGAGA 2816
Query 2942 AAGCTTTTTCCTGGAAAGAAGATCGGGAAATTGACGGAGATGAGCCTATCAGCAAATCAA 3001
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 AAGCTTTTTCCTGGAAAAAAGATCGGGAAAGTGACGGAGATGAGCCTATCAGCAAATCAA 2876
Query 3002 GAAAGAAGCACGATGGAGAAGAAGAGGTTGGTGTGGAAAGTAGAAGGTGAAGGATCTTAT 3061
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2877 GAAAGAAGCGCGATGGAGAAGAAGAGGTTGGTGTGGAAAGTAGAAGGTGAAGGATCCCAT 2936
Query 3062 GGAGAGGAGAAGAAGGCAAAGAGAGGGAGAGAAATTGATCCAAGAAAGCTGGAGATGGAG 3121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 GGAGAGGAGAAGAAGGCAAAGAGAGGGAGAGAAATTGATCCAAGAAAGCTGGAGATGGAG 2996
Query 3122 CTTTACCCGATGGAGATTAGGACCGTGTTGATCCACTTAGAGCTTCCATCTTCTCATTCT 3181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2997 CTTTACCCGATGGAGATTAGGACCGTGTTGATCCACTGGGAGCGTCCATCTGCTCATTCT 3056
Query 3182 CGCATAAACAGATTTGATGCCTAAATAAGGTAGAAGTATGTTTAATGGATAGAGTCTCTT 3241
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 3057 CGCATAAACAGATTCGATGCCTAAATAAGGTAGAAGTAAGTTTAAAGGATAGAGTCTCTT 3116
Query 3242 ATGTTTTCGTTCCAGCCGCCAATT-AACTTAATAAAAGGTGAGTTAGTCTTGCATC 3296
||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3117 ATGTTTTCGTTCCAGACGTTGATTTAACTTAATAAAAGGTGAGTGAGTCTTGCATC 3172
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124410206137
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5